MinION Mk1D 用户手册 (M1D_9214_v1_revF_30Jun2025)
MinION: Protocol
MinION Mk1D 用户手册 V M1D_9214_v1_revF_30Jun2025
仅供研究使用
FOR RESEARCH USE ONLY
概览
仅供研究使用
1. 测序仪信息
MinION™ Mk1D
MinION Mk1D 是 Oxford Nanopore Technologies 推出的新一代紧凑型纳米孔测序设备，兼具便携性与强大性能。设备通过 USB-C 接口直接连接至计算机，并由 MinKNOW™ 软件进行控制。
MinKNOW 负责管理多项核心功能，包括测序芯片控制、数据采集、实时碱基识别以及系统诊断。
相较于上一代 MinION Mk1B，MinION Mk1D 在多方面进行了优化升级：
优化的温控系统：在长时间运行或复杂环境下，仍可保持性能稳定
直观的状态指示灯：LED 实时反馈设备状态与测序进程
广泛的兼容性：支持符合系统要求的现代笔记本与台式机
MinION Mk1D 支持对 DNA 和 RNA 样本进行测序，兼容 MinION 和 Flongle™ 测序芯片（后者需配套适配器）。
该设备可广泛应用于实验室、户外现场及临床前线，具备高度部署灵活性，同时确保测序数据质量不受影响。
硬件
| 组成 | 规格 |
|---|---|
| 尺寸 （高 x 宽 x 深） | 13 x 55 x 125 mm |
| 重量 | 130 g |
| 最大额定功率 | 7.5 W |
| 安装接口 | 1 x USB-C （支持 USB 2.0 及以上版本） |
| 预装软件 | MinION 驱动 |
| 测序温度 | 设计用于在 +10°C 至 +35°C 的环境温度下测序* |
| 安装要求 | 请确保除底面外，设备各面均预留至少 5 厘米的空间。请勿将设备放置于笔记本电脑或其它热源上方。 |
*电子设备的工作环境温度为 +5℃ 至 +40℃。
MinION Mk1D测序仪
2. 包装盒内容物
包装盒内容物：
MinION Mk1D 包装内含：
- 1x MinION Mk1D
- 1x USB-C 对 USB-C 数据线（0.5 米）
- 1x 配置测试芯片（CTC）
- 1x 快速入门指南
- 1x 安全性及合规性文档
MinION Mk1D的组件如下所示：
上盖 - 上推并翻开上盖，将测序芯片插入设备。设备使用过程中，应将上盖闭合。
金属固定夹 - 打开上盖时，金属固定夹会自动弹起，用于牢固固定测序芯片或配置测试芯片（CTC）。当上盖完全闭合且未插入测序芯片时，固定夹将自动回缩。
配置测试芯片 （CTC） - 一种非功能性测序芯片，用于初始设置及后续硬件检测过程中，验证 MinION Mk1D、MinKNOW与计算机之间的通信是否正常。
USB-C 接口 - 用于将 MinION Mk1D 连接至本地计算机，以实现设备供电与数据传输。所用 USB-C 接口需支持数据传输，且符合 USB 2.0 或更高标准。
LED状态指示灯 - 当设备与运行 MinKNOW 的计算机建立连接后，状态指示灯用于指示设备当前的工作状态。
设备启动时，指示灯将依次亮起，表示设备正在启动。启动完成后，LED 指示灯的颜色将指示设备的当前状态。
| LED 指示灯颜色 | 设备状态 |
|---|---|
| 白色 | 设备已打开，未插入测序芯片 |
| 蓝色 | 已插入测序序芯片，测序程序执行完毕 |
| 绿色（滚动） | 测序脚本运行中 |
| 红色（闪烁） | 测序脚本运行出错，已停止 |
注意： 自 24.06.16 版本 起，MinKNOW 支持完整的 LED 状态指示功能。早期版本中，指示灯始终为青色常亮状态。
3. 安装测序软件
IT配置要求
请确保您的计算机符合 MinION Mk1D IT 配置要求 文档中列出的配置规范。配置不足可能导致性能下降、碱基识别变慢，甚至测序失败。
下载及安装 MinKNOW™
