MinION™ Mk1D 是一款小巧便携的纳米孔测序仪，专为样本的现场即时测序设计。该设备通过计算机供电，并依托 MinKNOW™ 软件实现测序控制功能。

MinKNOW负责多项核心任务，包括：

• 数据采集和实时分析
• 数据传输与仪器控制
• 实验参数设定
• 样本鉴定及追踪

MinKNOW 不仅能采集原始纳米孔信号，还可通过其内置的机器学习算法，将信号转换为 DNA 或 RNA 序列。

本文档提供了适用于 MinION Mk1D 的 IT 配置标准，供用户在选用兼容计算设备时参考。

重要：MInION Mk1D 需配合 24.11.10 或更高版本的MinKNOW使用。

为确保计算机能够高效执行数据采集与碱基识别，请参考以下配置要求。使用不符合要求的设备可能导致性能下降、碱基识别速度变慢，甚至测序运行失败。

推荐配置

推荐配置支持实时高精准碱基识别（包括修饰碱基识别，如 CpG 位点上的 5mC/5hmC）、序列比对和适应性采样，并可实现 SUP（超精准）模式下的实时碱基识别。

最低配置

最低配置兼顾性能与成本，可支持高精准碱基识别。数据将在常规的 72 小时测序运行结束后完成处理，供后续分析使用。

最低配置的局限性：

• 对于短时测序或计算密集型任务，可能无法实现实时处理；
• 可能无法同时运行适应性采样和高精准碱基识别；
• 采用 SUP（超精准）模式进行碱基识别时，测序完成后可能仍需耗费较长的额外处理时间。

组件	最低配置	推荐配置
操作系统	Windows 10/11 Ubuntu 22.04/24.04 LTS MacOS	Windows 10/11 Ubuntu 22.04/24.04 LTS
接口	USB Type-C （USB 2.0 或更高）	USB Type-C （USB 2.0 或更高）
内存	16 GB + Apple: 24 GB + 统一内存	32 GB +
GPU	NVIDIA RTX 4070 + Apple: M4 Pro +	NVIDIA RTX 4090
CPU	Intel I5 + / AMD Threadripper + / Apple M4 Pro + (6核 +)	Intel I7 + (12核 +)
存储	1 TB SSD +	2 TB SSD +

注意：对于新发布的硬件（如下一代 GPU 或处理器），在 Oxford Nanopore 完成相关测试与优化之前，其兼容性与性能表现尚无法完全保证。

处理器兼容性

• MinKNOW 仅兼容 Intel、AMD 或 Apple Silicon 处理器；
• 不支持搭载 Intel 处理器的 Mac 设备；
• 亦不支持Qualcomm Snapdragon 及其他基于 ARM 架构的处理器。

USB 连接要求

MinION Mk1D 必须通过 USB-C 接口连接计算机。由于其仅需 USB 2.0 级别的数据传输速率，因此所有具备数据传输功能的 USB-C 接口均可兼容使用。

• 请勿使用 USB-A 转 USB-C 适配器或数据线，因 USB-A 接口可能无法提供足够电力。

Nanopore 测序数据通常以以下几种文件类型存储：

• FASTQ - 一种基于文本的序列储存格式，用于保存 DNA 或 RNA 序列及其对应的质量评分（Q 值）；
• BAM - 用于存储经过比对的序列数据，包含修饰碱基信息（如甲基化等）；
• sequencing_summary.txt - 储存了单次测序中，与测序序列及碱基识别相关的元数据。其中包括：序列片段编号、序列长度、每条序列片段的质量值、测序时长等。该序列摘要文件的大小取决于所包含的序列片段数量。

可选格式：

• POD5 - 原始数据的标准存储格式，是对早期 FAST5 格式的替代，具有更高的数据存储与处理效率。

下表列出了单张测序芯片在不同测序通量下预计生成的文件大小，涵盖 POD5、FASTQ 和 BAM 三种数据格式，序列片段的 N50 长度为 23 kb。

测序芯片产出 （Gbases）	POD5（Gbytes）	FASTQ.gz（Gbytes）	未经比对的BAM（带修饰）（Gbytes）
10	70	6.5	6
15	105	9.75	9
30	210	19.5	18
50	350	35	30

注意：测序过程中 MinKNOW 将持续生成 POD5 文件。若启用碱基识别功能，系统将生成 FASTQ 和/或 BAM 文件，此时可能会停止对 POD5 文件的写入。尽管如此，用户仍需预留充足的临时存储空间。

系统的正常运行与更新依赖于网络访问权限。所有网络连接均为出站连接，通过 TCP 端口 80 和 443 进行通信，无需开启任何入站端口。

Oxford Nanopore 无法远程访问您的系统。

访问类型	用途	所需域名
遥测	支持 MinKNOW 执行遥测功能并发送相关数据	ping.oxfordnanoportal.com
软件与操作系统更新	获取 MinKNOW 更新、操作系统软件包和 GPU 驱动程序	cdn.oxfordnanoportal.com *.ubuntu.com *.nvidia.com
EPI2ME	访问容器化分析流程	*.github.com hub.docker.com
Nanopore 账户登录	登录 Oxford Nanopore 账户并访问相关云端服务	id.nanoporetech.com *.okta.com

