PromethION 是一款台式测序设备，支持同时或独立运行多达24张（适用于PromethION 24和PromethION 24 Combined）或48张（适用于PromethION 48）测序芯片，并通过内置高性能软件实时进行碱基识别和数据分析。

*电子设备的工作环境温度为+5℃至+40℃。

请点击此处，查阅我们的PromethION 24/48常见问题。

PromethION 24/48 A系列

该设备可发往全球大多数国家，分为两个包装：数据采集单元和测序单元。设备在常温（15–25°C）下储存和运输。

PromethION 24 Combined

该设备仅发货至指定国家。PromethION 24 Combined设备包含数据采集单元和测序单元，二者合装在一个箱子中。设备需在常温（15–25°C）下储存和运输。 PromethION 24 Combined 必须由Oxford Nanopore Technologies的现场服务工程师进行拆箱和安装。

1. PromethION 24 测序单元
2. PromethION 24 数据采集单元
3. 3x 国标C13电源线
4. 24x 配置测试芯片（CTC）
5. 2x PCIe线缆
6. 2x USB A 转 迷你USB 线缆
7. 1x USB A 转 USB B 线缆
8. 1x MiniDP/DisplayPort 传输线
9. 1x USB-A 闪存盘（内有ISO重置镜像）
10. 1x USB-C/USB-A 转接头

1. PromethION 48 测序单元
2. PromethION 48 数据采集单元
3. 3x 国标C13电源线
4. 48x 配置测试芯片（CTC）
5. 3x PCIe线缆
6. 3x USB A 转 迷你USB 线缆
7. 1x USB A 转 USB B 线缆
8. 1x MiniDP/DisplayPort 传输线
9. 1x USB-A 闪存盘（内有ISO重置镜像）
10. 1x USB-C/USB-A 转接头

在安装测序仪之前，请配置好：

• 支持2x10Gbps光纤连接的 SFP+模块和电缆或支持2x10Gbps铜缆连接的电缆（宽带网电缆标准不低于Cat6a）
• 一条用于硬件检测的铜缆
• 提供如下配置的光纤或铜缆端口：
• 可通过DHCP服务器获取IP地址
• 可对互联网上的 80及443端口 进行出站访问
• 1x 兼容VGA的显示器（用于原版PromethION 24/48数据采集单元）
• 1x 兼容VGA或DisplayPort的显示器（用于新版 PromethION A 系列数据采集单元）
• 1x VGA 线缆
• 1x 通过USB连接的键盘
• 1x 通过USB连接的鼠标
• 3x 电源/墙壁插座，供PromethION数据采集单元和测序单元使用
• 1x 电源/墙壁插座，供显示器使用
• 非必需：连接C14电线的不间断电源

• 请将仪器至于一张稳固、清洁的实验台上。如果您使用PromethION 24 Combined设备，请确保测序单元和数据采集单元并排安装。该设备所需的工作台面积为167cm x 75cm。
• 请确保电源、宽带网接口 及/或 光纤接口彼此靠近。
• 请确保电源插头处在方便插拔的位置，以便在紧急情况下将测序仪断开。
• 测序应在+18℃至+22℃的室温下进行，且在测序开始前设备上盖处于闭合状态。
• 请确保仪器四周均留有30厘米的空间，以保证空气流通。
• 请勿覆盖任何通风口。
• 警告 - 操作过程中仪器后部会发热。

