Flow Cell Check
Protocol
Flow Cell Check VPQE_1004_v1_revAJ_06Jan2016
For Research Use Only
FOR RESEARCH USE ONLY
Contents
Overview
Running the flow cell check
Overview
For Research Use Only
1. Introduction to the flow cell check
Purpose of the flow cell check
A Flow Cell Check is used to assess the number of nanopores that are available in the flow cell. It should be run when you are ready to use the flow cell, and within 3 months of purchase (except for Flongle flow cells, which currently have a shelf life of four weeks).
Oxford Nanopore Technologies will replace any flow cell that falls below the warranty number of active pores, provided the result is reported within two days of performing the Flow Cell Check and the storage recommendations have been followed.
| Flow cell | Minimum number of active pores covered by warranty |
|---|---|
| Flongle Flow Cell (FLO-FLG001) | 50 |
| Flongle Flow Cell (FLO-FLGOP1) | 30 |
| MinION/GridION Flow Cell | 800 |
| PromethION Flow Cell | 5000 |
Flow cell storage instructions
We recommend to store flow cells unopened, as follows:
| Flow cell | Storage instructions |
|---|---|
| Flongle Flow Cells | 2–8°C for four weeks |
| MinION/GridION Flow Cells | room temperature for one month, or at 2–8°C for 12 weeks |
| PromethION Flow Cells | 2–8°C for 12 weeks |
2. Flongle flow cell check
Consumibles
- Flongle device - flow cell and adapter
Instrumental
- Dispositivo MinION o GridION
- Host computer connected to the Internet with MinKNOW and the Desktop Agent installed
IMPORTANTE
In this step, you will use the MinKNOW software to check the number of pores in your flow cell. This has to be done as soon as reasonably possible after receiving your Flongle flow cell. Flow cells can then be stored until required. If there is a delay between receiving and using the flow cells, another check should be performed before library preparation begins.
How it works
Flow cells are shipped with a QC DNA molecule present in the buffer. This molecule produces a distinctive nanopore signal. The MinKNOW™ software uses this signal to validate the integrity of the nanopore array before use and provides the user with an estimate of the number of simultaneously available channels for the experiment.
Place the Flongle adapter into the MinION or one of the five GridION positions.
The adapter should sit evenly and flat on the MinION Mk1B or GridION platform. This ensures the flow cell assembly is flat during the next stage.
IMPORTANTE
The adapter needs to be plugged into your device, and the device should be plugged in and powered on before inserting the Flongle flow cell.
Place the flow cell into the Flongle adapter, and press the flow cell down until you hear a click.
The flow cell should sit evenly and flat inside the adapter, to avoid any bubbles forming inside the fluidic compartments.
Hacer doble clic en el icono de MinKNOW, ubicado en el escritorio.
Recomendamos a los usuarios que inicien sesión en MinKNOW usando los datos de acceso de la comunidad Nanopore.
Para iniciar sesión, debe estar conectado a Internet.
En la pantalla inicial, es posible cambiar el idioma de la interfaz en la esquina inferior derecha.
El sistema le pedirá que introduzca su dirección de correo electrónico y contraseña de Nanopore:
Si tiene problemas para iniciar sesión, visite la página de ayuda de la comunidad Nanopore (https://community.nanoporetech.com/support) y elija la opción Continuar como invitado de forma temporal.
Click the sequencing device connected to the computer.
The Sequencing Overview should show the flow cell has not had any checks carried out.
Below is an example of a GridION device with a Flongle inserted into position X1 and MinION Flow Cells in positions X2 - X5.
Ir a la página de inicio y hacer clic en Verificar celda de flujo
Choose the flow cell type from the drop down menu and fill in the flow cell ID.
Below is an example of a GridION device with a Flongle inserted into position X1.
IMPORTANTE
En el caso de las celdas de flujo Flongle, el identificador no se asigna automáticamente en MinKNOW. Es imprescindible introducir el identificador en el formato correcto: ABC123, es decir ([A-Z] x 3 [0-9] x 3).
El identificador distingue entre mayúsculas y minúsculas, sin espacios. El programa MinKNOW no permitirá continuar hasta que se haya introducido el identificador.
Si los datos introducidos no tienen el formato correcto o falta algo, aparecerá una notificación en la esquina inferior derecha de la interfaz.
A continuación, resaltado en azul, hay un ejemplo de identificador de celda de flujo Flongle:
Select 'Start' to begin the flow cell check.
Esta acción abrirá el Panel general de secuenciación.
Durante las comprobaciones, se mostrará una barra de estado debajo de cada celda de flujo.
Este ejemplo es de una CTC Flongle (la barra de estado está resaltada en rojo). 
The flow cell check should take a few minutes.
Flow cell health indicators
The quality of the flow cell will be shown as one of the three outcomes:
Yellow exclamation mark (Flongle flow cell) The number of sequencing pores is below warranty.
Green tick (MinION flow cell) The number of sequencing pores is above warranty.
