El MinION™ Mk1D es un dispositivo de secuenciación por nanoporos pequeño y portátil, que permite secuenciar en el lugar donde se encuentra la muestra y necesita solo de un ordenador externo que suministre energía y gestione la secuenciación a través del programa MinKNOW™.

MinKNOW, por su parte, lleva a cabo varias tareas esenciales:

• Adquisición de datos y análisis en tiempo real
• Transmisión de datos y gestión del dispositivo
• Selección de los parámetros del experimento
• Identificación de muestras y seguimiento

Además de recoger la señal en bruto de los nanoporos, MinKNOW incorpora un algoritmo de identificación de bases que convierte esta señal en secuencias de ADN o ARN mediante aprendizaje automático.

Este documento proporciona información para seleccionar un ordenador compatible con el MinION Mk1D.

Importante: el MinION Mk1D es compatible solo con la versión 24.11.10 de MinKNOW o una posterior.

Las siguientes características técnicas garantizan que el ordenador adquiera los datos e identifique las bases de forma eficaz. El uso de un ordenador no compatible podría reducir el rendimiento, ralentizar la identificación de bases o provocar fallos en los experimentos.

Recomendaciones

Las características técnicas recomendadas garantizan una identificación de bases en tiempo real con gran precisión, incluida la detección de bases modificadas (CpG en contextos 5mC/5hmC), el alineamiento y el muestreo adaptativo. Este grado de rendimiento también respalda la generación de bases identificadas con máxima precisión en tiempo real.

Requisitos mínimos

Los requisitos mínimos están diseñados para equilibrar coste y rendimiento. Activan la identificación de bases de gran precisión, con datos listos para su uso al final de un ciclo de secuenciación típico de 72 h.

Limitaciones de los requisitos mínimos

• En ocasiones, el funcionamiento en tiempo real no será viable en ciclos de secuenciación cortos o en tareas de análisis más intensas.
• El muestreo adaptativo y la identificación de bases de gran precisión no siempre funcionarán simultáneamente.
• La identificación de bases de ultraprecisión (SUP) tal vez necesite un tiempo de procesamiento adicional significativo, una vez finalizada la secuenciación.

Elementos	Requisitos mínimos	Recomendado
Sistema operativo	Windows 10/11 Ubuntu 22.04/24.04 LTS macOS	Windows 10/11 Ubuntu 22.04/24.04 LTS
Periféricos	USB-C (USB 2.0 o superior)	USB-C (USB 2.0 o superior)
Memoria	16 GB o más Apple: 24 GB o más de memoria unificada	32 GB como mínimo
GPU	NVIDIA RTX 4070 o superior	Apple: M4 Pro o superior
CPU	Procesador Intel I5 o superior AMD Threadripper o superior Apple: M4 Pro o superior (mínimo 6 núcleos)	Procesador Inter I7 o superior (mínimo 12 núcleos)
Almacenamiento	1 TB SSD o más	2 TB SSD o más

Nota: la compatibilidad y el rendimiento de equipos nuevos en el mercado, como las GPU o procesadores de nueva generación, tal vez presenten limitaciones hasta que finalicen las pruebas y la optimización.

Compatibilidad del procesador

• MinKNOW es compatible solo con procesadores Intel, AMD y Apple silicon.
• Los ordenadores Mac con procesador Intel no son compatibles.
• Otros procesadores, como Qualcomm Snapdragon y chips de arquitectura ARM tampoco son compatibles.

Conexión USB

El MinION Mk1D debe conectarse a un ordenador mediante el puerto USB-C. Es necesaria una velocidad de transferencia de datos USB 2.0, por lo que todos los puertos USB-C capaces de transferir datos son compatibles.

• Los adaptadores o cables USB-A a USB-C no son compatibles, ya que los puertos USB-A no proporcionan suficiente energía.

Los datos de secuenciación por nanoporos se guardan en los siguientes tipos de archivos:

• FASTQ - formato de texto que almacena secuencias de ADN/ARN junto con puntuaciones de calidad.
• BAM - formato para lecturas alineadas, incluyendo la identificación de bases modificadas (p. ej., metilación).
• sequencing_summary.txt - contiene metadatos de todas las lecturas identificadas de un experimento de secuenciación, que incluye detalles como identificadores de lecturas, longitud de secuencias por puntuación de calidad y duración por lectura. El tamaño del archivo dependerá del número de lecturas secuenciadas.

