GridION 用户手册
GridION: Protocol
GridION 用户手册 V GX1_S1012_v1_revAA_25Oct2019
本中文版本对应的英文原文实验指南版本为：GX1_S1012_v1_revAA_25Oct2019。
本手册将指导您安装、检测及配置您的GridION™。
请点击此处查看我们的设备常见问题解答.
仅供研究使用。
FOR RESEARCH USE ONLY
概览
本中文版本对应的英文原文实验指南版本为：GX1_S1012_v1_revAA_25Oct2019。
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1. 测序仪信息
GridION Mk1
GridION Mk1 是一款极具成本效益的小型台式系统。它能分别或同时运行五张MinION或Flongle测序芯片，并利用内置的高性能软件实现对测序数据的实时碱基识别和分析。
技术规格
| 尺寸和重量 | 220 x 365 x 370 mm, 14.4 kg |
| 功率 | 650 W |
| 计算规格 | 7 TB 固态硬盘存储、64 GB 内存、用于操作系统及流程编排的英特尔i7-10700K 处理器、GridION 加速器 |
| 预装软件 | Linux OS, GridION OS, MinKNOW |
| 环境条件 | 请在+18℃至+25℃的环境温度范围内使用本测序仪 储存环境温度为+5℃至+40℃ |
常见问题
请点击此处，查看测序设备相关的常见问题解答。
2. 包装盒内容物
GridION 包装
包装盒内容物
货件将包含：
- GridION 测序仪
- 国标C13电源线
- 五张配置测试芯片（CTC）
- DisplayPort转HDMI适配器
- 快速入门指南
GridION 的组件如下所示：
GridION 上的可用接口如下所示：
3. 安装并启动测序设备
准备安装
在安装测序仪之前，请确保您配置好：
- 1 x 宽带网线（1 Gbps）
- 对EPI2ME分析：宽带端口——对互联网上的443端口进行出站访问，并通过TCP访问此处列出的AWS eu-west-1 IP地址范围。
- 对遥测反馈：能够通过HTTPS/443端口出站访问52.17.110.146、52.31.111.95、79.125.100.3，或访问域名ping.oxfordnanoportal.com
- 对软件更新：能够通过HTTPS/443端口出站访问178.79.175.200 及 96.126.99.215，或访问域名cdn.oxfordnanoportal.com
- 1x 显示器（兼容 HDMI/DisplayPort ）
- 1X 适配的显示器电线
- 1x 通过USB连接的键盘
- 1x 通过USB连接的鼠标
- 可选：连接C14电线的不间断电源
推荐的实验室摆放位置
- 请将仪器至于一张稳固、清洁的实验台上。
- 请确保宽带网接口靠近电源。
- 请确保电源插头处在方便插拔的位置，以便在紧急情况下将测序仪断开。
- 测序应在+18℃至+25℃的室温下进行。
- 请确保仪器四周均留有30厘米的空间。
- 请勿覆盖任何通风口。
- 警告 - 操作过程中仪器后部会发热。
打开测序设备包装，将设备置于操作台上计划的摆放位置。
请参照下图，将所需线缆与测序设备连接。
- 1x 宽带网
- 1x 用于连接显示器的HDMI/DisplayPort*
- 1x 键盘USB
- 1x 鼠标USB
- 1x C13电线
*包装中提供1 x DisplayPort转HDMI适配器
重要
请注意：旧版测序设备背面的USB接口为USB 3.0。设备正面的接口为USB 2.0，因此不推荐用于数据传输。
请将电源线与主电源/不间断电源连接。请使用我们提供的电源线，或符合认可标准的额定电源线，并确保设备已连接至保护接地电源。打开电源开关。
按下电源按钮。按钮中心应亮起蓝光。屏幕将显示加载页面，然后是登录界面。
双击桌面上的MinKNOW图标，打开MinKNOW图形用户界面。
我们建议您使用纳米孔社区的账户信息登录MinKNOW软件。
您须连接到互联网方可登录。
用户可在此页面的右下角选择界面语言。
界面将提示您输入电邮地址和纳米孔密码：
如您在登录时遇到问题，请通过我们的纳米孔微信公众号（NanoporeSupport）或社区支持通道(https://community.nanoporetech.com/support) 联系我们的客服。与此同时，您可点击 Continue as guest ，以访客身份暂时使用MinKNOW。
