Direct RNA sequencing - control experiment (SQK-RNA004)
MinION: Protocol
Direct RNA sequencing - control experiment (SQK-RNA004) V DRCE_9196_v4_revB_20Sep2023
This protocol:
- is for a control experiment using kit-supplied RNA.
- sequences native RNA.
- requires no fragmentation.
- takes ~2 hours for library preparation.
For Research Use Only
This is an Early Access product.
For more information about our Early Access programmes, please see this article on product release phases.
FOR RESEARCH USE ONLY
Contents
Introduction to the protocol
Library preparation
Secuenciación y análisis de datos (1)
- 5. Adquisición de datos e identificación de bases
- 6. Reutilización y devoluciones de celdas de flujo
- 7. Análisis posterior
Troubleshooting
Descripción general
This protocol:
- is for a control experiment using kit-supplied RNA.
- sequences native RNA.
- requires no fragmentation.
- takes ~2 hours for library preparation.
For Research Use Only
This is an Early Access product.
For more information about our Early Access programmes, please see this article on product release phases.
1. Overview of the protocol
IMPORTANTE
Este es un producto de acceso anticipado
Para tener más información sobre los programas de acceso anticipado, consulte este artículo sobre las fases de lanzamiento de productos.
Procure usar siempre la versión más reciente del protocolo.
Características del kit Direct RNA Sequencing Kit
Este kit se recomienda a usuarios que:
- Estén explorando características del ARN como bases modificadas.
- A los que les gustaría eliminar sesgos creados por la retrotranscriptasa o la PCR.
- Tienen transcritos que son difíciles de retrotranscribir.
Introduction to the Direct RNA Control Experiment protocol
This protocol describes how to carry out a Direct RNA Sequencing Control Experiment using the Direct RNA Sequencing Kit (SQK-RNA004). Using the RNA Control Strand (RCS), a second complementary cDNA strand is synthesised for stability by reverse transcription. Sequencing adapters are then attached to the RNA-cDNA hybrid for sequencing on either MinION or PromethION RNA Flow Cells (FLO-MIN004RA / FLO-PRO004RA respectively). Please note, the complementary cDNA strand is not sequenced, but improves the RNA sequencing output.
The control experiment can be used to become familiar with nanopore sequencing technology before preparing your own library or for troubleshooting purposes. The control experiment uses the RNA Control Strand (RCS) supplied in the kit.
Steps in the sequencing workflow:
Prepare for your experiment:
You will need to:
- Ensure you have your sequencing kit, the correct equipment and third-party reagents
- Download the MinKNOW software for acquiring and analysing your data
- Check your flow cell to ensure it has enough pores for a good sequencing run
Library preparation
The table below is an overview of the steps required in the library preparation, including timings and stopping points.
| Library preparation | Process | Time | Stop option |
|---|---|---|---|
| Reverse transcription | Synthesise the complementary strand of the RNA | ~85 minutes | At this stage the RT-RNA can be stored at -80°C for later use. Please note, this is the only pause point in this protocol. |
| Adapter ligation and clean-up | Attach the sequencing adapters to the RNA-cDNA hybrid ends | 45 minutes | Attach sequencing adapters to the ends of the RNA-cDNA hybrid. We strongly recommend sequencing your library as soon as it is adapted. |
| Priming and loading the flow cell | Prime the flow cell and load the prepared library for sequencing | 5 minutes |
Sequencing
You will need to:
- Start a sequencing run using the MinKNOW software, which will collect raw data from the device and basecall the reads
IMPORTANTE
A diferencia del ADN, el ARN se transloca a través del nanoporo en dirección 3'-5'. Sin embargo, los algoritmos de identificación de bases invierten los datos automáticamente y las lecturas se muestran en dirección 5'-3'.
IMPORTANTE
Compatibilidad del protocolo
Este protocolo debería usarse solo en combinación con los siguientes productos:
- Direct RNA Sequencing Kit (SQK-RNA004)
- MinION RNA Flow Cell (FLO-MIN004RA)
- Flow Cell Wash Kit (EXP-WSH004) - Este kit es adecuado para retirar la biblioteca entre lavados, pero no eliminará el bloqueo de los nanoporos relacionado con el ARN.
