PromethION 是一款台式测序设备，支持同时或独立运行多达24张（适用于PromethION 24和PromethION 24 Combined）或48张（适用于PromethION 48）测序芯片，并通过内置高性能软件实时进行碱基识别和数据分析。

*电子设备的工作环境温度为+5℃至+40℃。

PromethION 24/48 A-Series – 设备及 IT 配置规格

安全性与合规性信息

请点击此处，查看测序设备相关的常见问题解答。

PromethION 24/48 A系列

该设备可发往全球大多数国家，分为两个包装：数据采集单元和测序单元。设备在常温（15–25°C）下储存和运输。

PromethION 24 Combined

该设备仅发货至指定国家。PromethION 24 Combined设备包含数据采集单元和测序单元，二者合装在一个箱子中。设备需在常温（15–25°C）下储存和运输。 PromethION 24 Combined 必须由Oxford Nanopore Technologies的现场服务工程师进行拆箱和安装。

1. PromethION 24 测序单元
2. PromethION 24 数据采集单元
3. 3x 国标C13电源线
4. 24x 配置测试芯片（CTC）
5. 2x PCIe线缆
6. 2x USB A 转 迷你USB 线缆
7. 1x USB A 转 USB B 线缆
8. 1x MiniDP/DisplayPort 传输线
9. 1x USB-A 闪存盘（内有ISO重置镜像）
10. 1x USB-C/USB-A 转接头

1. PromethION 48 测序单元
2. PromethION 48 数据采集单元
3. 3x 国标C13电源线
4. 48x 配置测试芯片（CTC）
5. 3x PCIe线缆
6. 3x USB A 转 迷你USB 线缆
7. 1x USB A 转 USB B 线缆
8. 1x MiniDP/DisplayPort 传输线
9. 1x USB-A 闪存盘（内有ISO重置镜像）
10. 1x USB-C/USB-A 转接头

LED 指示灯用于显示每个测序芯片位置的状态，具体灯光模式如下：

• 无灯光：未检测到测序芯片
• 常亮蓝光：测序芯片已就绪
• 常亮绿光：脚本运行中
• 常亮白色：脚本运行完成。LED指示灯会在校准结束后显示白色
• 常亮红色：固件错误，或测序单元与数据采集单元之间出现通信故障

在安装测序仪之前，请配置好：

• 支持2x10Gbps光纤连接的 SFP+模块和电缆或支持2x10Gbps铜缆连接的电缆（宽带网电缆标准不低于Cat6a）
• 一条用于硬件检测的铜缆
• 提供如下配置的光纤或铜缆端口：
• 可通过DHCP服务器获取IP地址
• 可对互联网上的 80及443端口 进行出站访问
• 1x 兼容VGA的显示器（用于原版PromethION 24/48数据采集单元）
• 1x 兼容VGA或DisplayPort的显示器（用于新版 PromethION A 系列数据采集单元）
• 1x VGA 线缆
• 1x 通过USB连接的键盘
• 1x 通过USB连接的鼠标
• 3x 电源/墙壁插座，供PromethION数据采集单元和测序单元使用
• 1x 电源/墙壁插座，供显示器使用
• 非必需：连接C14电线的不间断电源

• 请将仪器至于一张稳固、清洁的实验台上。如果您使用PromethION 24 Combined设备，请确保测序单元和数据采集单元并排安装。该设备所需的工作台面积为167cm x 75cm。
• 请确保电源、宽带网接口 及/或 光纤接口彼此靠近。
• 请确保电源插头处在方便插拔的位置，以便在紧急情况下将测序仪断开。
• 测序应在+18℃至+22℃的室温下进行，且在测序开始前设备上盖处于闭合状态。
• 请确保仪器四周均留有30厘米的空间，以保证空气流通。
• 请勿覆盖任何通风口。
• 警告 - 操作过程中仪器后部会发热。

自 Noble 版本起，您可通过 图形界面（GUI） 或 命令行（CLI） 来配置网络设置。例如，您可以先通过命令行完成基础配置，再在 GUI 中进行后续调整，这样通常会更为便捷。