在“Connection Manager”（连接管理器）下选择与计算机连接的测序仪。
随即进入“Sequencing Overview”（测序概览）页面。页面上会显示已建立连接的测序芯片或配置测试芯片（CTC）。
4. 网络设置和连接
注意
更改您的网络配置
GridION的网络参数配置须适合您当地的网络环境。
警告! 更改 GridION 网络参数可能导致设备无法正常工作。
如您对GridION网络设置的配置参数存疑，请联系本地IT部门。
网络要求
GridION 使用 1x1 Gbps 铜线接口与您本地网络设施连接。该端口唯一，且默认使用DHCP配置IP地址（也可手动配置IP地址）。
连接将用于：
- 向 Oxford Nanopore Technologies 发送遥测* 信息
- 接收设备的软件和固件更新
- 将生物测序数据传输至您本地的存储基础设施
用户须自备网线进行配置。
* 遥测仅发送有关测序运行条件和设置的源数据，如序列长度和质量值等信息，而不会记录具体基因组序列信息。
配置您的网络
如果您希望将GridION连接至单个网络，请使用用户界面。
如需配置GridION与多个网络连接，请打开终端窗口并输入以下命令：
ont-network-settings
此脚本的选项包括：
--dhcp - 非必需 - 使用DCHP，并仅保留接口、绑定和覆盖这三项属性
--address ip_address - 必需 - GridION的IP地址
--subnet subnet_mask - 必需 - GridION的子网掩码
--gateway gateway_address - 必需- GridION的默认网关
--dns DNS_server1,DNS_server2 - 必需 - GridION的DNS服务器
--search your_domain - 必需 - 您的域名后缀（例如，公司名.地域）
--overwrite - 非必需
--help - 详细说明上述选项
如需重置设置，请务必在上述命令选项前使用--overwrite 标志，再关闭设备、然后重新启动。
验证 IP 地址
如需验证静态或动态（DHCP）IP地址的配置是否正确，请使用命令：ifconfig
返回信息将包含宽带网络的IP地址，示例如下：
grid@GXB03415:~$ ifconfig
docker0: flags=4099<UP,BROADCAST,MULTICAST> mtu 1500
inet 172.17.0.1 netmask 255.255.0.0 broadcast 172.17.255.255
ether 02:42:35:39:60:40 txqueuelen 0 (Ethernet)
RX packets 0 bytes 0 (0.0 B)
RX errors 0 dropped 0 overruns 0 frame 0
TX packets 0 bytes 0 (0.0 B)
TX errors 0 dropped 0 overruns 0 carrier 0 collisions 0
eno1: flags=4163<UP,BROADCAST,RUNNING,MULTICAST> mtu 1500
inet 10.150.60.13 netmask 255.255.255.0 broadcast 10.150.60.255
inet6 fe80::78cf:8a5c:26ec:4611 prefixlen 64 scopeid 0x20<link>
ether 3c:7c:3f:be:02:81 txqueuelen 1000 (Ethernet)
5. 更改默认密码和主机名
导航至“Host Settings”（测序设备设置）下的“Device Settings”（仪器设置）板块。
点击“System”（系统）框内的“Reset password”（重置密码）。
在“Change Password”（更改密码）对话框中，输入您当前使用的密码，然后输入新密码。
点击“Reset Password”（重置密码），确认密码变更。
（进阶）变更默认的主机名
- 如您需要更新设备的主机名，请运行以下命令并将“
”部分替换为您所需的主机名（请省略尖括号“<>”）：
sudo -S hostnamectl set-hostname <new_hostname>
- 使用以下命令关闭设备，然后按下设备上的电源按钮重新启动设备：
sudo shutdown -h now
6. （进阶）更新时区并设置本地NTP服务器
更新时区：
首先键入以下命令，找到正确的时区名称：