- MinION Mk1B - Requisitos informáticos MinION Mk1B
- MinION Mk1C - Requisitos informáticos MinION Mk1C
- GridION - Requisitos informáticos GridION
2. Equipment and consumables
Material
- Direct RNA Sequencing Kit (SQK-RNA004)
Consumibles
- Induro® Reverse Transcriptase (NEB, M0681)
- 10 mM de solución dNTP (p. ej. NEB, N0447)
- NEBNext® Quick Ligation Reaction Buffer (NEB, B6058)
- T4 DNA Ligase 2M U/ml (NEB, M0202M)
- Murine RNase Inhibitor (NEB, M0314)
- Microesferas Agencourt RNAClean XP (Beckman Coulter™, A63987)
- Agua sin nucleasas (p. ej., ThermoFisher AM9937)
- Etanol al 70 % recién preparado en agua sin nucleasas
- Tubos de PCR de pared fina (0,2 ml)
- Tubos de 1,5 ml Eppendorf DNA LoBind
- Qubit RNA HS Assay Kit (ThermoFisher, Q32852)
- Qubit 1x dsDNA HS Assay Kit (ThermoFisher, Q33230)
- Tubos de ensayo Qubit™ (Invitrogen Q32856)
Instrumental
- Mezclador Hula (mezclador giratorio suave)
- Separador magnético, adecuado para tubos Eppendorf de 1,5 ml
- Microcentrífuga
- Mezclador vórtex
- Cubeta con hielo
- Temporizador
- Termociclador
- Fluorímetro Qubit (o equivalente para el control de calidad)
- Pipeta y puntas P1000
- Pipeta y puntas P200
- Pipeta y puntas P100
- Pipeta y puntas P20
- Pipeta y puntas P10
- Pipeta y puntas P2
- Eppendorf 5424 centrifuge (or equivalent)
For this protocol, you will need the RNA Control Strand (RCS) supplied in the Direct RNA Sequencing Kit.
Muestra inicial de ARN
Es importante que la muestra inicial de ARN posea la cantidad y calidad requerida. Usar demasiado ARN, poco o de mala calidad (p. ej., que esté muy fragmentado o que contenga contaminantes químicos), puede afectar a la preparación de la biblioteca.
Para más información sobre cómo utilizar ARN como muestra inicial, consulte los enlaces a continuación.
- Polyadenylation of non-poly(A) transcripts using E. coli poly(A) polymerase
- RNA contaminants
- RNA stability
- RNA Integrity Number (RIN)
- Enrichment of polyadenylated RNA molecules
Estos documentos pueden encontrarse en la página DNA/RNA Handling page.
Reactivos de otros fabricantes
Oxford Nanopore Technologies ha probado y recomienda el uso de todos los reactivos de otros fabricantes citados en este protocolo. No se han evaluado otras alternativas.
Recomendamos preparar estos reactivos siguiendo las instrucciones del fabricante.
Verificar la celda de flujo
Antes de empezar el experimento de secuenciación, recomendamos verificar el número de poros disponibles, presentes en la celda de flujo. La comprobación deberá realizarse en las primeras 12 semanas desde su adquisición, si se trata de celdas de flujo MinION, GridION o PromethION, y en las primeras cuatro semanas tras la compra de celdas de flujo Flongle. Oxford Nanopore Technologies sustituirá cualquier celda de flujo con un número de poros inferior al indicado en la tabla siguiente, siempre y cuando el resultado se notifique dentro de los dos días siguientes a la comprobación y se hayan seguido las instrucciones de almacenamiento. Para verificar la celda de flujo, siga las instrucciones del documento Flow Cell Check.
| Celda de flujo | Número mínimo de poros activos cubierto por la garantía |
|---|---|
| Flongle | 50 |
| MinION/GridION | 800 |
| PromethION | 5000 |
Contenido del kit Direct RNA Sequencing Kit (SQK-RNA004):
| Nombre | Sigla | Color del tapón | No. de viales | Volumen (μl) |
|---|---|---|---|---|
| RT Adapter | RTA | Azul | 1 | 10 |
| RNA Ligation Adapter | RLA | Verde | 1 | 45 |
| RNA CS | RCS | Amarillo | 1 | 25 |
| Wash Buffer | WSB | Naranja | 2 | 1 200 |
| RNA Elution Buffer | REB | Negro | 1 | 300 |
| Library Solution | LIS | tapón blanco, etiqueta rosa | 1 | 600 |
| Sequencing Buffer | SB | Rojo | 1 | 700 |
| RNA Flush Tether | RFT | Rosa | 1 | 200 |
| Flow Cell Flush | FCF | Blanco | 1 | 8 000 |
Nota: El RNA CS (RCS) es la cadena de calibración y contiene enolasa II, del gen YHR174W, extraído de la levadura saccharomyces cerevisiae. Los archivos de referencia FASTA, correspondientes a las levaduras, están disponibles aquí.