注意：如您所在机构部署了代理服务器或防火墙，请确保上述域名的出站访问已开放，以免影响软件更新、功能使用及用户身份验证。

遥测

MinKNOW 和 EPI2ME™ 在测序运行期间将依据相关条款收集遥测数据，用于设备性能监控、故障排查与技术支持，并作为芯片质保更换的依据（如适用）。

隐私提示：由于部分遥测字段支持自由文本输入，请避免填写任何可识别个人身份的信息。我们不会收集任何测序数据。

EPI2ME 分析

EPI2ME 桌面应用程序支持用户灵活配置本地或云端数据分析流程：

• 本地分析：在本地计算机上运行，利用本地计算资源执行分析任务；
• 云端分析：依托 Amazon Web Services（AWS）平台，需保持互联网连接。

点击 此处，了解 EPI2ME 如何助力您的数据分析工作。

数据上传格式：EPI2ME 支持上传 FASTQ、BAM 及其他与分析流程相关的文件格式。所上传数据将通过定制的 Nextflow 流程进行处理，并生成交互式 HTML 报告。

系统行为（如定时更新、杀毒扫描或 IT 管控措施）可能对测序运行造成干扰。

为确保测序过程顺利进行且不被中断，建议您就以下关键事项与所在单位的 IT 部门沟通确认。

组件	最低要求
用户账户权限等级	安装和更新软件需具备本地管理员权限；执行测序实验则无需管理员权限。
网络连接	系统须始终保持稳定的互联网连接，以确保软件更新和遥测功能的正常运行。 如需离线使用（例如现场作业或野外考察），请联系 support@nanoporetech.com 获取进一步协助。
杀毒软件设置	杀毒软件可能占用大量系统资源，影响测序性能。为避免干扰，建议您关闭自动扫描功能，并在 MinION 未运行时安排手动扫描。
操作系统更新设置	建议将操作系统更新设置为手动模式，以避免在测序过程中因自动更新而引发问题——尤其当更新涉及系统重启时，将导致测序任务中断。 请与 IT 部门协调，确保单位 IT 管控措施不会覆盖本地设置，从而防止意外更新或重启。
终端检测软件	终端检测类软件可能干扰系统性能。 建议在测序过程中禁用该类软件。
BIOS/芯片组设置与更新	请确保 BIOS 固件和芯片组驱动程序均为最新版本。如需使用 EPI2ME 进行数据分析，请确认已启用虚拟化功能。

1.我可以使用与本文件所列配置不同或较旧的计算机吗？

可以，但性能表现（尤其是碱基识别速度）可能因硬件差异而有所不同。其中，GPU 的选择对性能影响最为显著。

硬件兼容性说明

旧款硬件：

• 2015 年前发布的计算机通常不兼容；
• GPU 须支持 Compute Capability 6.1 或更高版本（如 RTX 10 系列或更新型号）；
• CPU 须支持 AVX2 指令集（如 Intel Haswell、AMD Steamroller 或更新架构）；
• 计算机须具备 USB-C 接口，并支持 USB 2.0 或更高传输标准。

新款硬件：

• 对于新发布的硬件（如下一代 GPU 或处理器），在 Oxford Nanopore 完成相关测试与优化之前，其兼容性和性能表现尚无法完全保证。

2.我根据旧版本文档购买的计算机，现在是否仍符合要求？

本文件用于指导用户选购可兼容 MinION Mk1D 的计算机。随着硬件的持续升级，我们会定期更新推荐配置，以反映当前市面上主流且易于购买的设备。如果您现有的计算机仍符合第 1 条中的配置要求，即可继续正常使用我们的软件。

3.我计划在其他计算机或高性能计算平台（HPC）上执行碱基识别。对于仅用于数据采集的设备，最低配置有哪些要求？

如果设备仅用于数据采集（即测序过程中不执行碱基识别），则本文档所列的最低配置已足够，且无需配备 GPU。

4.是否支持使用 Ubuntu 22.04/24.04 LTS 以外的其他 Linux 发行版？

我们建议您仅使用 Ubuntu 22.04 或 24.04 LTS。其他 Linux 发行版尚未经官方测试与验证，可能存在兼容性问题，且不在技术支持范围内。

5.为何未提供针对 Mac 的推荐配置？

尽管本软件可在搭载 Apple Silicon 的 Mac 上运行，但在测序性能方面，特别是当运行 SUP（超精准）等资源密集型模型时，配备 NVIDIA GPU 的系统表现更优，在碱基识别任务中也具有更高性价比。

更多有关 MinION Mk1D 的信息和常见问题，请参阅我们的 设备支持页面。