sudo timedatectl list-timezones
使用以下命令更改时区：
sudo su -
Timezone="Europe/London"
timedatectl set-timezone $Timezone
systemctl restart systemd-timesyncd
设置本地NTP服务器：
请注意： 如使用外部时间服务器，则需访问NTP/123端口。
键入如下命令：
NTPserver="ntp.ubuntu.com" timedatectl set-ntp false cat << EOF > /etc/systemd/timesyncd.conf # See timesyncd.conf(5) for details.[Time] NTP=$NTPserver EOF systemctl stop ntp ntpdate $NTPserver systemctl disable ntp timedatectl set-ntp true hwclock --systohc timedatectl set-local-rtc 0
请忽略运行上述命令时可能出现的报错。
如需确认命令是否成功运行，请键入：
timedatectl status
请注意： 与 NTP 服务器同步可能需要几分钟。
7. 硬件检测
重要
硬件检测
请务必在新设备或更新软件后使用配置测试芯片（CTC）进行硬件检测。CTC已预先插入测序设备的测序芯片卡槽内。
注意： 如您使用 Flongle 测序芯片，请定期将 空 适配器插入GridION并进行硬件检测，以确保 Flongle 适配器的正常运行。如需检查设备或测序芯片卡槽，请使用 MinION CTC，此方法同样适用于使用 Flongle 测序芯片时。
将五张配置测试芯片（CTC）插入GridION的X1至X5芯片卡槽。当五张配置测试芯片均被识别后，五个卡槽将亮起绿灯。
打开主页（Start），选择“Hardware Check”（硬件检测）。
选择所有测序芯片卡槽并选择“Start”（开始）以启动检测。
在GridION上使用 MinION 测序芯片：
随即进入“Sequencing Overview”（测序概览）页面。
测序芯片下方将有进度栏显示检测进度。
下图以Flongle配置测试芯片（CTC）为例（红框内为进度栏）。
步骤结束
硬件检测历时约1分钟。
如检测 __通过__， __指示框呈绿色__。
如检测 __未通过__，则 __指示框为橙色__。
- Flongle 通过硬件检测
- MinION 通过硬件检测
- Flongle 未通过硬件检测
如硬件未通过检测，请卸下并重新插入CTC，再次运行硬件检测。如果仍未通过检测，请通过电子邮件（support@nanoporetech.com）联系我们的客服。
8. 测序芯片质检
测序芯片质检
在DNA/RNA文库上样前，请务必对测序芯片的活性纳米孔数进行质检。质检需在您收到测序芯片12周之内进行。Oxford Nanopore Technologies会对活性孔数量少于以下标准的芯片进行替换** ：
| 测序芯片 | 芯片上的活性孔数确保不少于 |
|---|---|
| Flongle 测序芯片 (FLO-FLG001) | 50 |
| MinION/GridION 测序芯片 | 800 |
| PromethION 测序芯片 | 5000 |
** 请注意：自收到之日起，芯片须一直贮存于Oxford Nanopore Technologies推荐的条件下。且质检结果须在质检后的两天内递交给我们。
GridION X5 LED 灯
当测序芯片插入设备时，相应卡槽的LED指示灯将会亮起，颜色视测序芯片内ASIC的状态而定。 专用集成电路 (ASIC) 与传感器阵列连接并测量通过纳米孔的离子电流。
- 蓝色：测序芯片上未检测到 ASIC
- 绿色：检测到 ASIC
- 红色：ASIC有问题
导航至“Start”（开始）页面，点击“Flow Cell Check”，打开测序芯片质检页面。
当界面显示测序芯片类型并识别出芯片ID时，即可点击“Start”开始质检。
下图以GridION为例：
请注意： 对于Flongle，您需要手动填写测序芯片ID。
随即进入“Sequencing Overview”（测序概览）页面。
测序芯片下方将有进度栏显示检测进度。
下图以Flongle配置测试芯片（CTC）为例（红框内为进度栏）。
测序芯片健康状况指示框
测序概览（Sequencing Overview）页面会显示测序芯片的质量。质量分为三个等级：
