El GridION es un dispositivo de sobremesa compacto, diseñado para secuenciar hasta cinco celdas de flujo MinION o Flongle. Cada celda de flujo funciona de forma independiente, por lo que los experimentos se pueden realizar simultánea o individualmente. La computación integrada en el GridION permite la transmisión y el análisis de datos en tiempo real.

La sección de preguntas frecuentes sobre GridION, FAQ, se encuentra aquí.

El envío incluye:

• Dispositivo GridION
• Cable IEC C13 específico para el país de entrega
• Cinco celdas de prueba de configuración (CTC)
• Adaptador de DisplayPort a HDMI
• Guía de inicio rápido

Antes de instalar el dispositivo, deberá disponer de lo siguiente:

• 1 cable Ethernet (1 Gb/s)
• Un puerto Ethernet que proporcione acceso solo de salida por el puerto 443 y acceso TCP a los rangos IP de AWS eu-west-1, enumerados aquí, para el análisis en EPI2ME.
• Acceso de salida por el puerto HTTPS 443 a 52.17.110.146, 52.31.111.95, 79.125.100.3 o una regla DNS para ping.oxfordnanoportal.com, que proporcionará información de telemetría.
• Acceso de salida por el puerto HTTPS 443 a 178.79.175.200 y 96.126.99.215 o una regla DNS para cdn.oxfordnanoportal.com, donde obtener actualizaciones de software
• 1 monitor (compatible con HDMI o DisplayPort)
• 1 cable compatible con el monitor
• 1 teclado conectado por USB
• 1 ratón conectado por USB
• Opcional: Sistema SAI con un cable C14

• Colocar el dispositivo en una mesa firme y limpia
• Procurar que los conectores Ethernet y el cable de alimentación estén cerca
• Intentar que la toma de corriente sea fácilmente accesible, por si hubiera que desconectar los cables con urgencia. La secuenciación debe llevarse a cabo a una temperatura ambiente de entre 18 °C y 25 °C.
• Dejar un espacio de 30 cm en la parte trasera y a los lados del dispositivo.
• No cubrir ninguna rejilla de ventilación
• ATENCIÓN - La parte trasera del dispositivo se calentará durante el funcionamiento

El GridION utiliza una interfaz de cobre de 1x1 Gb/s para conectarse a la infraestructura local. Tiene un único puerto con la dirección IP configurada en DHCP por defecto (aunque, las IP estáticas son configurables). Esta conexión se utilizará para:

• Enviar información de telemetría* a Oxford Nanopore Technologies.
• Recibir actualizaciones del programa y de firmware en el dispositivo.
• Transmitir datos de secuencia biológica a su infraestructura de almacenamiento local.

Para instalar el GridION en la infraestructura local el cliente deberá proporcionar el cableado apropiado.

* La telemetría contiene metadatos sobre la configuración y las condiciones de los experimentos de secuenciación. No se incluye nada específico sobre el contenido genómico de lecturas individuales; solo se registra información genérica, como la longitud de secuencia y el índice Q score.

Para conectar el GridION a una única red, se debe utilizar la interfaz de usuario.

Para configurar el GridION para que se conecte a varias redes, abrir una ventana del Terminal e introducir:

ont-network-settings

Las opciones que tiene este script son:

--dhcp- Opcional - Usa DCHP y elimina la necesidad de todas las demás características excepto las interfaces, el enlace y la sobrescritura
--address ip_address - Necesario - Dirección IP del GridION
--subnet subnet_mask - Necesario - Máscara de subred
--gateway gateway_address - Necesario- Puerta de enlace predeterminada
--dns DNS_server1,DNS_server2 - Necesario - Servidores DNS
--search your_domain - Necesario - El sufijo de su dominio (por ejemplo, suempresa.local)
--overwrite - Opcional
--help - Datos de las opciones anteriores

Para actualizar la configuración, ejecutar el comando adecuado de entre las opciones anteriores con la bandera --overwrite y reiniciar la máquina.

