El dispositivo PromethION 2 (P2) Solo mantiene la flexibilidad asociada a los dispositivos PromethION 24 y PromethION 48, pero en un formato compacto y accesible. Está diseñado para laboratorios académicos y de investigación pequeños y medianos, así como para laboratorios de servicios compartidos y proveedores de servicios comerciales. El P2 solo ofrece las ventajas de la secuenciación de alta cobertura, a usuarios que necesitan procesar un menor número de muestras (es decir, hasta cuatro experimentos de secuenciación completos por semana o 200 celdas de flujo por año). Cada celda de flujo tiene la capacidad de proporcionar cientos de gigabases de datos y es una forma cómoda de permitir con rapidez la cobertura necesaria para secuenciar genomas de mayor tamaño. Asimismo, los dispositivos P2 permiten explorar aplicaciones y proyectos habilitados por la secuenciación por nanoporos de alto rendimiento, antes de comprometerse a adquirir un dispositivo P24 o P48.

El P2 Solo es un dispositivo de secuenciación que necesita un ordenador externo para ejecutar el programa MinKNOW. Es posible conectar un P2 Solo tanto a un GridION como a un ordenador.

El P2 Solo utiliza el dispositivo GridION como un cómodo recurso informático: se integra a él con fácilidad y saca ventaja de la GPU contenida en el GridION para identificar los datos que el P2 Solo genera. Por otra parte, el sistema operativo, la SSD y la memoria son compatibles con el P2 Solo desde el principio y están diseñados para disponer de la cantidad óptima de recursos informáticos para la secuenciación.

Los terminales incluyen torres de sobre mesa y portátiles de alto rendimiento. Es posible utilizar ordenadores de trabajo, si se ve capaz de instalar el programa MinKNOW y no dispone todavía de un GridION. El rendimiento de la identificación de bases de la configuración, dependerá en gran medida del terminal y las características técnicas del PC.

A continuación, hay una lista orientativa de modelos de ordenadores que cumplen o pueden configurarse para cumplir con las características técnicas recomendadas para el P2 Solo. No hemos realizado pruebas detalladas en ninguno de estos ordenadores, por lo que cualquier adquisición se realiza bajo su propia responsabilidad. No olvide configurar el ordenador siguiendo los parámetros de la tabla anterior. Existen otros fabricantes; verifique la disponibilidad en su región.

Portátiles de ejemplo (disponibles en julio de 2024)

• Dell Precision 7960 with 2x A6000 GPUs
• Dell Precision 7770
• Dell Precision 3660
• Lenovo - ThinkStation P520/P620 Tower
• Alienware Aurora R16 Desk with RTX 4090 GPU

MinKNOW recoge información de telemetría durante los experimentos de secuenciación, de acuerdo con los Términos y condiciones, que permiten supervisar el rendimiento de un dispositivo y la resolución remota de problemas. Algunos de estos datos provienen de campos de texto libre, así que no debería incluir datos de identificación personal. No recogemos ningún dato de secuenciación.

La plataforma EPI2ME está alojada en AWS y proporciona soluciones de análisis basadas en la nube para múltiples aplicaciones. Los usuarios cargan datos de secuenciación en formato FASTQ a través del Agente de EPI2ME, que procesa los datos a través de flujos de análisis definidos dentro del Portal EPI2ME. Las descargas de EPI2ME se realizan en forma de Datos + Telemetría o solo Telemetría. El portal de EPI2ME usa información de telemetría para cumplimentar informes.

La dirección IP desde la que se recibirán actualizaciones del programa dependerá de su ubicación geográfica. Es posible actualizar a través de la interfaz de usuario o a través de la herramienta apt, en el terminal, por lo que requiere acceso solo de salida. Cuando haya actualizaciones disponibles, lo notificaremos a través de la comunidad Nanopore y proporcionamos instrucciones en cada nota de lanzamiento.

Los datos de secuenciación por nanoporos se almacenan en tres tipos de archivos: POD5, FASTQ y BAM. La información general de bases identificadas se almacena en un archivo de tipo sequencing_summary.txt:

