Manual de usuario MinION Mk1D (M1D_9214_v1_revB_14Feb2025)


Descripción general

Este es un producto de acceso anticipado.

La sección de preguntas frecuentes se encuentra aquí.

De uso exclusivo en investigación

Document version: M1D_9214_v1_revB_14Feb2025

1. Información sobre el dispositivo

El MinION™ Mk1D

El MinION Mk1D representa la nueva generación de dispositivos portátiles de secuenciación por nanoporos. Está diseñado para ser compatible con ordenadores modernos, ordenadores de mesa y el iPad Pro (junto al dispositivo accesorio del iPad para Mk1D cuando salga a la venta) a través de una conexión USB-C.

Las mejoras en la capacidad de disipación térmica del MinION Mk1D potencian considerablemente el rendimiento del dispositivo y favorecen una secuenciación de gran precisión en tiempo real, en una gama de entornos más amplia que su predecesor, el MinION Mk1B. El MinION Mk1D posee también un indicador LED que permite identificar el estado del dispositivo de un vistazo.

El dispositivo funciona con celdas de flujo MinION o Flongle (esta última, junto a un adaptador Flongle). El MinION Mk1D es capaz de secuenciar tanto ADN como ARN y se dirige desde el programa MinKNOW, que gestiona el dispositivo y las celdas de flujo, recoge los datos secuenciados y realiza la identificación de bases.

El equipo

Elementos Características técnicas
Tamaño 13 mm (alto) x 55 mm (ancho) x 125 (largo) mm
Peso 130 g
Potencia nominal máxima 7,5 W
Puertos de acceso 1 USB-C
Programas instalados Controlador MinION
Temperatura de secuenciación Diseñado para secuenciar a una temperatura ambiente de 10 °C a 35 °C*
Requisitos de instalación Mantener 5 cm de espacio libre a los lados y en la parte de atrás del dispositivo. No colocar el dispositivo encima de un portátil u ordenador de mesa.

*El intervalo de funcionamiento de aparatos electrónicos está comprendido en una temperatura ambiente de 5 °C a 40 °C

Preguntas frecuentes

La sección de preguntas frecuentes del MinION Mk1D, se encuentra aquí.

2. Contenido de la caja

Contenido de la caja

El envío consta de:

  • 1 MinION Mk1D
  • 1 cable USB-C a USB-C (0,5 m)
  • 1 celda de prueba de configuración (CTC)
  • 1 Guía de inicio rápido
  • 1 Folleto "Información sobre seguridad y normativa"

ES-MinION Mk1D boxed v02

A continuación se muestran las partes integrantes del MinION Mk1D:

ES-Components of MinION Mk1D v02

Tapa - Levantar y abrir la tapa hasta atrás para acceder al interior del dispositivo e insertar una celda de flujo. Cerrar la tapa durante su uso.

Clip - Al abrir la tapa, aparece el clip que sujeta la celda de flujo o CTC de forma segura. Cuando se saca una celda de flujo o CTC y la tapa está cerrada del todo, el clip se retrae en el dispositivo.

Celda de prueba de configuración (CTC) - La CTC es una celda de flujo no funcional, que se utiliza durante la comprobación del equipo para comprobar que la comunicación entre la celda de flujo, el dispositivo y el ordenador funcione correctamente.

Puerto USB-C - El puerto USB sirve para conectar el MinION al ordenador principal, proporcionar energía al dispositivo y transferir los datos.

Indicadores LED - Los indicadores LED proporcionan información acerca del estado del dispositivo cuando este está conectado al ordenador y el programa MinKNOW está funcionando.

Cuando el dispositivo se enciende, los LEDES se iluminan gradualmente, indicando el progreso de encendido. Cuando los LEDES se muestran blancos (o azules, si hay alguna celda de flujo insertada), el dispositivo está listo para utilizarse.

  • LED blanco: no hay celdas de flujo insertadas
  • LED azul: celda de flujo insertada, script ejecutado correctamente
  • LED verde (en movimiento): ejecución del script en curso
  • LED rojo (intermitente): error en el script

Nótese que, los indicadores LED se introdujeron con el lanzamiento de la versión 24.06.16 de MinKNOW. En las versiones anteriores, se muestra un color cian constante.

3. Instalar el programa de secuenciación

Requisitos informáticos

Consulte los requisitos informáticos del dispositivo y cerciórese de que el ordenador reúna las características técnicas necesarias para ejecutar el MinION Mk1D. De no ser así, el rendimiento de la secuenciación podría verse comprometido.

