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Dancing the Nanopore Limbo: Low DNA input for successful microbial metagenomics with Oxford Nanopore Technologies


Short-read assemblies often result in incomplete and/or highly fragmented metagenome-assembled genomes (MAGs)

• Nanopore long reads greatly improve the assembly quality of MAGs

• Recommended DNA quantity usually exceeds the recoverable amount of DNA isolated from environmental samples

⇒ Evaluation of lower-than-recommended DNA quantities for Nanopore library preparation by determining sequencing quality, community composition, assembly quality and recovery of MAG

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