El PromethION 2 Solo es un dispositivo de sobremesa pequeño, diseñado para secuenciar hasta dos celdas de flujo a la vez. Cada celda de flujo funciona de forma independiente, por lo que los experimentos se pueden realizar simultánea o individualmente. El PromethION 2 Solo se enchufa a un GridION Mk1 o a un ordenador desde donde transmite datos y los analiza en tiempo real.

Elemento	Características técnicas
Tamaño y peso	152 x 110 x 87 mm; 1,5 kg
Tensión de alimentación	100-240 V CA (50/60 Hz)
Consumo máximo de energía	60 W
Puertos de acceso	1 USB-C (3.0 a 5 Gb/s) 1 conector de 12 V CC
Características técnicas del ordenador	No aplicable
Condiciones medioambientales	Diseñado para secuenciar a entre 18 ºC y 25 ºC*

*Rango funcional de sistema: de 5 ºC a 40 ºC

Requisitos informáticos PromethION 2 Solo

Ficha técnica PromethION 2 Solo

Información sobre seguridad y normativa

La sección de preguntas frecuentes del PromethION 2 Solo se encuentra aquí.

P2 Solo: Configuración inicial y comprobación del equipo

La sección de preguntas frecuentes del P2 Solo se encuentra aquí.

• Dispositivo PromethION 2 Solo
• 2 celdas de prueba de configuración (CTC)
• 1 adaptador de corriente de 60 W
• 1 cable USB-C (~1 m)

Luces LED
En el dispositivo hay dos juegos de luces LED —cinco en cada posición— que siguen el siguiente esquema:

• Blanco fijo: el dispositivo está listo para empezar, no hay celdas de flujo insertadas.
• Azul fijo: hay celdas de flujo insertadas
• Verde en movimiento de izquierda a derecha: adquisición de datos en curso (incluye la comprobación de la celda de flujo y del equipo).
• Amarillo intermitente: alerta de temperatura. Si se observa esta circunstancia, compruebe que la celda de flujo o CTC tenga una almohadilla térmica (color negro) situada en la parte posterior de la celda de flujo, que el dispositivo esté dentro del rango de temperatura ambiente (de 18 ºC a 23 ºC), que tenga 30 cm de espacio libre alrededor y que esté alejado de luz solar directa. A continuación, vuelva a insertar la celda de flujo y verifíquela para comprobar la temperatura. Si sigue observando este error, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica.
• Rojo intermitente: hay un error en el script de MinKNOW. Alarma intermitente que indica que el script en ejecución ha encontrado un error y se ha detenido. Si continúa observando este error, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica.
• Azul intermitente: la transferencia de datos entre el P2 Solo y el ordenador va demasiado lenta. Si se da este caso, comprobar que se esté utilizando el cable USB-C incluido (etiquetado como "P2") y que se haya insertado el cable en un puerto compatible (USB 3.0 o superior). Comprobar asimismo que no haya otros dispositivos USB conectados al ordenador, que sean innecesarios.
• Verde fijo: el script ha finalizado correctamente.

P2 Solo: Configuración inicial y comprobación del equipo

La sección de preguntas frecuentes del P2 Solo se encuentra aquí.

• Colocar los dispositivos P2 Solo y GridION en una mesa de laboratorio firme y despejada
• Procurar que los conectores estén cerca
• Intentar que la toma de corriente sea fácilmente accesible, por si es necesario desconectarlos en caso de emergencia.
• La secuenciación debe llevarse a cabo a una temperatura ambiente de entre 18 °C y 22 °C; la tapa del dispositivo debe estar cerrada antes de empezar.
• Dejar 30 cm de espacio libre en la parte trasera y los laterales del dispositivo
• No cubrir ninguna de las rejillas de ventilación
  AVISO - La parte trasera del dispositivo se calentará durante el funcionamiento

P2 Solo: Configuración inicial y comprobación del equipo

La sección de preguntas frecuentes del P2 Solo se encuentra aquí.

