Aumento potencial del rendimiento diagnóstico en genómica humana, gracias a la secuenciación por nanoporos
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Durante el seminario web, Rocío Esteban, de Oxford Nanopore, ofrecerá una visión general del potencial de la secuenciación por nanoporos y sus aplicaciones en genómica humana. Compartirá las últimas novedades sobre las opciones de análisis disponibles además de describir cómo usar el flujo de trabajo integral de genómica humana, desde la muestra hasta los datos, para obtener resultados coherentes, ampliables a escala y transformadores.
Acto seguido, tomarán la palabra las ponentes invitadas.
Belén de la Morena describirá cómo el uso de la secuenciación por nanoporos es capaz de superar las limitaciones de la secuenciación de lecturas cortas y las posibilidades que tiene de aumentar la tasa de diagnóstico de enfermedades raras o sin diagnosticar. Demostrará cómo su grupo utilizó la secuenciación por nanoporos para obtener la caracterización completa de variantes estructurales, el análisis de regiones repetitivas, la detección de metilación y otras variaciones que otras tecnologías a menudo pasan por alto. Marta Cortón presentará cómo su equipo ha utilizado la secuenciación por nanoporos para el estudio genético de patologías oculares mediante diferentes enfoques como la captura del locus completo, la secuenciación del genoma completo, el análisis de isoformas de corte y empalme, la caracterización de variantes estructurales y haplotipos. La secuenciación por nanoporos permitió que se identificaran las variantes estructurales no detectadas previamente por la secuenciación de lecturas cortas y la caracterización de los puntos de ruptura.
Este seminario web se presentará en español, pero se mostrarán diapositivas en inglés.
Conoce a los ponentes
La secuenciación basada en cadenas cortas ha supuesto un avance en el diagnóstico de enfermedades de base genética, pero tiene limitaciones que justifican un porcentaje de casos (en ciertos desórdenes >50%) que quedan sin diagnosticar o cuyo diagnóstico no es completo. La secuenciación de 4ª generación, la secuenciación por nanoporos ha demostrado que puede solventar algunas de las limitaciones de la NGS tanto a nivel genómico como transcriptómico, con la caracterización completa de variantes estructurales, el análisis de regiones repetitivas, la determinación de haplotipos largos (phasing), la identificación de alteraciones moleculares difícilmente o no detectadas por otros sistemas (inversiones, inserciones de retrotransposones, etc), o la identificación de RNA alternativos y modificaciones epigenéticas y epitranscriptómicas.
En el seminario se mostrarán resultados de distintas aplicaciones de esta tecnología de secuenciación por nanoporos en nuestro grupo de investigación que ha permitido abordar estudios como: la caracterización de variantes estructurales de distinto tipo y tamaño, detección de nuevos mecanismos genéticos (inserciones de retrotransposones) en casos no resueltos por otras tecnicas geneticas, estudio de epigenética y epitranscriptomica y evaluación de diversidad transcripcional.
La secuenciación basada en cadenas cortas ha supuesto un avance en el diagnóstico de enfermedades de base genética, pero tiene limitaciones que justifican un porcentaje de casos (en ciertos desórdenes >50%) que quedan sin diagnosticar o cuyo diagnóstico no es completo. La secuenciación de 4ª generación, la secuenciación por nanoporos ha demostrado que puede solventar algunas de las limitaciones de la NGS tanto a nivel genómico como transcriptómico, con la caracterización completa de variantes estructurales, el análisis de regiones repetitivas, la determinación de haplotipos largos (phasing), la identificación de alteraciones moleculares difícilmente o no detectadas por otros sistemas (inversiones, inserciones de retrotransposones, etc), o la identificación de RNA alternativos y modificaciones epigenéticas y epitranscriptómicas.
En el seminario se mostrarán resultados de distintas aplicaciones de esta tecnología de secuenciación por nanoporos en nuestro grupo de investigación que ha permitido abordar estudios como: la caracterización de variantes estructurales de distinto tipo y tamaño, detección de nuevos mecanismos genéticos (inserciones de retrotransposones) en casos no resueltos por otras tecnicas geneticas, estudio de epigenética y epitranscriptomica y evaluación de diversidad transcripcional.
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Belén de la Morena, Servicio de Hematología y Oncología Médica, Hospital Universitario Morales Meseguer, Centro Regional de Hemodonación, Universidad de Murcia, IMIB-Pascual Parrilla, CIBERER, Murcia, - - -Las nuevas técnicas de secuenciación de lecturas largas (LRS, long-read sequencing) presentan un gran potencial para mejorar el diagnóstico genético de las enfermedades raras (EERR). En este trabajo, presentaremos nuestra experiencia con la secuenciación por nanoporos y su aplicación en el estudio genético de patologías oculares utilizando distintas aproximaciones metodológicas, como captura de locus completos, secuenciación del genoma completo (WGS), análisis de isoformas de splicing, caracterización de variantes estructurales y haplotipado.
