Ligation sequencing gDNA V14 — whole genome amplification (SQK-LSK114)

Oxford Nanopore Technologies
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MinION: Protocol

Ligation sequencing gDNA V14 — whole genome amplification (SQK-LSK114) V WAL_9192_v114_revE_26Jul2023

  • This protocol uses genomic DNA
  • Very low input requirements (e.g. single cells)
  • Multiple displacement amplification (MDA)
  • Compatible with R10.4.1 flow cells

For Research Use Only

FOR RESEARCH USE ONLY

概览

  • This protocol uses genomic DNA
  • Very low input requirements (e.g. single cells)
  • Multiple displacement amplification (MDA)
  • Compatible with R10.4.1 flow cells

For Research Use Only

Document version: WAL_9192_v114_revE_26Jul2023

1. Overview of the protocol

Introduction to the whole genome amplification protocol

This protocol describes how to carry out whole genome amplification (WGA) of genomic DNA using the Ligation Sequencing Kit (SQK-LSK114) and the QIAGEN REPLI-g Midi kit.

Please note, the whole genome amplification step described in this protocol is based off the methods described in the REPLI-g® Mini/Midi Handbook. Please refer to the QIAGEN documentation for additional information.

This protocol uses the multiple displacement amplification (MDA) method with the QIAGEN kit to amplify as little as 50 pg of bacterial DNA to yield up to 40 ug DNA. T7 Endonuclease I treatment is performed to resolve the hyperbranched structure of the WGA product and to improve read quality (Qscore) and flow cell output. It is important to note, however, that by using this method some amplification bias can be introduced in the MDA reaction.

Please note, using this protocol will result in shorter fragment lengths and lower flow cell output than preparing a DNA library using the standard Ligation Sequencing DNA V14 protocol.

Please refer to our Sequencing products of multiple displacement amplification (MDA) know-how document for more information on the available methods.

Steps in the sequencing workflow:

Prepare for your experiment

You will need to:

  • Extract your DNA, and check its length, quantity and purity. The quality checks performed during the protocol are essential in ensuring experimental success.
  • Ensure you have your sequencing kit, the correct equipment and third-party reagents
  • Download the software for acquiring and analysing your data
  • Check your flow cell to ensure it has enough pores for a good sequencing run

Library preparation

You will need to:

  • Amplify the genomic DNA using random hexamer primers
  • Digest the amplified DNA with T7 Endonuclease I to remove branching, and size-select for longer fragments using AMPure XP beads
  • Prepare the DNA ends for adapter attachment
  • Attach sequencing adapters supplied in the kit to the DNA ends
  • Prime the flow cell, and load your DNA library into the flow cell

WGA LSK114 workflow

Sequencing and analysis

You will need to:

  • Start a sequencing run using the MinKNOW software, which will collect raw data from the device and convert it into basecalled reads
  • Start the EPI2ME software and select a workflow for further analysis (this step is optional)

Increasing flow cell output with PCR amplification

In instances where flow cell output is reduced when sequencing the products of MDA using the ligation-based protocol (<10 Gb from a MinION flow cell), we have found that performing a PCR amplification using the Rapid PCR Barcoding Kit 24 V14 (SQK-RPB114.24) can recover flow cell output.

We recommend taking 5 ng of the MDA amplified sample from the whole genome amplification step described in this protocol and using it as input for the Rapid sequencing DNA - PCR Barcoding Kit 24 V14 (SQK-RPB114.24) protocol to perform additional PCR amplification.

Please note, amplification bias could potentially be exacerbated with additional PCR, and some GC-bias can be introduced, leading to a slight reduction in coverage at the extremes of GC-content.

For more information refer to the info sheet: Sequencing products of multiple displacement amplification (MDA).

重要

This protocol was developed using E. coli gDNA. If using a different type of sample, please refer to the QIAGEN protocol for advice on how to modify the sample prep accordingly.

重要

Compatibility of this protocol

This protocol should only be used in combination with:

2. Equipment and consumables

材料
  • 50 pg high molecular weight genomic DNA
  • 连接测序试剂盒V14（SQK-LSK114）
  • REPLI-g® Single Cell Kit (QIAGEN, cat # 150343)
耗材
  • MinION及GridION测序芯片
  • Agencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter, A63881)
  • 供Oxford Nanopore Technologies®连接测序使用的NEBNext®配套模块v2（NEB, E7672S 或 E7672L）
  • 耐盐T4 DNA连接酶（NEB, M0467）
  • Covaris g-TUBE
  • 2 ml Eppendorf DNA LoBind 离心管
  • 1.5 ml Eppendorf DNA LoBind 离心管
  • 0.2 ml 薄壁PCR管
  • 无核酸酶水（如ThermoFisher，AM9937）
  • 新制备的80%乙醇（用无核酸酶水配制）
  • T7 Endonuclease I (NEB, cat # M0302)
  • TE buffer: 10 mM Tris (pH 8.0), 0.1 mM EDTA
  • PEG 8000, 50% w/v (Rigaku Reagents, 25322-68-3)
  • 0.5 M EDTA, pH 8 (Thermo Scientific, R1021)
  • 5 M NaCl (Sigma, 71386)
  • 1 M Tris-HCl pH 8.0 (Thermo Scientific, 15893661)
  • （非必需）牛血清白蛋白（BSA）（50 mg/mL）（例如 Invitrogen™ UltraPure™ BSA （50 mg/mL）， AM2616）
仪器
  • MinION 或 GridION 测序仪
  • MinION 及GridION 测序芯片遮光片
  • Hula混匀仪（低速旋转式混匀仪）
  • 适用于1.5ml Eppendorf 离心管的磁力架
  • 迷你离心机
  • 涡旋混匀仪
  • Heating block at 37°C capable of taking 1.5 ml tubes
  • 热循环仪
  • 盛有冰的冰桶
  • 计时器
  • P1000 移液枪和枪头
  • P200 移液枪和枪头
  • P100 移液枪和枪头
  • P20 移液枪和枪头
  • P10 移液枪和枪头
  • P2移液枪和枪头
  • Qubit荧光计（或用于质控检测的等效仪器）
可选仪器
  • Standard gel electrophoresis equipment
  • Agilent生物分析仪（或等效仪器）
  • Eppendorf 5424 离心机（或等效器材）

For this protocol, you will need 50 pg high molecular weight genomic DNA.

