作为一款小型台式测序设备，PromethION 2 Solo可分别或同时运行两张测序芯片。 您只需将PromethION 2 Solo与GridION Mk1或您的计算机连接，即可实现数据的实时采集和分析。

*储存环境温度为+5℃至+40℃。

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P2 Solo: 首次设置及硬件检测

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• PromethION 2 Solo 测序设备

• 两张配置测试芯片（CTC）

• 60 W 电源适配器

• USB Type-C 线缆

  
  **LED 指示灯**
  P2 Solo设备上有两组各五盏LED指示灯，每组分别对应一个测序芯片卡槽。指示灯的显示模式如下：

• 所有五盏LED指示灯均呈白色常亮状态：设备就绪，未插入测序芯片。

• 所有五盏LED指示灯均呈蓝色常亮状态：已插入测序芯片。

• 五盏LED指示灯呈绿色，从左至右滚动：正在进行数据采集（包括硬件检测和测序芯片质检）。

• 所有五盏LED指示灯均呈黄色闪烁状态：温度警告。如果您注意到这种情况，请先检查测序芯片/CTC是否覆盖有加热垫（即芯片底部的黑色垫），并确保设备的工作环境温度在+18°C至+23°C范围内，同时确保仪器周围有足够的30厘米空间，并远离阳光直射。随后重新插入测序芯片，并进行芯片质检以核实温度控制情况。如果问题依然存在，请联系我们的技术支持人员。

• 所有五盏LED指示灯均呈红色闪烁状态：MinKNOW脚本出现错误，闪烁指示脚本运行中发生问题并已终止。如果您持续遇到此问题，请联系我们的技术支持人员。

• 所有五盏LED指示灯均呈蓝色闪烁状态：P2 Solo与所连接计算机之间的数据传输速度过慢。如发生此情况，请确保您使用的是随附的USB-C线缆（标有“P2”标志），并已将该线缆插入超高速兼容端口（USB 3.0及以上版本）。此外，请确保您的计算机上没有插入不必要的USB设备。

• 所有五盏LED指示灯均呈绿色常亮状态：脚本运行完成。

P2 Solo: 首次设置及硬件检测

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• 请将P2 Solo和GridION测序设备置于一张稳固、清洁的实验台上。
• 确保电源接口相互靠近。
• 请确保电源插头处在方便插拔的位置，以便在紧急情况下将测序仪断开。
• 测序应在+18℃至+22℃的室温下进行，且在测序开始前设备上盖处于闭合状态。
• 请确保仪器四周均留有30厘米的空间。
• 请勿覆盖任何通风口。
• 警告 -操作过程中仪器后部会发热。

P2 Solo: 首次设置及硬件检测

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• 请将P2 Solo置于一张稳固、清洁的实验台上。
• 确保电源接口相互靠近。
• 请确保电源插头处在方便插拔的位置，以便在紧急情况下将测序仪断开。
• 测序应在+18℃至+22℃的室温下进行，且在测序开始前设备上盖处于闭合状态。
• 请确保仪器四周均留有30厘米的空间。
• 请勿覆盖任何通风口。
• 警告 - 操作过程中仪器后部会发热。

您可于纳米孔社区的软件下载 页面下载适用于PromethION 2 Solo的MinKNOW软件。

所有Oxford Nanopore测序设备均使用MinKNOW™作为主要测序软件。MinKNOW软件负责执行多项核心任务，包括：数据采集、实时分析及反馈、碱基识别、数据流传输、仪器控制、以及为待测样本提供适配的测序脚本。MinKNOW能捕获单条DNA链进入并离开纳米孔时引起的独特电流变化（即原始数据），并将其转换为序列。 序列经MinKNOW进行碱基识别，所得数据被写入POD5、FAST5 或 FASTQ 文件。

请参阅 MinKNOW 实验指南 获取有关如何安装软件的信息。

PromethION 2 Solo 没有联网功能。如您自备电脑，请确保它能与互联网连接（有线或无线）。GridION 使用 1x1 Gbps 铜线接口与您本地的网络基础设施连接。该端口唯一，且默认使用DHCP配置IP地址（您也可手动配置静态IP）。

连接将用于：

• 向 Oxford Nanopore Technologies 发送遥测* 信息。
• 接收设备的软件和固件更新。
• 将生物测序数据传输至您本地的存储基础设施。

用户须自备网线进行配置。

* 遥测包含有关测序运行条件和设置的源数据（如测序长度和Q值等一般性信息），但不涉及具体序列的基因组信息。

有关如何配置网络的说明，请参考GridION 用户手册中网络设置和连接 一节。

如需验证静态或动态（DHCP）IP地址的配置是否正确，请使用命令：ifconfig

所返回信息会包含宽带网络的IP地址（以粗体突出显示），示例如下：

prom@PRO00001:~$ ifconfig enp0s31f6 Link encap:Ethernet HWaddr 70:85:c2:4b:30:f5 inet addr:10.160.24.40 Bcast:10.160.24.255 Mask:255.255.255.0

P2 Solo: 首次设置及硬件检测

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测序芯片下方将有进度栏显示检测进度。

在DNA/RNA文库上样前，请务必对测序芯片的活性纳米孔数进行质检。质检需在您收到测序芯片三个月之内进行。Oxford Nanopore Technologies会对活性孔数量少于以下标准的芯片进行替换** ：

