GridION Q installation and configuration
Protocol
GridION Q installation and configuration VQ_GRD_revA_28Feb2020
This document will help you to install, check and configure your Q system GridION™.
FOR RESEARCH USE ONLY
Contents
Installation
GridION configuration
Shutting down
Additional information
Overview
This document will help you to install, check and configure your Q system GridION™.
1. Preparation
Preparación previa a la instalación
Antes de instalar el dispositivo, deberá disponer de lo siguiente:
- 1 cable Ethernet (1 Gb/s)
- Un puerto Ethernet que proporcione acceso solo de salida por el puerto 443 y acceso TCP a los rangos IP de AWS eu-west-1, enumerados aquí, para el análisis en EPI2ME.
- Acceso de salida por el puerto HTTPS 443 a 52.17.110.146, 52.31.111.95, 79.125.100.3 o una regla DNS para ping.oxfordnanoportal.com, que proporcionará información de telemetría.
- Acceso de salida por el puerto HTTPS 443 a 178.79.175.200 y 96.126.99.215 o una regla DNS para cdn.oxfordnanoportal.com, donde obtener actualizaciones de software
- 1 monitor (compatible con HDMI o DisplayPort)
- 1 cable compatible con el monitor
- 1 teclado conectado por USB
- 1 ratón conectado por USB
- Opcional: Sistema SAI con un cable C14
Características técnicas
| Tamaño y peso | 220 x 365 x 370 mm, 14.4 kg |
| Potencia | 650 W |
| Características técnicas del sistema | Almacenamiento SSD de 7 TB, 64 GB de RAM, Procesador Intel i7-10700K, CPU para OS y orquestación, acelerador GridION |
| Programas preinstalados | Linux OS, GridION OS, MinKNOW |
| Condiciones medioambientales | Diseñado para secuenciar a entre 18 °C y 25 °C Rango funcional de electrónica de 5 °C a 40 °C |
Ubicación recomendada en el laboratorio
- Colocar el dispositivo en una mesa firme y limpia
- Procurar que los conectores Ethernet y el cable de alimentación estén cerca
- Intentar que la toma de corriente sea fácilmente accesible, por si hubiera que desconectar los cables con urgencia. La secuenciación debe llevarse a cabo a una temperatura ambiente de entre 18 °C y 25 °C.
- Dejar un espacio de 30 cm en la parte trasera y a los lados del dispositivo.
- No cubrir ninguna rejilla de ventilación
- ATENCIÓN - La parte trasera del dispositivo se calentará durante el funcionamiento
What's in the box
The shipment will contain:
- a GridION Q device
- a C13 cable specific to the country of delivery
- five configuration test cells (CTCs)
- a DisplayPort to HDMI adapter
GridION Q packaging
2. Installation
ATENCIÓN
Please note that the GridION Q device weighs approximately 11 kg, and care should be taken during lifting and moving.
Desempaquetar el dispositivo y colocarlo en la mesa donde vaya a utilizarse.
Conectar al dispositivo los cables necesarios, tomando como referencia el diagrama a continuación.
- 1 cable Ethernet
- 1 conector HDMI o DisplayPort*
- 1 USB para el teclado
- 1 USB para el ratón
- 1 cable C13
- El adaptador de DisplayPort a HDMI está incluido
IMPORTANTE
Nótese que en las versiones anteriores de GridION, solo los puertos USB de la parte posterior del dispositivo son USB 3.0. Los puertos situados en la parte frontal son USB 2.0 y no se consideran adecuados para transferir datos.
Conectar el cable de alimentación a la SAI (Sistema de alimentación ininterrumpida) o red eléctrica principal. Utilizar el cable de red suministrado o un cable de alimentación adecuado, homologado y clasificado. Si es posible, conectar el dispositivo a una toma de tierra.
Presionar el botón de encendido. Una luz azul aparecerá en el centro del botón. La pantalla mostrará una página de carga, seguida de una pantalla de inicio de sesión.
When the login screen appears, enter the password "grid" and log in.
Note: Instructions on how to change the default password can be found under "Updating the device and changing the default password" in this document.
Click the Nanopore Wheel icon on the desktop to load the MinKNOW software. You will see the MinKNOW user interface appear.
Changing the default password
The default password should be changed at the earliest opportunity to ensure the security of your device. To do this, open a Terminal window and type:
passwd
Then press Enter. The following arguments will be presented in the terminal; follow the instructions to change the password:
grid@gxb02000:~$ passwd
Changing password for grid.
(current) UNIX password: grid
Enter new UNIX password: XXXX
Retype new UNIX password: XXXX
passwd: password updated successfully
Note: The new GridION/UNIX password should be in line with your local IT guidelines for device security.
You are now ready to perform the Hardware Check.
Cargar las cinco celdas de prueba de configuración (CTC) en las posiciones X1 a X5 del GridION. Las cinco posiciones se volverán verdes a medida que se reconozcan las CTC.
Navigate to the Start homepage and click 'Hardware Check' option.
Seleccionar todas las posiciones de la celda de flujo y pulsar "Iniciar" para comenzar las comprobaciones.
Uso de celdas de flujo MinION en un GridION: 
A screen will appear asking you to check that the CTCs are inserted correctly. Once confirmed, click "Start test".
The message tab on the right will show "Starting hardware check", followed by "Hardware check has completed successfully" for each flow cell.
FIN DEL PROCESO
Your device is ready for sequencing once your configuration run is complete.
Please refer to the library preparation protocols in the Q channel of the Nanopore Community.
