PromethION™ 2 (P2) Solo 是 PromethION 系列中最小巧易用的产品。PromethION 测序芯片的数据产出是 MinION™ 的六倍，非常适合用于大规模基因组测序及高通量多样本实验。P2 Solo 可同时运行两张测序芯片。请点击此处，获取更多信息。

P2 Solo 需搭配一台支持 USB-C（USB 3.0 及以上速率）的计算机使用。GridION™ Mk1 用户可将 P2 Solo 直接接入其测序平台，从而利用 GridION 内置的专用 GPU 和计算资源；其他用户则可选用兼容的高性能工作站。

鉴于 P2 Solo 生成的数据量巨大，选择一台高性能计算机至关重要。若您寻求一体化解决方案，兼具内置与优化的计算能力，我们推荐您选用配备前沿计算硬件的 P2 Integrated。

更多关于 P2 Integrated 的信息，请点击此处。

P2 Solo 可将 GridION Mk1 作为即插即用的计算资源，充分利用其内置 GPU 实现碱基识别。

• 即插即用：GridION 的操作系统、固态硬盘（SSD）及内存均经过全面优化，可与 P2 Solo 搭配实现高效测序。

• 适用的 GridION 型号：为支持 PromethION 测序芯片和全部碱基识别模型的运行，请使用序列号不低于 GXB02xxx 的 GridION Mk1。

更多有关 GridION 的 IT 配置要求（包括网络连接与电力配置），请点击此处。

由于 P2 Solo 的数据通量巨大，选择适合的计算机至关重要。若您需要兼具高性能与简便安装的一体化方案，建议选用 P2 Integrated。该系统内置强大计算硬件，并在设计上充分考虑了用户的使用体验。

为确保计算机能够高效执行数据采集与碱基识别，请参考以下配置要求。使用不符合要求的设备可能导致性能下降、碱基识别速度变慢，甚至测序运行失败。

部件	规格
操作系统（OS）	Windows – 11 及 10 Linux – Ubuntu 22.04 及 24.04
外设接口	USB Type-C （USB 3.0 或更高传输速率）
内存	64 GB+
GPU	NVIDIA A100 NVIDIA 5090 RTX （桌面显卡） RTX PRO 6000 Blackwell 工作站版
CPU	Intel i7+ (12核+)
存储	8 TB SSD + *注意：如使用多块 SSD，需通过 RAID 0 等方式将其组合，使操作系统识别为单一硬盘。

请注意：对于新发布的硬件（如下一代 GPU 或处理器），在 Oxford Nanopore 完成相关测试与优化之前，其兼容性和性能表现尚无法完全保证。

处理器兼容性

• MinKNOW 仅兼容 Intel、AMD 或 Apple Silicon 处理器；

• CPU 须支持 AVX2 指令集（如 Intel Haswell、AMD Steamroller 或更新架构）；

• 不支持搭载 Intel 处理器的 Mac 设备；

• 亦不支持Qualcomm Snapdragon 及其他基于 ARM 架构的处理器。

USB 连接要求

P2 Solo 需通过 USB-C 接口与工作站计算机连接。请使用随附的 USB Type-C 线缆（约 1 米长），直接插入主板上的 USB-C 接口。

以下连接方式不受支持：
PCIe 转 USB-C 适配卡（已知可能引发通信错误）
USB 集线器或扩展坞（可能影响性能）

如工作站主板不具备 USB-C 接口，可改用 USB-C 转 USB-A 线缆。但该所用 USB-A 接口必须支持 USB 3.0 或更高传输速率。

笔记本电脑适用性

NVIDIA 显卡提供桌面版和移动版（笔记本）。笔记本具备便携性，但桌面显卡通常在性能、能效及散热管理方面表现更佳。

对于计算密集型任务，台式机通常更为适合；笔记本在长时间高负载下往往难以保持稳定运行。

Nanopore测序数据会以三种文件类型储存：

• FASTQ - 一种基于文本的序列储存格式，用于保存 DNA 或 RNA 序列及其对应的质量评分（Q 值）；

• BAM - 用于存储经过比对的序列数据，包含修饰碱基信息（如甲基化等）；

• sequencing_summary.txt - 储存了单次测序中，与测序序列及碱基识别相关的元数据。其中包括：序列片段编号、序列长度、每条序列片段的质量值、测序时长等。该序列摘要文件的大小取决于所包含的序列片段数量。

可选格式：

• POD5 - 原始数据的标准存储格式，是对早期 FAST5 格式的替代，具有更高的数据存储与处理效率。

下表列出了单张测序芯片在不同测序通量下预计生成的文件大小，涵盖 POD5、FASTQ 和 BAM 三种数据格式，序列片段的 N50 长度为 23 kb。

测序芯片产出 （Gbases）	POD5（Gbytes）	FASTQ.gz（Gbytes）	未经比对的BAM（带修饰）（Gbytes）
100	700	65	60
200	1400	130	120
290（理论最大产出）	2030	188.5	174

注意：测序过程中 MinKNOW 将持续生成 POD5 文件。若启用碱基识别功能，系统将生成 FASTQ 和/或 BAM 文件，此时可能会停止对 POD5 文件的写入。尽管如此，用户仍需预留充足的临时存储空间。

GridION 数据传输

如您将 GridION 与 P2 Solo 搭配使用时需要增加 SSD 存储，请确保正确连接 USB/以太网接口，从而保持最佳运行性能。

• 请使用GridION背面的蓝色USB Type-A 端口（见上图）。

• 在使用以太网时，请选用 CAT5e 或更高标准的网线（带宽不低于 1 Gbps），并尽量缩短线缆长度以减少延迟。

请勿使用:

• 白色矩形USB端口

• 位于设备正面的USB端口（如果您的GridION具有前置 USB 端口）

系统的正常运行与更新依赖于网络访问权限。所有网络通信均为出站连接，并通过 TCP 端口 80 和 443 进行，无需开启任何入站端口。

Oxford Nanopore Technologies 无法远程访问您的系统。

访问类型	用途	所需域名
遥测	支持 MinKNOW 执行遥测功能并发送相关数据	ping.oxfordnanoportal.com
软件与操作系统更新	获取 MinKNOW 更新、操作系统软件包和 GPU 驱动程序	cdn.oxfordnanoportal.com *.ubuntu.com *.nvidia.com
EPI2ME™ Labs	访问容器化分析流程	*.github.com hub.docker.com
Nanopore 账户登录	登录 Oxford Nanopore 账户并访问相关云端服务	id.nanoporetech.com *.okta.com

如您所在机构部署了代理服务器或防火墙，请确保上述域名的出站访问已开放，以免影响软件更新、功能使用及用户身份验证。

遥测

MinKNOW 和 EPI2M 在测序运行期间将依据相关条款收集遥测数据，用于设备性能监控、故障排查与技术支持，并作为芯片质保更换的依据（如适用）。

隐私提示：由于部分遥测字段支持自由文本输入，请避免填写任何可识别个人身份的信息。我们不会收集测序数据。

EPI2ME 分析

EPI2ME 桌面应用程序支持用户灵活配置本地或云端数据分析流程：

• 本地分析：在本地计算机上运行，利用本地计算资源执行分析任务；

• 云端分析：依托 Amazon Web Services（AWS）平台，需保持互联网连接。

点击 此处，了解 EPI2ME 如何助力您的数据分析工作。

数据上传格式：EPI2ME 支持上传 FASTQ、BAM 及其他与分析流程相关的文件格式。所上传数据将通过定制的 Nextflow 流程进行处理，并生成交互式 HTML 报告。