** 请注意：自收到之日起，芯片须一直贮存于Oxford Nanopore Technologies推荐的条件下。且质检结果须在质检后的两天内递交给我们。

测序概览（Sequencing Overview）页面会显示测序芯片的质量。质量分为三个等级：

1. 黄色感叹号（图中Flongle测序芯片）: 活性测序孔数量低于质保范围。将芯片从测序设备中取出后重新插入，并运行测序芯片质检。如果测序芯片活性孔数仍然低于质保范围，请您发邮件至support@nanoporetech.com。

2. 绿色对勾（图中MinION 测序芯片）： 活性测序孔数量在质保范围之上。

3. 问号（图中PromethION 测序芯片）： 测序芯片在本次MinKNOW使用期间还未经过质检。

请注意： 芯片质量指示框仅在当次MinKNOW使用期间可见。一旦该次使用结束，测序芯片的状态将被清除。

测序前，您需备好经过纯化的DNA或RNA样本并完成建库。有关样本制备的更多信息， 请参阅纳米孔社区 “Documentation” 栏目的 Prepare 部分。

您可通过此链接访问MinKNOW实验指南。

请您务必实时传输数据，以防由于存储空间不足而导致测序终止（常见于高规格笔记本电脑）。为此，请确保与本地基础设施/外部固态硬盘（SSD）连接时，带宽足够，避免数据累积。我们推荐您使用远程服务器或网络附加存储（NAS），包括NFS、SMB或CIFS文件系统。如与P2 Solo连接的工作站使用Linux操作系统，因Linux用户（组）权限缘故，我们建议您挂载NFS。对Windows工作站，请使用 SMB协议；对Mac OS，您可选用SMB 或 NFS协议。实时传输的数据应存储于固态硬盘（SSD），而非机械硬盘（HDD）中；因前者与后者相比写入速度更快。当数据写入SSD驱动器后，用户可再将其转移至写入速度较慢的硬盘，以便长期储存。

数据的存储和传输形式及数量取决于您的需求，以及您是否有计划在未来出现更高级的碱基识别算法时，对测序数据再次进行碱基识别：

• 如将原始序列数据以.fast5（或.pod5）格式储存，用户可在Oxford Nanopore有算法更新时重新对该数据进行碱基识别。更新的算法会进一步提升现有数据碱基识别的准确性。同时，一些由Oxford Nanopore和第三方开发的工具可以从.fast5文件所包含的原始信号信息中提取出更多信息，例如修饰碱基识别，有参SNP（单核苷酸多态性）识别或数据优化。

• 如仅保留.fastq文件，用户将无法使用其中的信息再次进行碱基识别，但可将文件中的DNA/RNA序列用于下游分析。

由于数据存储方式依具体的设施和需求而定，故Oxford Nanopore无法提供详尽的存储建议。

GridION：卸载数据至远程存储

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如您将GridION与P2 Solo配合使用且需要额外的固态硬盘存储，请确保您使用位于设备背面的适合的USB/宽带网端口。请勿使用白色矩形USB端口或位于设备正面的USB端口（假如您的GridION具有前置USB端口的话），而是使用GridION背面的蓝色 USB Type-A 端口（参见下图）。 如您使用宽带网，为减低延迟，请确保电缆长度尽量短且带宽传输能力在1 Gbps（CAT5e）以上。

请参阅 GridION 用户手册 或 MinKNOW 实验指南中的更新部分。

对 GridION:

sudo rm /etc/apt/sources.list.d/p2-testing.list /etc/apt/preferences.d/p2-testing
sudo apt update
sudo apt install ont-gridion-release
sudo poweroff

对独立的 Linux 计算机
对于新推出的带有自动GPU配置功能的版本（推荐）：

sudo rm /etc/apt/sources.list.d/p2-testing.list /etc/apt/preferences.d/p2-testing
sudo apt update
sudo apt install ont-standalone-minknow-gpu-release
sudo poweroff

sudo rm /etc/apt/sources.list.d/p2-testing.list /etc/apt/preferences.d/p2-testing
sudo apt update
sudo apt install ont-standalone-minknow-release
sudo poweroff

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对GridION、PromethION 24/48、PromethION 2i、及与GridION连接的PromethION 2 Solo:

• 在“Export Logs”（导出日志）栏目下选择 Export（导出）。

日志成功导出后，“Export”按钮下方将显示导出路径。日志将以.tgz压缩文件格式下载至“logs”（日志）目录中。

您可于“Host Settings ”（测序设备设置）下的“File Manager”（文件管理器）中按需设定日志导出路径：

• 在“Export Logs”（导出日志）栏目下，点击 **Logs exported to:**（日志导出至：）对话框右侧的文件，在MinKNOW的文件管理器中打开日志所在路径。
• 使用文件管理器右下角的控制面板移动日志文件。

如 PromethION 2 Solo 与独立计算机连接

您可于下述路径获取各测序实验的日志：

• Windows C:\data\logs

• Mac OS X /private/var/log/MinKNOW

• Linux /var/log/minknow

在“帮助”（Help）页面的“清除文件”（Clean up files）部分选择清除（Clean up），并在弹出的对话框内确认。

请注意： 将清除日志及临时数据，实验数据不会被删除。

在“帮助”（Help）页面的“Troubleshooting”（故障排查）部分点击 Run repair（修复问题），并在弹出的对话框内确认。MinKNOW将尝试修复以下问题：

• 确保“/data”下所需路径存在，且具有正确的所有权和权限。
• 确保“/data”下所需文件的所有权和权限正确。
• 确保GPU正以最高性能运行
• 确保已禁用蓝牙