Primero, el análisis del genoma completo con LRS en una cohorte de 33 pacientes sin diagnóstico con distrofias hereditarias de retina (DHR) y malformaciones oculares nos ha permitido identificar variantes estructurales (SVs) crípticas no detectadas previamente por secuenciación con lecturas cortas y la caracterización de puntos de ruptura de distintas SVs.
Además, la secuenciación por nanoporos combinado con captura mediante CRISPR/Cas9 ha permitido realizar un análisis dirigido de locus completos lo que permite una rápida evaluación y a tiempo real de variantes no codificantes en pacientes monoalélicos para genes recesivos de DHR.
Por último, hemos desarrollado una nueva herramienta bioinformática (VIso-QLR) que facilita el análisis de patrones complejos de splicing mediante LRS. Su aplicación al análisis de variantes de splicing, bien de forma directa o en estudios in vitro de minigenes multiexónicos, ha permitido determinar de forma menos laboriosa las consecuencias >30 variantes en el gen PAX6 asociado a aniridia congénita y otros genes.
Nuestro trabajo refleja la gran flexibilidad del uso de LRS para el diagnóstico de EERR con ventajas para la detección y caracterización de SVs complejas en regiones repetitivas y otras variantes en regiones no codificantes.
Las nuevas técnicas de secuenciación de lecturas largas (LRS, long-read sequencing) presentan un gran potencial para mejorar el diagnóstico genético de las enfermedades raras (EERR). En este trabajo, presentaremos nuestra experiencia con la secuenciación por nanoporos y su aplicación en el estudio genético de patologías oculares utilizando distintas aproximaciones metodológicas, como captura de locus completos, secuenciación del genoma completo (WGS), análisis de isoformas de splicing, caracterización de variantes estructurales y haplotipado.
Primero, el análisis del genoma completo con LRS en una cohorte de 33 pacientes sin diagnóstico con distrofias hereditarias de retina (DHR) y malformaciones oculares nos ha permitido identificar variantes estructurales (SVs) crípticas no detectadas previamente por secuenciación con lecturas cortas y la caracterización de puntos de ruptura de distintas SVs.
Además, la secuenciación por nanoporos combinado con captura mediante CRISPR/Cas9 ha permitido realizar un análisis dirigido de locus completos lo que permite una rápida evaluación y a tiempo real de variantes no codificantes en pacientes monoalélicos para genes recesivos de DHR.
Por último, hemos desarrollado una nueva herramienta bioinformática (VIso-QLR) que facilita el análisis de patrones complejos de splicing mediante LRS. Su aplicación al análisis de variantes de splicing, bien de forma directa o en estudios in vitro de minigenes multiexónicos, ha permitido determinar de forma menos laboriosa las consecuencias >30 variantes en el gen PAX6 asociado a aniridia congénita y otros genes.
Nuestro trabajo refleja la gran flexibilidad del uso de LRS para el diagnóstico de EERR con ventajas para la detección y caracterización de SVs complejas en regiones repetitivas y otras variantes en regiones no codificantes.
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Marta Corton, Investigadora principal, Departamento de Genética & Genómica, IIS- Fundación Jiménez DíazLa tecnología Oxford Nanopore ofrece un sinfín de posibilidades en cuanto a sus aplicaciones en campos como la oncología o la investigación clínica como también opciones de análisis que están al alcance de todos. Durante este seminario se destacarán algunas de las aplicaciones más impresionantes de esta tecnología destacando las ventajas que ofrece disponer de lecturas largas, altamente precisas y que ofrecen capas extra de información como modificaciones genéticas así como también la aplicación de métodos propios de Oxford Nanopore basados en “adaptive sampling (AS)” el cual permite samplear el genoma en regiones específicas. También se explorarán las opciones de análisis recomendadas para aplicaciones específicas dando una visión general de las herramientas disponibles.
La tecnología Oxford Nanopore ofrece un sinfín de posibilidades en cuanto a sus aplicaciones en campos como la oncología o la investigación clínica como también opciones de análisis que están al alcance de todos. Durante este seminario se destacarán algunas de las aplicaciones más impresionantes de esta tecnología destacando las ventajas que ofrece disponer de lecturas largas, altamente precisas y que ofrecen capas extra de información como modificaciones genéticas así como también la aplicación de métodos propios de Oxford Nanopore basados en “adaptive sampling (AS)” el cual permite samplear el genoma en regiones específicas. También se explorarán las opciones de análisis recomendadas para aplicaciones específicas dando una visión general de las herramientas disponibles.
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Rocio Esteban Campos, Bioinformática en soporte de proyectos, aplicaciones genómicas, Oxford Nanopore Technologies)
Esmeralda Garcia M.S., Especialista De Ventas Internas, Oxford Nanopore TechnologiesEspecialista de ventas internas con un enfoque en latino América entendiendo las necesidades del cliente y identificando una solución con Nanopore. Experiencia en buscar y convertir clientes potenciales a clientes satisfechos
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Michael Vieyra, Inside Sales Manager, Europe South, Oxford Nanopore Technologies