3. Configuring network parameters
ATENCIÓN
Cambiar la configuración de red
Los parámetros de red del GridION deben adaptarse a la red local.
ATENCIÓN Cambiar los parámetros de red en el GridION puede dejar el dispositivo fuera de servicio.
Si no está seguro de qué parámetros utilizar para configurar la red, póngase en contacto con su departamento de Informática.
Requisitos de red
El GridION utiliza una interfaz de cobre de 1x1 Gb/s para conectarse a la infraestructura local. Tiene un único puerto con la dirección IP configurada en DHCP por defecto (aunque, las IP estáticas son configurables). Esta conexión se utilizará para:
- Enviar información de telemetría* a Oxford Nanopore Technologies.
- Recibir actualizaciones del programa y de firmware en el dispositivo.
- Transmitir datos de secuencia biológica a su infraestructura de almacenamiento local.
Para instalar el GridION en la infraestructura local el cliente deberá proporcionar el cableado apropiado.
* La telemetría contiene metadatos sobre la configuración y las condiciones de los experimentos de secuenciación. No se incluye nada específico sobre el contenido genómico de lecturas individuales; solo se registra información genérica, como la longitud de secuencia y el índice Q score.
Networking options
The GridION offers 1 x 1 Gbps Copper interface. The only available option is listed below:
- Copper
- Single port with the IP address configured to DHCP by default (static IP are configurable)
Configurar la red
Para conectar el GridION a una única red, se debe utilizar la interfaz de usuario.
Para configurar el GridION para que se conecte a varias redes, abrir una ventana del Terminal e introducir:
ont-network-settings
Las opciones que tiene este script son:
--dhcp- Opcional - Usa DCHP y elimina la necesidad de todas las demás características excepto las interfaces, el enlace y la sobrescritura
--address ip_address - Necesario - Dirección IP del GridION
--subnet subnet_mask - Necesario - Máscara de subred
--gateway gateway_address - Necesario- Puerta de enlace predeterminada
--dns DNS_server1,DNS_server2 - Necesario - Servidores DNS
--search your_domain - Necesario - El sufijo de su dominio (por ejemplo, suempresa.local)
--overwrite - Opcional
--help - Datos de las opciones anteriores
Para actualizar la configuración, ejecutar el comando adecuado de entre las opciones anteriores con la bandera --overwrite y reiniciar la máquina.
Validar la dirección IP
Para confirmar que la dirección IP se ha configurado correctamente utilizando una dirección estática o DHCP, usar el comando: ifconfig
La información devuelta contendrá la dirección IP del enlace Ethernet, como se muestra a continuación:
grid@GXB03415:~$ ifconfig
docker0: flags=4099<UP,BROADCAST,MULTICAST> mtu 1500
inet 172.17.0.1 netmask 255.255.0.0 broadcast 172.17.255.255
ether 02:42:35:39:60:40 txqueuelen 0 (Ethernet)
RX packets 0 bytes 0 (0.0 B)
RX errors 0 dropped 0 overruns 0 frame 0
TX packets 0 bytes 0 (0.0 B)
TX errors 0 dropped 0 overruns 0 carrier 0 collisions 0
eno1: flags=4163<UP,BROADCAST,RUNNING,MULTICAST> mtu 1500
inet 10.150.60.13 netmask 255.255.255.0 broadcast 10.150.60.255
inet6 fe80::78cf:8a5c:26ec:4611 prefixlen 64 scopeid 0x20<link>
ether 3c:7c:3f:be:02:81 txqueuelen 1000 (Ethernet)
4. Changing the default password
Changing the default password
The default password should be changed at the earliest opportunity to ensure the security of your device. To do this, open a Terminal window and type:
passwd
Then press Enter. The following arguments will be presented in the terminal; follow the instructions to change the password:
grid@gxb02000:~$ passwd
Changing password for grid.
(current) UNIX password: grid
Enter new UNIX password: XXXX
Retype new UNIX password: XXXX
passwd: password updated successfully
Note: The new GridION/UNIX password should be in line with your local IT guidelines for device security.
5. Exiting the GUI and shutting down
Shutting down your GridION
The GridION's computer requires a stepwise, processed shut down, otherwise you may face problems e.g. when recognising flow cells.
Follow the instructions in this section to ensure you do not face errors with your GridION from incorrectly shutting down your device.
Ensure none of the flow cells are running an experiment.
An indication that no experiments are running is the lack of an Experiment status bar where the availability box is in the flow cell selection windows.
Please close the MinKNOW GUI using the "X" in the top left corner.
Select "Shut down" from the power options at the top right of the screen.
Select the "Shut down" button on the right of the pop-up window.
IMPORTANTE
Do NOT select 'Reboot'. This will lead to errors in recognising the flow cells when commencing an experiment.
The screen will show the Oxford Nanopore Technologies logo on a black background. This may take several minutes to process, before the screen blacks out.
Note: Powering down will be indicated by the light on the power button switching off.
Turn off the device at the mains supply, if you are using mains power.
6. Maintenance and support
IMPORTANTE
Storage of CTCs
The Configuration Test Cells (CTC)s should be stored in dry conditions at room temperature. The CTCs should not be stored in the device's flow cell positions when the platform/position is not in use.
Cleaning
Absorb excess liquid using a laboratory tissue and clean the area using an IPA wipe should any leaks/condensation develop over the course of loading a flow cell or during an experiment.
Dispose of the cleaning materials into a biohazard waste bin.
Help and support
If you experience issues with your hardware check, configuring your network or general functionality of your device, please contact Customer Support at support@nanoporetech.com