MinKNOW 是 Oxford Nanopore 全系列测序设备（包括 MinION Mk1D）的主要控制与分析软件。
MinKNOW 软件负责执行多项关键任务，包括：
- 仪器控制及测序芯片管理
- 数据采集和实时反馈
- 碱基识别与数据流传输
- 为待测样本提供适配的测序脚本
该软件通过识别核酸分子通过纳米孔时产生的电流变化，将原始信号转化为碱基序列，生成可供后续分析使用的结果。
有关在 Windows、macOS 或 Linux 系统上安装最新版 MinKNOW 软件的详细说明，请参考对应平台的 MinKNOW 安装指南 获取详细说明。
MinKNOW™ 版本要求
MinION Mk1D 仅兼容 MinKNOW 24.11.10 及以上版本 。使用早期版本可能会导致功能受限，甚至无法识别设备。
首次连接设备前，请确保已将 MinKNOW 更新至最新版本。
4. MinION Mk1D的设置准备
仪器
- MinION Mk1D
- 配置测试芯片
- 官方配套的 USB-C 转 USB-C 连接线
- 支持 USB-C 接口的主机电脑
开始之前，请确保 MinKNOW 已更新至最新版本，且您的计算机符合 MinION Mk1D 的 IT 配置要求。
连接 MinION Mk1D
打开计算机上的 MinKNOW 软件。
使用随机附带的 USB-C 对 USB-C 数据线连接 MinION Mk1D：
将数据线一端插入设备上的 USB-C 接口；
将另一端连接至计算机上支持数据传输和供电的 USB-C 接口。
初始化完成后，设备将在 MinKNOW 软件中显示。
状态指示灯将进入启动流程；
当所有状态指示灯呈恒亮白色时，表明设备已准备就绪。
连接 MinION Mk1D 至计算机
仅支持 USB-C 接口连接。请勿使用 USB-A 转 USB-C 的适配器或数据线，因 USB-A 接口供电能力有限，可能影响测序表现。
打开 MinION Mk1D 上盖。
插入配置测试芯片（CTC）。
(a) 请确保用力下压 CTC；
(b) 随后合上上盖。
在将配置测试芯片（CTC）、Flongle 适配器或测序芯片插入 MinION Mk1D 测序仪后，设备上盖会盖在所插芯片或适配器上方，四周会留有一定空隙。此属正常现象，不影响设备性能表现。
设备状态LED指示灯将由白色变为蓝色。
MinION Mk1D 现已准备好执行硬件检测。
下一步：请前往本手册中的 硬件检测 一节，验证设备功能是否正常。
故障排查： 如设备未在 MinKNOW 中显示，请参考 MinION Mk1D 常见问题解答（FAQ）。
5. MinION Mk1D 的 Flongle 使用配置
仪器
- MinION Mk1D
- Flongle 适配器
将 Flongle 适配器插入 MinION Mk1D。
确保其水平贴合地放置于设备中，便于后续测序芯片准确对位并保持良好接触。
闭合 MinION Mk1D 上盖，并使用随附的 USB-C 数据线将设备连接至计算机。
Flongle 适配器准备就绪，可以开始执行硬件检测。
6. 硬件检测
硬件检测
请在新设备启用前或软件更新后执行硬件检测。该操作需使用设备随附的配置测试芯片（CTC）。
注意：
如使用 Flongle 测序芯片，建议您定期将空的 Flongle 适配器插入测序设备，运行硬件检测，以确认适配器状态正常。
若检测目标为测序设备本身（而非适配器），即便后续计划使用 Flongle 芯片进行测序，仍应在硬件检测时使用 MinION 配置测试芯片（CTC）。
选择连接到计算机上的测序仪。
打开主页（Start），点击“Hardware Check”(硬件检测）。
点击“Start”（开始）启动检测。
请根据图形界面（GUI）提示，确认所选卡槽已准备就绪。
对 MinION 测序芯片：
注意： 进行硬件检测时，请插入 MinION 配置测试芯片（CTC）。
对 Flongle 测序芯片：
注意： 进行硬件检测时，请插入空适配器。
屏幕上将显示硬件检测的进度。
硬件检测完成后，系统将提示所选位置是否通过检测。
您可在“测序概览（Sequencing Overview）”页面查看设备的硬件检测结果。
