请参阅 PromethION 24/48 A-Series – 设备及 IT 配置规格文档 ，获取相关说明。

本清单列出了安装PromethION的最低配置要求。请阅读本文档，获取完整的配置要求说明。请注意，光纤 或 铜缆均可用于网络连接。

所需项目/设置	用途
两个支持10GBASE-SR 或 10GBASE-LR的SFP+光模块 （如使用铜缆，则无需考虑此项要求）	连接到IT基础架构和互联网
与所选SFP+模块相匹配的10 Gbps电缆，或 支持10 Gbps宽带的电缆	连接到IT基础架构和互联网
两个运行DHCP（动态主机配置协议）服务的10 Gbps光纤端口，或 两个连接DHCP服务的10 Gbps宽带网端口	连接到IT基础架构和互联网
通过80和443端口出站访问52.17.110.146、52.31.111.95、79.125.100.3， 或访问域名ping.oxfordnanoportal.com	遥测反馈
宽带网：80和443端口 通过TCP访问列于http://docs.aws.amazon.com/general/latest/gr/aws-ip-ranges.html的AWS eu-west-1 IP地址范围	EPI2ME分析
通过80和443端口出站访问178.79.175.200 及 96.126.99.215， 或访问域名cdn.oxfordnanoportal.com	软件更新
存储：*可满足存储要求的基础架构	数据流及长期数据存储
USB鼠标	仪器控制
USB键盘	仪器控制
与VGA或DisplayPort兼容的显示器	仪器控制
3x C13 电源线（两条用于数据采集单元，一条用于测序单元)	仪器电源

PromethION是一款用于纳米孔测序的台式设备。它能够同时运行和分析多达24或48张测序芯片。对希望借助纳米孔测序的优势而进行多重项目的实验室而言，PromethION 24/48 A系列是理想之选:

• 简易的文库制备
• 实时分析
• 长读长带来的深度解析

此外，用户在获得认证后，可作为服务商对外提供PromethION 24/48 纳米孔测序服务。

得益于强大的内置计算功能，PromethION可独立进行设备控制、数据采集、碱基识别、和数据流传输，且无需任何附属IT基础设施。PromethION 24 Combined与PromethION 24/48 A系列的IT配置要求相同。PromethION 24 Combined 仅在特定国家供应。 PromethION内已预装有负责执行设备控制、数据采集和碱基识别的软件。该软件由Oxford Nanopore Technologies 开发。以下为PromethION P24 / P48测序仪的默认数据分析工作流程：

图1：PromethION 24/48测序设备的默认数据分析工作流程

romethION内置先进的电子设备，搭配以简明的用户界面，便于用户对样本进行实时分析。不同型号的PromethION（P24或P48）对应的仪器规格不同：

组成	规格
操作系统	英特尔 CPU， Ubuntu Focal（20.04）操作系统 我们建议您及时更新所有软件和安全补丁程序
存储	60 TB内置固态硬盘
GPU 卡	数据采集单元: 4x NVIDIA Ampere系列的GPU，通过NVLink 连接
内存	512 GB 内存
尺寸和重量	测序单元： - 190（高） x 590（宽） x 430（深）mm - 28 kg 重 数据采集单元： -440（高） x 178（宽） x 430（深）mm - 26 kg 重
最优测序温度范围	旨在于+18℃至+22℃的环境温度下测序
最大输出热量	测序单元：4094 BTU/小时 数据采集单元：6824 BTU/小时
输入电压范围：PromethION 测序单元	100-240 V (50/60 Hz) 最大功率：1.2kW
输入电压范围：PromethION A系列 数据采集单元**	输入电压范围：200–240 V (50/60Hz) 最大功耗：2640W 工作电流（240V输入电压）：9.1 A

*该设备电子元件的功能温度范围为+5℃至+40℃。
**PromethION A系列数据采集单元配备有冗余电源，以增加系统的稳定性和可靠性。

PromethION A系列 设备需要使用200-240V的主电源。若您所在地区的标准电压不在此范围内（例如美国），则需要使用两个200-240V的电源插座来为设备供电。

电源需求

PromethION 24/48 由两个主要部件组成：测序单元（最大功耗 1210 W）和数据采集单元（最大功耗 2640 W），二者电源需求独立。请确认本地电力系统能够满足上述功率与电压要求，并确保安装现场具备适合的电源插座。我们建议您与设施管理团队或/及专业电工确认，确保供电方案合理可行。