Descarga e instalación de MinKNOW™

Todos los dispositivos de Oxford Nanopore utilizan MinKNOW™ como programa principal. Este programa lleva a cabo varias tareas centrales: adquisición de datos, análisis y retroalimentación en tiempo real, identificación de bases y transmisión de datos, entre otros. Además, gestiona el dispositivo y garantiza que la química de la plataforma funcione correctamente. MinKNOW toma los datos crudos y los convierte en lecturas mediante el reconocimiento del cambio que ocurre en la corriente cuando una cadena de ADN entra y sale del poro. Entonces, identifica las lecturas y escribe los datos para su posterior análisis.

Siga el protocolo de MinKNOW para instalar el programa en Windows, Mac OS X o Linux.

Versión de MinKNOW™

A fin de garantizar la plena funcionalidad del MinION Mk1D, instale la versión 24.06.16 de MinKNOW o una posterior. Las versiones anteriores no son compatibles con este dispositivo.

4. Configurar el MinION Mk1D

Instrumental
  • MinION Mk1D
  • Celda de prueba de configuración

Abrir el programa MinKNOW.

Utilizar el cable USB-C suministrado para conectar el MinION Mk1D al ordenador.

El MinION aparecerá en MinKNOW.

Conectar el MinION Mk1D al ordenador

Para ello, solo los cables USB-C son compatibles. Los adaptadores o los cables USB-A a USB-C no son compatibles. Por lo general, los puertos USB-A no tienen suficiente potencia y ello podría perjudicar el rendimiento de la secuenciación.

ES-Connecting MinION Mk1D to computer using USB-C ports

Colocar el dispositivo dejando 5 cm de espacio libre a los lados y en la parte de atrás. No poner sobre ninguna fuente de calor, como un ordenador.

Levantar la tapa del MinION Mk1D.

ES-Opening the lid of MinION Mk1D v02

Insertar la celda de prueba de configuración (CTC).

(a) Presionar la CTC hacia abajo con firmeza.

(b) Cerrar la tapa.

ES-Inserting the CTC v03

Los indicadores LED del MinION Mk1D cambiarán de blanco a azul.

El MinION Mk1D está listo para realizar la comprobación del equipo.

Consulte la sección Comprobación del equipo de este manual.

Si tiene alguna dificultad para que el dispositivo aparezca en MinKNOW, consulte aquí la sección de Preguntas frecuentes.

5. Configurar el MinION Mk1D para Flongle

Instrumental
  • MinION Mk1D
  • Adaptador Flongle

Colocar el adaptador Flongle en el MinION Mk1D.

El adaptador debe asentarse de manera uniforme y plana en el MinION Mk1D. Ello garantiza que el encaje de la celda de flujo esté nivelado durante el siguiente paso.

Flongle adapter in MinION Mk1D

Cerrar la tapa del MinION Mk1D y conectar el dispositivo al ordenador principal, mediante el cable USB-C suministrado.

El adaptador Flongle está listo para realizar la comprobación del equipo.

6. Comprobación del equipo

Comprobación del equipo

La comprobación del equipo debe realizarse en todos los dispositivos nuevos y cada vez que se actualice el programa. Para ello se utiliza la celda de prueba de configuración (CTC), que viene incluida con el dispositivo.

Nótese, si se utiliza una celda de flujo Flongle, recomendamos comprobar regularmente el adaptador —para ello, inserte un adaptador vacío y realice una comprobación del equipo. Utilice una CTC MinION, aunque vaya a secuenciar con una celda de flujo Flongle.

Seleccionar el dispositivo de secuenciación conectado al ordenador.

Selecting MinION Mk1D connected to computer

Ir a la página de inicio y pulsar Examinar el equipo.

Comprobación del equipo 1

A continuación, pulsar "Empezar".

Compruebe que la posición seleccionada esté lista para comenzar, tal como se indica en la interfaz gráfica de usuario.

Con celdas de flujo MinION:

Hardware check for MinION

Con celdas de flujo Flongle:

Nota: Para comprobar el equipo, insertar el adaptador Flongle vacío. Para comprobar el dispositivo o la posición de la celda de flujo, insertar una CTC MinION.

hardware flongle

Accederá directamente al Panel general de secuenciación.

La imagen a continuación muestra la comprobación del equipo utilizando un adaptador Flongle:

Comprobación del equipo en curso - Flongle

La comprobación del equipo tardará aproximadamente un minuto.