黄色!（图中Flongle测序芯片）: 活性测序孔数量低于质保范围。将芯片从测序设备中取出后重新插入，并运行测序芯片质检。如果测序芯片活性孔数仍然低于质保范围，请您发邮件至support@nanoporetech.com。
绿色√（图中MinION 测序芯片）： 活性测序孔数量在质保范围之上。
?（图中PromethION 测序芯片）： 测序芯片在本次MinKNOW使用期间还未经过质检。
请注意： 芯片质量指示框仅在当次MinKNOW使用期间可见。一旦该次使用结束，测序芯片的状态将被清除。
9. 测序并监测实验
请参阅纳米孔社区中的MinKNOW实验指南，查看如何设置测序实验及监测实验进度。
10. 数据管理
请参阅以下Nanopore Learning 视频，获取更多有关卸载数据的信息：
请点击此处，查看测序设备相关的常见问题解答。
文件管理器（File Manager）
用户可通过测序设备设置（Host Settings）下的文件管理器页面管理和传输数据。
浏览选项卡，查看储存的数据：
- Internal （内置存储）标签页：数据存储于MinKNOW所连接的测序仪中（MinIONMk1C、GridION、PromethION）
- Removable （可移动存储）标签页：数据存储于MinKNOW所连接的可移动存储设备中，如USB移动硬盘
- Network （网络存储）标签页：数据存储于MinKNOW所连接的预挂载的网络驱动器上。
将设备作为共享/网络硬盘远程访问：
导航至“Device settings”（仪器设置），将“Share”（共享）切换至开。
请在弹出的新窗口填写您为此创建的安全密码。
点击“Set Password”（设置密码）。几秒钟后，共享切换按钮即被激活。
用户即可在不同的网络上访问并共享数据。
请注意 上图是在GridION上共享数据的示例。如在MinION或PromethION测序仪上共享数据，则按钮上的文本会相应替换为“Min”或“Prom”。
提示
如需取消共享，请将共享按钮切换至关。
请注意： 如再次打开共享，用户之前所设密码会被删除，须要重置。
如需在内置存储、可移动存储和网络存储选项间移动数据：
将页面底部的“Select”（选择）选项切换至“On”（开启），即可使用右下角的“Copy”（复制）、“Move”（移动）、“Delete”（删除）和“Rename”（重命名）选项。
选择一个文件或文件夹，然后使用右下角的选项。
提示
请先选定待移动或删除的文件，再点击 “Move”（移动）或“Delete”（删除）。
点击“Copy”（复制）或“Move”（移动），以打开新的对话框，其中列出了设备可访问的全部硬盘。
请注意：插入的USB硬盘或SD卡会显示在“Device”（设备）文件夹下。
点击要打开的硬盘，浏览文件目录以选择目标路径。然后点击“Copy”（复制）或“Move”（移动）以确认操作。
点击界面上的“New Directory”（新的目录）图标即可创建新目录。
如下图所示，点击标签页右下方红框内的图标，打开“Create New Directory”（新建目录）对话框并键入目录名称。然后点击 Create （创建）。
磁盘管理（Disk Management）
导航至 __Device Settings__（仪器设置）以查看设备上的可用磁盘空间。
使用 Eject 选项，选择弹出所连接的所有外围设备（包括USB）。
选择 __Add Network Drive__（添加网络硬盘），填写使用Samba（SMB）服务器或网络文件系统（NFS）所需的账户信息，将网络硬盘连接至设备。
11. 关闭MinKNOW和GridION测序仪
关闭GridION测序仪
关闭GridION设备的计算机时，请按照指定的步骤顺序操作，以避免可能出现的问题（如在识别测序芯片时）。请遵循本节中的说明，确保正确关闭设备。
请确保所有测序芯片均不在运行状态。
如各测序芯片示意图下方均未出现实验进度条，则说明没有正在运行的实验。
导航至“Device Settings”（仪器设置）页面，点击“Shutdown”（关闭）。
如使用电源，则请关闭电源。
如您使用计算机远程连接设备，请关闭 MinKNOW 应用程序窗口。
12. 通过用户界面升级软件
概述
MinKNOW是专供纳米孔测序设备使用的软件。有关该软件的更多详情，请参阅MinKNOW 技术文档。 有关如何使用MinKNOW软件的说明，请参考 MinKNOW 实验指南。
重要
更新软件
当有新软件或更新时，Oxford Nanopore Technologies 会通过社区发布公告。
我们强烈建议用户在新版本发布后尽快更新。
