El MinION Mk1D representa la última generación de dispositivos portátiles de secuenciación por nanoporos de Oxford Nanopore Technologies. Diseñado para ofrecer un rendimiento de secuenciación potente en un formato pequeño y portátil, el MinION Mk1D se conecta directamente a un ordenador a través de USB-C y se dirige desde el programa MinKNOW. MinKNOW gestiona funciones clave de la celda de flujo, adquisición de datos, identificación de bases en tiempo real y diagnóstico del sistema.

Comparado con el Mk1B de la generación anterior, el Mk1D ofrece varias mejoras:

• Gestión térmica reforzada que mejora la constancia del rendimiento, incluso durante ciclos prolongados o en entornos arduos.
• Luz LED intuitiva que proporciona información en tiempo real sobre la actividad del dispositivo y el estado de los experimentos.
• Amplia compatibilidad con ordenadores portátiles y de sobremesa modernos que reúnan los requisitos de sistema.

El MinION Mk1D admite la secuenciación de muestras de ADN y ARN. También es compatible con celdas de flujo MinION y Flongle (acompañada de un adaptador Flongle).

Tanto si está secuenciado en el laboratorio, sobre el terreno o en un centro de atención, el MinION Mk1D ofrece flexibilidad sin comprometer la calidad de los datos.

*El intervalo de funcionamiento de aparatos electrónicos está comprendido en una temperatura ambiente de entre 5 °C y 40 °C.

Ficha técnica MinION Mk1D

Requisitos informáticos MinION Mk1D

Preguntas frecuentes MinION Mk1D

Información sobre seguridad y normativa

El envío consta de:

• 1 MinION Mk1D
• 1 cable USB-C a USB-C (0,5 m)
• 1 celda de prueba de configuración (CTC)
• 1 Guía de inicio rápido
• 1 Folleto "Información sobre seguridad y normativa"

Tapa - Levantar y abrir hasta atrás para acceder al interior del dispositivo e insertar una celda de flujo. Cerrar cuando el dispositivo esté en uso.

Clip - Aparece al abrir la tapa y sujeta la celda de flujo o CTC de forma segura. Se retrae en el dispositivo cuando se saca una celda de flujo o CTC y la tapa está cerrada del todo.

Celda de prueba de configuración (CTC) - Celda de flujo no funcional, que se utiliza durante la comprobación del equipo para comprobar que la comunicación entre el MinION Mk1D, MinKNOW y el ordenador funcione correctamente.

Puerto USB-C - Sirve para conectar el MinION al ordenador principal, proporcionar energía al dispositivo y transferir los datos. Necesita un puerto USB-C capaz de transferir datos (USB 2.0 o superior).

Indicadores LED - Proporcionan información visual acerca del estado del dispositivo cuando el dispositivo esté conectado al ordenador y el programa MinKNOW esté funcionando.

Cuando se encienda el dispositivo, los LEDES se iluminarán gradualmente, indicando el progreso de encendido. Cuando el dispositivo esté listo para utilizarse, los LEDES se mostrarán blancos (o azules, si hay alguna celda de flujo insertada).

Nótese los indicadores LED se introdujeron con el lanzamiento de la versión 24.06.16 de MinKNOW. En versiones anteriores, se muestra un color cian constante.

Consulte los requisitos informáticos del dispositivo y cerciórese de que el ordenador reúna las características técnicas necesarias para ejecutar el MinION Mk1D. De no ser así, es posible que el rendimiento de la secuenciación se vea perjudicado, la identificación de bases se ralentice y los ciclos de secuenciación fallen.

Todos los dispositivos de Oxford Nanopore, incluido el Mk1D, funcionan con MinKNOW™, el programa principal de gestión y análisis.

MinKNOW lleva a cabo varias tareas centrales de secuenciación, incluyendo:

• Gestión del dispositivo y de las celdas de flujos
• Adquisición de datos y retroalimentación en tiempo real
• Identificación de bases y transmisión de datos
• Supervisión de la química de la plataforma durante la secuenciación

El programa interpreta los cambios en la corriente, como los producidos por las cadenas de ácidos nucleicos que pasan a través del nanoporo y convierten esas señales en lecturas identificadas que se analizan posteriormente.

Siga el protocolo de MinKNOW para instalar el programa en Windows, Mac OS X o Linux.

Antes de empezar, actualice MinKNOW y compruebe que el ordenador reúna los Requisitos informáticos del MinION Mk1D .

Conectar el MinION Mk1D

La comprobación del equipo generará un informe en formato HTML con la siguiente información:

• Número de posiciones aprobadas/suspendidas
• Fecha y hora de finalización
• Identificador de la comprobación
• Identificador del dispositivo

El resumen muestra el resultado general de cada posición.

