El PromethION es un dispositivo de sobremesa compacto, diseñado para secuenciar hasta 24 celdas de flujo (P24) o 48 celdas de flujo (P48). Cada celda de flujo funciona de manera independiente, por lo que los experimentos se pueden realizar simultánea o individualmente. La computación integrada en el PromethION permite transmitir y analizar datos en tiempo real.

Parámetros	Características técnicas
Tamaño y peso	Unidad de secuenciación PromethION 24: 190 (alto) x 590 (ancho) x 430 (largo) mm Peso 23 kg Unidad de secuenciación PromethION 48: 190 (alto) x 590 (ancho) x 430 (largo) mm Peso 30 kg Unidad de adquisición de datos: 470 (alto) x 178 (ancho) x 440 (largo) mm Peso 26 kg
Potencia	Unidad de adquisición de datos 2 Cables C13 (incluidos con el dispositivo) Tensión de red: 200-240 V CA (50/60 Hz) Consumo máximo de energía: 2 450 W Unidad de secuenciación 1 Cable C13 (incluido con el dispositivo) Tensión de red: 100-240 V CA (50/60 Hz) Consumo máximo de energía: 1 200 W
Características del sistema	PromethION 24: 30 TB de almacenamiento SSD, 384 GB de RAM PromethION 48: 60 TB de almacenamiento SSD, 384 GB de RAM PromethION 24/48 Serie A: 60 TB de almacenamiento SSD, 512 GB de RAM, 4 GPU Serie Ampere Características comunes: CPU Intel para el sistema operativo de Ubuntu e identificación de bases con el acelerador PromethION
Programas preinstalados	Sistema operativo Ubuntu, Sistema operativo PromethION, MinKNOW
Condiciones ambientales	Diseñado para secuenciar a entre 18 °C y 22 °C*

• El intervalo de funcionamiento de aparatos electrónicos es de 5 °C a 40 °C

La sección de preguntas frecuentes del PromethION 24/48 se encuentra aquí.

PromethION 24/48 Serie A

El dispositivo se envía a la mayoría de países del mundo y se hace en dos cajas separadas: una con la Unidad de adquisición de datos y otra con la Unidad de secuenciación. Los dispositivos se almacenan y envían a temperatura ambiente (15 °C–25 °C).

PromethION 24 Combined

Este dispositivo se envía a algunos países seleccionados. La Unidad de adquisición de datos y la Unidad de secuenciación, que forman el PromethION 24 Combined se envían en una sola caja. El dispositivo se almacena y envía a temperatura ambiente (15 °C–25 °C). Un técnico especializado en Oxford Nanopore Technologies debe desempaquetar e instalar el PromethION 24 Combined.

1. Unidad de secuenciación PromethION 24
2. Unidad de adquisición de datos PromethION
3. 3 cables C13, adecuados para el país de destino
4. 24 Celdas de prueba de configuration (CTC)
5. 2 cables PCle
6. 2 cables USB-A a Mini USB
7. 1 cable USB-A a USB B
8. 1 cable MiniDP (Display port)
9. 1 memoria USB-A (imagen ISO de restablecimiento)
10. 1 adaptador USB-C a USB-A

1. Unidad de secuenciación PromethION 48
2. Unidad de adquisición de datos PromethION 48
3. 3 cables C13, adecuados para el país de destino
4. 48 Celdas de prueba de configuration (CTC)
5. 3 cables PCle
6. 3 cables USB-A a Mini USB
7. 1 cable USB-A a USB B
8. 1 cable MiniDP (Display port)
9. 1 memoria USB-A (imagen ISO de restablecimiento)
10. 1 adaptador USB-C a USB-A

Antes de instalar el dispositivo, se debería disponer de lo siguiente:

• Módulos SFP+ y 2 cables de fibra óptica de 10 Gb/s o 2 cables de cobre de 10 Gb/s (Ethenet - Cat6a o superior)
• Un cable de cobre individual para examinar el equipo
• Puertos para fibra óptica o cobre que proporcionen: Una dirección IP a través del protocolo DHCP - Una dirección IP a través del protocolo DHCP - Acceso a internet solo de salida a través de los puertos 80 y 443
• 1 monitor compatible con VGA (Video Graphics Array) para la unidad de adquisición de datos del PromethION 24/48 estándar
• 1 monitor compatible con VGA/DisplayPort para la nueva unidad de adquisición de datos del PromethION Serie A
• 1 cable VGA
• 1 teclado conectado por USB
• 1 ratón conectado por USB
• 3 fuentes de alimentación/enchufes de pared para la unidad de secuenciación y la unidad de adquisición de datos del PromethION - 1 fuente de alimentación/enchufe de pared para el monitor
• Opcional: Sistema SAI con cables C14