电源稳定性

稳定的供电是保障测序顺利进行和系统可靠运行的核心要素。我们强烈建议您为测序单元和数据采集单元配置不间断电源（UPS）。

间断电源（UPS）的作用

不间断电源（UPS）可提供备用电力并稳定电压。在发生停电或电压波动时，UPS 可以：

• 在数分钟内维持系统运行；
• 触发警报，以便用户及时暂停或安全终止测序实验;
• 通过稳定或改善电力质量，避免因供电不稳引发的风险。

UPS 推荐规格

您可选用以下两种方式：

• 单台 UPS：使用一台大功率 UPS，同时支持测序单元和数据采集单元；
• 双台 UPS：使用两台独立 UPS，分别支持测序单元和数据采集单元。

在 UPS 单元能够满足整体功率和备用能力要求的前提下，两种配置方式均可行。最佳选择取决于现场条件，如空间、电源接入方式及预算。建议您咨询设施管理团队或/及专业电工，以确定最适配置方案。

参数	最低要求
功率等级	测序单元：1.5 kVA 数据采集单元：3 kVA
UPS 类型	在线/双变换
切换时间	<5 分钟
电池续航	≥ 5 分钟（用于安全关机或发电机切换）
输出类型	纯正弦波
输出电压	200–240 VAC @ 50/60 Hz
电源线	请确保所用电源线的额定值不低于 10 A 250 VAC，且兼容 PromethION 24/48 的 C13 电源输入口。

用户需自行准备UPS。Oxford Nanopore Technologies 不提供或验证 UPS。用户需自行负责 UPS 的选型、安装与维护。

安装注意事项

• UPS 必须符合所在区域的电压、插头类型及电路保护要求；

• 与测序单元或数据采集单元连接时，应使用额定值不低于 10 A 250 VAC 的电源线；

• 安装时请遵循 UPS 厂商的说明，并在必要时咨询专业电工；

• 测序单元和数据采集单元仪器应放置于稳固的工作台上，设备后部及两侧需预留至少 30 cm 的空间；

• 安装环境应保持清洁、无尘，并远离敞开的窗户；

• PromethION 安装所需台面空间为 167 cm × 75 cm；

• 应培训相关人员，熟悉安全关机程序；

• 如条件允许，建议您在测序设备交付前完成 UPS 安装，以避免延误；

• 应定期维护 UPS，以确保持续的供电保护；

• Oxford Nanopore Technologies 的支持计划不涵盖客户自备的 UPS 设备。

MinKNOW会按照条款和条件中的规定，在测序运行期间收集遥测信息，以监控设备性能并远程排除故障。由于部分信息源自自由文本字段，因此请您不要填写任何个人身份信息。我们不会收集任何测序数据。

EPI2ME平台是一项由AWS托管、基于云端的数据分析服务，为多个应用程序提供基于云的分析解决方案。用户上传FASTQ格式的序列数据，再通过EPI2ME 桌面应用中预定义的生物信息学工作流程进行处理。所得结果以（数据+遥测）或遥测的形式从EPI2ME下载。EPI2ME 生成的报告基于遥测信息。

您的地理位置决定了用于接收软件更新的IP地址。更新可通过软件用户界面或终端上的 apt 进行，因此需要允许出站访问。我们会在纳米孔社区向用户发布可用更新。您可在发布公告中查看完整的更新说明。

Nanopore测序软件 MinKNOW 可生成三种格式的测序数据：POD5、FASTQ 和 BAM。碱基识别摘要信息存储在sequencing_summary.txt 文件中：