• POD5 es un formato de archivo desarrollado por Oxford Nanopore, que almacena datos de nanoporos de manera accesible y sustituye el formato .fast5, ya obsoleto. Esta opción lee y escribe datos más rápido, utiliza menos cómputo y tiene un tamaño de archivo de datos crudos más pequeño que .fast5. Los archivos POD5 se generan por lotes, cada 10 minutos. Si se utilizan códigos, los archivos pueden dividirse por códigos, pero esta función deberá activarse, ya que está desactivada por defecto.
• .fast5 es un formato de archivo obsoleto basado en el archivo .hdf5, que contiene toda la información necesaria para analizar datos de secuenciación por nanoporos y rastrearlos hasta su origen. Un archivo .fast5 contiene datos de múltiples lecturas (4000 lecturas como mínimo) y tiene varios cientos Mb de tamaño.
• FASTQ es un formato de almacenamiento de secuencias basado en texto, que contiene tanto la secuencia de ADN/ARN como sus índices de calidad. Los archivos FASTQ se generan por lotes regularmente. Por defecto, estos archivos se generan cada 10 minutos, sin embargo es posible configurar la frecuencia a una hora o hacer que se genere un archivo al final del experimento. También es posible procesar las lecturas por lotes, en función del número de lecturas por archivo.
• Los archivos BAM proporcionan resultados si se realizan alineaciones o identificación de bases modificadas en el conjunto de datos de bases identificadas. Los archivos BAM están desactivados por defecto y se activan automáticamente si se utiliza el alineamiento o la identificación de bases modificadas.
• Los archivos sequencing_summary.txt contienen metadatos sobre las lecturas de bases identificadas de un experimento individual. La información incluye el identificador de lecturas, longitud de secuencias, índice Qscore por lectura, duración, etc. El tamaño del archivo resumen de secuencias dependerá del número de lecturas secuenciadas.

Los tamaños de archivo de ejemplo representados en la tabla siguiente se basan en diferentes rendimientos de una celda de flujo individual, con una ejecución que guarda archivos POD5, FASTQ y BAM con un N50 de lectura de 23 kb. RMT= Rendimiento máximo teórico

A medida que avance el experimento, se producirán archivos POD5 de todas las lecturas. Si decide identificar las bases de sus datos, el programa MinKNOW utilizará esas lecturas para generar datos de secuenciación, que luego se almacenarán en archivos FASTQ o BAM.

Es preciso que los datos se transmitan desde el dispositivo en tiempo real, para evitar que los experimentos se paren por falta de espacio de almacenamiento (hecho común en ordenadores de alta gama). Por ello, la empresa o entidad del cliente debe asegurar que la conexión a la infraestructura local o la unidad de estado sólido, SSD, externa tenga suficiente banda ancha para prevenir que se acumulen los datos y creen un embotellamiento. Recomendamos el almacenamiento en NFS o CIFS. Para transmitir datos en tiempo real, es necesario utilizar SSD ya que tiene una elevada velocidad de escritura, comparado con HDD. Tras la escritura inicial en unidades SSD conectadas, es posible trasladar los datos con una velocidad de escritura más lenta para almacenarlos a largo plazo.

La forma y el volumen de datos que se almacenen dependerá de sus necesidades y de si desea indentificar las bases de los datos secuenciados en el futuro, cuando haya algoritmos de identificación de bases más avanzados:

• Almacenar archivos .POD5 con datos de lecturas sin procesar permitirá volver a identificar las bases de esos datos cuando Oxford Nanopore Technologies lance nuevos algoritmos. En algunos casos, nuevas versiones de identificadores de bases han permitido mejorar significativamente la precisión en conjuntos de datos existentes gracias a la reidentificación de bases. Además, tanto las herramientas de terceros como las de Oxford Nanopore usan la información de la señal sin procesar, contenida en el .POD5, para extraer información adicional, por ejemplo la identificación de bases modificadas, la identificación de polimorfismos de un solo nucleótido guiados por la referencia o la limpieza de datos.

• Conservar solo los archivos FASTQ permitirá utilizar las herramientas de análisis habituales, utilizando la secuencia de ADN/ARN, pero no se podrán generar más datos cuando aparezcan nuevas versiones de identificador de bases.

Oxford Nanopore no facilita recomendaciones específicas para su almacenamiento, ya que ellas dependerán de cada lugar. Sin embargo, deberían tenerse en cuenta los siguientes requisitos.

Si utiliza un P2 Solo junto con un GridION y necesita almacenamiento SSD extra, utilice el puerto USB/ Ethernet adecuado, situado en la parte posterior del dispositivo. No utilice el puerto USB con borde blanco y rectangular, ni los situados en la parte frontal del dispositivo (si el GridION dispone de entradas USB frontales).

Utilice los puertos USB-A azules, situados en la parte posterior del dispositivo (sirva la imagen a continuación como referencia). Si utiliza Ethernet, compruebe que el cable tiene al menos 1 Gb/s (CAT5e) y una longitud mínima que reduzca la latencia.

Para más información y consultar las preguntas frecuentes del dispositivo, consulte la página de autoservicio del P2 Solo.