• Colocar el dispositivo en una superficie firme y limpia. Si ha adquirido un PromethION 24 Combined, la Unidad de secuenciación y la Unidad de adquisición de datos el dispositivo deben instalarse una junto a la otra. El espacio necesario para instalar un PromethION es 167 cm x 75 cm
• Intentar que los cables de alimentación, Ethernet y/o fibra óptica estén cerca
• Procurar que la toma de corriente sea fácilmente accesible, por si es necesario desconectar el dispositivo con urgencia.
• La secuenciación debería llevarse a cabo a una temperatura de entre 18 °C y 22 °C, con la tapa del dispositivo cerrada.
• Dejar un espacio de 30 cm en la parte trasera y a los lados del dispositivo. No cubrir las rejillas de ventilación
• AVISO - La parte trasera del dispositivo se calentará durante el funcionamiento

Es posible utilizar cables de cobre o fibra para conectar el PromethION a la infraestructura local. El tipo de puerto está marcado en la parte posterior del dispositivo, tal como se muestra en el diagrama a continuación:

Esta conexión se utilizará para:

• Enviar información de telemetría* a Oxford Nanopore Technologies.
• Recibir actualizaciones del programa y de firmware en el dispositivo.
• Transmitir datos de secuencia biológica a su infraestructura de almacenamiento local.

Poner en funcionamiento el PromethION en la infraestructura local (el cliente deberá proporcionar el cableado apropiado).

* La telemetría contiene metadatos sobre la configuración y las condiciones de los experimentos de secuenciación. No se incluye nada específico sobre el contenido genómico de lecturas individuales; solo se registra información genérica, como la longitud de la secuencia y el índice Q score.

Para la transferencia de datos, utilice bien conexiones de cobre o de fibra óptica, pero no las dos juntas. Elija entre cables de cobre o fibra. No recomendamos ninguno en concreto, ya que dependerá de la red local qué tipo de conexión será la más adecuada.

Nota: conecte solo cables de cobre o solo cables de fibra. Utilizar ambos no es compatible con el dispositivo y creará problemas de conexión.

El siguiente diagrama ofrece un resumen de las opciones de conexión. Consulte las instrucciones a continuación para comprobar que las conexiones de red del PromethION están configuradas correctamente.

Utilizar el comando "ifconfig" para comprobar que la dirección IP utilizada —dirección estática o DHCP— se haya configurado correctamente.

La información devuelta contendrá la dirección IP del enlace Ethernet, como se muestra a continuación:

prom@PRO00001:~$ ifconfig
docker0: flags=4099<UP,BROADCAST,MULTICAST>  mtu 1500
        inet 172.17.0.1  netmask 255.255.0.0  broadcast 172.17.255.255
        ether 02:42:35:39:60:40  txqueuelen 0  (Ethernet)
        RX packets 0  bytes 0 (0.0 B)
        RX errors 0  dropped 0  overruns 0  frame 0
        TX packets 0  bytes 0 (0.0 B)
        TX errors 0  dropped 0 overruns 0  carrier 0  collisions 0

eno1: flags=4163<UP,BROADCAST,RUNNING,MULTICAST>  mtu 1500
        inet 10.150.60.13  netmask 255.255.255.0  broadcast 10.150.60.255
        inet6 fe80::78cf:8a5c:26ec:4611  prefixlen 64  scopeid 0x20<link>
        ether 3c:7c:3f:be:02:81  txqueuelen 1000  (Ethernet)

• Para actualizar el nombre del servidor en el dispositivo, ejecutar el siguiente comando y reemplazar la parte <new_hostname> por el nombre de servidor deseado (omitiendo los corchetes angulares <>):

sudo -S hostnamectl set-hostname <new_hostname>

• Apagar el dispositivo con el siguiente comando y, acto seguido, pulsar el botón de encendido:

sudo shutdown -h now

Primero hay que encontrar el nombre de la zona horaria deseada mediante el comando:

sudo timedatectl list-timezones

A continuación, cambiar la zona horaria utilizando los siguientes comandos:

sudo su - 
Timezone="Europe/London" 
timedatectl set-timezone $Timezone 
systemctl restart systemd-timesyncd

Nota: si se utiliza un servidor horario externo de Internet, es necesario tener acceso a un protocolo NTP, puerto 123.