Para confirmar que la dirección IP se ha configurado correctamente utilizando una dirección estática o DHCP, usar el comando: ifconfig

La información devuelta contendrá la dirección IP del enlace Ethernet, como se muestra a continuación:

grid@GXB03415:~$ ifconfig
docker0: flags=4099<UP,BROADCAST,MULTICAST>  mtu 1500
        inet 172.17.0.1  netmask 255.255.0.0  broadcast 172.17.255.255
        ether 02:42:35:39:60:40  txqueuelen 0  (Ethernet)
        RX packets 0  bytes 0 (0.0 B)
        RX errors 0  dropped 0  overruns 0  frame 0
        TX packets 0  bytes 0 (0.0 B)
        TX errors 0  dropped 0 overruns 0  carrier 0  collisions 0

eno1: flags=4163<UP,BROADCAST,RUNNING,MULTICAST>  mtu 1500
        inet 10.150.60.13  netmask 255.255.255.0  broadcast 10.150.60.255
        inet6 fe80::78cf:8a5c:26ec:4611  prefixlen 64  scopeid 0x20<link>
        ether 3c:7c:3f:be:02:81  txqueuelen 1000  (Ethernet)

• Para actualizar el nombre del servidor en el dispositivo, ejecutar el siguiente comando y reemplazar la parte <new_hostname> por el nombre de servidor deseado (omitiendo los corchetes angulares <>):

sudo -S hostnamectl set-hostname <new_hostname>

• Apagar el dispositivo con el siguiente comando y, acto seguido, pulsar el botón de encendido:

sudo shutdown -h now

Primero hay que encontrar el nombre de la zona horaria deseada mediante el comando:

sudo timedatectl list-timezones

A continuación, cambiar la zona horaria utilizando los siguientes comandos:

sudo su - 
Timezone="Europe/London" 
timedatectl set-timezone $Timezone 
systemctl restart systemd-timesyncd

Nota: si se utiliza un servidor horario externo de Internet, es necesario tener acceso a un protocolo NTP, puerto 123.

Introducir los siguientes comandos:

NTPserver="ntp.ubuntu.com" timedatectl set-ntp false cat << EOF > /etc/systemd/timesyncd.conf # See timesyncd.conf(5) for details.[Time] NTP=$NTPserver EOF systemctl stop ntp ntpdate $NTPserver systemctl disable ntp timedatectl set-ntp true hwclock –systohc timedatectl set-local-rtc 0

Es posible que aparezcan algunos mensajes de error, pero pueden ignorarse. Comprobar si el proceso ha funcionado escribiendo:

timedatectl status

Nota: tal vez tarde varios minutos en sincronizarse con el servidor NTP.

Durante las comprobaciones, se mostrará una barra de estado debajo de cada celda de flujo.

Este ejemplo es de una CTC Flongle (la barra de estado está resaltada en rojo).

Recomendamos examinar la celda de flujo y verificar el número de poros disponible, antes de cargar una biblioteca de ADN o ARN en ella.

Oxford Nanopore Technologies sustituirá cualquier celda de flujo con un número de poros activos inferior al indicado por la garantía —en un plazo de 12 semanas desde la compra— siempre y cuando el resultado se notifique dentro de los dos días siguientes a la verificación y se hayan seguido las instrucciones de almacenamiento.

Al insertar una celda de flujo en el dispositivo, el indicador LED de posición se iluminará de un color dependiendo de la condición del ASIC en la celda de flujo. El circuito integrado específico de la aplicación (ASIC) está conectado a la matriz del sensor y mide el flujo de corriente iónica a través de los nanoporos.

Azul: No se ha detectado ningún ASIC en la celda de flujo Verde: Se ha detectado un ASIC Rojo: Hay un problema con el ASIC

Durante las comprobaciones, se mostrará una barra de estado debajo de cada celda de flujo.

Este ejemplo es de una CTC Flongle (la barra de estado está resaltada en rojo).

La calidad de la celda de flujo se mostrará con uno de estos tres valores:

1. Signo de exclamación amarillo (celda de flujo Flongle - izquierda): El número de poros disponibles está por debajo del nivel cubierto por la garantía. Saque la celda de flujo del dispositivo, vuelva a insertarla e inicie el recuento de nuevo. Si el número sigue siendo inferior al número cubierto por la garantía, póngase en contacto con support@nanoporetech.com.

2. Marca de verificación verde (celdas de flujo MinION - centro): El número de poros disponibles está por encima de la cantidad cubierta por la garantía.

3. Signo de interrogación (celdas de flujo PromethION - derecha): Durante esta sesión en MinKNOW, la celda de flujo no se ha verificado.