MinION 测序芯片通过硬件检测： 
Flongle 测序芯片通过硬件检测：
如检测未通过，请取出并重新插入 CTC 或 不含测序芯片的空 Flongle 适配器，再次运行硬件检测。若第二次仍未通过，请联系客户支持（建议您使用在线支持）。
如需查看硬件检测报告，请返回“硬件检测”（Hardware check）页面，点击“查看先前的硬件检测报告”（View previous hardware check reports）。
选择需要导出的报告。
选中的报告将以绿色边框和对勾标记。点击“导出”（Export）即可下载报告。 
硬件检测报告
硬件检测将生成一份 HTML 格式的报告，内容包括：
- 设备各芯片位置的硬件检测结果统计（通过/未通过数量）
- 检测完成的日期与时间
- 硬件检测 ID
- 设备 ID
概要（Summary） 显示每个芯片位置的整体硬件检测结果。
连接检测结果（Connection check detailed results） 显示各芯片位置是否通过连接检测，并可选择隐藏已通过的位置。
温度检测结果（Temperature check detailed results） 显示各芯片位置是否通过温度检测，并可选择隐藏已通过的位置。 请注意：MinION Mk1D 设备的硬件检测中不包含温度检测。
下图为报告示例：
7. 测序芯片质检
测序芯片质检
在文库上样前，请务必对测序芯片的活性纳米孔数进行质检。
质检应在收到 MinION 测序芯片后的 12 周内，或收到 Flongle 测序芯片后的 4 周内完成。Oxford Nanopore Technologies会对活性孔数量少于以下标准的芯片进行替换*：
| 测序芯片 | 芯片上的活性孔数确保不少于 | 未开封测序芯片的储存条件 |
|---|---|---|
| Flongle 测序芯片 | 50 | +2°C 至 +8°C，保存期限 4 周 |
| MinION 测序芯片 | 800 | +2°C 至 +8°C，保存期限 12 周 |
*（请注意：自收到之日起，测序芯片须始终按照 储存条件 妥善保存，并须在完成质检后的两天内提交检测结果。）
导航至“Start”（开始）页面，点击“Flow cell check”（测序芯片质检），打开测序芯片质检页面。
当软件成功识别出 MinION 测序芯片的类型及编号后，点击“Start”（开始）启动芯片质检。
注意： 如您使用Flongle测序芯片，请确保输入其ID。
MinKNOW不会自动为Flongle的测序芯片分配编号（ID）。请您务必以正确的格式输入测序芯片编号（ID）：ABC123 （格式为：三个大写字母加三个数字，即 [A–Z]×3 + [0–9]×3）。
编号须区分大小写且不能有空格。 您只有正确输入芯片编号才能继续。
如果输入信息有误（格式错误或信息缺失），您将在界面的右下角收到提示。
Flongle测序芯片编号（ID）位置如下图蓝框中所示：
随即进入“Sequencing Overview”（测序概览）页面。
测序芯片下方将有进度栏显示检测进度。
测序芯片健康状况指示框
测序概览（Sequencing Overview）页面将显示测序芯片的质量状态，分为以下三种类型：
1.黄色感叹号（Flongle 测序芯片）: 活性测序孔数量低于保证范围。 将芯片从测序设备中取出后重新插入，并运行测序芯片质检。如果测序芯片活性孔数仍然低于质保范围，请（通过Live Support）联系客户支持。
2.绿色对勾（MinION 测序芯片）： 活性测序孔数量在质保范围之上。
3.橙色问号（Flongle 测序芯片）: 测序芯片在本次MinKNOW使用期间还未经过质检。
请注意： 芯片质量指示框仅在当次MinKNOW使用期间可见。一旦本次使用结束，测序芯片的状态信息将被清除。
9. MinKNOW™ 更新
MinKNOW更新
请确保您的设备已安装 24.06.16 或更高版本的MinKNOW ，以全面支持 MinION Mk1D 的各项功能。早期版本的 MinKNOW 不支持 MinION Mk1D。