Introducir los siguientes comandos:

NTPserver="ntp.ubuntu.com" timedatectl set-ntp false cat << EOF > /etc/systemd/timesyncd.conf # See timesyncd.conf(5) for details.[Time] NTP=$NTPserver EOF systemctl stop ntp ntpdate $NTPserver systemctl disable ntp timedatectl set-ntp true hwclock –systohc timedatectl set-local-rtc 0

Es posible que aparezcan algunos mensajes de error, pero pueden ignorarse. Comprobar si el proceso ha funcionado escribiendo:

timedatectl status

Nota: tal vez tarde varios minutos en sincronizarse con el servidor NTP.

Durante las comprobaciones, se mostrará una barra de estado debajo de cada celda de flujo.

Este ejemplo es de una CTC Flongle (la barra de estado está resaltada en rojo).

Recomendamos examinar la celda de flujo y verificar el número de poros disponible, antes de cargar una biblioteca de ADN o ARN en ella.

Oxford Nanopore Technologies sustituirá cualquier celda de flujo con un número de poros activos inferior al indicado por la garantía —en un plazo de 12 semanas desde la compra— siempre y cuando el resultado se notifique dentro de los dos días siguientes a la verificación y se hayan seguido las instrucciones de almacenamiento.

Celdas de flujo	Número mínimo de poros activos cubierto por la garantía
Flongle (FLO-FLG001)	50
MinION/GridION	800
PromethION	5000

Durante las comprobaciones, se mostrará una barra de estado debajo de cada celda de flujo.

Este ejemplo es de una CTC Flongle (la barra de estado está resaltada en rojo).

La calidad de la celda de flujo se mostrará con uno de estos tres valores:

1. Signo de exclamación amarillo (celda de flujo Flongle - izquierda): El número de poros disponibles está por debajo del nivel cubierto por la garantía. Saque la celda de flujo del dispositivo, vuelva a insertarla e inicie el recuento de nuevo. Si el número sigue siendo inferior al número cubierto por la garantía, póngase en contacto con support@nanoporetech.com.

2. Marca de verificación verde (celdas de flujo MinION - centro): El número de poros disponibles está por encima de la cantidad cubierta por la garantía.

3. Signo de interrogación (celdas de flujo PromethION - derecha): Durante esta sesión en MinKNOW, la celda de flujo no se ha verificado.

Nota: El indicador de estado permanecerá visible solo durante la sesión en MinKNOW. Una vez cerrada, el estado de la celda de flujo desaparecerá.

Antes de realizar un experimento de secuenciación, es necesario purificar la muestra de ADN o ARN y preparar una biblioteca de secuenciación. Encontrará más información sobre la preparación de muestras, en la sección Prepare —en la pestaña Documentación— de la comunidad Nanopore.

Siga este enlace para acceder al protocolo de MinKNOW.

La unidad de adquisición de datos PromethION debe apagarse de manera escalonada y procesada; de lo contrario, es posible que surjan problemas, por ejemplo, al detectar celdas de flujo.

Siga las instrucciones de esta sección para apagar correctamente el dispositivo y evitar que surjan problemas.

Después de examinar el equipo, se debe actualizar el programa. Para ello, introduzca los siguientes comandos en el terminal:

sudo apt clean
sudo apt update
sudo apt install ont-promethion-release

La contraseña de sudo predeterminada es __prom__; para garantizar la seguridad del dispositivo, debería cambiarse. Una vez los comandos se hayan ejecutado sin dar errores, apague el dispositivo con el comando: ``` sudo poweroff ```
A continuación, encienda el dispositivo otra vez.

Oxford Nanopore Technologies publicará una nota de lanzamiento en la comunidad Nanopore cuando salgan nuevos programas o actualizaciones del dispositivo.

Recomendamos a los usuarios que, cuando haya una nueva versión disponible, actualicen el programa lo antes posible.

