El MinION Mk1D representa la nueva generación de dispositivos portátiles de secuenciación por nanoporos. Está diseñado para ser compatible con ordenadores modernos, ordenadores de mesa y el iPad Pro (junto al dispositivo accesorio del iPad para Mk1D cuando salga a la venta) a través de una conexión USB-C.

Las mejoras en la capacidad de disipación térmica del MinION Mk1D potencian considerablemente el rendimiento del dispositivo y favorecen una secuenciación de gran precisión en tiempo real, en una gama de entornos más amplia que su predecesor, el MinION Mk1B. El MinION Mk1D posee también un indicador LED que permite identificar el estado del dispositivo de un vistazo.

El dispositivo funciona con celdas de flujo MinION o Flongle (esta última, junto a un adaptador Flongle). El MinION Mk1D es capaz de secuenciar tanto ADN como ARN y se dirige desde el programa MinKNOW, que gestiona el dispositivo y las celdas de flujo, recoge los datos secuenciados y realiza la identificación de bases.

*El intervalo de funcionamiento de aparatos electrónicos está comprendido en una temperatura ambiente de 5 °C a 40 °C

Ficha técnica MinION Mk1D

Requisitos informáticos MinION Mk1D

Información sobre seguridad y normativa

La sección de preguntas frecuentes del MinION Mk1D, se encuentra aquí.

El envío consta de:

• 1 MinION Mk1D
• 1 cable USB-C a USB-C (0,5 m)
• 1 celda de prueba de configuración (CTC)
• 1 Guía de inicio rápido
• 1 Folleto "Información sobre seguridad y normativa"

Tapa - Levantar y abrir la tapa hasta atrás para acceder al interior del dispositivo e insertar una celda de flujo. Cerrar la tapa durante su uso.

Clip - Al abrir la tapa, aparece el clip que sujeta la celda de flujo o CTC de forma segura. Cuando se saca una celda de flujo o CTC y la tapa está cerrada del todo, el clip se retrae en el dispositivo.

Celda de prueba de configuración (CTC) - La CTC es una celda de flujo no funcional, que se utiliza durante la comprobación del equipo para comprobar que la comunicación entre la celda de flujo, el dispositivo y el ordenador funcione correctamente.

Puerto USB-C - El puerto USB sirve para conectar el MinION al ordenador principal, proporcionar energía al dispositivo y transferir los datos.

Indicadores LED - Los indicadores LED proporcionan información acerca del estado del dispositivo cuando este está conectado al ordenador y el programa MinKNOW está funcionando.

Cuando el dispositivo se enciende, los LEDES se iluminan gradualmente, indicando el progreso de encendido. Cuando los LEDES se muestran blancos (o azules, si hay alguna celda de flujo insertada), el dispositivo está listo para utilizarse.

• LED blanco: no hay celdas de flujo insertadas
• LED azul: celda de flujo insertada, script ejecutado correctamente
• LED verde (en movimiento): ejecución del script en curso
• LED rojo (intermitente): error en el script

Nótese que, los indicadores LED se introdujeron con el lanzamiento de la versión 24.06.16 de MinKNOW. En las versiones anteriores, se muestra un color cian constante.

Consulte los requisitos informáticos del dispositivo y cerciórese de que el ordenador reúna las características técnicas necesarias para ejecutar el MinION Mk1D. De no ser así, el rendimiento de la secuenciación podría verse comprometido.

Todos los dispositivos de Oxford Nanopore utilizan MinKNOW™ como programa principal. Este programa lleva a cabo varias tareas centrales: adquisición de datos, análisis y retroalimentación en tiempo real, identificación de bases y transmisión de datos, entre otros. Además, gestiona el dispositivo y garantiza que la química de la plataforma funcione correctamente. MinKNOW toma los datos crudos y los convierte en lecturas mediante el reconocimiento del cambio que ocurre en la corriente cuando una cadena de ADN entra y sale del poro. Entonces, identifica las lecturas y escribe los datos para su posterior análisis.

Siga el protocolo de MinKNOW para instalar el programa en Windows, Mac OS X o Linux.

La imagen a continuación muestra la comprobación del equipo utilizando un adaptador Flongle:

Es fundamental verificar las celdas de flujo y determinar el número de poros que tienen, antes de cargar una biblioteca de ADN o ARN en ellas.