起始DNA

DNA质控

选择符合质量和浓度要求的起始DNA至关重要的。使用过少或过多的DNA，或者质量较差的DNA（如，高度碎片化、含有RNA或化学污染物的DNA）都会影响文库制备。

有关如何对DNA样品进行质控，请参考起始DNA/RNA质控实验指南 。

化学污染物

从原始样本中提取DNA的方法不同，可能会导致经纯化的DNA中所残留的化学污染物不同。这会影响文库的制备效率和测序质量。请在牛津纳米孔社区的 Contaminants（污染物）页面 了解更多信息。

供Oxford Nanopore Technologies®连接测序使用的NEBNext®配套模块v2

对于新用户，我们建议购买供Oxford Nanopore Technologies®连接测序的 NEBNext® 配套模块v2（目录号E7672S或E7672L） 。该配套模块内包含所有与连接测序试剂盒配套使用的NEB试剂。

之前版本的NEBNext® 配套模块（货号E7180S或E7180L）虽然兼容，但我们更推荐使用v2版本。得益于FFPEv2 DNA修复缓冲液和耐盐T4 DNA连接酶，v2版配套模块在dA尾添加和连接步骤上的效率更高。此外，使用v2版配套模块还能显著降低每个样本的制备成本。

请注意：在扩增子测序的相关实验中，无需使用NEBNext FFPE修复混合液。单独购买所需试剂将更为经济实惠。

第三方试剂

Oxford Nanopore Technologies推荐您使用本实验指南中提及的所有第三方试剂，并已对其加以验证。我们尚未对其它替代试剂进行测试。

我们建议您按制造商说明准备待用的第三方试剂.

测序芯片质检

我们强烈建议您在开始测序实验前，对测序芯片的活性纳米孔数进行质检。质检需在您收到MinION /GridION /PremethION测序芯片12周之内进行，或者在您收到Flongle测序芯片四周内进行。Oxford Nanopore Technologies会对活性孔数量少于以下标准的芯片进行替换** ：

测序芯片 芯片上的活性孔数确保不少于
Flongle 测序芯片 50
MinION/GridION 测序芯片 800
PromethION 测序芯片 5000

** 请注意：自收到之日起，芯片须一直贮存于Oxford Nanopore Technologies推荐的条件下。且质检结果须在质检后的两天内递交给我们。请您按照 测序芯片质检文档中的说明进行芯片质检。

重要

AMPure XP Beads

Within the Ligation Sequencing Kit 24 V14 (SQK-LSK114), AMPure XP Beads (AXP) are supplied at the volume needed to complete the "DNA repair and end-prep" and "adapter ligation and clean-up" steps of the protocol.

However, extra AMPure XP Beads are required for the "whole genome amplification" step of the protocol.

重要

为确保高效接头（LA）连接，我们强烈建议您使用连接测序试剂盒V14中提供的连接缓冲液（LNB）而非其它第三方连接酶缓冲液。

重要

本试剂盒所用连接接头（LA）经过升级，不可与其它测序接头互换使用。

连接测序试剂盒V14（SQK-LSK114）内容物

请注意： 我们正在将部分试剂的包装形式由单次管装改为瓶装。

单次管装试剂： SQK-LSK114 v2

部分试剂改为瓶装： SQK-LSK114 v3

声明： 本产品包含由贝克曼库尔特公司（Beckman Coulter, Inc）生产的 AMPure XP 试剂，并可与试剂盒一起于-20°C 下储存（试剂稳定性将不受损害）。

请注意： DNA参照（DCS）是一段可比对到Lambda基因组的3'端、长度为3.6 kb 的标准扩增子。

3. Whole genome amplification

材料
  • 50 pg high molecular weight genomic DNA
  • REPLI-g® Single Cell Kit (QIAGEN, cat # 150343)
耗材
  • 无核酸酶水（如ThermoFisher，AM9937）
  • 2 ml Eppendorf DNA LoBind 离心管
  • 1.5 ml Eppendorf DNA LoBind 离心管
  • 0.2 ml 薄壁PCR管
  • T7 Endonuclease I (NEB, cat # M0302)
  • Agencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter, A63881)
  • 新制备的80%乙醇（用无核酸酶水配制）
  • TE buffer: 10 mM Tris (pH 8.0), 0.1 mM EDTA
  • PEG 8000, 50% w/v (Rigaku Reagents, 25322-68-3)
  • 0.5 M EDTA, pH 8 (Thermo Scientific, R1021)
  • 5 M NaCl (Sigma, 71386)
  • 1 M Tris-HCl pH 8.0 (Thermo Scientific, 15893661)
仪器
  • P1000移液枪和枪头
  • P200 移液枪和枪头
  • P100移液枪和枪头
  • P10 移液枪和枪头
  • P2 移液枪和枪头
  • 热循环仪
  • Hula混匀仪（低速旋转式混匀仪）
  • 适用于1.5ml Eppendorf 离心管的磁力架
  • 盛有冰的冰桶
  • Qubit荧光计（或用于质控检测的等效仪器）

Thaw the REPLI-g sc DNA Polymerase on ice, mix well by pipetting and spin down. Store on ice until ready to use.

Prepare the DNA in nuclease-free water.

  • Transfer 50 pg genomic DNA into a clean 0.2 ml thin-walled PCR tube.
  • Adjust the volume to 4 μl with nuclease-free water.
  • Mix thoroughly by inversion and gently flicking to avoiding unwanted shearing.
  • Spin down briefly in a microfuge.

Reconstitute the Buffer DLB from the QIAGEN REPLI-g Single Cell kit as follows:

  • Add 500 µl of nuclease-free water to the Buffer DLB tube.
  • Thoroughly mix by vortexing and briefly spin down.

Note: According to the manufacturers, the reconstituted Buffer DLB can be stored for up to 6 months at -20°C.

In a clean 1.5 ml Eppendorf DNA LoBind tube, prepare sufficient Buffer D2 for the total number of reactions required as follows:

Reagent Volume for 4 samples Volume for 12 samples Volume for 24 samples
DTT, 1M 1 µl 3 µl 6 µl
Reconstituted Buffer DLB 11 µl 33 µl 66 µl
Total 12 µl 36 µl 72 µl

Note: The REPLI-g® Mini/Midi Handbook recommends preparing a stock of Buffer D2 minimise risk of error when pipetting small volumes. According to the manufacturers, the prepared Buffer D2 can be stored for up to 3 months at -20°C.

Add 3 µl of prepared Buffer D2 to the gDNA input sample in the 0.2 ml thin-walled PCR tube.

Mix gently by flicking the tube and spin down.

Incubate the reaction at 65°C for 10 minutes.