Si la comprobación resulta aprobada, se indicará con un icono de verificación verde. Un icono de verificación amarillo indica que ha habido un error.

  1. Comprobación del equipo en Flongle aprobada
  2. Comprobación del equipo en MinION aprobada
  3. Comprobación del equipo en Flongle fallida

ES-Hardware check pass-fail v02 Si la comprobación del equipo falla, retire la celda de prueba CTC, vuelva a insertarla e inicie una nueva comprobación. Si la comprobación falla por segunda vez, contacte con Atención al cliente por el chat Live Support.

7. Verificar la celda de flujo

Verificar la celda de flujo

Es fundamental verificar las celdas de flujo y determinar el número de poros que tienen, antes de cargar una biblioteca de ADN o ARN en ellas.

Oxford Nanopore sustituirá cualquier celda de flujo no utilizada, con un número de poros disponible inferior al cubierto por la garantía, en un plazo de doce semanas desde la compra de celdas de flujo MinION y de cuatro semanas tras la compra de celdas de flujo Flongle, siempre y cuando se informe de los resultados en un plazo de dos días y se hayan guardado las celdas de flujo siguiendo los requisitos de almacenamiento.

Celdas de flujo Número mínimo de poros activos cubiertos por la garantía
Flongle 50
MinION 800

Ir a la página de inicio y seleccionar Verificar celda de flujo.

flow cell check start

Cuando el programa reconozca el tipo y el identificador de la celda de flujo, pulsar Iniciar.

Nota: Con celdas Flongle, introducir el ID de la celda de flujo.

Filling in Flongle Flow cell ID

A las celdas de flujo Flongle, MinKNOW no les asigna automáticamente un identificador. Es imprescindible que el identificador se introduzca en el formato correcto: ABC123 i.e. ([A- Z] x 3 [0-9] x 3).

El sistema distingue entre mayúsculas y minúsculas y no requiere espacios. El programa MinKNOW no permitirá continuar hasta que el identificador se haya introducido correctamente.

Si hay alguna parte que falte o se haya introducido con un formato incorrecto, se notificará en la parte inferior derecha de la pantalla.

El identificador se muestra en el recuadro azul a continuación:

Flongle flow cell ID

Accederá directamente al Panel general de secuenciación.

Durante la comprobación, se mostrará una barra de estado debajo de la celda de flujo.

Indicadores de estado de las celdas de flujo

La calidad de la celda de flujo se mostrará con uno de estos tres valores:

  1. Signo de exclamación amarillo (celda de flujo Flongle): El número de poros listos para secuenciar está por debajo del número cubierto por la garantía. Sacar la celda de flujo del dispositivo, volver a insertarla y verificar de nuevo el número de poros que tiene. Si el resultado sigue siendo inferior al cubierto por la garantía, contacte con Atención al cliente (chat Live Support).

  2. Icono de verificación verde (celda de flujo MinION): El número de poros listos para secuenciar está por encima de la cantidad cubierta por la garantía.

  3. Signo de exclamación Naranja (celda de flujo Flongle): Durante esta sesión en MinKNOW, la celda de flujo aún no se ha verificado.

ES-Flow cell check outcomes v03 Nota: El indicador de calidad solo permanecerá visible durante la sesión de MinKNOW. Una vez finalizada, el estado de la celda de flujo se borrará.

8. Secuenciación y seguimiento del experimento

Las instrucciones sobre cómo configurar un experimento de secuenciación y supervisar el progreso de este se encuentran en el protocolo de MinKNOW, en la comunidad Nanopore.

Antes de realizar un experimento de secuenciación, necesitará purificar la muestra de ADN o ARN y preparar una biblioteca de secuenciación. Para más información sobre la preparación de muestras, consulte la sección Prepare en la pestaña Documentation de la comunidad Nanopore.

El protocolo de MinKNOW se encuentra en este enlace.

9. Actualizaciones de MinKNOW

Actualizaciones de MinKNOW

Para garantizar la plena funcionalidad del MinION Mk1D, instale la versión 24.06.16 de MinKNOW o una posterior. Las versiones anteriores no son compatibles con este dispositivo.

La información completa de las actualizaciones de MinKNOW se comunicará en la sección de anuncios de la comunidad de Oxford Nanopore. Las noticias de lanzamiento contienen información sobre nuevas funciones, correcciones de errores y problemas conocidos. Recomendamos estar al día de los últimos lanzamientos, a fin de garantizar el acceso a las últimas funciones y correcciones de errores de programación.