Oxford Nanopore sustituirá cualquier celda de flujo no utilizada, con un número de poros disponible inferior al cubierto por la garantía, en un plazo de doce semanas desde la compra de celdas de flujo MinION y de cuatro semanas tras la compra de celdas de flujo Flongle, siempre y cuando se informe de los resultados en un plazo de dos días y se hayan guardado las celdas de flujo siguiendo los requisitos de almacenamiento.

Durante la comprobación, se mostrará una barra de estado debajo de la celda de flujo.

La calidad de la celda de flujo se mostrará con uno de estos tres valores:

1. Signo de exclamación amarillo (celda de flujo Flongle): El número de poros listos para secuenciar está por debajo del número cubierto por la garantía. Sacar la celda de flujo del dispositivo, volver a insertarla y verificar de nuevo el número de poros que tiene. Si el resultado sigue siendo inferior al cubierto por la garantía, contacte con Atención al cliente (chat Live Support).

2. Icono de verificación verde (celda de flujo MinION): El número de poros listos para secuenciar está por encima de la cantidad cubierta por la garantía.

3. Signo de exclamación Naranja (celda de flujo Flongle): Durante esta sesión en MinKNOW, la celda de flujo aún no se ha verificado.

Nota: El indicador de calidad solo permanecerá visible durante la sesión de MinKNOW. Una vez finalizada, el estado de la celda de flujo se borrará.

Antes de realizar un experimento de secuenciación, necesitará purificar la muestra de ADN o ARN y preparar una biblioteca de secuenciación. Para más información sobre la preparación de muestras, consulte la sección Prepare en la pestaña Documentation de la comunidad Nanopore.

El protocolo de MinKNOW se encuentra en este enlace.

La disponibilidad de actualizaciones se mostrará en una ventana emergente cuando se abra la sección Configuración del servidor del programa. Es posible descargar actualizaciones también desde la página de descargas de la comunidad Oxford Nanopore.

Para la GPU:

sudo apt clean 
sudo apt update
sudo apt install ont-standalone-minknow-gpu-release

Para la CPU:

sudo apt clean 
sudo apt update
sudo apt install ont-standalone-minknow-release

Se instalará la última versión de MinKNOW. Cuando los comandos hayan terminado de ejecutarse, reiniciar el programa:

sudo reboot

Con algunas actualizaciones, el microprograma instalado en el MinION Mk1D tal vez también necesite actualizarse. El microprograma se actualizará automáticamente en el MinION Mk1D la primera vez que se conecte el dispositivo, tras una actualización de MinKNOW que incluya un nuevo microprograma. Durante la actualización, el dispositivo no se podrá seleccionar en MinKNOW y mostrará un mensaje que diga que el microprograma se está actualizando. Los LEDES indicarán el progreso de la actualización antes de que el dispositivo se reinicie y vuelvan a su estado habitual.

Actualizar el microprograma tarda aproximadamente 2 minutos y medio. Durante este tiempo, no desenchufe el dispositivo del ordenador.

Mientras se esté actualizando, las actualizaciones del microprograma en versiones anteriores a la 24.11 no proporcionarán ninguna respuesta en la interfaz de usuario de MinKNOW o en los indicadores LED. Mientras se instala la actualización, es posible que el dispositivo no aparezca en MinKNOW o que aparezca como "dispositivo desconectado".

Si tiene problemas con el MinION Mk1D o el programa MinKNOW, los archivos de registro suelen ser necesarios para que el servicio de asistencia técnica pueda diagnosticar el problema. Los archivos de registro se encuentran en:

Windows: C:\Data\logs\

Mac: /var/log/MinKNOW/

Ubuntu: /var/log/minknow/

Los registros de identificación de bases en Dorado se encuentran por defecto en las siguientes ubicaciones:

Windows: C:\Data\dorado_logs\

Mac: /var/log/dorado/

Ubuntu: /var/log/dorado/

Nota: En Windows, si se ha configurado MinKNOW para que genere los resultados en una ubicación distinta a la predeterminada, los registros se encontrarán en el subdirectorio "logs" de la carpeta de salida.