Así mismo, es importante mantener el dispositivo al día con las actualizaciones de seguridad de Linux, de acuerdo con los consejos del departamento de Informática al que esté sujeto.

Nota: para habilitar las actualizaciones a través del cortafuegos, es necesario tener acceso a Internet solo de salida por el puerto 443.

Las siguientes instrucciones le ayudarán a crear una unidad USB de arranque que sirva para reconstruir el sistema operativo en su dispositivo.

Estas instrucciones son para los usuarios que no recibieron una unidad USB con imagen ISO. Si ha recibido una unidad USB, pase al siguiente punto: Cómo arrancar el dispositivo desde una memoria USB.

https://nanoporetech.box.com/s/i7c2itn6sro0mhumi3lxefpp0yddh3y6

El programa adecuado para grabar la imagen ISO es: Rufus en Windows

Nota: la herramienta de grabación ISO alternativa balenaEtcher no es compatible con nuestra imagen ISO. Necesitará acceso a un ordenador Windows y tal vez derechos de administrador para instalar el programa Rufus.

Al grabar el archivo ISO, utilizar los siguientes ajustes (se debe usar un arranque EFI/GPT):

• Esquema de partición: GPT
• Sistema de destino: UEFI

La unidad USB debe tener las siguientes características:

• Tener 32 GB o más
• USB 3.0 recomendado
• Utilizar la opción de arranque UEFI

Nota: Recomendamos grabar una imagen de disco en dos unidades USB de un proveedor distinto, como copia de seguridad. Las unidades USB habituales pueden fallar en la reinstalación de los dispositivos sin un motivo aparente.

Nota: es normal que el sistema se reinicie varias veces. No apagar la Unidad de adquisición de datos durante el proceso de instalación. Asímismo, es normal que las barras de progreso permanezcan temporalmente atascadas en fases específicas.

La sección de preguntas frecuentes sobre MinKNOW, FAQ, se encuentra aquí.

En la mayoría de casos, para identificar o resolver un problema recomendamos exportar los registros y enviarlos al Servicio de asistencia técnica.

The Nanopore support hub can also be accessed directly from your MinKNOW UI.

In the top right of MinKNOW you will see the "Help" option:

Clicking this option will bring you to a page with a link and a QR code:

On larger devices such as the GridION and PromethION 24/48, and devices such as the MinION Mk1B/Mk1D and P2 Solo, clicking the link will directly bring you to the Nanopore support page.

On devices such as the P2 Integrated and MinION Mk1C, you will be able to scan the QR code with another device, or type in the shortened URL on another device to quickly reach the support hub.

En los modelos PromethION 24/48, PromethION 2i, GridION y/o PromethION 2 Solo, conectados a un GridION:

• En la sección Exportar registros, pulsar Exportar.

Cuando se hayan exportado los registros, debajo del botón aparecerá indicado dónde se encuentran. Los registros se descargarán como archivos TGZ en el directorio de registros.

Es posible cambiar la ubicación de los registros utilizando el administrador de archivos, donde pueden recuperarse fácilmente sin necesidad de SSH:

• Hacer clic en el archivo situado junto a Registros, exportado al panel Exportar registros. Esta acción abrirá la ubicación de los registros en el Gestor de archivos de MinKNOW.
• Utilizar el panel de control en la esquina inferior derecha del Gestor de archivos para mover los archivos de registro.

Si el PromethION " 2 Solo está conectado a un ordenador

Los archivos de registro de cada experimento de secuenciación se pueden encontrar en:

• Windows C:\data\logs

• Mac OS X /private/var/log/MinKNOW

• Linux /var/log/minKNOW

En la pestaña "Ayuda", en la sección 'Eliminar archivos', pulsar Eliminar y confirmar en la ventana emergente.

Nota: los datos de ejecución no se eliminarán. Se eliminarán los registros y datos temporales.

En la página "Ayuda", sección "Resolución de problemas", pulsar en "Reparar problemas" y confirmar en la ventana emergente. MinKNOW intentará reparar los siguientes problemas:

• Comprobar que los directorios requeridos en "/data" existan y tengan la propiedad y los permisos necesarios.
• Comprobar que los archivos necesarios en "/data" tengan la propiedad y los permisos necesarios.
• Comprobar que la GPU funcione al máximo rendimiento.
• Comprobar que el Bluetooth esté desactivado.