Add 3 µl of of Stop Solution to the denatured DNA sample tube. Mix by flicking the tube, briefly spin down and place on ice.

In a clean 1.5 ml Eppendorf DNA LoBind tube placed on ice, prepare the master mix as follows:

Pipette mix 10-20 times between each addition.

| Reagent | Volume | | --- | --- | --- | --- | | Nuclease-free water | 9 µl | | REPLI-g sc Reaction Buffer | 29 µl | | REPLI-g sc DNA Polymerase | 2 µl | | Total | 40 µl |

Mix thoroughly by pipetting and briefly spin down before storing the master mix on ice.

Combine the following reagents in the same 0.2 ml thin-walled PCR tube containing the sample:

Reagent Volume
Denatured DNA sample (from previous step) 10 µl
Prepared master mix 40 µl
Total 50 µl

Mix gently by flicking the tube and spin down.

Incubate the reaction for 2 hours at 30°C and 3 minutes at 65°C using a thermal cycler.

Transfer the sample to a clean 1.5 ml Eppendorf DNA LoBind tube.

Resuspend the AMPure XP beads by vortexing.

Add 90 µl of resuspended AMPure XP beads to the amplification reaction and mix by pipetting.

将离心管置于Hula混匀仪（低速旋转式混匀仪）上室温孵育5分钟。

Prepare 500 μl of 80% ethanol in nuclease-free water.

将样品瞬时离心，并静置于磁力架上待磁珠和液相分离。保持离心管在磁力架上不动，用移液枪吸去上清液。

保持离心管在磁力架上不动，以200µl新鲜制备的80%乙醇洗涤磁珠。小心不要吹散磁珠。用移液枪将乙醇吸走并弃掉。

将离心管瞬时离心后置于磁力架上。用移液枪吸走残留的乙醇。让磁珠在空气中干燥约30秒，但不要干至表面开裂。

Remove the tube from the magnetic rack and resuspend pellet in 100 µl nuclease-free water. Incubate for 2 minutes at room temperature.

将离心管静置于磁力架上，直到磁珠和液相分离，且洗脱液澄清无色。

Remove and retain 100 µl of eluate in a clean 1.5 ml Eppendorf DNA LoBind tube.

CHECKPOINT

Quantify 1 µl of the eluted sample using a Qubit fluorometer.

Prepare your amplified DNA sample as follows:

  • Transfer 1.5 µg of amplified DNA into a clean 0.2 ml thin-walled PCR tube.
  • Adjust the volume to 24 μl with nuclease-free water.
  • Mix thoroughly by inversion and gently flicking to avoiding unwanted shearing.
  • Spin down briefly in a microfuge.

Prepare the following reaction in the 0.2 ml thin-walled PCR tube containing the sample by adding the reagents in the following order:

Reagent Volume
1.5 µg of amplified DNA (from previous step) 24 µl
NEBuffer 2 3 µl
T7 Endonuclease I 3 µl
Total 30 µl

轻轻吹打以充分混匀，并瞬时离心。

Incubate the reaction for 60 minutes at 37°C.

Prepare the Custom buffer with beads as follows:

  • Prepare the Custom buffer mix in a clean 2 ml Eppendorf DNA LoBind tube:
Reagent Volume
1 M Tris-HCl 20 μl
0.5 M EDTA pH 8 4 μl
5 M NaCl 640 μl
PEG 8000 440 μl
Nuclease-free water 888 μl
Total 1992 μl
  • Mix the Custom buffer thoroughly by pipetting.
  • Resuspend the AMPure XP beads by vortexing.
  • Prepare two 1.5 ml Eppendorf DNA LoBind tubes to contain 1 ml of resuspended AMPure XP beads each.
  • Pellet the beads in both tubes on a magnet. Keeping the tubes on the magnet, pipette off the supernatants.
  • Remove both tubes from the magnet and resuspend the beads in each tube with 1 ml of nuclease-free water. Return the tubes to the magnet and allow the beads to pellet. Pipette off the water and discard.
  • Repeat the previous step.
  • Spin down and place the tubes back on the magnet. Pipette off any residual water.
  • Resuspend both pellets in 200 ul of Custom Buffer. Transfer the full volume of both tubes of resuspended beads to the remaining Custom buffer in the 2 ml Eppendorf LoBind DNA tube.
  • Mix the Custom buffer with beads thoroughly by pipetting.

Prepare the amplified DNA sample as follows:

  • Transfer the 30 µl of amplified DNA sample into a clean 1.5 ml Eppendorf DNA LoBind tube.
  • Adjust the volume to 50 μl with TE buffer, pH 8.
  • Mix thoroughly by inversion and gently flicking to avoiding unwanted shearing.
  • Spin down briefly in a microfuge.

Add 35 µl of the Custom buffer with beads to the DNA sample, and mix by flicking the tube.

Note: Thoroughly mix the Custom buffer by pipetting prior to use to ensure the beads are fully resuspended.

Incubate on a Hula mixer (rotator mixer) for 10 minutes at room temperature. This step may be extended to 20 minutes if a slightly higher DNA recovery yield is desired.

Prepare 500 μl of 80% ethanol in nuclease-free water.

将样品瞬时离心，并静置于磁力架上待磁珠和液相分离。保持离心管在磁力架上不动，用移液枪吸去清液。

保持离心管在磁力架上不动，以200µl新鲜制备的80%乙醇洗涤磁珠。小心不要吹散磁珠。用移液枪将乙醇吸走并弃掉。

重复上述步骤。

将离心管瞬时离心后置于磁力架上。用移液枪吸走残留的上清液。让磁珠在空气中干燥约30秒，但不要干至表面开裂。

Remove the tube from the magnetic rack and resuspend pellet in 49 µl nuclease-free water. Incubate for 1 minute at 50°C, and then for 5 minutes at room temperature.

将离心管静置于磁力架上，直到磁珠和液相分离，且洗脱液澄清无色。

Remove and retain 49 µl of eluate into a clean 1.5 ml Eppendorf DNA LoBind tube.

CHECKPOINT

Quantify 1 µl of DNA using a Qubit fluorometer - recovery aim ~700 ng.

步骤结束

Take forward approximately 700 ng of DNA in 48 µl into the DNA repair and end-prep step. However, at this point it is also possible to store the sample at 4°C overnight.

提示

Increasing flow cell output with PCR amplification using the Rapid PCR Barcoding Kit 24 V14 (SQK-RPB114.24)

If you have obtained low DNA recovery following the whole genome amplification step, or have previously performed the experiment and observed low flow cell output, please consider performing a PCR amplification of your MDA products using the Rapid PCR Barcoding Kit 24 V14 (SQK-RPB114.24).