• Colocar el dispositivo P2 Solo sobre una mesa de laboratorio despejada
• Procurar que los conectores estén cerca
• Intentar que la toma de corriente sea fácilmente accesible, por si es necesario desconectar el dispositivo con urgencia.
• La secuenciación debe llevarse a cabo a una temperatura de entre 18 ºC y 22 ºC, con la tapa del dispositivo cerrada.
• Dejar un espacio de 30 cm en la parte trasera y a los lados del dispositivo.
• No cubrir las rejillas de ventilación
  AVISO - La parte trasera del dispositivo se calentará durante el funcionamiento

El programa MinKNOW para PromethION 2 Solo se puede descargar en la página de descarga de programas, Software Downloads, de la comunidad Nanopore.

Todos los dispositivos de Oxford Nanopore utilizan MinKNOW™ como programa principal. Este programa lleva a cabo varias tareas fundamentales: adquisición de datos, análisis y retroalimentación en tiempo real, identificación de bases y transmisión de datos, entre otros. Además, gestiona el dispositivo y garantiza que la química de la plataforma funcione correctamente. MinKNOW toma los datos crudos y los convierte en lecturas mediante el reconocimiento del cambio que ocurre en la corriente cuando una cadena de ADN entra y sale del poro. Entonces, el programa identifica las lecturas y escribe los datos en archivos POD5 o FASTQ.

Encontrará información sobre cómo instalar el programa en el protocolo de MinKNOW.

El PromethION 2 Solo no tiene funciones de red. Si utiliza su propio ordenador, debe tener conexión a Internet (por cable o inalámbrica). El GridION utiliza una interfaz de cobre de 1x1 Gb/s desde la que se conecta a la infraestructura local. Tiene un único puerto con la dirección IP configurada en DHCP por defecto (aunque las IP estáticas son configurables). Esta conexión se utilizará para:

• Enviar información de telemetría* a Oxford Nanopore Technologies.
• Recibir actualizaciones del programa y de firmware en el dispositivo.
• Transmitir datos de secuencia biológica a su infraestructura de almacenamiento local.

El cliente deberá proporcionar el cableado necesario para poner en funcionamiento el PromethION 2 Solo en la infraestructura local.

* La telemetría contiene metadatos sobre la configuración y las condiciones de los experimentos de secuenciación. No se incluye nada específico sobre el contenido genómico de lecturas individuales; solo se registra información genérica, como la longitud de secuencias y el índice Q score.

Encontrará más información sobre cómo configurar la red, en la sección Configuración de la red y conexión, del manual de usuario del GridION.

Verificar que la dirección IP se haya configurado correctamente con una dirección estática o DHCP, utilizando el comando ifconfig

La información devuelta contendrá la dirección IP del enlace Ethenet (resaltado en negrita), como se muestra a continuación:

prom@PRO00001:~$ ifconfig enp0s31f6 Link encap:Ethernet HWaddr 70:85:c2:4b:30:f5 inet addr:10.160.24.40 Bcast:10.160.24.255 Mask:255.255.255.0

P2 Solo: Configuración inicial y comprobación del equipo

La sección de preguntas frecuentes del P2 Solo se encuentra aquí.

La comprobación del equipo generará un informe en formato HTML con la siguiente información:

• Número de posiciones aprobadas/suspendidas
• Fecha y hora de finalización
• Identificador de la comprobación
• Identificador del dispositivo

El resumen muestra el resultado general de cada posición.

El resultado de la comprobación de la conexión indica si resultó aprobado o suspendido en las posiciones seleccionadas y da opción de esconder las posiciones aprobadas.

El resultado del control de temperatura indica si resultó aprobado o suspendido en la(s) posición(es) seleccionada(s) y da opción a esconder las posiciones aprobadas.

A continuación, hay un informe de ejemplo:

Recomendamos verificar las celdas de flujo y determinar el número de poros de que disponen, antes de cargar bibliotecas de ADN o ARN en ellas.

Oxford Nanopore Technologies sustituirá cualquier celda de flujo sin utilizar, con un número de poros activos inferior al indicado por la garantía —en un plazo de 12 semanas desde la compra— siempre y cuando el resultado se notifique dentro de los dos días siguientes a la verificación y se hayan seguido las instrucciones de almacenamiento.