El resultado de la comprobación de la conexión indica si resultó aprobado o suspendido en las posiciones seleccionadas y da opción de esconder las posiciones aprobadas.

El resultado del control de temperatura indica si resultó aprobado o suspendido en la(s) posición(es) seleccionada(s) y da opción a esconder las posiciones aprobadas. Tenga en cuenta que el control de temperatura no está incluido en la comprobación del equipo de los dispositivos MinION Mk1D:

A continuación, hay un informe de ejemplo:

Recomendamos examinar la celda de flujo y verificar el número de poros disponible, antes de cargar una biblioteca de ADN o ARN en ella.

Oxford Nanopore Technologies sustituirá cualquier celda de flujo no utilizada, con un número de poros activos inferior al indicado por la garantía —en un plazo de 12 semanas desde la compra— siempre y cuando el resultado se notifique dentro de los dos días siguientes a la verificación y se hayan seguido las instrucciones de almacenamiento.

Durante la comprobación, se mostrará una barra de estado debajo de la celda de flujo.

La calidad de la celda de flujo se mostrará con uno de estos tres valores:

1. Signo de exclamación amarillo (celda de flujo Flongle): El número de poros listos para secuenciar está por debajo del número cubierto por la garantía. Sacar la celda de flujo del dispositivo, volver a insertarla y verificar de nuevo el número de poros que tiene. Si el resultado sigue siendo inferior al cubierto por la garantía, contacte con Atención al cliente (chat Live Support).

2. Icono de verificación verde (celda de flujo MinION): El número de poros listos para secuenciar está por encima de la cantidad cubierta por la garantía.

3. Signo de exclamación Naranja (celda de flujo Flongle): Durante esta sesión en MinKNOW, la celda de flujo aún no se ha verificado.

Nota: El indicador de calidad solo permanecerá visible durante la sesión de MinKNOW. Una vez finalizada, el estado de la celda de flujo se borrará.

Antes de realizar un experimento de secuenciación, necesitará purificar la muestra de ADN o ARN y preparar una biblioteca de secuenciación. Para más información sobre la preparación de muestras, consulte la sección Prepare en la pestaña Documentation de la comunidad Nanopore.

El protocolo de MinKNOW se encuentra en este enlace.

La disponibilidad de actualizaciones se mostrará en una ventana emergente cuando se abra la sección Configuración del servidor del programa. Es posible descargar actualizaciones también desde la página de descargas de la comunidad Oxford Nanopore.

En el caso de la GPU:

sudo apt clean 
sudo apt update
sudo apt install ont-standalone-minknow-gpu-release

En el caso de la CPU:

sudo apt clean 
sudo apt update
sudo apt install ont-standalone-minknow-release

Se instalará la última versión de MinKNOW. Cuando los comandos hayan terminado de ejecutarse, reiniciar el programa:

sudo reboot

Con algunas actualizaciones, el microprograma instalado en el MinION Mk1D tal vez también necesite actualizarse. El microprograma se actualizará automáticamente en el MinION Mk1D la primera vez que se conecte el dispositivo, tras una actualización de MinKNOW que incluya un nuevo microprograma. Durante la actualización, el dispositivo no se podrá seleccionar en MinKNOW y mostrará un mensaje que diga que el microprograma se está actualizando. Los LEDES indicarán el progreso de la actualización antes de que el dispositivo se reinicie y vuelvan a su estado habitual.

Actualizar el microprograma tarda aproximadamente 2 minutos y medio. Durante este tiempo, no desenchufe el dispositivo del ordenador.

Mientras se esté actualizando, las actualizaciones del microprograma en versiones anteriores a la 24.11 no proporcionarán ninguna respuesta en la interfaz de usuario de MinKNOW o en los indicadores LED. Mientras se instala la actualización, es posible que el dispositivo no aparezca en MinKNOW o que aparezca como "dispositivo desconectado".

Si tiene problemas con el MinION Mk1D o el programa MinKNOW, los archivos de registro suelen ser necesarios para que el servicio de asistencia técnica pueda diagnosticar el problema. Los archivos de registro se encuentran en:

Windows: C:\Data\logs\

Mac: /var/log/MinKNOW/

Ubuntu: /var/log/minknow/

Los registros de identificación de bases en Dorado se encuentran por defecto en las siguientes ubicaciones:

Windows: C:\Data\dorado_logs\

Mac: /var/log/dorado/

Ubuntu: /var/log/dorado/

Nota: En Windows, si se ha configurado MinKNOW para que genere los resultados en una ubicación distinta a la predeterminada, los registros se encontrarán en el subdirectorio "logs" de la carpeta de salida.