Nota: El indicador de estado permanecerá visible solo durante la sesión en MinKNOW. Una vez cerrada, el estado de la celda de flujo desaparecerá.

Antes de realizar un experimento de secuenciación, es necesario purificar la muestra de ADN o ARN y preparar una biblioteca de secuenciación. Encontrará más información sobre la preparación de muestras, en la sección Prepare —en la pestaña Documentación— de la comunidad Nanopore.

Siga este enlace para acceder al protocolo de MinKNOW.

GridION: cómo descargar datos en un almacenamiento remoto

La sección de preguntas frecuentes sobre dispositivos se encuentra aquí.

Los datos se administran y transfieren desde la pestaña Gestor de archivos de la Configuración del servidor.

Los datos almacenados se encuentran en las pestañas situadas en la parte superior:

• Interno: datos almacenados en el dispositivo de secuenciación conectado (MinION Mk1C, GridION, PromethION).
• Extraíble: datos almacenados en un dispositivo de almacenamiento extraíble conectado, por ejemplo, una unidad USB.
• Red: datos almacenados en una unidad de red conectada. La unidad de red debe montarse antes.

Hacer clic en el icono —Crear un nuevo directorio— situado en la esquina inferior derecha y asignarle un nombre. A continuación, pulsar Crear.

Ir a la Configuración del dispositivo para ver el espacio que hay disponible en el disco. Todos los periféricos que estén conectados, incluidos los USB, se extraen mediante la opción Expulsar.

La unidad de red también se conecta al dispositivo al seleccionar Add Network Drive/Añadir unidad de red e introducir los datos de acceso para conectarse con un servidor Samba (SMB) o a un Sistema de archivos de red (NFS).

El ordenador conectado al GridION se debe apagar de manera escalonada y procesada; de lo contrario es posible que surjan problemas, por ejemplo, al detectar celdas de flujo.

Para apagar correctamente el dispositivo y evitar contratiempos, preste atención a las instrucciones de esta sección.

MinKNOW es el programa que utilizan los dispositivos de secuenciación por nanoporos. El programa está descrito con más detalle en el documento MinKNOW Technical Document. El Protocolo de MinKNOW proporciona instrucciones sobre cómo usar el programa.

El programa de Oxford Nanopore Technologies pedirá acceso a los rangos IP de AWS enumerados a continuación:

http://docs.aws.amazon.com/general/latest/gr/aws-ip-ranges.html

También se necesitará acceso a las siguientes direcciones IP:

              178.79.175.200  
               96.126.99.215  

Después de examinar el equipo, se debe actualizar el programa. Esta acción se puede llevar a cabo introduciendo el siguiente comando en el terminal:

sudo apt clean 
sudo apt update
sudo apt install ont-gridion-release

la contraseña de sudo predeterminada es __grid__, la cual se debe cambiar para garantizar la seguridad del dispositivo. 
Una vez los comandos han terminado de ejecutarse, apagar el dispositivo y encenderlo de nuevo:

sudo poweroff ```

Oxford Nanopore Technologies publicará una nota de lanzamiento en la comunidad Nanopore cuando salgan nuevos programas o actualizaciones del dispositivo.

Recomendamos a los usuarios que, cuando haya una nueva versión disponible, actualicen el programa lo antes posible.

Así mismo, es importante mantener el dispositivo al día con las actualizaciones de seguridad de Linux, de acuerdo con los consejos del departamento de Informática al que esté sujeto.

Nota: para habilitar las actualizaciones a través del cortafuegos, es necesario tener acceso a Internet solo de salida por el puerto 443.

Las siguientes instrucciones le ayudarán a crear una unidad USB de arranque que sirva para reconstruir el sistema operativo en su dispositivo.

Estas instrucciones son para los usuarios que no recibieron una unidad USB con imagen ISO. Si ha recibido una unidad USB, pase al siguiente punto: Cómo arrancar el dispositivo desde una memoria USB.

https://nanoporetech.box.com/s/i7c2itn6sro0mhumi3lxefpp0yddh3y6

El programa adecuado para grabar la imagen ISO es: Rufus en Windows

Nota: la herramienta de grabación ISO alternativa balenaEtcher no es compatible con nuestra imagen ISO. Necesitará acceso a un ordenador Windows y tal vez derechos de administrador para instalar el programa Rufus.