Question mark (PromethION flow cell) A Flow Cell Check has not been run on the flow cell during this MinKNOW session.
Note: The indicator of quality (question mark, exclamation mark or tick) will only remain visible during a MinKNOW session. Once the MinKNOW service has ended, the status of the flow cell will be erased.
3. MinION Mk1C flow cell check
Consumibles
- Celda de flujo MinION/GridION
Instrumental
- MinION Mk1C
In this step, you will use the MinKNOW software to check the number of pores in your flow cell. This has to be done prior to loading your DNA or RNA library onto the flow cell.
How it works
Flow cells are shipped with a QC DNA molecule present in the buffer. This molecule produces a distinctive nanopore signal. The MinKNOW™ software uses this signal to validate the integrity of the nanopore array before use and provides the user with an estimate of the number of simultaneously available channels for the experiment.
Set up the MinION Mk1C and flow cell.
Power on the MinION Mk1C, as described in the MinION Mk1C protocol under Power.
Once successfully plugged in, you will see a light and hear the fan.
Open the MinION Mk1C lid and insert the flow cell under the clip.
Press down firmly to ensure good thermal and electrical contact.
Note: The above image uses a CTC for illustrative purposes. Please insert a flow cell.
Recomendamos a los usuarios que inicien sesión en MinKNOW usando los datos de acceso de la comunidad Nanopore.
Para iniciar sesión, debe estar conectado a Internet.
En la pantalla inicial, es posible cambiar el idioma de la interfaz en la esquina inferior derecha.
El sistema le pedirá que introduzca su dirección de correo electrónico y contraseña de Nanopore:
Si tiene problemas para iniciar sesión, visite la página de ayuda de la comunidad Nanopore (https://community.nanoporetech.com/support) y elija la opción Continuar como invitado de forma temporal.
Select the Mk1C in the connection manager to open the device.
Ir a la página de inicio y seleccionar Flow cell check/Verificar celda de flujo.
Cuando aparezca el tipo de celda de flujo y se reconozca el identificador, hacer clic en 'Iniciar'.
The user will be automatically navigated to the Sequencing Overview page.
Run state can be viewed here and a progress bar is displayed at the base of the flow cell. 
Number of pores available will be displayed here once check is completed. 
The flow cell check should take a few minutes.
Flow cell health indicators
The quality of the flow cell will be shown as one of the three outcomes on the Sequencing Overview page:
Yellow exclamation mark: The number of sequencing pores is below warranty.
Green tick: The number of sequencing pores is above warranty and ready for sequencing.
Question mark: A flow cell check has not been run on the flow cell during this MinKNOW session.
Note: the indicator of quality will only remain visible during the MinKNOW session when testing occurred. Once the sequencing device has been re-started, the status of the flow cell will be erased.
4. MinION Mk1B/GridION flow cell check
Consumibles
- Celda de flujo MinION/GridION
Instrumental
- MinION Mk1B/GridION
- Host computer connected to the Internet with MinKNOW and the Desktop Agent installed
In this step, you will use the MinKNOW software to check the number of pores in your flow cell. This has to be done prior to loading your DNA or RNA library onto the flow cell.
How it works
Flow cells are shipped with a QC DNA molecule present in the buffer. This molecule produces a distinctive nanopore signal. The MinKNOW™ software uses this signal to validate the integrity of the nanopore array before use and provides the user with an estimate of the number of simultaneously available channels for the experiment.
Open the MinION Mk1B/GridION lid and insert the MinION Flow Cell.
Insert the flow cell in the MinION Mk1B/GridION by sliding the flow cell under the clip. Firmly press down on the flow cell to ensure good thermal and electrical contact.
Connect the assembled MinION Mk1B and flow cell to the host computer.
Figure SSFC: Assembled MinION Mk1B and MinION SpotON Flow Cell connected to through the USB 3.0 port to the host computer
Once successfully plugged in, you will see a light and hear the fan.
Hacer doble clic en el icono de MinKNOW, ubicado en el escritorio.
Recomendamos a los usuarios que inicien sesión en MinKNOW usando los datos de acceso de la comunidad Nanopore.
Para iniciar sesión, debe estar conectado a Internet.
En la pantalla inicial, es posible cambiar el idioma de la interfaz en la esquina inferior derecha.
El sistema le pedirá que introduzca su dirección de correo electrónico y contraseña de Nanopore:
Si tiene problemas para iniciar sesión, visite la página de ayuda de la comunidad Nanopore (https://community.nanoporetech.com/support) y elija la opción Continuar como invitado de forma temporal.
Click the sequencing device connected to the computer.
The Sequencing Overview should show the flow cell has not had any checks carried out.
Below is an example of a GridION device with a Flongle inserted into position X1 and MinION Flow Cells in positions X2 - X5.
Ir a la página de inicio y hacer clic en Verificar celda de flujo
When you see the flow cell type and flow cell IDs recognised, click 'Start' to begin.
Esta acción abrirá el Panel general de secuenciación.
Durante las comprobaciones, se mostrará una barra de estado debajo de cada celda de flujo.