10. Actualizaciones de MinKNOW para Windows y MacOS

Actualizaciones para Windows y MacOS

La disponibilidad de actualizaciones se mostrará en una ventana emergente cuando se abra la sección Configuración del servidor del programa. Es posible descargar actualizaciones también desde la página de descargas de la comunidad Oxford Nanopore.

Comprobar si hay actualizaciones disponibles.

Seguir, para ello, una de las siguientes opciones:

  • Abrir MinKNOW desde el icono del escritorio. Al conectar el dispositivo, el programa comprobará automáticamente si hay actualizaciones disponibles. Si hay una actualización disponible, aparecerá una ventana emergente que le dirigirá a la página de descarga de programas.

  • En MinKNOW, en la Configuración del servidor, ir a Programas y pulsar Actualizar. Ello abrirá la página de descargas de la comunidad Nanopore.

  • Ir directamente a la descarga de programas.

En la página de descargas, ir a la sección Programa MinKNOW para los dispositivos MinION Mk1B, Mk1D y PromethION 2 Solo (P2 Solo) y descargar el instalador para su dispositivo.

Una vez descargado, seguir las instrucciones del instalador.

Cuando la instalación haya finalizado, antes de utilizar MinKNOW, apague y encienda de nuevo el dispositivo.

Nota: No es posible actualizar el dispositivo desde una conexión a distancia o mientras haya una experimento en curso.

11. Actualizaciones de MinKNOW para Linux

Cómo actualizar MinKNOW:

Para la GPU:

sudo apt clean 
sudo apt update
sudo apt install ont-standalone-minknow-gpu-release

Para la CPU:

sudo apt clean 
sudo apt update
sudo apt install ont-standalone-minknow-release

Se instalará la última versión de MinKNOW. Cuando los comandos hayan terminado de ejecutarse, reiniciar el programa:

sudo reboot

12. Reinstalar MinKNOW

Reinstalar actualizaciones de MinKNOW

En algunos casos (por ejemplo, si hay un problema con la versión de MinKNOW que se esté utilizando), será necesario volver a instalar el programa. Para ello, primero hay que desinstalar completamente la versión actual, siguiendo las instrucciones del siguiente artículo de Support: Cómo desinstalar el programa MinKNOW de los dispositivos MinION Mk1B, Mk1D y P2 Solo.

13. Actualización del microprograma (firmware)

Actualizaciones del microprograma

Con algunas actualizaciones, el microprograma instalado en el MinION Mk1D tal vez también necesite actualizarse. El microprograma se actualizará automáticamente en el MinION Mk1D la primera vez que se conecte el dispositivo, tras una actualización de MinKNOW que incluya un nuevo microprograma. Durante la actualización, el dispositivo no se podrá seleccionar en MinKNOW y mostrará un mensaje que diga que el microprograma se está actualizando. Los LEDES indicarán el progreso de la actualización antes de que el dispositivo se reinicie y vuelvan a su estado habitual.

Actualizar el microprograma tarda aproximadamente 2 minutos y medio. Durante este tiempo, no desenchufe el dispositivo del ordenador.

Updating firmware

Mientras se esté actualizando, las actualizaciones del microprograma en versiones anteriores a la 24.11 no proporcionarán ninguna respuesta en la interfaz de usuario de MinKNOW o en los indicadores LED. Mientras se instala la actualización, es posible que el dispositivo no aparezca en MinKNOW o que aparezca como "dispositivo desconectado".

14. Exportar registros

Ubicación de Registros para exportar

Si tiene problemas con el MinION Mk1D o el programa MinKNOW, los archivos de registro suelen ser necesarios para que el servicio de asistencia técnica pueda diagnosticar el problema. Los archivos de registro se encuentran en:

Windows: C:\Data\logs\

Mac: /var/log/MinKNOW/

Ubuntu: /var/log/minknow/


Los registros de identificación de bases en Dorado se encuentran por defecto en las siguientes ubicaciones:

Windows: C:\Data\dorado_logs\

Mac: /var/log/dorado/

Ubuntu: /var/log/dorado/


Nota: En Windows, si se ha configurado MinKNOW para que genere los resultados en una ubicación distinta a la predeterminada, los registros se encontrarán en el subdirectorio "logs" de la carpeta de salida.

Last updated: 3/7/2025

Document options

Language: