Pore-Cにより植物ゲノムアセンブリを改善
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植物の進化、育種、保護に関する研究には、高品質の植物ゲノムシークエンスがきわめて重要です。 しかし、植物ゲノムは大きく、反復性が高いため、従来の技術ではゲノムアセンブリが困難でした。
Pore-C は、Chromatin Conformation Capture（3C）とナノポアシークエンスのロングリード を組み合わせたエンドツーエンドワークフローで、コンタクト情報を取得することで、 既存のアセンブリをスキャホールドして高い連続性を得ることができます。従来の 3C 法 で検出できるのは通常、2 つの遺伝子座間のペアワイズ相互作用に限られますが、 Pore-C では複数の遺伝子座からさらに高次のコンタクト情報が得られます。この 方法は増幅フリーであるため、GC リッチ領域や反復ゲノム領域にアクセスすること が可能です。また、ナノポアのロングリードではエピジェネティック修飾が保存 され、塩基配列と共にその特性を解析することができます。ハイスループット の PromethIONTM Flow Cell と組み合わせることにより、連続性の高い染色体 規模での植物ゲノムアセンブリが可能となります。
Overview
Pore-C is an end-to-end workflow combining chromatin conformation capture (3C) with long nanopore sequencing reads, providing contact information that allows existing assemblies to be scaffolded to high contiguity. Pore-C generates higher-order contact information from multiple genomic loci, and because nanopore sequencing is PCR-free, GC-rich and repeat-rich regions can be characterised along with epigenetic modifications.
This workflow is an end-to-end method for the scaffolding of a plant genome assembly to chromosome scale.
In this workflow overview, you will:
- Find out how Pore-C and nanopore sequencing enhances the assembly of plant genomes
- Discover our best practice sequencing workflow in detail, starting from the recommended extraction method, through to primary analysis
- Learn about our recommended sequencing kit and devices