We recommend taking 5 ng of the MDA amplified sample from this step of the protocol and using it as the input for the Rapid sequencing DNA - PCR Barcoding Kit 24 V14 (SQK-RPB114.24) protocol.

4. DNA损伤及末端修复 (1)

材料
  • Amplified DNA in 48 µl nuclease-free water
  • AMPure XP 磁珠（AXP）
耗材
  • NEBNext®配套模块v2（NEB，E7672S或E7672L）中的NEBNext® FFPE DNA修复混合液（NEB，M6630）
  • NEBNext®配套模块v2（NEB，E7672S或E7672L）中的NEBNext® Ultra II 末端修复酶混合物（E7646）
  • NEBNext®配套模块v2（NEB，E7672S或E7672L）中的NEBNext® FFPE DNA修复缓冲液v2（E7363）
  • Qubit dsDNA HS Assay（双链DNA高灵敏度检测）试剂盒（Invitrogen, Q32851）
  • 无核酸酶水（如ThermoFisher，AM9937）
  • 新制备的80%乙醇（用无核酸酶水配制）
  • Qubit™ 分析管（Invitrogen, Q32856）
  • 0.2 ml薄壁PCR管
  • 1.5 ml Eppendorf DNA LoBind 离心管
仪器
  • P1000 移液枪和枪头
  • P100 移液枪和枪头
  • P10 移液枪和枪头
  • 迷你离心机
  • 热循环仪
  • Hula混匀仪（低速旋转式混匀仪）
  • 磁力架
  • 盛有冰的冰桶
可选仪器
  • Qubit荧光计（或用于质控检测的等效仪器）
提示

我们建议您使用专供Oxford Nanopore Technologies®连接测序的NEBNext® 配套模块v2（目录号E7672S或E7672L）。该配套模块内包含所有与连接测序试剂盒配套使用的NEB试剂。

之前版本的NEBNext® 配套模块（NEB，E7180S或E7180L）虽然兼容，但v2版在dA尾添加和连接步骤上的效率更高。

CHECKPOINT

测序芯片质检

我们强烈建议您在开始文库制备前，对测序芯片的活性纳米孔数进行质检，以确保测序实验顺利运行。

详情请参阅 MinKNOW 实验指南中的 测序芯片质检说明。

根据生产厂家的说明准备NEB试剂，并置于冰上。

为获得最优表现，NEB建议如下：

  1. 于冰上解冻所有试剂。

  2. 轻弹并/或翻转各管，确保各试剂充分混匀。
    注意： 请切勿涡旋振荡 FFPE DNA修复混合液或 Ultra II末端修复酶混合物。

  3. 同一日内首次打开一管试剂前，请务必先将该管试剂瞬时离心。

  4. 涡旋振荡 FFPE DNA 修复缓冲液 v2或FFPE DNA 修复缓冲液、及 Ultra II 末端修复反应缓冲液，确保混匀。
    注意： 上述缓冲液中可能会出现白色沉淀。如发现沉淀，请待液体回复至室温后，使用移液枪上下吹打数次，打散沉淀；然后快速涡旋振荡混匀。

  5. FFPE DNA 修复缓冲液可能轻微泛黄，不影响使用。

在一支0.2ml的薄壁PCR管中，混合以下试剂： (1)

每添加一样试剂后，请吹打混匀10-20次，再添加下一样试剂。

试剂 体积
上一步中的DNA 样本 47 µl
DNA参照 （非必需） 1 µl
NEBNext FFPE DNA修复缓冲液v2 7 µl
NEBNext FFPE DNA修复混合液 2 µl
Ultra II 末端修复酶混合物 3 µl
总体积 60 µl

如果您使用的是之前版本的、用于 Oxford Nanopore Technologies® 连接测序的 NEBNext® 配套模块（NEB，E7180S 或 E7180L）：

每添加一样试剂后，请吹打混匀10-20次，再添加下一样试剂。

试剂 体积
DNA 样本 47 µl
DNA参照 （非必需） 1 µl
NEBNext FFPE修复缓冲液 3.5 µl
NEBNext FFPE修复混合液 2 µl
Ultra II 末端修复反应缓冲液 3.5 µl
Ultra II 末端修复酶混合物 3 µl
总体积 60 µl

轻轻吹打以充分混匀，并瞬时离心。

使用热循环仪，在20℃下孵育5分钟，然后在65℃下孵育5分钟。

涡旋振荡以重悬AMPure XP磁珠（AXP）。

将DNA样本转至干净的1.5 ml Eppendorf DNA LoBind离心管中。

将60µl重悬的AMPure XP磁珠（AXP）加入DNA末端修复反应体系中，轻弹试管以充分混合。

将离心管置于Hula混匀仪（低速旋转式混匀仪）上室温孵育5分钟。

准备500μl新制备的80％乙醇（用无核酸酶水配制）。

将样品瞬时离心，并静置于磁力架上待磁珠和液相分离。保持离心管在磁力架上不动，用移液枪吸去清液。

保持离心管在磁力架上不动，以200µl新鲜制备的80%乙醇洗涤磁珠。小心不要吹散磁珠。用移液枪将乙醇吸走并弃掉。

重复上述步骤。

将离心管瞬时离心后置于磁力架上。用移液枪吸走残留的乙醇。让磁珠在空气中干燥约30秒，但不要干至表面开裂。

将离心管从磁力架上移开。将磁珠重悬于61µl无核酸酶的水中。室温下孵育2分钟。

将离心管静置于磁力架上至少一分钟，直到磁珠和液相分离，且洗脱液澄清无色。

将61µl洗脱液转移至一支新的1.5ml Eppendorf DNA LoBind管中。

CHECKPOINT

取1µl洗脱样品，用Qubit荧光计定量。

步骤结束

经过末端修复的DNA可用于稍后的接头连接。如需要，您也可以此时将样品置于4℃储存过夜。

5. Adapter ligation and clean-up

材料
  • 连接接头（LA）
  • 连接测序试剂盒内的连接缓冲液（LNB）
  • 短片段缓冲液（SFB）
  • AMPure XP 磁珠（AXP）
  • Oxford Nanopore测序试剂盒中的洗脱缓冲液（EB）
耗材
  • 耐盐T4 DNA连接酶（NEB, M0467）
  • 1.5 ml Eppendorf DNA LoBind 离心管
  • Qubit dsDNA HS Assay（双链DNA高灵敏度检测）试剂盒（Invitrogen, Q32851）
  • Qubit™ 分析管（Invitrogen, Q32856）
仪器
  • 磁力架
  • 迷你离心机
  • 涡旋混匀仪
  • P1000 移液枪和枪头
  • P100 移液枪和枪头
  • P20 移液枪和枪头
  • P10 移液枪和枪头
  • Qubit荧光计（或用于质控检测的等效仪器）
提示