Celdas de flujo	Número mínimo de poros activos cubierto por la garantía
Flongle	50
MinION/GridION	800
PromethION	5000

La calidad de la celda de flujo se mostrará con uno de estos tres valores:

1. Signo de exclamación amarillo (celda de flujo Flongle - izquierda): El número de poros disponibles está por debajo del nivel cubierto por la garantía. Saque la celda de flujo del dispositivo, vuelva a insertarla e inicie el recuento de nuevo. Si el número sigue siendo inferior al número cubierto por la garantía, póngase en contacto con support@nanoporetech.com.

2. Marca de verificación verde (celdas de flujo MinION - centro): El número de poros disponibles está por encima de la cantidad cubierta por la garantía.

3. Signo de interrogación (celdas de flujo PromethION - derecha): Durante esta sesión en MinKNOW, la celda de flujo no se ha verificado.

Nota: el indicador de estado permanecerá visible solo durante la sesión en MinKNOW. Una vez cerrada, el estado de la celda de flujo desaparecerá.

Antes de realizar un experimento de secuenciación, es necesario purificar la muestra de ADN o ARN y preparar una biblioteca de secuenciación. Encontrará más información sobre la preparación de muestras, en la sección Prepare —en la pestaña Documentación— de la comunidad Nanopore.

Siga este enlace para acceder al protocolo de MinKNOW.

Es preciso que los datos se transmitan desde el dispositivo en tiempo real, y así evitar que los experimentos se paren por falta de espacio de almacenamiento (hecho común en ordenadores de alta gama). Por ello, la empresa o entidad del cliente debe asegurar que la conexión a la infraestructura local o la unidad de estado sólido, SSD externa, tenga suficiente banda ancha para prevenir que se acumulen los datos y creen un embotellamiento. Recomendamos usar un servidor remoto o un sistema de almacenamiento conectado a la red (NAS), ya que suelen dar a elegir entre los recursos compartidos NFS, SMB o CIFS. Si el ordenador conectado al P2 Solo utiliza un sistema operativo Linux, recomendamos usar montajes NFS, por la compatibilidad de los permisos de usuario y grupo en Linux. En ordenadores Windows, utilizar SMB y en Mac SMB o NFS. La transmisión de datos de almacenamiento en tiempo real, requiere una SSD, ya que tiene una elevada velocidad de escritura comparado con la unidad de disco duro, HDD. Tras la escritura inicial en unidades SSD conectadas, es posible trasladar los datos con una velocidad de escritura más lenta con el fin de almacenarlos a largo plazo.

La forma y el volumen de datos que se almacenen dependerá de sus necesidades y de si desea indentificar las bases de los datos secuenciados en el futuro, cuando haya algoritmos de identificación de bases más avanzados:

• Almacenar archivos .pod5 con datos de lecturas crudas, permitirá volver a identificar las bases de esos datos cuando Oxford Nanopore Technologies lance nuevos algoritmos. En estos casos, las nuevas versiones de identificador de bases han permitido mejorar significativamente la precisión en conjuntos de datos existentes gracias a la reidentificación de bases. Además, tanto las herramientas de terceros como las de Oxford Nanopore usan la información de la señal en crudo, contenida en el POD5, para extraer información adicional, por ejemplo la identificación de bases modificadas, la identificación de polimorfismos de un solo nucleótido guiados por la referencia o la limpieza de datos.
• Conservar solo los archivos FASTQ permitirá utilizar las herramientas estándar de análisis posterior, utilizando la secuencia de ADN/ARN, pero no se podrán generar más datos cuando aparezcan nuevas versiones de identificador de bases.

Oxford Nanopore no facilita recomendaciones específicas para su almacenamiento, ya que ellas dependerán de cada lugar.

GridION: cómo descargar datos en un almacenamiento remoto

La sección de preguntas frecuentes sobre dispositivos se encuentra aquí.