Opcional:

• POD5 - Principal formato de datos crudos que reemplaza al formato obsoleto FAST5. Es más eficaz en ambos almacenamiento y procesamiento.

En la tabla siguiente se indican los requisitos de almacenamiento estimados en función de diferentes producciones de secuenciación de una única celda de flujo. Los valores proceden de un experimento de secuenciación que guarda archivos POD5, FASTQ y BAM, con una lectura N50 de 23 kb.

Rendimiento celdas de flujo (Gigabases)	Almacenamiento POD5 (Gigabytes)	Almacenamiento FASTQ.gz (Gigabytes)	BAM sin alinear con modificaciones (Gigabytes)
10	70	6,5	6
15	105	9,75	9
30	210	19,5	18
50	350	35	30

Nota: durante la secuenciación, se generarán archivos POD5 constantemente. Si la identificación de bases está activada, se crearán archivos FASTQ o BAM y quizás se desactive la escritura de POD5; sin embargo, será necesario contar con almacenamiento temporal adicional.

El acceso a la red garantiza el correcto funcionamiento del sistema y la ejecución de actualizaciones. Todas las conexiones son salientes, a través de los puertos 80 y 443 y no requieren acceso entrante.

Oxford Nanopore no tiene acceso a su sistema.

Tipo de acceso	Finalidad	Dominios necesarios
Telemetría	Permite que MinKNOW funcione y transmita la telemetría	ping.oxfordnanoportal.com
Programas y actualizaciones del SO	Acceso a las actualizaciones de MinKNOW, paquetes del SO y controladores de GPU	cdn.oxfordnanoportal.com * .ubuntu.com *.nvidia.com
EPI2ME	Acceso a flujos de trabajo de análisis en contenedores	*.github.com hub.docker.com
Inicio de sesión en la cuenta Nanopore	Es necesario iniciar sesión en una cuenta Nanopore y acceder a servicios en la nube	id.nanoporetech.com *.okta.com

Nota: si su institución utiliza un proxy o cortafuegos, compruebe que esté permitido el acceso saliente a esos dominios; así evitará problemas con el funcionamiento de los programas, las actualizaciones o la autenticación del usuario.

Telemetría

MinKNOW y EPI2ME™ recogen datos de telemetría durante su uso, tal como se indica en nuestros Términos y condiciones, lo que ayuda a supervisar el rendimiento del dispositivo, facilita la resolución de incidencias y activa la sustitución de la garantía de la celda de flujo cuando corresponda.

Nota sobre privacidad: algunos campos de telemetría permiten la entrada de texto libre, por lo tanto, evite introducir datos o información personal identificable. Nosotros no recopilamos datos de secuenciación.

Análisis en EPI2ME

La aplicación de escritorio EPI2ME proporciona soluciones de análisis —en la nube o locales— definidas por el usuario:

• El análisis local se realiza directamente en el ordenador y utiliza los recursos informáticos disponibles.
• El análisis en la nube se aloja en Amazon Web Services (AWS) y requiere una conexión a internet.

Aquí encontrará información sobre cómo EPI2ME es capaz de ayudar en el análisis de datos.

Formatos de carga de datos: FASTQ, BAM y otros formatos de flujos de trabajo relevantes se cargan en EPI2ME, que procesa los datos a través de flujos informáticos Nextflow personalizados y proporciona informes HTML interactivos.

Algunos procesos del sistema, como las actualizaciones programadas, los análisis antivirus o la gestión de políticas informáticas, pueden interferir en los experimentos de secuenciación.

A continuación se indican algunas áreas clave que debe considerar y comentar con su departamento de informática para garantizar una experiencia de secuenciación fluida y sin interrupciones.