我们推荐您使用耐盐T4 DNA连接酶（NEB, M0467）。

耐盐 T4 DNA 连接酶（NEB，M0467）可单独购买，也包括在用于 Oxford Nanopore Technologies® 连接测序的 NEBNext® 配套模块 v2（货号 E7672S 或 E7672L）中。

虽然之前版本的 NEBNext® 配套模块（NEB，E7180S或E7180L）中的快速T4 DNA 连接酶（NEB，E6057）也可使用，但我们推荐的新试剂提供了更高的效率和更佳的连接效果。

重要

尽管第三方连接酶产品可能也附带缓冲液，但使用连接测序试剂盒中提供的连接缓冲液（LNB）时，连接接头（LA）的连接效率会更高。

瞬时离心连接接头（LA）和耐盐T4 DNA连接酶，置于冰上。

于室温下解冻连接缓冲液（LNB），解冻后瞬时离心，并用移液枪吹打混匀。该缓冲液的黏度较高，涡旋振荡会很难混匀。解冻并混匀后，请立即置于冰上。

将洗脱缓冲液（EB）于室温下解冻，涡旋振荡混匀后，再瞬时离心，置于冰上。

Thaw the Short Fragment Buffer (SFB) at room temperature and mix by vortexing. Then spin down and place on ice.

在一支1.5ml Eppendorf DNA LoBind离心管内，将所有试剂按以下顺序混合：

每添加一样试剂后，请吹打混匀10-20次，再添加下一样试剂。

试剂 体积
前一步骤所得DNA样品 60 µl
连接接头（LA） 5 µl
连接缓冲液（LNB） 25 µl
耐盐T4 DNA连接酶 10 µl
总体积 100 µl

轻轻吹打以充分混匀，并瞬时离心。

室温下孵育10分钟。

涡旋振荡以重悬AMPure XP磁珠（AXP）。

将40µl 重悬的AMPure XP磁珠加入反应体系中，轻弹离心管以充分混合。

将离心管置于Hula混匀仪（低速旋转式混匀仪）上室温孵育5分钟。

将样品瞬时离心，并静置于磁力架上待磁珠和液相分离。保持离心管在磁力架上不动，用移液枪吸去上清液。

Wash the beads by adding 250 μl of Short Fragment Buffer (SFB). Flick the beads to resuspend, spin down, then return the tube to the magnetic rack and allow the beads to pellet. Remove the supernatant using a pipette and discard.

Note: Take care when removing the supernatant, the viscosity of the buffer can contribute to loss of beads from the pellet.

重复上述步骤。

将离心管瞬时离心后置于磁力架上。用移液枪吸走残留的上清液。让磁珠在空气中干燥约30秒，但不要干至表面开裂。

将离心管从磁力架上移开。将磁珠重悬于15µl洗脱缓冲液中（EB）。瞬时离心，然后在室温下孵育10分钟。对于高分子量的DNA，在37℃下孵育可以提高长片段的回收率。

将离心管静置于磁力架上至少一分钟，直到磁珠和液相分离，且洗脱液澄清无色。

将此15µl洗脱液转移至一支新的1.5ml Eppendorf DNA LoBind管中。

丢弃磁珠

CHECKPOINT

取1µl洗脱样品，用Qubit荧光计定量。

Depending on your DNA library fragment size, prepare your final library in 12 µl of Elution Buffer (EB).

Fragment library length Flow cell loading amount
Very short (<1 kb) 100 fmol
Short (1-10 kb) 35–50 fmol
Long (>10 kb) 300 ng

Note: If the library yields are below the input recommendations, load the entire library.

If required, we recommend using a mass to mol calculator such as the NEB calculator.

步骤结束

构建好的文库即可用于测序芯片上样。在上样前，请将文库置于冰上或4℃条件下保存。

提示

文库保存建议

若为 短期 保存或重复使用（例如在清洗芯片后再次上样），我们建议将文库置于Eppendorf LoBind 离心管中 4℃ 保存。 若为一次性使用且储存时长 __超过3个月__，我们建议将文库置于Eppendorf LoBind 离心管中 -80℃ 保存。

6. MinION及GridION 测序芯片的预处理及上样

材料
  • 测序芯片冲洗液（FCF）
  • 测序芯片系绳（FCT）
  • 文库溶液（LIS）
  • 文库颗粒（LIB）
  • 测序缓冲液（SB）
耗材
  • MinION及GridION测序芯片
  • 1.5 ml Eppendorf DNA LoBind 离心管
  • 无核酸酶水（如ThermoFisher，AM9937）
  • （非必需）牛血清白蛋白（BSA）（50 mg/mL）（例如 Invitrogen™ UltraPure™ BSA （50 mg/mL）， AM2616）
仪器
  • MinION 或 GridION 测序仪
  • MinION 及GridION 测序芯片遮光片
  • P1000 移液枪和枪头
  • P100 移液枪和枪头
  • P20 移液枪和枪头
  • P10 移液枪和枪头
重要

请注意：本试剂盒仅兼容R10.4.1测序芯片（FLO-MIN114）。

提示

测序芯片的预处理及上样

我们建议所有新用户在首次运行测序芯片前，观看视频测序芯片的预处理及上样。

于室温下解冻测序缓冲液（SB）、文库颗粒（LIB）或文库溶液（LIS）、测序芯片系绳（FCT）和一管测序芯片冲洗液（FCF）。完全解冻后，涡旋振荡混匀，然后瞬时离心并置于冰上。

重要

为在MinION及GridION R10.4.1测序芯片（FLO-MIN114）上获得最优的测序表现并提高测序产出，我们推荐您向测序芯片预处理液中加入终浓度为0.2 mg/ml的牛血清白蛋白（BSA）。