3. Library preparation
Material
- RT Adapter (RTA)
- RNA CS (RCS)
- Wash Buffer (WSB)
- RNA Ligation Adapter (RLA)
- RNA Elution Buffer (REB)
Consumibles
- Microesferas Agencourt RNAClean XP (Beckman Coulter™, A63987)
- Induro Reverse Transcriptase y 5 Induro RT Reaction Buffer (NEB, M0681)
- 10 mM de solución dNTP (p. ej. NEB, N0447)
- NEBNext® Quick Ligation Reaction Buffer (NEB, B6058)
- Murine RNase Inhibitor (NEB, M0314)
- T4 DNA Ligase 2M U/ml (NEB, M0202M)
- Agua sin nucleasas (p. ej., ThermoFisher AM9937)
- Etanol al 70 % recién preparado en agua sin nucleasas
- Tubos de PCR de pared fina (0,2 ml)
- Tubos de 1,5 ml Eppendorf DNA LoBind
- Qubit 1x dsDNA HS Assay Kit (ThermoFisher, Q33230)
- Qubit RNA HS Assay Kit (ThermoFisher, Q32852)
- Tubos de ensayo Qubit™ (Invitrogen Q32856)
Instrumental
- Mezclador Hula (mezclador giratorio suave)
- Termociclador
- Gradilla magnética
- Fluorímetro Qubit (o equivalente para el control de calidad)
- Cubeta con hielo
- Pipeta y puntas P1000
- Pipeta y puntas P200
- Pipeta y puntas P100
- Pipeta y puntas P20
- Pipeta y puntas P10
- Pipeta y puntas P2
Preparar los reactivos NEBNext Quick Ligation Reaction Buffer y T4 DNA Ligase de acuerdo con las instrucciones del fabricante, y colocar en hielo:
Descongelar los reactivos a temperatura ambiente.
Centrifugar los viales durante 5 segundos.
Mezclar los reactivos con la pipeta completamente, al menos 10 veces. Note: NO mezclar en vórtex la T4 DNA Ligase.
El tampón, NEBNext Quick Ligation Reaction Buffer, quizás tenga un poco de precipitado. Dejar que alcance la temperatura ambiente y mezclar con la pipeta varias veces para romper el precipitado; agitar en vórtex durante varios segundos hasta tener la certeza de que el reactivo está completamente mezclado.
IMPORTANTE
En este protocolo, no recomendamos usar Quick T4 Ligase. Hemos descubierto que la ligasa T4 DNA Ligase (2M U/ml NEB M0202M) funciona mejor. Debe utilizarse junto al reactivo Quick Ligation Reaction Buffer (NEB B6058).
Spin down the RT Adapter (RTA), RNA CS (RCS), and RNA Ligation Adapter (RLA), pipette mix and place on ice.
Descongelar a temperatura ambiente los tampones Wash Buffer (WSB) y RNA Elution Buffer (REB) y mezclar en vórtex. Centrifugar brevemente y poner en hielo.
In a clean 0.2 ml thin-walled PCR tube, combine the reagents in the following order:
| Reagent | Volume |
|---|---|
| NEBNext Quick Ligation Reaction Buffer | 3 µl |
| RNA CS (RCS) | 8.5 µl |
| Murine RNase Inhibitor | 1 µl |
| RT Adapter (RTA) | 1 µl |
| T4 DNA Ligase | 1.5 µl |
| Total | 15 µl |
Mezclar con la pipeta y centrifugar brevemente.
Incubar la reacción durante 10 minutos a temperatura ambiente.
En un tubo nuevo Eppendorf DNA Lobind de 1,5 ml, combinar los siguientes reactivos para obtener la mezcla de reacción de transcripción inversa:
| Reactivo | Volumen |
|---|---|
| Agua sin nucleasas | 13 µl |
| 10 mM de dNTPs | 2 µl |
| 5 tampón de reacción Induro RT | 8 µl |
| Total | 23 µl |
Transferir la mezcla de reacción con la transcriptasa inversa al tubo de PCR de 0,2 ml, que contiene el ARN ligado con adaptador y mezclar con la pipeta.
Añadir 2 μl de Induro Reverse Transcriptase a la reacción y meclar con la pipeta.
Colocar el tubo en el termociclador e incubar a 60 °C durante 30 min, a 70 °C durante 10 min y poner a 4 °C antes de proceder con el paso siguiente.
Transferir la muestra a un tubo nuevo de 1,5 ml Eppendorf DNA Lobind.
Resuspender las microesferas Agencourt RNAClean XP agitando en vórtex.
Añadir 72 μl de microesferas resuspendidas Agencourt RNAClean XP, a la reacción de transcripción inversa y mezclar con la pipeta.
Incubar en el hula mixer (o mezclador rotatorio) durante 5 minutos a temperatura ambiente.
Preparar 200 µl de etanol al 70 %, con agua sin nucleasas.
