Oxford Nanopore 核心实验室线上研讨会：始终走在基因组技术前端
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生命科学研究的未来，建立在全面的基因组、表观基因组和转录组分析之上。而传统的短读长测序无法触及的人类基因组比例为19%[1]，标准基因分型方法可覆盖的CpG 位点比例<3%[2]，利用短读长测序技术检测结构变异所遗漏的比例为40%[3]。长读长测序技术则能够获取更完整的基因组信息[4]。
Oxford Nanopore纳米孔测序能够解析先前无法识别的基因组区域和变异、生成T2T（端粒到端粒）基因组组装、探测碱基修饰以及提供异构体水平的转录组信息，而且全部在单个平台上完成。
Oxford Nanopore 的核心实验室计划和纳米孔技术能够为所有核心实验室的科学团队提供更深入的见解，拓展应用，帮助加速测序过程的每个阶段，以提高项目的启动和完成速度，完成其他测序技术无法企及的前沿研究项目。 2023年12月7日，我们邀请到浙江大学医学中心龚亮研究员、中国农业科学院深圳农业基因组研究所、为大家带来他们所在的实验室利用Oxford Nanopore纳米孔测序技术获得的临床研究，农业研究等多项研究成果。
注册参与
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活动日程
时间 | 日程 | 嘉宾 |
|---|---|---|
14:00 - 14:05 | 欢迎致辞 | 阳晓波 Oxford Nanopore Technologies |
14:05 - 14:40 | 纳米孔测序在医学基因组学中的应用：从基础到临床 | 龚亮 浙江大学医学中心 |
14:40 - 15:15 | 基于Oxford Nanopore 技术的超复杂栽培甘蔗基因组组装 | 张兴坦 中国农业科学院 深圳农业基因组研究所 |
15:15 - 15:50 | 更新中…… | 李博生 北京大学 现代农业研究院 |
15:50 - 16:00 | 结束致辞 | 阳晓波 Oxford Nanopore Technologies |
嘉宾介绍
龚亮，浙江大学医学中心 龚亮，浙江大学医学中心, - - - 浙江大学良渚实验室“百人计划”研究员，浙江大学医学院附属第一医院双聘研究员，博士生导师。主要聚焦第三代纳米孔测序，结合表观遗传学、三维基因组学等前沿基因组技术和生物信息学分析工具，研究癌症和遗传疾病的基因组变异、转录调控及基因功能。在Nature Methods、Nature Genetics、PNAS、Trends in Cancer等国际著名期刊上发表多篇论文，Google Scholar引用2900余次，主持国家自然科学基金面上项目，国家自然科学基金外国资深学者研究基金项目子课题负责人。担任Genome Research、Nucleic Acids Research、G3、STAR Protocols、iMeta等学术期刊专业评审。
甘蔗为世界80%的蔗糖提供原材料，既是重要的经济作物又是不可或缺的国家战略资源。我国是甘蔗第一大进口国，进口糖到岸价格比国产低800元/吨，导致蔗农种植积极性缺乏，是影响国家糖料安全的潜在隐患。因此推动甘蔗现代化生物育种，培育高产、高糖、抗病和宜机化甘蔗品种，是满足我国蔗糖自给、降低生产成本的关键。然而，现代栽培种甘蔗基因组极其复杂，是由高糖多汁的八倍体热带种和高抗逆的多倍体割手密种杂交，再经与热带种多轮回交高贵化培育而成。其同时存在同源（即自身基因组加倍）和异源（即不同物种杂交导致的基因组加倍）组分，且祖先亲本染色体频繁重组并部分丢失，为同源异源非整倍体，是目前已知的最复杂最难组装的基因组之一，也是目前唯一尚未破译基因组的大宗作物。甘蔗复杂的基因组特性，严重制约其现代生物育种进程。为解决这一问题，本团队基于单分子测序的多重三维染色质构象捕获（Pore-C）等技术，借助其1）长读长测序；2）可以捕获多种互作子；3）可以区分等位甲基化这三个优势增加同源染色体的区分度，开发新算法和实验方法，解决多倍体的染色体分型组装。
甘蔗为世界80%的蔗糖提供原材料，既是重要的经济作物又是不可或缺的国家战略资源。我国是甘蔗第一大进口国，进口糖到岸价格比国产低800元/吨，导致蔗农种植积极性缺乏，是影响国家糖料安全的潜在隐患。因此推动甘蔗现代化生物育种，培育高产、高糖、抗病和宜机化甘蔗品种，是满足我国蔗糖自给、降低生产成本的关键。然而，现代栽培种甘蔗基因组极其复杂，是由高糖多汁的八倍体热带种和高抗逆的多倍体割手密种杂交，再经与热带种多轮回交高贵化培育而成。其同时存在同源（即自身基因组加倍）和异源（即不同物种杂交导致的基因组加倍）组分，且祖先亲本染色体频繁重组并部分丢失，为同源异源非整倍体，是目前已知的最复杂最难组装的基因组之一，也是目前唯一尚未破译基因组的大宗作物。甘蔗复杂的基因组特性，严重制约其现代生物育种进程。为解决这一问题，本团队基于单分子测序的多重三维染色质构象捕获（Pore-C）等技术，借助其1）长读长测序；2）可以捕获多种互作子；3）可以区分等位甲基化这三个优势增加同源染色体的区分度，开发新算法和实验方法，解决多倍体的染色体分型组装。
张兴坦，中国农业科学院深圳农业基因组研究所 张兴坦，中国农业科学院深圳农业基因组研究所, - - - 李博生，北京大学现代农业研究院 李博生，北京大学现代农业研究院, - - - 李博生，北京大学现代农业研究院，单细胞组学和单分子分析平台主任。2002至2013年间，获北京林业大学生物技术系学士、森林培育系博士；2010至2014年间，于美国耶鲁大学分子和细胞发育系攻读联合培养博士，博士后；2014至2016年，获美国加州大学戴维斯分校博士后；2016至2022年，就职于南方科技大学生物系，任研究副教授；2021至今，北京大学现代农业研究院，研究员。