PromethION 使用铜线或光纤接口与您本地网络基础设施连接。下图标注了位于PromethION背面的端口的类型：

连接将用于：

• 向 Oxford Nanopore Technologies 发送遥测* 信息。
• 接收设备的软件和固件更新
• 将生物测序数据传输至您本地的存储基础设施

*用户须自备网线进行配置。

* 遥测包含有关测序运行条件和设置的元数据，只记录一般信息（如序列长度和Q值），不包括具体基因组信息。

您可使用铜缆或光纤连接进行数据传输。请您根据本地网络环境选用网络连接方式。

请注意： 请 仅 连接铜缆 或 光缆。二者同时使用将造成网络问题。

下图汇总了可用的连接选项。请参阅以下说明以确保正确设置 PromethION 网络连接。

您可使用命令ifconfig验证静态或动态（DHCP）IP地址的配置是否正确。

返回信息将包含宽带网络的IP地址，示例如下：

prom@PRO00001:~$ ifconfig
docker0: flags=4099<UP,BROADCAST,MULTICAST>  mtu 1500
        inet 172.17.0.1  netmask 255.255.0.0  broadcast 172.17.255.255
        ether 02:42:35:39:60:40  txqueuelen 0  (Ethernet)
        RX packets 0  bytes 0 (0.0 B)
        RX errors 0  dropped 0  overruns 0  frame 0
        TX packets 0  bytes 0 (0.0 B)
        TX errors 0  dropped 0 overruns 0  carrier 0  collisions 0

eno1: flags=4163<UP,BROADCAST,RUNNING,MULTICAST>  mtu 1500
        inet 10.150.60.13  netmask 255.255.255.0  broadcast 10.150.60.255
        inet6 fe80::78cf:8a5c:26ec:4611  prefixlen 64  scopeid 0x20<link>
        ether 3c:7c:3f:be:02:81  txqueuelen 1000  (Ethernet)

• 如您需要更新设备的主机名，请运行以下命令并将“”部分替换为您所需的主机名（请省略尖括号“<>”）：

sudo -S hostnamectl set-hostname <new_hostname>

• 使用以下命令关闭设备，然后按下设备上的电源按钮重新启动设备：

sudo shutdown -h now

首先键入以下命令，找到正确的时区名称：

sudo timedatectl list-timezones

使用以下命令更改时区：

sudo su -
Timezone="Europe/London"
timedatectl set-timezone $Timezone
systemctl restart systemd-timesyncd

请注意： 如使用外部时间服务器，则需访问NTP/123端口。

键入如下命令：

NTPserver="ntp.ubuntu.com" timedatectl set-ntp false cat << EOF > /etc/systemd/timesyncd.conf # See timesyncd.conf(5) for details.[Time] NTP=$NTPserver EOF systemctl stop ntp ntpdate $NTPserver systemctl disable ntp timedatectl set-ntp true hwclock --systohc timedatectl set-local-rtc 0

请忽略运行上述命令时可能出现的报错。

如需确认命令是否成功运行，请键入：

timedatectl status

请注意： 与 NTP 服务器同步可能需要几分钟。

测序芯片下方将有进度栏显示检测进度。

下图以Flongle配置测试芯片（CTC）为例（红框内为进度栏）。

在DNA/RNA文库上样前，请务必对测序芯片的活性纳米孔数进行质检。质检需在您收到测序芯片12周之内进行。Oxford Nanopore Technologies会对活性孔数量少于以下标准的芯片进行替换** ：

** 请注意：自收到之日起，芯片须一直贮存于Oxford Nanopore Technologies推荐的条件下。且质检结果须在质检后的两天内递交给我们。

测序芯片下方将有进度栏显示检测进度。

下图以Flongle配置测试芯片（CTC）为例（红框内为进度栏）。

测序概览（Sequencing Overview）页面会显示测序芯片的质量。质量分为三个等级：

1. 黄色!（图中Flongle测序芯片）: 活性测序孔数量低于质保范围。将芯片从测序设备中取出后重新插入，并运行测序芯片质检。如果测序芯片活性孔数仍然低于质保范围，请您发邮件至support@nanoporetech.com。

2. 绿色√（图中MinION 测序芯片）： 活性测序孔数量在质保范围之上。

3. ?（图中PromethION 测序芯片）： 测序芯片在本次MinKNOW使用期间还未经过质检。

请注意： 芯片质量指示框仅在当次MinKNOW使用期间可见。一旦该次使用结束，测序芯片的状态将被清除。

测序前，您需备好经过纯化的DNA或RNA样本并完成建库。有关样本制备的更多信息， 请参阅纳米孔社区 “Documentation” 栏目的 Prepare 部分。