Centrifugar la muestra y precipitar en un imán. Dejar el tubo en el imán y retirar el sobrenadante con una pipeta.
Sin retirar el tubo del imán, lavar las microesferas con 150 μl de etanol al 70 % recién preparado, tal y como se describe a continuación:
- Añadir 150 µl de etanol al 70 %, recién preparado, y esperar a que las microesferas se desplacen hacia el imán y formen un precipitado.
- Girar el tubo 180 °C. Esperar a que las microesferas se desplacen hacia el imán y formen un precipitado.
- Girar el tubo 180 °C de nuevo (hasta el punto de partida) y esperar a que las microesferas precipiten de nuevo.
Retirar cuidadosamente el etanol con una pipeta y desechar.
Centrifugar brevemente y poner el tubo de nuevo en el imán hasta que el eluído esté claro e incoloro. Dejar el tubo en el imán y retirar con una pipeta cualquier residuo de etanol.
Quitar el tubo de la gradilla magnética y resuspender el agregado en 23 µl de agua sin nucleasas. Incubar durante 5 minutos a temperatura ambiente.
Precipitar las microesferas en un imán, durante al menos 1 minuto, hasta que el eluido se vuelva claro e incoloro.
Extraer 23 µl de eluido y guardarlo en un tubo Eppendorf DNA Lobind de 1,5 ml.
MEDIDA OPCIONAL
En este momento, la muestra de ARN-RT puede guardarse a -80 °C y utilizarse más adelante.
Nótese, en este protocolo, este es el único punto donde es posible hacer una pausa.
En el mismo tubo Eppendorf DNA LoBind de 1,5 ml, combinar los reactivos en el siguiente orden:
| Reactivo | Volumen |
|---|---|
| Muestra ARN-RT | 23 µl |
| NEBNext Quick Ligation Reaction Buffer | 8 µl |
| RNA Ligation Adapter (RLA) | 6 µl |
| T4 DNA Ligase | 3 µl |
| Total | 40 µl |
Mezclar con la pipeta.
Incubar la reacción durante 10 minutos a temperatura ambiente.
Resuspender las microesferas Agencourt RNAClean XP agitando en vórtex.
Añadir 16 μl de microesferas resuspendidas Agencourt RNAClean XP, a la reacción de transcripción inversa y mezclar con la pipeta.
Incubar en el hula mixer (o mezclador rotatorio) durante 5 minutos a temperatura ambiente.
Centrifugar brevemente la muestra y precipitar en un imán. Dejar el tubo en el imán durante 5 minutos y cuando el sobrenadante esté claro e incoloro, retirarlo con una pipeta.
Añadir 150 μl de Wash Buffer (WSB) a las microesferas. Cerrar la tapa del tubo y resuspender las microesferas golpeando suavemente el tubo con el dedo. Volver a colocar el tubo en el imán, dejar que las microesferas precipiten durante 5 minutos y cuando el sobrenadante esté claro e incoloro, retirarlo con una pipeta.
Repetir el paso anterior.
IMPORTANTE
Al agitar las microesferas se obtiene una eliminación más eficaz del adaptador que al añadir el tampón y aspirarlo inmediatamente.
Centrifugar brevemente el tubo y volver a colocarlo en la gradilla magnética hasta que las microesferas hayan precipitado. A continuación, retirar cualquier resto de Wash Buffer (WSB) con la pipeta.
Retirar el tubo de la gradilla magnética y resuspender el agregado en 13 μl de RNA Elution Buffer (REB), golpeando suavemente el tubo con el dedo. Incubar durante 10 minutos a temperatura ambiente.
Precipitar las microesferas en un imán durante 5 minutos, hasta que el eluido se vuelva claro e incoloro.
Extraer 13 µl de eluido y guardarlo en un tubo Eppendorf DNA Lobind de 1,5 ml.
Cuantificar 1 μl de ARN retrotranscrito y adaptado, con ayuda del ensayo de ADN HS y el fluorímetro qubit.
La cantidad de eluido final que se desea recuperar es > 30 ng.
Las cantidades recogidas varían según las diferentes cantidades de muestra y las preparaciones de bibliotecas. No obstante, recomendamos utilizar el volumen completo de ARN para obtener los mejores resultados en la secuenciación.
FIN DEL PROCESO
El ARN retranscrito y adaptado está listo para cargar la celda de flujo.
IMPORTANTE
La biblioteca de ARN debe secuenciarse inmediatamente y no se puede guardar para utilizarse más adelante.
4. Cebado y carga de la celda de flujo MinION/GridION
Material
- Library Solution (LIS)
- Sequencing Buffer (SB)
- RNA Flush Tether (RFT)
- Flow Cell Flush (FCF)
Consumibles
- Celda de flujo MinION/GridION
- Agua sin nucleasas (p. ej., ThermoFisher AM9937)
- Tubos de 1,5 ml Eppendorf DNA LoBind
Instrumental
- Dispositivo MinION o GridION
- Pantalla protectora celdas de flujo MinION/GridION
- Pipeta y puntas P1000
- Pipeta y puntas P100
- Pipeta y puntas P20
- Pipeta y puntas P10
IMPORTANTE
Nótese, este kit es compatible solo con las celdas de flujo para ARN (FLO-MIN004RA).
CONSEJO
Cebado y carga de la celda de flujo
Se recomienda a los nuevos usuarios que miren el vídeo Priming and loading your flow cell antes de realizar su primer experimento.
Descongelar los viales Sequencing Buffer (SB), Library Solution (LIS), RNA Flush Tether (RFT) y un tubo de Flow Cell Flush (FCF) a temperatura ambiente. Agitar en vórtex y centrifugar brevemente.
En un tubo nuevo de 1,5 ml Eppendorf DNA Lobind mezclar los siguientes reactivos. Agitar en vórtex y centrifugar brevemente.
| Reactivos | Volumen por celda de flujo |
|---|---|
| RNA Flush Tether (RFT) | 30 µl |
| Flow Cell Flush (FCF) | 1 170 µl |
| Total | 1 200 µl |
Abrir la tapa del dispositivo MinION o GridION y deslizar la celda de flujo debajo del clip. Presionar la celda de flujo con firmeza para asegurar un contacto eléctrico y térmico adecuados.
MEDIDA OPCIONAL
Antes de cargar la biblioteca, verifique la celda de flujo para determinar el número de poros disponible.
Si se ha verificado con anterioridad la cantidad de poros presentes en la celda de flujo, este paso se puede omitir.
Dispone de más información en las instrucciones de comprobación de la celda de flujo, del protocolo de MinKNOW.
Abrir el puerto de cebado de la celda de flujo, deslizando la tapa en el sentido de las agujas del reloj.
IMPORTANTE
Tenga cuidado a la hora de extraer el tampón de la celda de flujo. No retire más de 20-30 μl y asegúrese de que el tampón cubra la matriz de poros en todo momento. La introducción de burbujas de aire en la matriz puede dañar los poros de manera irreversible.
Tras abrir el puerto de cebado, verificar si hay una burbuja de aire bajo la tapa. Retirar una pequeña cantidad de tampón para quitar las burbujas:
- Ajustar una pipeta P1000 a 200 μl.
- Introducir la punta de la pipeta en el puerto de cebado.
- Girar la rueda hasta que el indicador de volumen marque 220-230 μl o hasta que se pueda ver una pequeña cantidad de tampón entrar en la punta de la pipeta.
Nota: Comprobar que haya un flujo continuo de tampón circulando desde el puerto de cebado a través de la matriz de poros.
Cargar 800 μl de solución en el puerto de cebado, evitando introducir burbujas de aire. Esperar 5 minutos. Durante este tiempo, preparar la biblioteca para cargar siguiendo los pasos a continuación.
En un tubo de 1,5 ml preparar la biblioteca de la siguiente manera:
| Reactivo | Volumen por celda de flujo |
|---|---|
| Sequencing Buffer (SB) | 37,5 µl |
| Library Solution (LIS) | 25,5 µl |
| Biblioteca de ARN | 12 µl |
| Total | 75 µl |
Completar el cebado de la celda de flujo:
- Levantar suavemente la tapa del puerto de carga SpotON.
- Cargar 200 µl de solución en el puerto de cebado (no en el puerto de muestra SpotON), evitando introducir burbujas de aire.
Mezclar la biblioteca pipeteando suavemente, justo antes de cargar.
Añadir, gota a gota, 75 μl de la biblioteca preparada en el puerto de muestra SpotON. Procurar que cada gota fluya hacia adentro del puerto antes de añadir la siguiente.
Volver a colocar con cuidado, la tapa del puerto de muestra SpotON, procurando que el tapón encaje en el agujero y cerrar el puerto de cebado.
IMPORTANTE
Para obtener resultados de secuenciación óptimos, coloque la pantalla protectora sobre la celda de flujo justo después de cargar la biblioteca.
Recomendamos colocar la pantalla protectora en la celda de flujo y dejarla puesta mientras la biblioteca esté cargada, incluyendo los lavados y pasos de recarga. Retirar la pantalla cuando se haya extraído la biblioteca de la celda de flujo.
Colocar la pantalla protectora de la siguiente manera:
Colocar con cuidado el borde delantero de la pantalla protectora contra el clip. Nota: No hacer fuerza sobre ella.
Colocar la pantalla protectora con suavidad sobre la celda de flujo. La pieza debe asentarse alrededor de la tapa SpotON y debe cubrir por completo la sección superior de la celda de flujo.
ATENCIÓN
La pantalla protectora no está fijada a la celda de flujo. Una vez colocada, es necesario manipularla con cuidado.
FIN DEL PROCESO
Cerrar la tapa del dispositivo y configurar un experimento de secuenciación en MinKNOW.
5. Adquisición de datos e identificación de bases
Cómo empezar a secuenciar
Una vez la celda de flujo esté cargada, el experimento se pone en marcha desde MinKNOW, el programa de secuenciación que controla el dispositivo, la adquisición de datos y la identificación de bases en tiempo real. Encontrará intrucciones de uso más detalladas en el protocolo de MinKNOW.
Es posible utilizar y configurar MinKNOW para secuenciar de diferentes maneras:
- En un ordenador conectado a un dispositivo de secuenciación, ya sea directamente o en remoto.
- Directamente desde un dispositivo de secuenciación GridION, MinION Mk1C o PromethION 24/48.
Encontrará más información sobre el uso de MinKNOW en los manuales de usuario de los dispositivos:
Cómo empezar un experimento de secuenciación en MinKNOW:
1. Ir a la página de inicio y pulsar "Iniciar secuenciación".
2. Introducir los datos del experimento, como el nombre, la posición de la celda de flujo y el identificador de muestra.
3. En la pestaña Kit, seleccionar el kit de secuenciación utilizado durante la preparación de la biblioteca.
4. Configurar los parámetros de secuenciación y salida del experimento o dejar la configuración por defecto en la pestaña Configuración del experimento.
Nota: Si la identificación de bases estaba desactivada durante la configuración de un experimento, se puede activar en MinKNOW en la fase posejecución. Para más información, consulte el protocolo de MinKNOW.
5. En la página de Inicio, pulsar Iniciar la secuenciación.
Análisis de datos
Una vez la secuenciación ha finalizado, es posible reutilizar o devolver la celda de flujo, como se describe en la sección sobre Reutilización o retorno de celdas de flujo.
Tras secuenciar e identificar las bases, es posible analizar los datos. Si desea más información sobre las opciones de identificación de bases y de análisis posterior, consulte el documento Data Analysis.
En la sección Análisis posterior, se describen otras opciones para analizar los datos.
6. Reutilización y devoluciones de celdas de flujo
Material
- Flow Cell Wash Kit (EXP-WSH004) or Flow Cell Wash Kit XL (EXP-WSH004-XL)
IMPORTANTE
El kit Flow Cell Wash Kit (EXP-WSH004 or EXP-WSH004-XL) es compatible con las celdas de flujo de ARN y el kit Direct RNA Sequencing Kit (SQK-RNA004).
No obstante, tenga en cuenta que:
- El kit de lavado no es eficaz como enjuague de nucleasas en la secuenciación directa de ARN: no recuperará los poros bloqueados.
- Funciona como un enjuague para cargar una muestra nueva: lavará la mayor parte de la biblioteca de la matriz y eliminará el adaptador de la muestra restante, evitando su captura y secuenciación, lo que permitirá volver a cargar la biblioteca.
Si al terminar el experimento desea volver a usar la celda de flujo, siga las instrucciones del protocolo Flow Cell Wash Kit y guarde la celda de flujo lavada a 2-8 ⁰C.
El protocolo Flow Cell Wash Kit está disponible en la comunidad Nanopore.
CONSEJO
Una vez terminado el experimento, recomendamos lavar la celda de flujo cuanto antes. Si no es posible, se puede dejar en el dispositivo y lavar al día siguiente.
Otra posibilidad es seguir el procedimiento de devolución para lavar la celda de flujo y enviarla a Oxford Nanopore.
Aquí puede encontrar las instrucciones para devolver celdas de flujo.
Nota: Antes de proceder a su devolución, las celdas de flujo deben lavarse con agua desionizada.
IMPORTANTE
Ante cualquier duda o pregunta acerca del experimento de secuenciación, consulte la guía de resolución de problemas, Troubleshooting Guide, que se encuentra en la versión en línea de este protocolo.
7. Análisis posterior
Análisis posterior a la identificación de bases
Existen varias opciones para completar el análisis de los datos de bases identificadas:
1. Flujos de trabajo de EPI2ME
A fin de realizar un análisis en profundidad de los datos, Oxford Nanopore Technologies ofrece una serie de tutoriales sobre bioinformática y flujos de trabajo, que están disponibles en EPI2ME. La plataforma proporciona un espacio donde los flujos de trabajo que depositan en GitHub nuestros equipos de Investigación y Aplicaciones, se pueden exponer con textos descriptivos, código bioinformático funcional y datos de ejemplo.
2. Herramientas de análisis para la investigación
Para realizar un análisis de datos más exhaustivo, Oxford Nanopore Technologies ofrece una serie de tutoriales y flujos de trabajo bioinformáticos, disponibles en EPI2ME Labs, que encontrará en la sección del mismo nombre de la comunidad Nanopore. La plataforma proporciona un espacio donde los proyectos que depositan en GitHub nuestros equipos de Investigación y Aplicaciones, se pueden exponer con textos descriptivos, código bioinformático funcional y datos de ejemplo.
3. Herramientas de análisis desarrolladas por la comunidad
Si no se proporciona en ninguno de los recursos anteriores un método de análisis que responda a las necesidades de investigación requeridas, consulte el centro de recursos Resource Centre y busque herramientas bioinformáticas para su aplicación. Varios miembros de la comunidad Nanopore han desarrollado sus propias herramientas y cartera de productos en desarrollo para analizar los datos de la secuenciación por nanoporos. La mayoría de ellas está disponible en GitHub. Oxford Nanopore Technologies no desarrolla ni mantiene esas herramientas y no garantiza que sean compatibles con la última configuración de química/programas informáticos.
8. Problemas durante la extracción de ARN y preparación de la biblioteca
A continuación hay una lista de los problemas más frecuentes, con algunas posibles causas y soluciones propuestas.
También disponemos de una página de preguntas frecuentes, FAQ, en la sección Support de la comunidad Nanopore.
Si ha probado las soluciones propuestas y continúa teniendo problemas, póngase en contacto con el departamento de asistencia técnica, bien por correo electrónico (support@nanoporetech.com) o a través del Live Chat de la comunidad Nanopore.
Baja calidad de la muestra
| Observaciones | Possibles causas | Comentarios y acciones recomendadas |
|---|---|---|
| Baja integridad del ARN (número de integridad del ARN <9,5 RIN o la banda ARNr se muestra como una mancha en el gel) | El ARN se degradó durante la extracción. | Probar un método de extracción de ARN diferente. Para más información sobre el tema, consulte el documento RNA Integrity Number (NIN). Encontrará más información en la página DNA/RNA Handling. |
| El ARN tiene una longitud de fragmento más corta de lo esperado | El ARN se degradó durante la extracción | Para más información sobre el tema, consulte el documento RNA Integrity Number (NIN). Encontrará más información en la página DNA/RNA Handling. Cuando se trabaje con ARN, recomendamos que el ambiente en el que se trabaje, incluido el instrumental de laboratorio, estén libres de ribonucleasas. |
9. Problemas durante la secuenciación de ARN
A continuación hay una lista de los problemas más frecuentes, con algunas posibles causas y soluciones propuestas.
También disponemos de una página de preguntas frecuentes, FAQ, en la sección Support de la comunidad Nanopore.
Si ha probado las soluciones propuestas y continúa teniendo problemas, póngase en contacto con el departamento de asistencia técnica, bien por correo electrónico (support@nanoporetech.com) o a través del Live Chat de la comunidad Nanopore.
Menos poros al inicio de la secuenciación que tras la evaluación de la celda de flujo
| Observaciones | Posibles causas | Comentarios y acciones recomendadas |
|---|---|---|
| MinKNOW presentó al inicio de la secuenciación un número de poros inferior al indicado durante la evaluación de la celda de flujo | Se introdujo una burbuja de aire en la matriz de nanoporos | Tras comprobar el número de poros presente en la celda de flujo y antes de cebarla, es imprescindible quitar las burbujas que haya cerca del puerto de cebado. Si no se quitan, las burbujas de aire pueden desplazarse a la matriz de nanoporos y dañar de manera irreversible los nanoporos expuestos al aire. En este vídeo se muestran algunas buenas prácticas para evitar que esto ocurra. |
| MinKNOW presentó al inicio de la secuenciación un número de poros inferior al indicado durante la evaluación de la celda de flujo | La celda de flujo no está colocada correctamente | Detener el ciclo de secuenciación, quitar la celda de flujo del dispositivo e insertarla de nuevo. Comprobar que está firmemente asentada en el dispositivo y que ha alcanzado la temperatura deseada. Si procede, probar a colocarla en una posición diferente (GridION/PromethION). |