Al grabar el archivo ISO, utilizar los siguientes ajustes (se debe usar un arranque EFI/GPT):

• Esquema de partición: GPT
• Sistema de destino: UEFI

La unidad USB debe tener las siguientes características:

• Tener 32 GB o más
• USB 3.0 recomendado
• Utilizar la opción de arranque UEFI

Nota: Recomendamos grabar una imagen de disco en dos unidades USB de un proveedor distinto, como copia de seguridad. Las unidades USB habituales pueden fallar en la reinstalación de los dispositivos sin un motivo aparente.

Nota: Es normal que el sistema se reinicie varias veces.

Tras elegir la opción UEFI, pulsar Aceptar; seleccionar la opcion Format disks and lose /data. Esta opción restablecerá los discos y reconstruirá el sistema. Cuando la instalación haya finalizado, deberá introducir manualmente el nombre del servidor.

El proceso de reconstrucción primero dejará en blanco todos los discos del sistema y luego se reiniciará. Continuar con la instalación como se describe en el paso 4 y seleccionar “Customer factory reset”.

Durante el proceso de borrado de los discos del sistema, se verá la siguiente pantalla que mostrará un texto de ASRock o ASUS con un círculo de desplazamiento. Es posible que el proceso tarde en finalizar y que sea necesario reiniciar el equipo.

Si se elige la última opción, "Borrado seguro" se perderán los datos y borrarán los discos duros. Si después del "Borrado seguro" y el restablecimiento de los valores de fábrica, el GridION no se enciende, póngase en contacto con el servicio de asistencia técnica (support@nanoporetech.com), ya que esto indicaría un posible error en el equipo.

La sección de preguntas frecuentes sobre MinKNOW, FAQ, se encuentra aquí.

En la mayoría de casos, para identificar o resolver un problema recomendamos exportar los registros y enviarlos al Servicio de asistencia técnica.

The Nanopore support hub can also be accessed directly from your MinKNOW UI.

In the top right of MinKNOW you will see the "Help" option:

Clicking this option will bring you to a page with a link and a QR code:

On larger devices such as the GridION and PromethION 24/48, and devices such as the MinION Mk1B/Mk1D and P2 Solo, clicking the link will directly bring you to the Nanopore support page.

On devices such as the P2 Integrated and MinION Mk1C, you will be able to scan the QR code with another device, or type in the shortened URL on another device to quickly reach the support hub.

En los modelos PromethION 24/48, PromethION 2i, GridION y/o PromethION 2 Solo, conectados a un GridION:

• En la sección Exportar registros, pulsar Exportar.

Cuando se hayan exportado los registros, debajo del botón aparecerá indicado dónde se encuentran. Los registros se descargarán como archivos TGZ en el directorio de registros.

Es posible cambiar la ubicación de los registros utilizando el administrador de archivos, donde pueden recuperarse fácilmente sin necesidad de SSH:

• Hacer clic en el archivo situado junto a Registros, exportado al panel Exportar registros. Esta acción abrirá la ubicación de los registros en el Gestor de archivos de MinKNOW.
• Utilizar el panel de control en la esquina inferior derecha del Gestor de archivos para mover los archivos de registro.

Si el PromethION " 2 Solo está conectado a un ordenador

Los archivos de registro de cada experimento de secuenciación se pueden encontrar en:

• Windows C:\data\logs

• Mac OS X /private/var/log/MinKNOW

• Linux /var/log/minKNOW

En la pestaña "Ayuda", en la sección 'Eliminar archivos', pulsar Eliminar y confirmar en la ventana emergente.

Nota: los datos de ejecución no se eliminarán. Se eliminarán los registros y datos temporales.

En la página "Ayuda", sección "Resolución de problemas", pulsar en "Reparar problemas" y confirmar en la ventana emergente. MinKNOW intentará reparar los siguientes problemas:

• Comprobar que los directorios requeridos en "/data" existan y tengan la propiedad y los permisos necesarios.
• Comprobar que los archivos necesarios en "/data" tengan la propiedad y los permisos necesarios.
• Comprobar que la GPU funcione al máximo rendimiento.
• Comprobar que el Bluetooth esté desactivado.