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新型冠状病毒 (SARS-CoV-2): 信息和动态更新

Wed 18th March 2020

Oxford Nanopore 正与全世界的公共卫生实验室共同协作,支持对首次出现在中国武汉的新型冠状病毒的快速测序。众多来自于中心实验室以及更小型的分散的实验室的科学家们正使用纳米孔测序支持对基因组数据的快速分享。快速的数据分享是公众卫生响应的关键,来自全世界的研究者们一直致力于在GISAID,GenBank以及其它公共数据库迅速分享他们所测序的基因组。

对病毒进行测序,能够支持对基因组流行病学中的病毒鉴定,并帮助公共卫生部门了解病毒的身份,是否正在发生变化,以及结合所有其他流行病学数据来追溯传播机制。

世界各地的科研团体已经开发出了多种方案,可对包括寨卡病毒埃博拉病毒黄热病猪流感在内的多种暴发病原体、以及一系列其他的病原体进行快速的、接近样品的纳米孔测序。这些经验对在目前疫情中快速部署纳米孔测序起到了助力作用。

Nanopore 工作流程可在8小时内提供病毒基因组共有序列。查看以下资源获取更多资讯。

我们能够为您提供什么帮助?

此刻,Oxford Nanopore 的员工正在积极与纳米孔社区的科学家通力合作,支持开发对新型冠状病毒测序的最佳实践和实验方案。我们正为公共卫生机构提供技术支持,更深入地了解奋斗在前线的公共卫生学者们的需求,并持续为社区的科学家们提供最为有效的支持和服务。如果您是公共卫生实验室或微生物科学家,并希望讨论我们能够如何在当前疫情中为您提供支持,请与我们联系。

联系我们

使用 Nanopore 测序新型冠状病毒 (SARS-CoV-2)

Oxford Nanopore 的测序技术已被用于在7-8小时内测序新型冠状病毒。许多研究人员正在使用的是便携式 MinION 测序仪,更高通量的实验室则使用尺寸更大的台式 GridION,使用超高通量 PromethION 的初期工作正着手开始。使用最小型的Flongle的早期工作也有望很快出现。

研究人员正使用一系列不同的工作流程方案,例如: 

全基因组测序(Whole genome sequencing)

对于完成全基因组测序,ARTIC network 发布了能够对 SARS-CoV-2 病毒快速测序的纳米孔测序实验方案。您也可以在纳米孔社区查看当前支持的工作流程版本(需要注册登陆)。

直接 RNA 测序(Direct RNA sequencing )

来自于澳大利亚韩国的研究人员对新型冠状病毒进行了直接RNA测序,提供了对该病毒转录组和修饰碱基的新见解。

宏基因组测序(Metagenomic sequencing)

数个研究小组正在研究不仅可以鉴定SARS-CoV-2病毒,同时还能够鉴定样本中存在的其它病原体或微生物的方法。这些研究旨在理解该病的合并症的模式,并有潜力助力在人群中进行更广泛的疫情监测。

Groupt photo of all nanopore sequencing devices
MinION 测序仪正被许多国家用于测序 SARS-CoV-2 病毒。
Groupt photo of all nanopore sequencing devices
Nanopore 测序提供适用于不同实验室的多种系列设备类型。

事件发展时间线

有关纳米孔社区科学新闻的完整信息,请查看此时间表

推荐资源

追踪 COVID-19 案例:约翰霍普金斯大学实时疫情地图,  SARS-CoV-2病毒基因组流行病学请访问 Nextstrain,分析报告请访问virological.org

世界卫生组织的信息和建议请访问这里

查看纳米孔测序入门指南, 如果您需要特定的在当前疫情中的支持,请联系我们。 

ARTIC network 发布了可对 SARS-CoV-2 病毒快速测序的纳米孔测序实验方案。

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