| MinKNOW presentó al inicio de la secuenciación un número de poros inferior al indicado durante la evaluación de la celda de flujo | La presencia de contaminantes en la biblioteca puede haber dañado o bloqueado los poros | El número de poros resultante tras la evaluación de la celda de flujo se realiza usando el control de calidad (CC) de las moléculas de ADN presentes en el tampón de almacenamiento de la celda de flujo. Al inicio de la secuenciación, se utiliza la misma biblioteca para estimar el número de poros activos. Por este motivo, se estima que puede haber una variabilidad del 10 % en el número de poros detectados. Tener un número de poros considerablemente inferior al inicio de la secuenciación puede deberse a la presencia de contaminantes en la biblioteca que hayan dañado las membranas o bloqueado los poros. Para mejorar la pureza del material de entrada, tal vez sea necesario usar métodos de purificación o extracción de ARN alternativos. Los efectos de los contaminantes se muestran en la página Contaminants. Probar con un método de extracción alternativo que no provoque el arrastre de contaminantes. |
Error en el script de MinKNOW
| Observación | Posible causa | Comentarios y acciones recomendadas |
|---|---|---|
| MinKNOW muestra el mensaje "Error en el script" | Reiniciar el ordenador y reiniciar MinKNOW. Si el problema continúa, reúna los archivos de registro MinKNOW log files y contacte con el servicio de asistencia técnica. Si no dispone de otro dispositivo de secuenciación, recomendamos que guarde la celda de flujo con la biblioteca cargada a 4 °C y contacte con el servicio de asistencia técnica para recibir recomendaciones de almacenamiento adicionales. |
Ocupación de poros por debajo del 40 %
| Observaciones | Posibles causas | Comentarios y acciones recomendadas |
|---|---|---|
| Ocupación de poros inferior al 40 % | No se cargó suficiente cantidad de biblioteca en la celda de flujo | Procure cargar la cantidad de biblioteca de buena calidad recomendada en la preparación de la biblioteca del protocolo correspondiente. Cuantificar la biblioteca antes de cargarla y calcular los moles con herramientas como la calculadora NEBio, opción "RNA ss: mass to moles". |
| Ocupación de los poros próxima a 0 | No hay anclaje en la celda de flujo | Los anclajes se añaden durante el cebado de la celda de flujo (vial FCT) No olvide añadir Flow Cell Tether (FCT) al Flow Cell Flush (FCF) antes del cebado. |
Gran proporción de poros inactivos
| Observaciones | Posibles causas | Comentarios y acciones recomendadas |
|---|---|---|
| Gran proporción de poros inactivos o poros no disponibles (se muestran en azul claro en el panel de canales y en el gráfico de actividad de poros. Los poros o membranas están irreversiblemente dañados) | Se han introducido burbujas de aire en la celda de flujo | Las burbujas de aire introducidas durante el cebado de la celda y la carga de la biblioteca pueden dañar los poros de manera irreversible. Vea el vídeo Priming and loading your flow cell para familiarizarse con las técnicas más adecuadas. |
| Gran proporción de poros inactivos/no disponibles | Hay contaminantes presentes en la muestra | Los efectos de los contaminantes se muestran en la página Contaminants. Probar con un método de extracción alternativo que no provoque el arrastre de contaminantes. |
Fluctuación de la temperatura
| Observación | Posible causa | Comentarios y acciones recomendadas |
|---|---|---|
| Fluctuación de la temperatura | La celda de flujo ha perdido contacto con el dispositivo | Comprobar que una almohadilla térmica cubra la placa metálica de la parte posterior de la celda de flujo. Reinsertar la celda de flujo y presionar para asegurarse de que las clavijas del conector estén bien conectadas al dispositivo. Si el problema continúa, contacte con el servicio de asistencia técnica. |
Error al intentar alcanzar la temperatura deseada
| Observación | Posible causa | Comentarios y acciones recomendadas |
|---|---|---|
| MinKNOW muestra el mensaje "Error al intentar alcanzar la temperatura deseada" | El dispositivo ha sido colocado en un lugar a una temperatura ambiente inferior a la media o en un lugar con escasa ventilación (lo que provoca el sobrecalientamiento de las celdas de flujo). | MinKNOW tiene un tiempo predeterminado para que las celdas de flujo alcancen la temperatura fijada. Una vez acabado el tiempo, aparece un mensaje de error, pero el experimento de secuenciación continua. Secuenciar a una temperatura incorrecta puede llevar a una disminución en el rendimiento y a generar un índice de calidad Qscore menor. Corrija la ubicación del dispositivo, procure que esté a temperatura ambiente y tenga buena ventilación; a continuación, reinicie el proceso en MinKNOW. Para obtener más información sobre el control de temperatura de MinKNOW Mk 1B, consulte la sección de preguntas frecuentes, FAQ. |
Last updated: 7/31/2024
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