Este ejemplo es de una CTC Flongle (la barra de estado está resaltada en rojo).
The flow cell check should take a few minutes.
Indicadores de estado de las celdas de flujo
La calidad de la celda de flujo se mostrará con uno de estos tres valores:
Signo de exclamación amarillo (celdas de flujo Flongle - a la izquierda): El número de poros disponibles está por debajo del nivel cubierto por la garantía. Saque la celda de flujo del dispositivo, vuelva a insertarla e inicie el recuento de nuevo. Si el número sigue siendo inferior al número cubierto por la garantía, póngase en contacto con support@nanoporetech.com.
Marca de verificación verde (celdas de flujo MinION - en el centro): El número de poros disponibles está por encima de la cantidad cubierta por la garantía.
Signo de interrogación (celdas de flujo PromethION - a la derecha): Durante esta sesión en MinKNOW, la celda de flujo no se ha verificado.
Nota: El indicador de calidad permanecerá visible solo durante la sesión en MinKNOW. Una vez cerrada, el estado de la celda de flujo desaparecerá.
5. PromethION flow cell check
Consumibles
- Celda de flujo PromethION
Instrumental
- Dispositivo PromethION 24/48
How it works
Flow cells are shipped with a QC DNA molecule present in the buffer. This molecule produces a distinctive nanopore signal. The PromethION software uses this signal to validate the integrity of the nanopore array before use and provides the user with an estimate of the number of simultaneously available channels for the experiment. Active pores are reported in four groups, each of which may be used in turn when running long experiments e.g. a 64 hour sequencing run. Shorter experiments may not use all groups.
IMPORTANTE
Una vez sacadas de la nevera, esperar 20 minutos antes de insertar las celdas de flujo en el dispositivo y así darles tiempo a que estén a temperatura ambiente. En entornos húmedos se puede formar condensación. Inspeccione las clavijas doradas del conector, situadas en la parte superior e inferior de la celda de flujo, en busca de condensación y si la hubiera, límpiela con una toallita sin pelusa. Procure que la almohadilla térmica (color negro) esté enganchada en la parte posterior.
Load the flow cells to be run into the docking ports of the PromethION.
Insert the chip connector fully into the docking port. Take note to ensure the latch to hold the chip in place clicks in.
IMPORTANTE
Correct insertion of PromethION flow cells into a PromethION 24/48 device
Line up the flow cell with the connector (horizontally and vertically) and smoothly insert it into position.
Press the flow cell down firmly into the loader, and ensure that the latch engages.
Insertion of the flow cell at the wrong angle can damage the pins on the PromethION and affect your sequencing results. If you find the pins on a PromethION position damaged, please contact support@nanoporetech.com for assistance.
Once the flow cells are correctly loaded into the PromethION, the flow cells undergo an automatic hardware check:
- Green tick: flow cell has passed
- Red tick: flow cell needs to be re-inserted
Hacer doble clic en el icono de MinKNOW, ubicado en el escritorio.
Recomendamos a los usuarios que inicien sesión en MinKNOW usando los datos de acceso de la comunidad Nanopore.
Para iniciar sesión, debe estar conectado a Internet.
En la pantalla inicial, es posible cambiar el idioma de la interfaz en la esquina inferior derecha.
El sistema le pedirá que introduzca su dirección de correo electrónico y contraseña de Nanopore:
Si tiene problemas para iniciar sesión, visite la página de ayuda de la comunidad Nanopore (https://community.nanoporetech.com/support) y elija la opción Continuar como invitado de forma temporal.
Click the sequencing device connected to the computer.
The Sequencing Overview page should show the flow cell has not had any checks carried out.
Ir a la página de inicio y hacer clic en Verificar celda de flujo
When you see the flow cell type and flow cell IDs recognised, click Start to begin.
Esta acción abrirá el Panel general de secuenciación.
Durante las comprobaciones, se mostrará una barra de estado debajo de cada celda de flujo.
Este ejemplo es de una CTC Flongle (la barra de estado está resaltada en rojo).
The flow cell check should take a few minutes.
Indicadores de estado de las celdas de flujo
La calidad de la celda de flujo se mostrará con uno de estos tres valores:
Signo de exclamación amarillo (celdas de flujo Flongle - a la izquierda): El número de poros disponibles está por debajo del nivel cubierto por la garantía. Saque la celda de flujo del dispositivo, vuelva a insertarla e inicie el recuento de nuevo. Si el número sigue siendo inferior al número cubierto por la garantía, póngase en contacto con support@nanoporetech.com.
Marca de verificación verde (celdas de flujo MinION - en el centro): El número de poros disponibles está por encima de la cantidad cubierta por la garantía.
Signo de interrogación (celdas de flujo PromethION - a la derecha): Durante esta sesión en MinKNOW, la celda de flujo no se ha verificado.
Nota: El indicador de calidad permanecerá visible solo durante la sesión en MinKNOW. Una vez cerrada, el estado de la celda de flujo desaparecerá.