El PromethION™ 2 (P2) Solo es el dispositivo más pequeño y accesible de la gama PromethION. Sus celdas de flujo generan seis veces más datos que las del MinION™, lo que resulta ideal cuando se trabaja con genomas de mayor tamaño y en experimentos de elevada multiplexación. En este dispositivo es posible ejecutar dos celdas de flujo a la vez. Aquí encontrará más información sobre el dispositivo.

El P2 Solo debe utilizarse con un ordenador que disponga de USB-C (velocidad 3.0 o superior). Si dispone de un GridION™ Mk1 es posible conectarle el P2 Solo y que utilice su GPU y recursos informáticos; también es posible conectar el dispositivo a un ordenador de gran rendimiento.

Debido al gran volumen de datos generado por el P2 Solo, es fundamental seleccionar un ordenador lo suficientemente potente. Si necesita una solución todo en uno con capacidad de procesamiento integrada y rendimiento optimizado, le recomendamos el P2 Integrated, que incluye tecnología de última generación.

Aquí encontrará más información sobre el P2 Integrated.

El P2 Solo utiliza el GridION Mk1 como unidad de procesamiento lista para usar y aprovecha la GPU integrada para realizar la identificación de bases.

• Compatibilidad directa: El sistema operativo, la unidad SSD y la memoria del GridION están totalmente optimizados para secuenciar con el P2 Solo.

• Modelo GridION necesario: Se necesita un GridION Mk1 con un número de serie GXB02xxx o superior para ejecutar los modelos de identificación de bases con celdas de flujo PromethION.

Aquíencontrará más información sobre los requisitos técnicos del GridION, incluidos el acceso a la red y la alimentación eléctrica.

Es fundamental seleccionar el ordenador adecuado para el P2 Solo, debido al gran volumen de datos que genera. Si busca un gran rendimiento y sencillez en la instalación, recomendamos el P2 Integrated, que incluye un sistema de procesamiento diseñado para garantizar la facilidad de uso.

Las siguientes características técnicas aseguran que su ordenador sea capaz de adquirir los datos de manera eficiente y realizar la identificación de bases. El uso de equipos no compatibles es capaz de reducir el rendimiento, ralentizar la identificación de bases o producir errores en los experimentos.

Parte	Características técnicas
Sistema operativo (OS)	Windows – 11 and 10 Linux – Ubuntu 22.04 y 24.04
Puerto	USB-C (USB 3.0 o superior)
Memoria	64 GB o más
GPU	NVIDIA A100 NVIDIA 5090 RTX (para ordenador de mesa) RTX PRO 6000 Blackwell, edición para ordenadores de mesa
CPU	Intel i7+ (12-núcleos o más)
Almacenamiento/	8 TB SSD + *Tenga en cuenta que si se utilizan varias SSD, el sistema operativo debe reconocerlas como una sola unidad (p. ej., mediante RAID 0).

Importante: La compatibilidad y el rendimiento en equipos de reciente lanzamiento, como GPU o procesadores de última generación, suelen verse limitados hasta que finalicen su comprobación y optimización.

Compatibilidad del procesador

• MinKNOW solo es compatible con procesadores modernos Intel, AMD y Apple Silicon.

• Compruebe que la CPU sea compatible con AVX-2 (Intel Haswell, AMD Steamroller, o versiones posteriores).

• Los Mac con procesador Intel no son compatibles.

• Otros procesadores, como Qualcomm Snapdragon u otros con arquitectura ARM, no son compatibles.

Conexión USB

El P2 Solo está diseñado para conectarse directamente a la placa base del ordenador mediante el cable USB-C (~1 m) suministrado con el dispositivo.

No compatibles:
Tarjetas de expansión PCIe a USB-C (conocidas por causar errores de comunicación).
Concentradores USB o estaciones de acoplamiento (pueden afectar el rendimiento)

Si el ordenador carece de un puerto USB-C en la placa base, es posible facilitar un cable USB-C a USB-A. Ese puerto USB-A debe ser compatible con USB 3.0 o superior.

Compatibilidad con portátiles

NVIDIA ofrece tarjetas gráficas tanto en formatos de escritorio como en formato portátil (para ordenadores portátiles). Mientras que los ordenadores portátiles ofrecen portabilidad, las tarjetas gráficas de sobremesa suelen ofrecer un mejor rendimiento, eficiencia energética y gestión térmica.

En las tareas de procesamiento intensivo, en general los ordenadores de mesa resultan más adecuados, ya que los ordenadores portátiles suelen resentirse con cargas de trabajo sostenidas.

Los datos de secuenciación por nanoporos se almacenan en tres tipos de archivos:

• FASTQ - Formato de texto que almacena secuencias de ADN/ARN junto con puntuaciones de calidad.