请注意： 请于本节查看软件须访问的IP地址及范围，据此设置防火墙。
如果设备通过远程连接或正在运行实验，将无法进行设备更新。
Oxford Nanopore Technologies设备的防火墙设置
Oxford Nanopore Technologies软件将需要访问列于此处的AWS IP范围：
http://docs.aws.amazon.com/general/latest/gr/aws-ip-ranges.html
以及以下两个IP地址：
178.79.175.200
96.126.99.215
请将宽带网线插入宽带网接口并连接至网络。
当有新更新可用时，将弹出一个对话框。
选择 Get Update （获取更新）以自动更新软件。
您可以跳过更新，但是我们建议您在 有可用更新时尽快更新软件。 有些更新为仪器使用必需，因此无法跳过。
请注意： 对MinION Mk1B，单击 Get Update （获取更新）将在测序仪所连计算机上打开 软件下载 页面。用户可于该页面下载更新后的 MinION 软件。
用户可以通过“Host settings”（测序设备设置）下的“Software”（软件）板块更新仪器。
导航至“Host Settings”（测序设备设置）下的“Software”（软件）板块。点击“Get Update”（获取更新）以打开安装窗口。
当软件有可下载的新版本时，界面会出现“Update”（更新）按钮。
请注意： 对MinION Mk1B，单击 Get Update （获取更新）将在测序仪所连计算机上打开软件下载页面。用户可于该页面下载更新后的 MinION 软件。
选择”Get update'“（获取更新）
在安装窗口点击“Install Update”（安装更新）以下载更新。
对话框中将显示版本变更信息。
等待软件更新；需要几分钟的时间。
更新完成后，请关闭设备，然后重新启动。
在“Current version”（当前版本）查看软件版本。
13. （进阶）通过终端升级软件
获取最新更新
硬件检测成功后，请更新至软件的最新版本。在终端输入以下命令即可：
sudo apt clean
sudo apt update
sudo apt install ont-gridion-release
默认的sudo密码为grid。为确保测序设备的安全，请修改密码。
命令成功执行后，请使用以下命令关闭设备，然后再次打开：
sudo poweroff
后续的测序设备更新
当有GridION相关的新软件或更新时，Oxford Nanopore Technologies 会在社区发布公告。
我们强烈建议用户在新版本发布后尽快更新。
请遵循本地IT部门的建议，及时对设备的Linux系统进行安全更新。
请注意： 请务必配置防火墙，允许使用443端口进行出站访问，以便顺利更新。
14. 下载ISO镜像并刻录至USB硬盘
概览
您可参考下文说明，制作用于测序设备操作系统重建的USB启动盘。
如果您尚未收到带有ISO镜像的USB硬盘，请继续阅读以下步骤。 如果您已经收到USB硬盘，请直接跳至下一步骤：“如何从USB启动”。
重要
即使您已选择保留数据，我们仍强烈建议您将数据传输到备份存储。这是因为在操作系统重建的过程中可能会发生意外情况，比如USB断开、断电等，导致数据损坏。
使用以下链接下载 ISO 镜像：
刻录IOS镜像至USB硬盘
适用于刻录ISO镜像的软件：
- Windows： Rufus
请注意： 另一款ISO刻录工具balenaEtcher不适用于我们的ISO镜像 。您需使用运行 Windows系统的计算机，并可能需要管理员权限来安装Rufus软件。
请使用下述配置刻录 ISO 镜像（须 使用EFI/GPT引导）：
- 分区方案：GPT
- 目标系统：UEFI
USB硬盘须具备如下规格：
- 容量须在32BG及以上
- 推荐使用USB 3.0接口
- 须使用 UEFI 引导选项
请注意： 我们建议使用两个来自不同制造商的USB硬盘进行闪存备份。普通的USB硬盘在重建操作系统时可能会无缘故地出现故障。
15. 如何从USB 硬盘启动
关闭GridION 测序仪。
将制作好的USB启动盘插入测序设备背面、内部为蓝色的USB端口。
如测序设备的序列号为GXB01xxx 或 GXB02xxx，请依照第3步中的情况a操作。如为GXB03xxx，请依照第3步中的情况b操作。
启动GridION 测序仪。
a.当屏幕出现ASRock画面时，按F11键进入启动菜单。
使用光标选择 UEFI USB 启动选项。选择Enter Setup。