系统行为（如定时更新、杀毒扫描或 IT 管控措施）可能对测序运行造成干扰。

为确保测序过程顺利进行且不被中断，建议您就以下关键事项与所在单位的 IT 部门沟通确认。

组件	最低要求
供电	P2 Solo 与 连接的计算机必须直接接入墙壁电源插座。请勿使用延长线或插线板，以免影响供电稳定性。
用户账户权限等级	安装和更新软件需具备本地管理员权限；执行测序实验则无需管理员权限。
网络连接	系统须始终保持稳定的互联网连接，以确保软件更新和遥测功能的正常运行。 如需离线使用（例如现场作业或野外考察），请联系 support@nanoporetech.com 获取进一步协助。
杀毒软件设置	杀毒软件可能占用大量系统资源，影响测序性能。为避免干扰，建议您关闭自动扫描功能，并在 P2 Solo 未运行时安排手动扫描。
终端检测软件	终端检测类软件可能干扰系统性能。 建议在测序过程中禁用该类软件。 如果您的机构 IT 要求必须运行第三方终端防护，请检查并确认已在该软件的外设设置中将 P2 Solo 相关代码放入白名单。用户需自行验证此类配置不会影响 P2 Solo 的性能表现。 更多信息，请参阅：如何连接 P2 Solo？
BIOS/芯片组设置与更新	请确保 BIOS 固件和芯片组驱动程序均为最新版本。如需使用 EPI2ME 进行数据分析，请确认已启用虚拟化功能。
操作系统更新设置	建议将操作系统更新设置为手动模式，以避免在测序过程中因自动更新而引发问题——尤其当更新涉及系统重启时，将导致测序任务中断。 请与 IT 部门协调，确保单位 IT 管控措施不会覆盖本地设置，从而防止意外更新或重启。

我可以使用与本文件所列配置不同或较旧的计算机吗？

可以，但性能表现（尤其是碱基识别速度）可能因硬件差异而有所不同。其中，GPU 的选择对性能影响最为显著。

硬件兼容性说明：

• 2015 年前发布的计算机可能无法满足运行要求；

• GPU 须支持 CUDA 6.1 或更高版本（如 RTX 10XX 系列或更新型号）；

• CPU 须支持 AVX-2 指令集（如 Intel Haswell、AMD Steamroller 或更新架构）；

• 计算机须具备 USB-C 接口，并支持 USB 3.0 或更高传输标准。

新款硬件：

• 对于新发布的硬件（如下一代 GPU 或处理器），在 Oxford Nanopore 完成相关测试与优化之前，其兼容性和性能表现尚无法完全保证。

我根据旧版本文档购买的计算机，现在是否仍符合要求？

本文件旨在指导用户选购可兼容 P2 Solo 的计算机。由于硬件不断迭代升级，我们会定期更新推荐配置，以反映当前市面上主流且易于采购的设备。如果您现有的计算机仍符合前述配置要求，即可继续正常使用我们的软件。

我计划在其他计算机或高性能计算平台（HPC）上执行碱基识别。对于仅用于数据采集的设备，最低配置有哪些要求？

如果设备仅用于数据采集（即测序过程中不执行碱基识别），则本文档所列的最低配置已足够，且无需配备 GPU。

是否支持使用 Ubuntu 22.04/24.04 LTS 以外的其他 Linux 发行版？

我们建议您仅使用 Ubuntu 22.04 或 24.04 LTS。其他 Linux 发行版未经官方测试与验证，可能存在兼容性问题，且不在技术支持范围内。

为何未提供针对 Mac 的推荐配置？

尽管本软件可在搭载 Apple Silicon 的 Mac 上运行，但在测序性能方面，配备 NVIDIA GPU 的系统表现更为优越，并在碱基识别任务中具有更高的性价比。对于 Apple Silicon 用户，我们仅推荐使用快速碱基识别模式；较大型模型运行耗时较长，无法实时处理测序芯片输出的数据。

更多有关 PromethION 2 Solo 的信息和常见问题，请参阅 P2 Solo 自助服务页面。