请注意： 我们不推荐使用其它类型的白蛋白（例如重组人血清白蛋白）。

按下表制备测序芯片的预处理液，室温下吹打混匀。

请注意： 我们正在将部分试剂的包装形式由单次管装改为瓶装。请按照与您所用试剂盒包装相对应的说明操作。

单次使用管装： 向一整管测序芯片冲洗液（FCF）中加入5µl 50mg/ml的牛血清白蛋白（BSA）及 30µl 测序芯片系绳（FCT）。

瓶装： 请另拿一支适当体积的离心管制备测序芯片预处理液：

试剂 体积（每张芯片）
测序芯片冲洗液 (FCF) 1,170 µl
50mg/ml的牛血清白蛋白 (BSA) 5 µl
测序芯片系绳 (FCT) 30 µl
总体积 1,205 µl

打开MinION或GridION测序仪的盖子，将测序芯片插入金属固定夹的下方。用力向下按压芯片，以确保正确的热、电接触。

中文-测序芯片预处理上样1a

中文-测序芯片预处理上样1b

可选操作

为文库上样前，完成测序芯片检测，查看可用孔数目。

如此前已对测序芯片进行过质检，则此步骤可省略。

更多信息，请查看MinKNOW实验手册的 测序芯片质检 部分。

顺时针转动预处理孔孔盖，使预处理孔显露出来。

中文-测序芯片预处理上样2

重要

从测序芯片中反旋排出缓冲液。请勿吸出超过20-30µl的缓冲液，并确保芯片上的纳米孔阵列一直有缓冲液覆盖。将气泡引入阵列会对纳米孔造成不可逆转地损害。

将预处理孔打开后，检查孔周围是否有小气泡。请按照以下方法，从孔中排出少量液体以清除气泡：

  1. 将P1000移液枪转至200µl刻度。
  2. 将枪头垂直插入预处理孔中。
  3. 反向转动移液枪量程调节转纽，直至移液枪刻度在220-230 µl之间，或直至您看到有少量缓冲液进入移液枪枪头。
    __请注意：__ 肉眼检查，确保从预处理孔到传感器阵列的缓冲液连续且无气泡。

中文-测序芯片预处理上样3

通过预处理孔向芯片中加入800µl预处理液，避免引入气泡。等待5分钟。在此期间，请按照以下步骤准备用于上样的DNA文库。

中文-测序芯片预处理上样4

将含有文库颗粒的LIB管用移液枪吹打混匀。

重要

LIB管内的文库颗粒分散于悬浮液中。由于颗粒沉降速度非常快，因此请在混匀颗粒后立即使用。

对于大多数测序实验，我们建议使用文库颗粒（LIB）。然而，对于粘度较高的文库，可以考虑使用文库溶液（LIS）。

在一支新的1.5ml Eppendorf LoBind离心管中，按下表所示准备上样文库：

试剂 体积（每张测序芯片）
测序缓冲液（SB） 37.5 µl
文库颗粒（LIB），使用前即时混匀；或文库溶液（LIS） 25.5 µl
DNA文库 12 µl
总体积 75 µl

完成测序芯片的预处理：

  1. 轻轻地翻起SpotON上样孔盖，使SpotON上样孔显露出来。 中文-测序芯片预处理上样5
  2. 通过预处理孔（而 非 SpotON加样孔）向芯片中加入200µl预处理液，避免引入气泡。 中文-测序芯片预处理上样6

临上样前，用移液枪轻轻吹打混匀制备好的文库。

通过SpotON加样孔向芯片中逐滴加入75µl样品。确保液滴流入孔内后，再加下一滴。

中文-测序芯片预处理上样7

轻轻合上SpotON加样孔孔盖，确保塞头塞入加样孔内。逆时针转动预处理孔孔盖，盖上预处理孔。

中文-测序芯片预处理上样8

中文-测序芯片预处理上样9

重要

为获得最佳测序产出，在文库样本上样后，请立即在测序芯片上安装遮光片。

我们建议在清洗芯片并重新上样时，将遮光片保留在测序芯片上。一旦文库从测序芯片中吸出，即可取下遮光片。

按下述步骤安装测序芯片遮光片：

  1. 小心将遮光片的前沿（平端）与金属固定夹的边沿对齐。 请注意： 请勿将遮光片强行压到固定夹下方。

  2. 将遮光片轻轻盖在测序芯片上。遮光片的SpotON加样孔孔盖缺口应与芯片上的SpotON加样孔孔盖接合，遮盖住整个测序芯片的前部。

MinION加装遮光片

注意

MinION测序芯片的遮光片并非固定在测序芯片上，因此当为芯片加装遮光片后，请小心操作。

步骤结束

小心合上测序设备上盖并在MinKNOW上设置测序实验。

7. 数据采集和碱基识别

如何开始测序

在完成测序芯片的加样后，您即可在MinKNOW中启动测序实验。MinKNOW 软件负责仪器控制、数据采集以及实时碱基识别。有关设置和使用 MinKNOW 的详细信息，请参阅MinKNOW 实验指南。

您可以通过多种方式使用并设置MinKNOW：

  • 在直接或远程连接到测序设备的计算机上。
  • 直接在 GridION、MinION Mk1C 或 PromethION 24/48 测序设备上。

有关在测序设备上使用 MinKNOW 的更多信息，请参阅相应设备的用户手册：

在MinKNOW中启动测序：

1. 在 "开始 "（Start）页面上，选择 __开始测序__（Start Sequencing)。 start

2. 输入实验详情：例如实验名称，测序芯片位置及样本ID。 Grid start seq

3. 在"试剂盒"页面上，选择建库试剂盒。 kit selection

4. 配置测序实验参数，或保持“运行选项”和“分析”页面中的默认设置。

请注意： 如果在设置运行参数时关闭了碱基识别，您可在实验结束后，在MinKNOW中运行线下碱基识别。详情请参阅MinKNOW实验指南。

5. 在“输出”页面中，设置输出参数或保持默认设置。 step5c

6. 单击 "参数确认" 页面上的 开始 启动测序。 Step6

测序后数据分析

当于MinKNOW上完成测序后，您可按照“测序芯片的重复利用及回收”一节中的说明重复使用或返还测序芯片。

完成测序和碱基识别后，即可进行数据分析。有关碱基识别和后续分析选项的详细信息，请参阅数据分析文档。

在下游分析部分，我们将概述更多用于数据分析的选项。

8. 测序芯片的重复利用及回收

材料
  • 测序芯片清洗剂盒（EXP-WSH004）

完成测序实验后，如您希望再次使用测序芯片，请按照测序芯片清洗试剂盒的说明进行操作，并将清洗后的芯片置于2-8℃保存。

您可在纳米孔社区获取 测序芯片清洗试剂盒实验指南。

提示

我们建议您在停止测序实验后尽快清洗测序芯片。如若无法实现，请将芯片留在测序设备上，于下一日清洗。

请按照“回收程序”清洗好芯片，以便送回Oxford Nanopore。

您可在 此处找到回收测序芯片的说明。

请注意： 在将测序芯片寄回之前，请使用去离子水对每张芯片进行冲洗。

重要

如果您遇到问题或对测序实验有疑问，请参阅本实验指南在线版本中的“疑难解答指南”一节。

9. 下游分析

下游分析

您可以选择以下几个途径来进一步分析经过碱基识别的数据：

1. EPI2ME 工作流程

Oxford Nanopore Technologies通过EPI2ME Labs平台提供了一系列针对高阶数据分析的生物信息学教程和工作流程。上述资源汇总于纳米孔社区的 EPI2ME Labs 板块。该平台通过描述性文字、生物信息学代码和示例数据，具象化地展示出我们的研究和应用团队发布在 GitHub 上的工作流程。