b.当屏幕显示ASUS 画面时，按Del键进入启动菜单。使用鼠标，点击Boot Override 区域下的**UEFI: [USB 名称] [USB 信息]**。该操作将触发下一个菜单。
请确保高亮菜单屏幕上的“Customer Factory Reset image”选项。该选项会检测到安装指令并尝试保留现有的网络配置、主机名和/数据分区。接着按回车键。我们建议您在执行此步骤前尽可能备份数据。
| 选项 | 功能 | 何时采用 |
|---|---|---|
| Customer Factory Reset | - 保留网络配置 - 保留主机名（即 PCA1XXX） - 保留数据 - 不 清除元数据或格式化所有磁盘 | - 将设备重置到与镜像名称中反映的 MinKNOW 版本相对应的状态（例如 22.10 ISO = MinKNOW 22.10） - 尝试保留现有数据的情况下将设备重置到已知状态 |
| Reset Install and keep /data | - 保留网络配置 - 保留主机名（即 PCA1XXX） - 保留数据 - 不清除元数据或格式化所有磁盘 | 功能与 Customer Factory Reset选项相同 |
| Format Disks and lose /data | - 不 保留网络配置 - 不保留主机名（即 PCA1XXX） - 不保留数据 - 清除元数据并格式化所有磁盘 | - 数据存储可能出现问题，或者使用了新的未格式化的硬盘（例如硬盘故障或更换） - 当keep /data选项不能解决问题时 |
| SECURE WIPE - can take hours | - 不 保留网络配置 - 不保留主机名（即 PCA1XXX） - 不保留数据 | 仅在技术服务团队要求时使用此选项 - 该选项会将磁盘上的所有数据覆盖为0、彻底擦除。 |
您将看到下图所示的屏幕内容。选择“Standard Installation”后，会弹出确认提示框，选 择“Okay”。
请注意： 蓝色桌面可能会占满整个屏幕。 您可按Esc键，在默认浏览器中查看菜单。
屏幕将跳转如下图所示界面，您可通过进度条实时查看更新进度。 整个安装过程可能需要约 1 小时。
请注意： 系统多次重启属正常现象。
设备重新启动后，您可能会多次看到下图界面。GridION 可能会停滞在此界面，但至多不应超过30 分钟即会继续。您无需在系统重建过程中与设备交互（即使出现此界面）。
系统重建完成后，屏幕将显示常规登陆界面。 登陆后，桌面上应显示MinKNOW 图标；若未能显示，请关机再重新启动。
之前对设备密码所做的任何更改都将恢复为grid。 如果您需要更新默认密码，请参考 此处的说明。
打开MinKNOW，检查软件是否能够检测到所有测序芯片的位置。如不能，请再次关机然后重新启动。
16. 完成系统恢复
打开文件资源管理器，通过点击USB 启动盘一旁的弹出图标来移除USB 启动盘。
设备在首次启动时可能需要几分钟才能识别键盘和鼠标。
按下“Ctrl+Alt+T”，以打开终端窗口。
主机名应当出现在命令行，如主机名在系统重建过程中未保留，请键入：
ont-gridion-serial set GXBXXXX
其中 GXBXXXXX 是设备背面标签上的序列号。
按回车键。
键入“bash”，然后按回车键，确认已设定主机名。
配置您的网络：
以下脚本可帮助您配置网络。 打开终端窗口，输入以下命令：
ont-network-settings
脚本选项包括：
--dhcp（非必需）-使用DCHP，并仅保留接口、绑定和覆盖这三项属性
--address ip_address（必需）-此设备的IP地址
--subnet subnet_mask（必需）-此设备的子网掩码
--gateway gateway_address（必需）-此设备的默认网关
--dns DNS_server1,DNS_server2（必需）-此设备的DNS服务器
--search your_domain（必需）-您的域名后缀 （例如，公司名.地域）
--overwrite（非必需）
--help -详细说明上述选项
如需重置设置，请在上述命令选项前使用--overwrite 标志，再关闭设备后重启。
打开MinKNOW，查看是否存在软件更新，或通过终端输入以下命令查看更新：
sudo apt update
sudo apt install ont-gridion-release
ont-system-test (not available on some ISO images)
ont-validate-install
如果安装成功，您应该会看到以下消息：