有关 MinKNOW 更新的详细信息，请关注纳米孔社区的 “Announcements”（公告）板块。发布说明将列出软件的新功能、漏洞修复及已知问题。我们建议您始终使用最新版本的 MinKNOW 软件，以确保及时获取最新功能和修复更新。
10. Windows 和 MacOS 系统下的 MinKNOW 更新
在 Windows 或 MacOS 系统中更新
当有可用更新时，用户将在首次打开 MinKNOW 软件时，于 “测序设备设置”（Host Settings） 页面收到弹窗提示。您也可以直接访问纳米孔社区的软件下载页面，手动下载最新版软件。
检查软件更新
在页面下找到“MinKNOW Software for the MinION Mk1B, Mk1D, and the PromethION 2 Solo (P2 Solo) Devices”（适用于 MinION Mk1B、Mk1D 及 PromethION 2 Solo（P2 Solo）设备的 MinKNOW 软件）一节，下载适用于您设备的安装程序。
下载完成后，请按照安装程序的提示完成安装。
安装完成后，在启动 MinKNOW 之前，请先对设备进行断电重启（power cycle）。
请注意：无法对远程设备或正在运行的设备执行更新操作。
11. 在Linux系统中更新MinKNOW
更新MinKNOW至最新版本：
对GPU:
sudo apt clean
sudo apt update
sudo apt install ont-standalone-minknow-gpu-release
对CPU:
sudo apt clean
sudo apt update
sudo apt install ont-standalone-minknow-release
MinKNOW 将被更新至最新版本。上述命令成功执行后，请使用以下命令关闭设备并重启：
sudo reboot
12. 重装 MinKNOW
重装 MinKNOW
在某些情况下（例如当前MinKNOW版本存在问题），您可能需要重装软件。为此，请首先彻底卸载当前版本。请按照此“Support ”（支持）文章中的说明进行卸载：如何卸载适用于 MinION Mk1B、Mk1D 和 P2 Solo 设备的 MinKNOW 软件。
13. 硬件更新
硬件更新
某些 MinKNOW 更新可能包含 MinION Mk1D 固件升级内容。若更新中包含固件，则 MinION Mk1D 在更新后首次连接至计算机时将自动启动固件升级。升级过程中，设备将在 MinKNOW 中处于不可选状态，界面将提示信息“固件正在更新”。同时，设备指示灯将显示更新进度。升级完成后，设备将自动重启，指示灯也将恢复为常规状态。
整个更新过程约持续 2.5 分钟。请勿在此期间断开设备与计算机的连接。
在早于 MinKNOW 24.11 的版本中，固件更新过程无界面提示或指示灯反馈。更新期间，设备可能在 MinKNOW 中暂不可见，或显示为“测序设备已断开”（device disconnected）。
14. 导出日志
用于故障诊断的日志文件的路径
如您在使用 MinION Mk1D 或 MinKNOW 软件期间遇到问题，通常需要提供日志文件，以协助客户支持团队进行故障排查与分析。 日志文件默认存储路径如下：
Windows: C:\Data\logs\
Mac: /var/log/MinKNOW/
Ubuntu: /var/log/minknow/
Dorado 碱基识别日志的默认保存路径：
Windows: C:\Data\dorado_logs\
Mac: /var/log/dorado/
Ubuntu: /var/log/dorado/
注意： 如已更改 MinKNOW 的默认输出路径，日志将保存在自定义目录下的 “logs”子文件夹中。
Last updated: 6/30/2025
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