2. 科研分析工具

Oxford Nanopore Technologies的研发部门开发了许多分析工具，您可在Oxford Nanopore的 GitHub 资料库中找到。这些工具面向有一定经验的用户，并包含如何安装和运行软件的说明。工具以源代码形式提供，因此我们仅提供有限的技术支持。

3. 纳米孔社区用户开发的分析工具

如果以上工具仍无法为您提供解决研究问题的分析方法，请参考资源中心的生物信息学板块。该板块汇总了许多由纳米孔社区成员开发、且在Github上开源的、针对纳米孔数据的生信分析工具。请注意，Oxford Nanopore Technologies不为这些工具提供支持，也不能保证它们与测序所用的最新的化学试剂/软件配置兼容。

10. DNA/RNA提取和文库制备过程中可能出现的问题

以下表格列出了常见问题，以及可能的原因和解决方法。

我们还在 Nanopore 社区的“Support”板块 提供了常见问题解答（FAQ）。

如果以下方案仍无法解决您的问题，请通过电邮(support@nanoporetech.com)）或微信公众号在线支持（NanoporeSupport）联系我们。

低质量样本

现象 可能原因 措施及备注
低纯度DNA（Nanodrop测定的DNA吸光度比值260/280<1.8，260/230 <2.0-2.2） 用户所使用的DNA提取方法未能达到所需纯度 您可在 污染物专题技术文档 中查看污染物对后续文库制备和测序实验的影响。请尝试其它不会导致污染物残留的 提取方法。

请考虑将样品再次用磁珠纯化。
RNA完整度低（RNA完整值（RIN）<9.5，或rRNA在电泳凝胶上的条带呈弥散状） RNA在提取过程中降解 请尝试其它 RNA 提取方法。您可在 RNA完整值专题技术文档 中查看更多有关RNA完整值（RIN）的介绍。更多信息，请参阅 DNA/RNA 操作 页面。
RNA的片段长度短于预期 RNA在提取过程中降解 请尝试其它 RNA 提取方法。 您可在 RNA完整值专题技术文档中查看更多有关RNA完整值（RIN）的介绍。更多信息，请参阅DNA/RNA 操作 页面。

我们建议用户在无RNA酶污染的环境中操作，并确保实验设备没有受RNA酶污染.

经AMPure磁珠纯化后的DNA回收率低

现象 可能原因 措施及备注
低回收率 AMPure磁珠量与样品量的比例低于预期，导致DNA因未被捕获而丢失 1. AMPure磁珠的沉降速度很快。因此临加入磁珠至样品前，请确保将磁珠重悬充分混匀。

2. 当AMPure磁珠量与样品量的比值低于0.4:1时，所有的DNA片段都会在纯化过程中丢失。
低回收率 DNA片段短于预期 AMPure磁珠量与样品量的比值越低，针对短片段的筛选就越严格。每次实验时，请先使用琼脂糖凝胶（或其他凝胶电泳方法）确定起始DNA的长度，并据此计算出合适的AMPure磁珠用量。 SPRI cleanup
末端修复后的DNA回收率低 清洗步骤所用乙醇的浓度低于70% 当乙醇浓度低于70%时，DNA会从磁珠上洗脱下来。请确保使用正确浓度的乙醇。

11. Issues during the sequencing run

以下表格列出了常见问题，以及可能的原因和解决方法。

我们还在 Nanopore 社区的“Support”板块 提供了常见问题解答（FAQ）。

如果以下方案仍无法解决您的问题，请通过电邮(support@nanoporetech.com)）或微信公众号在线支持（NanoporeSupport）联系我们。

Mux扫描在测序起始时报告的活性孔数少于芯片质检时报告的活性孔数

现象 可能原因 措施及备注
MinKNOW Mux 扫描在测序起始时报告的活性孔数少于芯片质检时报告的活性孔数 纳米孔阵列中引入了气泡 在对通过质控的芯片进行预处理之前，请务必排出预处理孔附近的气泡。否则，气泡会进入纳米孔阵列对其造成不可逆转地损害。 视频中演示了避免引入气泡的最佳操作方法。
MinKNOW Mux 扫描在测序起始时报告的活性孔数少于芯片质检时报告的活性孔数 测序芯片没有正确插入测序仪 停止测序，将芯片从测序仪中取出，再重新插入测序仪内。请确保测序芯片被牢固地嵌入测序仪中，且达到目标温度。如用户使用的是GridION/PromethION测序仪，也可尝试将芯片插入仪器的其它位置进行测序。
inKNOW Mux 扫描在测序起始时报告的活性孔数少于芯片质检时报告的活性孔数 文库中残留的污染物对纳米孔造成损害或堵塞 在测序芯片质检阶段，我们用芯片储存缓冲液中的质控DNA分子来评估活性纳米孔的数量。而在测序开始时，我们使用DNA文库本身来评估活性纳米孔的数量。因此，活性纳米孔的数量在这两次评估中会有约10%的浮动。

如测序开始时报告的孔数明显降低，则可能是由于文库中的污染物对膜结构造成了损坏或将纳米孔堵塞。用户可能需要使用其它的DNA/RNA提取或纯化方法，以提高起始核酸的纯度。您可在 污染物专题技术文档中查看污染物对测序实验的影响。请尝试其它不会导致污染物残留的 提取方法 。

MinKNOW脚本失败

现象 可能原因 措施及备注
MinKNOW显示 "Script failed”（脚本失败）
重启计算机及MinKNOW。如问题仍未得到解决，请收集 MinKNOW 日志文件 并联系我们的技术支持。 如您没有其他可用的测序设备，我们建议您先将装有文库的测序芯片置于4°C 储存，并联系我们的技术支持团队获取进一步储存上的建议。