All Packages installed and nvidia is happy, so resetting ont-restore-apt
如果安装不成功，请运行以下命令：
sudo apt update
sudo apt dist-upgrade
sudo ont-validate-install
sudo reboot
如果在关闭设备再重新启动后问题仍未得到解决，请联系技术支持 support@nanoporetech.com。
17. 如您遇到问题
如若构建过程无法正确恢复您的计算机，请将“如何从USB硬盘启动”部分的第4步替换为下述步骤：
选择UEFI选项后，按 回车键 （第3步）。请确保选中屏幕上的Format disks and lose /data，使之保持高亮状态。此选项将重置所有磁盘并重建整个系统。系统重建完成后，您将需要手动设置主机名。
重建过程将清空系统的所有磁盘，并关闭设备、再重新启动。 完成后，请按照“如何从USB硬盘启动”部分步骤4所述，选择“Customer factory reset image”，安装系统。
若“如何从USB硬盘启动”部分步骤5所示屏幕并未出现，而是显示带白色文本的黑屏，请重新启动GridION（按下电源键几秒钟），然后从第3步继续。
在清空系统磁盘的过程中，屏幕上会显示 ASRock 或 ASUS 标志，并有一滚动圆圈。该过程可能需要一些时间，在完成后会重启。
如果您选择了除“secure wipe”以外的标准重置选项之一，且 GridION 在重置过程中崩溃或产生错误，请执行“secure wipe”。
当选择“secure wipe”选项，系统会删除所有数据，并将硬盘完全擦除至已知状态。如果在执行了“secure wipe”和随后的“customer factory reset”后，GridION 仍无法启动，则可能存在硬件故障。请联系我们的技术支持人员 (support@nanoporetech.com) 寻求帮助。
18. 常见问题解答
如果您的测序设备出现问题或在测序过程中遇到困难，请联系我们的技术服务团队。
如需查看常见问题解答，请参阅MinKNOW支持板块 。
通常，需要排除故障时，我们建议您导出日志并发送给技术服务团队。
MinKNOW的帮助功能和支持链接
您亦可直接通过MinKNOW界面访问Nanopore支持中心。
点击MinKNOW界面右上角的“Help”（帮助）选项后，页面将弹出一个带有链接和二维码的窗口： 
如果您使用的是较大型测序设备（如GridION、PromethION 24/48）或MinION Mk1b、P2 Solo，点击窗口中的链接即可直接跳转到Nanopore支持页面。
如果您使用的是P2 Integrated或MinION Mk1C，可以用其他设备扫描二维码，或者输入短链接，快速访问支持中心。
导出日志：
对GridION、PromethION 24/48、PromethION 2i、及与GridION连接的PromethION 2 Solo:
- 在“Export Logs”（导出日志）栏目下选择 Export（导出）。
日志成功导出后，“Export”按钮下方将显示导出路径。日志将以.tgz压缩文件格式下载至“logs”（日志）目录中。
您可于“Host Settings ”（测序设备设置）下的“File Manager”（文件管理器）中按需设定日志导出路径：
- 在“Export Logs”（导出日志）栏目下，点击 **Logs exported to:**（日志导出至：）对话框右侧的文件，在MinKNOW的文件管理器中打开日志所在路径。
- 使用文件管理器右下角的控制面板移动日志文件。
如 PromethION 2 Solo 与独立计算机连接
您可于下述路径获取各测序实验的日志：
Windows C:\data\logs
Mac OS X /private/var/log/MinKNOW
Linux /var/log/minknow
清除日志和临时数据：
在“帮助”（Help）页面的“清除文件”（Clean up files）部分选择清除（Clean up），并在弹出的对话框内确认。
请注意： 将清除日志及临时数据，实验数据不会被删除。
修复仪器故障：
在“帮助”（Help）页面的“Troubleshooting”（故障排查）部分点击 Run repair（修复问题），并在弹出的对话框内确认。MinKNOW将尝试修复以下问题：
- 确保“/data”下所需路径存在，且具有正确的所有权和权限。
- 确保“/data”下所需文件的所有权和权限正确。
- 确保GPU正以最高性能运行
- 确保已禁用蓝牙