Si utiliza un P2 Solo junto con un GridION y necesita almacenamiento SSD extra, no olvide utilizar el puerto USB/ Ethernet adecuado, situado en la parte posterior del dispositivo. No utilice el puerto USB con borde blanco y rectangular, ni los situados en la parte frontal del dispositivo (si el GridION dispone de entradas USB frontales).

En su lugar, utilice los puertos USB-A marcados en azul, situados en la parte posterior del dispositivo (tome la imagen a continuación como referencia). Si utiliza Ethernet, compruebe que el cable tiene al menos 1 Gb/s (CAT5e) y una longitud mínima que reduzca la latencia.

Consultar el manual de usuario del GridION o las secciones sobre actualizaciones del protocolo de MinKNOW.

En GridION:

sudo rm /etc/apt/sources.list.d/p2-testing.list /etc/apt/preferences.d/p2-testing
sudo apt update
sudo apt install ont-gridion-release
sudo poweroff

En ordenadores Linux En la nueva versión automática de la GPU (recomendado):

sudo rm /etc/apt/sources.list.d/p2-testing.list /etc/apt/preferences.d/p2-testing
sudo apt update
sudo apt install ont-standalone-minknow-gpu-release
sudo poweroff

En la versión sin configuración automática de la GPU:

sudo rm /etc/apt/sources.list.d/p2-testing.list /etc/apt/preferences.d/p2-testing
sudo apt update
sudo apt install ont-standalone-minknow-release
sudo poweroff

Actualizaciones de MinKNOW en Windows o MacOS

Actualizaciones en Windows o MacOS

La disponibilidad de nuevas versiones de MinKNOW se indica mediante una ventana emergente que aparece en la sección Configuración del servidor. También es posible descargarlas en la página de descargas de la Comunidad Nanopore.

Actualizaciones de MinKNOW en Linux

Actualizar MinKNOW

GPU:

sudo apt clean
sudo apt update 
sudo apt install ont-standalone-minknow-gpu-release

CPU:

sudo apt clean
sudo apt update 
sudo apt install ont-standalone-minknow-release

Se instalará la última versión de MinKNOW. Una vez los comandos se hayan ejecutado, reiniciar el dispositivo:

sudo reboot

La sección de preguntas frecuentes del PromethION 2 Solo se encuentra aquí.

En los modelos PromethION 24/48, PromethION 2i, GridION y/o PromethION 2 Solo, conectados a un GridION:

• En la sección Exportar registros, pulsar Exportar.

Cuando se hayan exportado los registros, debajo del botón aparecerá indicado dónde se encuentran. Los registros se descargarán como archivos TGZ en el directorio de registros.

Es posible cambiar la ubicación de los registros utilizando el administrador de archivos, donde pueden recuperarse fácilmente sin necesidad de SSH:

• Hacer clic en el archivo situado junto a Registros, exportado al panel Exportar registros. Esta acción abrirá la ubicación de los registros en el Gestor de archivos de MinKNOW.
• Utilizar el panel de control en la esquina inferior derecha del Gestor de archivos para mover los archivos de registro.

Si el PromethION 2 Solo está conectado a un ordenador

Los archivos de registro de cada experimento de secuenciación se pueden encontrar en:

• Windows C:\data\logs

• Mac OS X /private/var/log/MinKNOW

• Linux /var/log/minKNOW

En la pestaña "Ayuda", en la sección 'Eliminar archivos', pulsar Eliminar y confirmar en la ventana emergente.

Nota: los datos de ejecución no se eliminarán. Se eliminarán los registros y datos temporales.

En la página "Ayuda", sección "Resolución de problemas", pulsar en "Reparar problemas" y confirmar en la ventana emergente. MinKNOW intentará reparar los siguientes problemas:

• Comprobar que los directorios requeridos en "/data" existan y tengan la propiedad y los permisos necesarios.
• Comprobar que los archivos necesarios en "/data" tengan la propiedad y los permisos necesarios.
• Comprobar que la GPU funcione al máximo rendimiento.
• Comprobar que el Bluetooth esté desactivado.