• BAM - Formato de lecturas alineadas, que incluye la identificación de bases modificadas (por ejemplo, metilación).

• sequencing_summary.txt - Contiene metadatos de todas las lecturas de bases identificadas de un experimento individual, lo que incluye información como el ID de lectura, la longitud de secuencia, la puntuación Q-score por lectura y la duración de lectura. El tamaño de un archivo de resumen de secuencias dependerá del número de lecturas secuenciadas.

Opcional:

• POD5 - Formato principal de datos sin procesar, que reemplaza al obsoleto .fast5. Es más eficiente tanto en almacenamiento como en procesamiento.

La siguiente tabla proporciona los requisitos de almacenamiento estimados en función de los distintos volúmenes de secuenciación generados por una celda de flujo. Estos valores se basan en una ejecución que guarda archivos POD5, FASTQ y BAM, con un N50 de lecturas de 23 kb.

Producción de celda de flujo (GBases)	Almacenamiento en POD5 (Gbytes)	Almacenamiento en FASTQ.gz	BAM no alineado con modificaciones (GBYTES)
100	700	65	60
200	1 400	130	120
290 (TMO)	2 030	188,5	174

Importante: Durante la secuenciación, los archivos POD5 se generan de forma continua. Si se activa la identificación de bases, se crearán archivos FASTQ o BAM y es posible que la escritura POD5 esté desactivada; sin embargo, se requerirá almacenamiento temporal adicional.

Transferencia de datos en GridION

Si utiliza un P2 Solo con un GridION y necesita almacenamiento SSD extra, utilice el puerto USB/Ethernet adecuado a fin de obtener un rendimiento óptimo.

• Utilice solo los puertos USB-A de color azul, situados en la parte trasera del GridION (ver imagen de arriba).

• Si utiliza Ethernet, utilice un cable CAT5e o superior (1 Gbps como mínimo) y mantenga el cable lo más corto posible para reducir la latencia.

NO utilizar:

• Los puertos USB cuyo centro sea de color blanco.

• Ninguno de los puertos USB frontales (si su GridION los tuviera).

El acceso a la red es necesario para garantizar el correcto funcionamiento del dispositivo y permitir las actualizaciones del sistema. Las conexiones son todas salientes, a través de los puertos TCP 80 y 443. No es necesario tener acceso entrante.

Oxford Nanopore Technologies no tiene acceso a su sistema.

Tipo de acceso	Propósito	Dominios requeridos
Telemetría	Permite a MinKNOW ejecutar y comunicar información de telemetría	ping.oxfordnanoportal.com
Actualizaciones de programas y del sistema operativo	Acceso a las actualizaciones de MinKNOW, paquetes del sistema operativo y controladores de GPU	cdn.oxfordnanoportal.com .ubuntu.com .nvidia.com
EPI2ME™ Labs	Acceso a flujos de análisis bioinformático en contenedores	*.github.com hub.docker.com
Inicio de sesión en cuentas Nanopore	Necesario para iniciar sesión en su cuenta Nanopore y acceder a los servicios en la nube	id.nanoporetech.com *.okta.com

Si su institución utiliza un servidor intermediario o cortafuegos, compruebe que se permita el acceso saliente a estos dominios y evite problemas con el funcionamiento del programa, las actualizaciones o la autentificación de usuarios.

Telemetría

MinKNOW y EPI2ME recopilan datos de telemetría durante su uso, según lo establecido en nuestros Términos y condiciones. Esto ayuda a supervisar el rendimiento del dispositivo, facilita la resolución de problemas y permite el reemplazo de celdas de flujo en garantía, cuando corresponda.

Nota sobre privacidad: algunos campos de telemetría permiten introducir texto libre, por lo que debe evitarse introducir información de identificación personal. Nosotros no recogemos ningún dato de secuenciación.

Análisis en EPI2ME

La aplicación de escritorio EPI2ME ofrece herramientas de análisis definidas por el usuario, en local o en la nube:

• El análisis local se ejecuta directamente en el ordenador del usuario y utiliza los recursos informáticos disponibles.

• El análisis en la nube se aloja en Amazon Web Services (AWS) y requiere una conexión a Internet.

Aquí encontrará más información sobre cómo EPI2ME puede ayudarle con el análisis de sus datos.

Formatos de carga de datos: Los formatos FASTQ, BAM y otros formatos relacionados se cargan a través de EPI2ME, que procesa los datos a través de flujos bioinformáticos personalizados de Nextflow y genera informes HTML interactivos.

Algunos comportamientos del sistema como las actualizaciones programadas, los análisis antivirus o las directrices informáticas tal vez interfieran con los experimentos de secuenciación.

A continuación presentamos algunas áreas clave que conviene revisar y comentar con su departamento de informática para garantizar una experiencia de secuenciación fluida e ininterrumpida.