但是对于 Focal 版本，我们仍建议：单一网络配置使用 GUI，绑定（bonded）网络配置使用命令行。

PromethION 使用铜线或光纤接口与您本地网络基础设施连接。下图标注了位于PromethION背面的端口的类型：

连接将用于：

• 向 Oxford Nanopore Technologies 发送遥测* 信息。
• 接收设备的软件和固件更新
• 将生物测序数据传输至您本地的存储基础设施

*用户须自备网线进行配置。

* 遥测包含有关测序运行条件和设置的元数据，只记录一般信息（如序列长度和Q值），不包括具体基因组信息。

Oxford Nanopore 仅为铜缆 或 光纤连接方式提供支持及相关脚本。如您所在机构具备专业网络团队，可按需同时使用铜缆与光纤。

如由您机构的专业网络团队进行配置，则可同时启用铜缆与光纤，并实现多路径路由。但请注意，Oxford Nanopore 无法 为此类配置提供协助或支持。

您可使用铜缆或光纤连接进行数据传输。请您根据本地网络环境选用网络连接方式。

请注意： 如无相关专业人员，请 仅 选择铜缆 或 光纤其中一种方式进行连接。未经专业团队配置而同时使用两种方式将导致网络故障。

下图汇总了可用的连接选项。请参阅以下说明以确保正确设置 PromethION 网络连接。

您可使用命令ifconfig验证静态或动态（DHCP）IP地址的配置是否正确。

返回信息将包含宽带网络的IP地址，示例如下：

prom@PRO00001:~$ ifconfig
docker0: flags=4099<UP,BROADCAST,MULTICAST>  mtu 1500
        inet 172.17.0.1  netmask 255.255.0.0  broadcast 172.17.255.255
        ether 02:42:35:39:60:40  txqueuelen 0  (Ethernet)
        RX packets 0  bytes 0 (0.0 B)
        RX errors 0  dropped 0  overruns 0  frame 0
        TX packets 0  bytes 0 (0.0 B)
        TX errors 0  dropped 0 overruns 0  carrier 0  collisions 0

eno1: flags=4163<UP,BROADCAST,RUNNING,MULTICAST>  mtu 1500
        inet 10.150.60.13  netmask 255.255.255.0  broadcast 10.150.60.255
        inet6 fe80::78cf:8a5c:26ec:4611  prefixlen 64  scopeid 0x20<link>
        ether 3c:7c:3f:be:02:81  txqueuelen 1000  (Ethernet)

注意： inet 10.150.60.13 netmask 255.255.255.0 broadcast 10.150.60.255 – 该地址需与目标网络保持一致。

为确保设备安全，请您在第一时间更改默认密码。

如需修改密码，请打开终端（Terminal）窗口，键入：passwd

按 Enter 键。

终端将显示以下信息，请按照提示更改密码：

prom@PRO00001:~$ passwd 
Changing password for prom （为prom更改密码）. 
(current) UNIX password （当前UNIX密码）: prom 
Enter new UNIX password（请输入新的UNIX密码）: XXXX 
Retype new UNIX password （请再次输入新的UNIX密码）: XXXX 
passwd: password updated successfully （成功更新密码）

请注意： 新的 PromethION/UNIX 密码应符合您所在机构的 IT 安全指南。该密码将用于登录设备，以及执行需要 sudo 权限的操作（例如 Oxford Nanopore Technologies 软件更新），因此请妥善保管。

• 如您需要更新设备的主机名，请运行以下命令并将“”部分替换为您所需的主机名（请省略尖括号“<>”）：

sudo -S hostnamectl set-hostname <new_hostname>

• 使用以下命令关闭设备，然后按下设备上的电源按钮重新启动设备：

sudo shutdown -h now

首先键入以下命令，找到正确的时区名称：

sudo timedatectl list-timezones

使用以下命令更改时区：

sudo su -
Timezone="Europe/London"
timedatectl set-timezone $Timezone
systemctl restart systemd-timesyncd

请注意： 如使用外部时间服务器，则需访问NTP/123端口。

键入如下命令：

sudo su -
printf "[Time]\nNTP=ntp.ubuntu.com\nFallbackNTP=pool.ntp.org\n" | tee /etc/systemd/timesyncd.conf
timedatectl set-ntp false
timedatectl set-ntp true
systemctl restart systemd-timesyncd.service
hwclock --systohc
timedatectl set-local-rtc 0

如需确认命令是否成功运行，请键入：

timedatectl status

请注意： 与 NTP 服务器同步可能需要几分钟。

硬件检测将生成一份 HTML 格式的报告，内容包括：

• 设备各芯片位置的硬件检测结果统计（通过/未通过数量）
• 检测完成的日期与时间
• 硬件检测 ID
• 设备 ID

概要（Summary） 显示每个芯片位置的整体硬件检测结果。

连接检测结果（Connection check detailed results） 显示所选芯片位置是否通过连接检测，并可选择隐藏已通过的位置。

温度检测结果（Temperature check detailed results） 显示所选芯片位置是否通过温度检测，并可选择隐藏已通过的位置。

下图为报告示例：

在DNA/RNA文库上样前，请务必对测序芯片的活性纳米孔数进行质检。质检需在您收到测序芯片12周之内进行。Oxford Nanopore Technologies会对活性孔数量少于以下标准的芯片进行替换** ：

** 请注意：自收到之日起，芯片须一直贮存于Oxford Nanopore Technologies推荐的条件下。且质检结果须在质检后的两天内递交给我们。

测序概览（Sequencing Overview）页面会显示测序芯片的质量。质量分为三个等级：

1. 黄色 !（图中Flongle测序芯片）: 活性测序孔数量低于质保范围。将芯片从测序设备中取出后重新插入，并运行测序芯片质检。如需更多信息，请参阅 测序芯片常见问题解答 。如果测序芯片活性孔数仍然低于质保范围，请您发邮件至 support@nanoporetech.com 或通过 contact support（联系支持团队）功能联系客户与技术支持团队。