Elemento	Requisitos mínimos
Nivel de privilegios de la cuenta de usuario	Es necesario tener privilegios de administrador local para instalar el programa y las actualizaciones; sin embargo, no se requieren para realizar experimentos de secuenciación.
Conexión a internet	Es necesario tener una conexión a internet estable y regular para actualizar el programa y enviar los datos de telemetría. Durante el uso fuera de línea (p. ej. en expediciones o trabajo de campo), contactar con support@nanoporetech.com para pedir orientación.
Configuración del antivirus	El programa antivirus consume una cantidad significativa de recursos del sistema, lo que tiene capacidad de afectar el rendimiento de la secuenciación. Para evitar interrupciones, recomendamos desactivar los análisis automáticos y programar análisis manuales cuando el MinION no se esté utilizando.
Configuración de actualizaciones del SO	Establezca las actualizaciones del SO en modo manual, ya que descargar actualizaciones durante la secuenciación tal vez cree problemas. Las actualizaciones que requieran reiniciar el equipo detendrán los experimentos activos. Coordínese con el departamento de informática de su institución y asegúrese de que los parámetros de control establecidos por el administrador no se antepongan a la configuración local de manera que se produzcan actualizaciones o reinicios no previstos.
Programa de detección de dispositivos	Es posible que el programa de detección de dispositivos interfiera en el rendimiento del sistema. Recomendamos desactivar este programa durante la secuenciación.
Configuración y actualizaciones de la BIOS y el conjunto de circuitos	Compruebe que los controladores del conjunto de circuitos y el programa interno de la BIOS estén actualizados. Antes de analizar los datos en EPI2ME, compruebe que la virtualización esté activada.

1. ¿Es posible utilizar un ordenador distinto o más antiguo que el descrito por las características técnicas aquí indicadas?

Sí, pero el rendimiento, sobre todo la velocidad de identificación de bases, varía en función del equipo. La elección de la GPU es lo que más influye en el rendimiento.

Compatibilidad del equipo

Equipos más antiguos:

• Los ordenadores lanzados antes de 2015 es poco probable que funcionen.
• Procurar que la unidad de procesamiento gráfico (GPU) sea compatible con una capacidad de cálculo 6.1 o superior (por ejemplo, la serie RTX 10XX o posterior).
• Procurar que el procesador (CPU) sea compatible con AVX2 (por ejemplo, Intel Haswell, AMD Steamroller o versiones posteriores).
• Es necesario un puerto USB-C (USB 2.0 o superior) para conectar el dispositivo.

Equipos más nuevos:

• Es posible que la compatibilidad y el rendimiento con equipos más nuevos —como las GPU o procesadores de última generación—, sean limitados hasta que finalicen las pruebas y la optimización.

2. He comprado un ordenador basándome en la información que previamente incluía este documento. ¿Se ha quedado ya obsoleto?

Este documento está diseñado para ayudarle a elegir un ordenador que funcione con el MinION Mk1D. Como la disponibilidad de equipos cambia con el tiempo, actualizamos nuestras recomendaciones para reflejar componentes que sean actuales y estén fácilmente disponibles. Si su ordenador actual reúne las características indicadas arriba, en la pregunta 1, aún es compatible con nuestra technología.

3. Quiero identificar las bases de mis datos en otro ordenador o HPC. ¿Cuáles son los requisitos mínimos reales para realizar la adquisición de datos?

Los requisitos mínimos indicados (sin contar la GPU) son suficientes para realizar la adquisición de datos, es decir, para secuenciar sin identificar las bases.

4. ¿Puedo utilizar otras distribuciones de Linux aparte de Ubuntu 22.04 o 24.04 LTS?

Recomendamos utilizar solo Ubunto 22.04 o 24.04 LTS, ya que no hemos probado ni validado otras distribuciones de Linux y no siempre serán compatibles con nuestro programa y nuestros procesos de asistencia.

5. ¿Por qué no hay requisitos técnicos recomendados para Mac?

Apple silicon es compatible, pero en las tareas de secuenciación —especialmente cuando se utilizan modelos que consumen muchos recursos, como los de ultra precisión (SUP)— los sistemas con una GPU de NVIDIA ofrecen un mejor rendimiento y constituyen una solución más rentable.

Encontrará más información y respuestas a Preguntas frecuentes sobre el MinION Mk1D en la página de dispositivos de la sección Support.