• POD5是由Oxford Nanopore开发的一种用于储存纳米孔数据的文件格式，它易于访问，取代了传统的.fast5 格式。与.fast5 相比，POD5 格式具有以下优点：读取和写入数据的速度更快、使用的计算资源更少、且原始数据文件的大小更小。POD5 文件每10分钟批量生成一次。若启用条形码功能，文件可按条形码拆分，但该功能默认关闭。
• .fast5 是一种基于.hdf5 文件类型的传统文件格式，它含有分析纳米孔测序数据所需的一切信息及其溯源。一份.fast5文件内含多条序列（默认为4000条），文件大小为数百Mb。
• FASTQ是一种基于文本的序列储存格式，它包含DNA/RNA序列及其质量值（Q值）。FASTQ 文件按时间批量生成，默认每 10 分钟生成一个。该频率可调整为每 10 分钟、每小时，或在运行结束时生成单个文件。此外，还可根据序列片段数量拆分文件。
• 如果您对经过碱基识别的数据集进行比对或修饰碱基识别，则会输出BAM 文件。BAM 文件的生成方式与 FASTQ 文件类似。默认情况下不生成 BAM 文件，但在启用比对或修饰碱基识别功能时，会自动启用BAM文件选项。
• sequencing_summary.txt 文本储存了单次测序中，与测序序列及碱基识别相关的元数据。其中包括：序列片段编号、序列长度、每条序列片段的质量值、测序时长等。该序列摘要文件的大小取决于其所包含的序列片段数目。

下表中的文件大小是基于单张测序芯片在不同通量下的估值，文件格式分别为 POD5、FASTQ 和BAM ，序列片段的N50为23kb。TMO = 理论最大产出（theoretical maximum output）。

测序芯片产（Gbases）	POD5（Gbytes）	FASTQ.gz（Gbytes）	未经比对的BAM（带修饰）（Gbytes）
100	700	65	60
200	1,400	130	120
290 (TMO)	2,030	188.5	174

随着实验的推进，所有的序列片段会以.POD5格式产出。如您希望对数据进行碱基识别，MinKNOW软件会根据序列数据生成测序数据，并以 FASTQ 和/或 BAM 格式存储。

PromethION A系列数据采集单元的存储容量可作为临时缓存，暂时存储MinKNOW正在写入的数据。但该存储设备不适合长期存储测序数据，也不应用于此目的。当设备以满负荷运行时，请务必将数据实时传输至外部存储，以避免由于存储空间不足而导致运行中断。为此，客户必须确保连接测序设备与本地基础结构的网络带宽足够，避免数据累积。PromethION为此提供了两个10 Gbit /秒的接口，供用户在宽带网或光纤网间进行选择。而USB端口不能为实时数据传输提供足够的带宽，因此不推荐使用。

下表中列出了理想情况下的数据传输速度；实际的传输速度取决于用户的网络配置，可能会相应减慢。

	1 Gbit/秒	10 Gbit/秒
11x200 Gbase 测序芯片	约7小时	约1小时
48x200 Gbase 测序芯片	约320小时	约32小时

PromethION的操作系统为Ubuntu 20.04，可支持加载多种文件系统类型。我们建议以NFS或CIFS格式储存数据。实时传输的数据应存储在固态硬盘（SSD）上，而非机械硬盘（HDD），因SSD的写入速度更快。数据写入 SSD 后，用户可将其转移至写入速度较慢的硬盘进行长期存储。

数据的存储形式和数量取决于用户的需求：

• 如您将原始序列数据以.POD5 格式存储，则可在Oxford Nanopore Technologies更新算法时重新进行碱基识别，从而提高现有数据的识别准确性。同时，一些由Oxford Nanopore和第三方开发的工具可以从.POD5文件所包含的原始信号信息中提取出更多信息，例如修饰碱基识别、有参SNP（单核苷酸多态性）识别或数据修正。
• 如仅保留.fastq文件，用户将无法重新进行碱基识别，但可将其中的 DNA/RNA 序列用于下游分析。

由于数据存储方式多样，Oxford Nanopore无法提供具体的存储建议。我们强烈建议用户在安装、设置和使用仪器时参考存储建议和要求。

可以在PromethION 24/48上使用不间断电源（UPS）吗？ 可以，但我们无法推荐特定产品。

哪些SFP+光模块与PromethION 24/48上的光纤端口兼容？ 任何SPF+光模块都与PromethION 24/48上的光纤端口兼容，请选择适合贵机构基础设施的SFP +模块。

对于在测序期间如何从PromethION 24/48 中实时导出数据，Oxford Nanopore Technologies 有何建议？ PromethION软件包提供了脚本，便于用户设置数据的实时远程传输。如需更多详情，请电邮support@nanoporetech.com。

Oxford Nanopore Technologies 建议如何选择连接到 PromethION 24/48 的存储设备？ PromethION可与任何NAS设备通信；我们建议您基于上述信息，与本地IT团队讨论存储需求，以获得适合的解决方案。