2. 绿色 √（图中MinION 测序芯片）： 活性测序孔数量在质保范围之上。

3. 橙色 ?（图中PromethION 测序芯片）： 测序芯片在本次 MinKNOW 使用期间还未经过质检。

请注意： 芯片质量指示框仅在当次 MinKNOW 使用期间可见。一旦该次使用结束，测序芯片的状态将被清除。

测序前，您需备好经过纯化的DNA或RNA样本并完成建库。有关样本制备的更多信息， 请参阅纳米孔社区 “Documentation” 栏目的 Prepare 部分。

您可通过此链接访问MinKNOW实验指南。

用户须按顺序逐步关闭PromethION数据采集单元，否则可能会遇到问题（如无法识别测序芯片）。

请您按照本节中的说明进行操作，以避免因错误的关机方法导致PromethION出现问题。

硬件检测成功后，请更新软件至最新版本。在终端输入以下命令即可：

sudo apt clean
sudo apt update
sudo apt install ont-promethion-release

默认的sudo密码为 prom; 为确保测序设备的安全，请修改密码。 上述命令成功执行后，请使用以下命令关闭设备：

sudo poweroff

然后重新启动设备。

当有GridION相关的新软件或更新时，Oxford Nanopore Technologies 会在社区发布公告。

我们强烈建议用户在新版本发布后尽快更新。

请遵循本地IT部门的建议，及时对设备的Linux系统进行安全更新。

请注意： 请务必配置防火墙，允许使用443端口进行出站访问，以便顺利更新。

您可参考下文说明，制作用于测序设备操作系统重建的 USB 启动盘。

如果您尚未收到带有 ISO 镜像的 USB 硬盘，请继续阅读以下步骤。 如果您已经收到 USB 硬盘，请直接跳至下一步骤：“如何从 USB 启动”。

适用于刻录ISO镜像的软件：

• Windows： Rufus

请注意： 另一款 ISO 刻录工具 balenaEtcher 不适用于我们的 ISO 镜像 。您需使用运行 Windows 系统的计算机，并可能需要管理员权限来安装 Rufus 软件。

请使用下述配置刻录 ISO 镜像（须 使用EFI/GPT引导）：

• 分区方案：GPT
• 目标系统：UEFI

USB硬盘须具备如下规格：

• 容量须在 64GB 及以上
• 推荐使用 USB 3.0 接口
• 须使用 UEFI 引导选项

点击 START 后，可能会弹出以下警告提示。请点击 OK 继续。

请注意： 我们建议使用两个来自不同制造商的 USB 硬盘进行闪存备份。普通的 USB 硬盘在重建操作系统时可能会无缘故地出现故障。

示例，首次启动界面：

二次启动界面：

三次启动界面：

如需查看常见问题解答，请参阅MinKNOW支持板块 。

通常，需要排除故障时，我们建议您导出日志并发送给技术服务团队。

您亦可直接通过MinKNOW界面访问Nanopore支持中心。

点击MinKNOW界面右上角的“Help”（帮助）选项后，页面将弹出一个带有链接和二维码的窗口：

如果您使用的是较大型测序设备（如GridION、PromethION 24/48）或MinION Mk1B/Mk1D、P2 Solo，点击窗口中的链接即可直接跳转到Nanopore支持页面。

如果您使用的是P2 Integrated或MinION Mk1C，可以用其他设备扫描二维码，或者输入短链接，快速访问支持中心。

对GridION、PromethION 24/48、PromethION 2i、及与GridION连接的PromethION 2 Solo:

• 在“Export Logs”（导出日志）栏目下选择 Export（导出）。

日志成功导出后，“Export”按钮下方将显示导出路径。日志将以.tgz压缩文件格式下载至“logs”（日志）目录中。

您可于“Host Settings ”（测序设备设置）下的“File Manager”（文件管理器）中按需设定日志导出路径：

• 在“Export Logs”（导出日志）栏目下，点击 Logs exported to:（日志导出至：）对话框右侧的文件，在MinKNOW的文件管理器中打开日志所在路径。
• 使用文件管理器右下角的控制面板移动日志文件。

如 PromethION 2 Solo 与独立计算机连接

您可于下述路径获取各测序实验的日志：

• Windows C:\data\logs

• Mac OS X /private/var/log/MinKNOW

• Linux /var/log/minknow

在“帮助”（Help）页面的“清除文件”（Clean up files）部分选择清除（Clean up），并在弹出的对话框内确认。

请注意： 将清除日志及临时数据，实验数据不会被删除。

在“帮助”（Help）页面的“Troubleshooting”（故障排查）部分点击 Run repair（修复问题），并在弹出的对话框内确认。MinKNOW将尝试修复以下问题：

• 确保“/data”下所需路径存在，且具有正确的所有权和权限。
• 确保“/data”下所需文件的所有权和权限正确。
• 确保GPU正以最高性能运行
• 确保已禁用蓝牙