Componente	Requisitos mínimos
Electricidad	Conecte tanto el P2 Solo como el ordenador asociado directamente a tomas de corriente de pared. No utilizar alargadores o regletas, ya que son capaces de provocar inestabilidad eléctrica.
Nivel de privilegios de la cuenta de usuario	Los privilegios de administrador local son necesarios para la instalación y las actualizaciones. No son necesarios para realizar experimentos de secuenciación.
Conexión a Internet	Es imprescindible disponer de una conexión a Internet estable para realizar las actualizaciones y recoger la información de telemetría. Si necesita trabajar sin conexión (en trabajos de campo o durante expediciones), póngase en contacto con support@nanoporetech.com.
Configuración del antivirus	El antivirus consume una parte considerable de recursos del sistema, lo que podría afectar al rendimiento de la secuenciación. Para evitar interrupciones, recomendamos desactivar los análisis automáticos y programar los análisis manuales cuando el dispositivo no esté en uso.
Programa de protección de dispositivos	Este programa de protección es capaz de interferir con el rendimiento del sistema. Recomendamos desactivarlo durante la secuenciación. Si las directrices informáticas de su institución exigen un programa de protección de terminales desarrollado por proveedores externos, incluya los códigos pertinentes en la lista de permitidos dentro de la configuración de control periférico del programa. Los usuarios son responsables de comprobar que estos ajustes no afecten al rendimiento del dispositivo. Más información en: ¿Cómo conecto el P2 Solo?
Configuración y actualizaciones de BIOS/conjunto de circuitos	Compruebe que el microprograma de la BIOS y los controladores del conjunto de circuitos estén actualizados. Antes de realizar el análisis con EPI2ME, active la virtualización.
Configuración de actualizaciones del sistema	Configure las actualizaciones en modo manual, ya que las descargas durante un experimento de secuenciación suelen causar problemas. Las actualizaciones que precisen reiniciar el sistema detendrán los experimentos en curso. Coordínese con su departamento informática y compruebe que las directivas de grupo no anulen la configuración local y que no se produzcan actualizaciones o reinicios no planificados.

¿Puedo utilizar un ordenador con características técnicas distintas o más antiguas a las enumeradas aquí?

Sí, pero el rendimiento —en particular la velocidad de la identificación de bases— varía en función del equipo. La elección de la GPU es lo que tiene mayor impacto en el rendimiento.

Compatibilidad del equipo:

• Los ordenadores anteriores a 2015 difícilmente funcionarán.

• Verifique que la GPU es compatible con CUDA 6.1 o superior (serie RTX 10XX o posterior).

• Verifique que la CPU sea compatible con AVX-2 (Intel Haswell, AMD Steamroller, o posteriores).

• La conexión del dispositivo requiere un puerto USB-C (USB 3.0 o superior).

Equipo(s) más reciente(s):

• La compatibilidad y el rendimiento en equipos de reciente lanzamiento, como GPU o procesadores de última generación, suelen verse limitados hasta que finalicen su comprobación y optimización.

Compré un ordenador siguiendo una versión anterior de este documento, ¿está ya obsoleto?

Este documento tiene como finalidad orientar a los usuarios que vayan a adquirir un ordenador y utilizarlo con el P2 Solo. Dado que la disponibilidad de equipos cambia con el tiempo, actualizamos nuestras recomendaciones para reflejar los modelos de ordenadores vigentes y accesibles. Si su ordenador actual cumple con las características técnicas mencionadas en la pregunta anterior, sigue siendo compatible con nuestro programa.

Quiero realizar la identificación de bases en otro ordenador o en un sistema de computación de gran rendimiento (HPC) y necesito saber los requisitos mínimos reales relativos a la adquisición de datos.

Para realizar la adquisición de datos (secuenciación sin identificación de bases), basta con contar con un equipo que cumpla los requisitos mínimos —sin incluir la GPU.

¿Puedo utilizar distribuciones de Linux distintas a Ubuntu 22.04 o 24.04 LTS?

Recomendamos usar solo Ubuntu 22.04 o 24.04 LTS. No hemos probado ni validado otras distribuciones de Linux y tal vez no sean compatibles con nuestro programa o procesos de soporte.

¿Por qué no hay unas características técnicas recomendadas para Mac?

Aunque Apple Silicon es compatible, el rendimiento de secuenciación es mejor en los sistemas con GPU NVIDIA, que además ofrecen una relación precio-rendimiento más favorable en la identificación de bases. Si utiliza un ordenador con Apple Silicon, recomendamos utilizar solo la identificación de bases rápida, ya que los modelos más grandes precisan un tiempo considerable de ejecución y no son capaces de mantener el ritmo de producción de datos de la celda de flujo.

Encuentre más información y consulte las preguntas frecuentes del dispositivo en la página de autoservicio del PromethION 2 Solo.