ナノポアのロングリードを用いて複雑なメタゲノムサンプル から微生物ゲノムをアセンブリ
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幅広い応用が可能なメタゲノムシークエンスにより、培養可能な微生物の迅速な同定、解析が可能であり、 そのうえ、培養不可能な微生物の解析も可能となりました。
ショートリードシークエンス法と比較して、ナノポアのロングリードであればリピート配列が豊富なシーク エンス［抗微生物薬耐性（AMR）遺伝子が示す特徴］と構造変異をカバーすることができます。このため、 微生物の分類精度が向上してゲノムアセンブリが簡便化され、微生物コミュニティーの構成と機能について 知見を深めることができます。また、リアルタイムでシークエンスデータが得られるため、混合微生物コミュ ニティーを対象に種、AMR、病原性因子を迅速に同定できます。
ここでは、シークエンス機器の MinION または GridIONTM で MinIONTM Flow Cell を用いて、あるいは プラットフォームの PromethION 2 または PromethION 2 Solo で PromethIONTM Flow Cell を用いて、 メタゲノムサンプルから微生物ゲノムをアセンブリするための簡易ワークフローを紹介します。
Overview
Covering a vast array of applications, metagenomic sequencing allows the rapid identification and analysis of culturable microorganisms, and, importantly, has made possible the analysis of those microbes which cannot be cultured. Nanopore sequencing generates any-length reads that span repeat-rich sequences — characteristic of antimicrobial resistance (AMR) genes — and structural variants (SVs), simplifying genome assembly. This end-to-end workflow provides a simple solution for assembling microbial genomes from metagenomic samples.
In this workflow, you will:
- Find out how direct DNA nanopore sequencing enhances assembly of genomes from metagenomic samples
- Discover our best practice sequencing workflow in detail, starting from the recommended extraction method, through to primary analysis
- Learn about our recommended sequencing kit and devices