Pore occupancy below 40%

Observation Possible cause Comments and actions
Pore occupancy <40% Not enough library was loaded on the flow cell Ensure you load the recommended amount of good quality library in the relevant library prep protocol onto your flow cell. Please quantify the library before loading and calculate mols using tools like the Promega Biomath Calculator, choosing "dsDNA: µg to pmol"
Pore occupancy close to 0 The Ligation Sequencing Kit was used, and sequencing adapters did not ligate to the DNA Make sure to use the NEBNext Quick Ligation Module (E6056) and Oxford Nanopore Technologies Ligation Buffer (LNB, provided in the sequencing kit) at the sequencing adapter ligation step, and use the correct amount of each reagent. A Lambda control library can be prepared to test the integrity of the third-party reagents.
Pore occupancy close to 0 The Ligation Sequencing Kit was used, and ethanol was used instead of LFB or SFB at the wash step after sequencing adapter ligation Ethanol can denature the motor protein on the sequencing adapters. Make sure the LFB or SFB buffer was used after ligation of sequencing adapters.
Pore occupancy close to 0 No tether on the flow cell Tethers are adding during flow cell priming (FLT/FCT tube). Make sure FLT/FCT was added to FB/FCF before priming.

读长短于预期

现象 可能原因 措施及备注
读长短于预期 DNA样本降解 读长反映了起始DNA片段的长度。起始DNA在提取和文库制备过程中均有可能被打断。

1. 1. 请查阅纳米孔社区中的 提取方法 以获得最佳DNA提取方案。

2. 在进行文库制备之前，请先跑电泳，查看起始DNA片段的长度分布。DNA gel2 在上图中，样本1为高分子量DNA，而样本2为降解样本。

3. 在制备文库的过程中，请避免使用吹打或/和涡旋振荡的方式来混合试剂。轻弹或上下颠倒离心管即可。

大量纳米孔处于不可用状态

现象 可能原因 Comments and actions
大量纳米孔处于不可用状态 (在通道面板和纳米孔活动状态图上以蓝色表示)

image2022-3-25 10-43-25 上方的纳米孔活动状态图显示：状态为不可用的纳米孔的比例随着测序进程而不断增加。		 样本中含有污染物 使用MinKNOW中的“Unblocking”（疏通）功能，可对一些污染物进行清除。 如疏通成功，纳米孔的状态会变为"测序孔". 若疏通后，状态为不可用的纳米孔的比例仍然很高甚至增加：

1. 用户可使用 测序芯片冲洗试剂盒（EXP-WSH004）进行核酸酶冲洗 can be performed, 操作，或
2. 使用PCR扩增目标片段，以稀释可能导致问题的污染物。

大量纳米孔处于失活状态

现象 可能原因 措施及备注
大量纳米孔处于失活状态（在通道面板和纳米孔活动状态图上以浅蓝色表示。膜结构或纳米孔遭受不可逆转地损伤） 测序芯片中引入了气泡 在芯片预处理和文库上样过程中引入的气泡会对纳米孔带来不可逆转地损害。请观看 测序芯片的预处理及上样 视频了解最佳操作方法。
大量纳米孔处于失活/不可用状态 文库中存在与DNA共纯化的化合物 与植物基因组DNA相关的多糖通常能与DNA一同纯化出来。

1. 请参考 植物叶片DNA提取方法。
2. 使用QIAGEN PowerClean Pro试剂盒进行纯化。
3. 利用QIAGEN REPLI-g试剂盒对原始gDNA样本进行全基因组扩增。
大量纳米孔处于失活/不可用状态 样本中含有污染物 您可在 污染物专题技术文档 中查看污染物对测序实验的影响。请尝试其它不会导致污染物残留的提取方法。

运行过程中过孔速度和数据质量（Q值）降低

现象 可能原因 措施及备注
运行过程中过孔速度和数据质量（Q值）降低 对试剂盒9系列试剂（如SQK-LSK109），当测序芯片的上样量过多时（请参阅相应实验指南获取推荐文库用量），能量消耗通常会加快。 请按照MinKNOW 实验指南中的说明为测序芯片补充能量。请在后续实验中减少测序芯片的上样量。

温度波动

现象 可能原因 措施及备注
温度波动 测序芯片和仪器接触不良 检查芯片背面的金属板是否有热垫覆盖。重新插入测序芯片，用力向下按压，以确保芯片的连接器引脚与测序仪牢固接触。如问题仍未得到解决，请联系我们的技术支持。

未能达到目标温度

现象 可能原因 措施及备注
MinKNOW显示“未能达到目标温度” 测序仪所处环境低于标准室温，或通风不良（以致芯片过热） MinKNOW会限定测序芯片达到目标温度的时间。当超过限定时间后，系统会显示出错信息，但测序实验仍会继续。值得注意的是，在错误温度下测序可能会导致通量和数据质量（Q值）降低。请调整测序仪的摆放位置，确保其置于室温下、通风良好的环境中后，再在MinKNOW中继续实验。有关MinION MK1B温度控制的更多信息，请参考此 FAQ （常见问题）文档。

Guppy – no input .fast5 was found or basecalled

Observation Possible cause Comments and actions
No input .fast5 was found or basecalled input_path did not point to the .fast5 file location The --input_path has to be followed by the full file path to the .fast5 files to be basecalled, and the location has to be accessible either locally or remotely through SSH.
No input .fast5 was found or basecalled The .fast5 files were in a subfolder at the input_path location To allow Guppy to look into subfolders, add the --recursive flag to the command

Guppy – no Pass or Fail folders were generated after basecalling

Observation Possible cause Comments and actions
No Pass or Fail folders were generated after basecalling The --qscore_filtering flag was not included in the command The --qscore_filtering flag enables filtering of reads into Pass and Fail folders inside the output folder, based on their strand q-score. When performing live basecalling in MinKNOW, a q-score of 7 (corresponding to a basecall accuracy of ~80%) is used to separate reads into Pass and Fail folders.

Guppy – unusually slow processing on a GPU computer

Observation Possible cause Comments and actions
Unusually slow processing on a GPU computer The --device flag wasn't included in the command The --device flag specifies a GPU device to use for accelerate basecalling. If not included in the command, GPU will not be used. GPUs are counted from zero. An example is --device cuda:0 cuda:1, when 2 GPUs are specified to use by the Guppy command.

Last updated: 8/21/2024

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