您可通过此链接访问MinKNOW实验指南。

用户须按顺序逐步关闭PromethION数据采集单元，否则可能会遇到问题（如无法识别测序芯片）。

请您按照本节中的说明进行操作，以避免因错误的关机方法导致PromethION出现问题。

硬件检测成功后，请更新软件至最新版本。在终端输入以下命令即可：

sudo apt clean
sudo apt update
sudo apt install ont-promethion-release

默认的sudo密码为 prom; 为确保测序设备的安全，请修改密码。 上述命令成功执行后，请使用以下命令关闭设备：

sudo poweroff

然后重新启动设备。

当有GridION相关的新软件或更新时，Oxford Nanopore Technologies 会在社区发布公告。

我们强烈建议用户在新版本发布后尽快更新。

请遵循本地IT部门的建议，及时对设备的Linux系统进行安全更新。

请注意： 请务必配置防火墙，允许使用443端口进行出站访问，以便顺利更新。

您可参考下文说明，制作用于测序设备操作系统重建的USB启动盘。

如果您尚未收到带有ISO镜像的USB硬盘，请继续阅读以下步骤。 如果您已经收到USB硬盘，请直接跳至下一步骤：“如何从USB启动”。

https://nanoporetech.box.com/s/i7c2itn6sro0mhumi3lxefpp0yddh3y6

适用于刻录ISO镜像的软件：

• Windows： Rufus

请注意： 另一款ISO刻录工具balenaEtcher不适用于我们的ISO镜像 。您需使用运行 Windows系统的计算机，并可能需要管理员权限来安装Rufus软件。

请使用下述配置刻录 ISO 镜像（须 使用EFI/GPT引导）：

• 分区方案：GPT
• 目标系统：UEFI

USB硬盘须具备如下规格：

• 容量须在32BG及以上
• 推荐使用USB 3.0接口
• 须使用 UEFI 引导选项

请注意： 我们建议使用两个来自不同制造商的USB硬盘进行闪存备份。普通的USB硬盘在重建操作系统时可能会无缘故地出现故障。

请注意： 系统多次重启属正常现象。安装过程中，请勿关闭数据采集单元。进度条在某些阶段暂时停滞亦属正常现象。

如需查看常见问题解答，请参阅MinKNOW支持板块 。

通常，需要排除故障时，我们建议您导出日志并发送给技术服务团队。

您亦可直接通过MinKNOW界面访问Nanopore支持中心。

点击MinKNOW界面右上角的“Help”（帮助）选项后，页面将弹出一个带有链接和二维码的窗口：

如果您使用的是较大型测序设备（如GridION、PromethION 24/48）或MinION Mk1b、P2 Solo，点击窗口中的链接即可直接跳转到Nanopore支持页面。

如果您使用的是P2 Integrated或MinION Mk1C，可以用其他设备扫描二维码，或者输入短链接，快速访问支持中心。

对GridION、PromethION 24/48、PromethION 2i、及与GridION连接的PromethION 2 Solo:

• 在“Export Logs”（导出日志）栏目下选择 Export（导出）。

日志成功导出后，“Export”按钮下方将显示导出路径。日志将以.tgz压缩文件格式下载至“logs”（日志）目录中。

您可于“Host Settings ”（测序设备设置）下的“File Manager”（文件管理器）中按需设定日志导出路径：

• 在“Export Logs”（导出日志）栏目下，点击 **Logs exported to:**（日志导出至：）对话框右侧的文件，在MinKNOW的文件管理器中打开日志所在路径。
• 使用文件管理器右下角的控制面板移动日志文件。

如 PromethION 2 Solo 与独立计算机连接

您可于下述路径获取各测序实验的日志：

• Windows C:\data\logs

• Mac OS X /private/var/log/MinKNOW

• Linux /var/log/minknow

在“帮助”（Help）页面的“清除文件”（Clean up files）部分选择清除（Clean up），并在弹出的对话框内确认。

请注意： 将清除日志及临时数据，实验数据不会被删除。

在“帮助”（Help）页面的“Troubleshooting”（故障排查）部分点击 Run repair（修复问题），并在弹出的对话框内确认。MinKNOW将尝试修复以下问题：

• 确保“/data”下所需路径存在，且具有正确的所有权和权限。
• 确保“/data”下所需文件的所有权和权限正确。
• 确保GPU正以最高性能运行
• 确保已禁用蓝牙