本清单列出了安装PromethION的最低配置要求。请阅读本文档，获取完整的配置要求说明。请注意，光纤 或 铜缆均可用于网络连接。

PromethION是一款用于纳米孔测序的台式设备。它能够同时运行和分析多达24或48张测序芯片。对希望借助纳米孔测序的优势而进行多重项目的实验室而言，PromethION 24/48 A系列是理想之选:

• 简易的文库制备
• 实时分析
• 长读长带来的深度解析

此外，用户在获得认证后，可作为服务商对外提供PromethION 24/48 纳米孔测序服务。

得益于强大的内置计算功能，PromethION可独立进行设备控制、数据采集、碱基识别、和数据流传输，且无需任何附属IT基础设施。PromethION 24 Combined与PromethION 24/48 A系列的IT配置要求相同。PromethION 24 Combined 仅在特定国家供应。 PromethION内已预装有负责执行设备控制、数据采集和碱基识别的软件。该软件由Oxford Nanopore Technologies 开发。以下为PromethION P24 / P48测序仪的默认数据分析工作流程：

图1：PromethION 24/48测序设备的默认数据分析工作流程

romethION内置先进的电子设备，搭配以简明的用户界面，便于用户对样本进行实时分析。不同型号的PromethION（P24或P48）对应的仪器规格不同：

*该设备电子元件的功能温度范围为+5℃至+40℃。
**PromethION A系列数据采集单元配备有冗余电源，以增加系统的稳定性和可靠性。

PromethION A100/A系列设备需要使用200-240V的主电源。若您所在地区的标准电压不在此范围内（例如美国），则需要使用两个200-240V的电源插座来为设备供电。

MinKNOW会按照条款和条件中的规定，在测序运行期间收集遥测信息，以监控设备性能并远程排除故障。由于部分信息源自自由文本字段，因此请您不要填写任何个人身份信息。我们不会收集任何测序数据。

EPI2ME平台是一项由AWS托管、基于云端的数据分析服务，为多个应用程序提供基于云的分析解决方案。用户通过EPI2ME代理上传FASTQ格式的序列数据，再通过EPI2ME门户中预定义的管道进行处理。所得结果以（数据+遥测）或遥测的形式从EPI2ME下载。EPI2ME门户生成的报告基于遥测信息。

您的地理位置决定了用于接收软件更新的IP地址。更新可通过软件用户界面或终端上的 apt 进行，因此需要允许出站访问。我们会在纳米孔社区向用户发布可用更新。您可在发布公告中查看完整的更新说明。

Nanopore测序软件 MinKNOW 可生成三种格式的测序数据：POD5、FASTQ 和 BAM。碱基识别摘要信息存储在sequencing_summary.txt 文件中：

• POD5是由Oxford Nanopore开发的一种用于储存纳米孔数据的文件格式，它易于访问，取代了传统的.fast5 格式。与.fast5 相比，POD5 格式具有以下优点：读取和写入数据的速度更快、使用的计算资源更少、且原始数据文件的大小更小。POD5 文件每10分钟批量生成一次。若启用条形码功能，文件可按条形码拆分，但该功能默认关闭。
• .fast5 是一种基于.hdf5 文件类型的传统文件格式，它含有分析纳米孔测序数据所需的一切信息及其溯源。一份.fast5文件内含多条序列（默认为4000条），文件大小为数百Mb。
• FASTQ是一种基于文本的序列储存格式，它包含DNA/RNA序列及其质量值（Q值）。FASTQ 文件按时间批量生成，默认每 10 分钟生成一个。该频率可调整为每 10 分钟、每小时，或在运行结束时生成单个文件。此外，还可根据序列片段数量拆分文件。
• 如果您对经过碱基识别的数据集进行比对或修饰碱基识别，则会输出BAM 文件。BAM 文件的生成方式与 FASTQ 文件类似。默认情况下不生成 BAM 文件，但在启用比对或修饰碱基识别功能时，会自动启用BAM文件选项。
• sequencing_summary.txt 文本储存了单次测序中，与测序序列及碱基识别相关的元数据。其中包括：序列片段编号、序列长度、每条序列片段的质量值、测序时长等。该序列摘要文件的大小取决于其所包含的序列片段数目。

下表中的文件大小是基于单张测序芯片在不同通量下的估值，文件格式分别为 POD5、FASTQ 和BAM ，序列片段的N50为23kb。TMO = 理论最大产出（theoretical maximum output）。

随着实验的推进，所有的序列片段会以.POD5格式产出。如您希望对数据进行碱基识别，MinKNOW软件会根据序列数据生成测序数据，并以 FASTQ 和/或 BAM 格式存储。

PromethION A系列数据采集单元的存储容量可作为临时缓存，暂时存储MinKNOW正在写入的数据。但该存储设备不适合长期存储测序数据，也不应用于此目的。当设备以满负荷运行时，请务必将数据实时传输至外部存储，以避免由于存储空间不足而导致运行中断。为此，客户必须确保连接测序设备与本地基础结构的网络带宽足够，避免数据累积。PromethION为此提供了两个10 Gbit /秒的接口，供用户在宽带网或光纤网间进行选择。而USB端口不能为实时数据传输提供足够的带宽，因此不推荐使用。

下表中列出了理想情况下的数据传输速度；实际的传输速度取决于用户的网络配置，可能会相应减慢。

PromethION的操作系统为Ubuntu 20.04，可支持加载多种文件系统类型。我们建议以NFS或CIFS格式储存数据。实时传输的数据应存储在固态硬盘（SSD）上，而非机械硬盘（HDD），因SSD的写入速度更快。数据写入 SSD 后，用户可将其转移至写入速度较慢的硬盘进行长期存储。

数据的存储形式和数量取决于用户的需求：

• 如您将原始序列数据以.POD5 格式存储，则可在Oxford Nanopore Technologies更新算法时重新进行碱基识别，从而提高现有数据的识别准确性。同时，一些由Oxford Nanopore和第三方开发的工具可以从.POD5文件所包含的原始信号信息中提取出更多信息，例如修饰碱基识别、有参SNP（单核苷酸多态性）识别或数据修正。
• 如仅保留.fastq文件，用户将无法重新进行碱基识别，但可将其中的 DNA/RNA 序列用于下游分析。

由于数据存储方式多样，Oxford Nanopore无法提供具体的存储建议。我们强烈建议用户在安装、设置和使用仪器时参考存储建议和要求。

可以在PromethION 24/48上使用不间断电源（UPS）吗？ 可以，但我们无法推荐特定产品。

哪些SFP+光模块与PromethION 24/48上的光纤端口兼容？ 任何SPF+光模块都与PromethION 24/48上的光纤端口兼容，请选择适合贵机构基础设施的SFP +模块。

对于在测序期间如何从PromethION 24/48 中实时导出数据，Oxford Nanopore Technologies 有何建议？ PromethION软件包提供了脚本，便于用户设置数据的实时远程传输。如需更多详情，请电邮support@nanoporetech.com。

Oxford Nanopore Technologies 建议如何选择连接到 PromethION 24/48 的存储设备？ PromethION可与任何NAS设备通信；我们建议您基于上述信息，与本地IT团队讨论存储需求，以获得适合的解决方案。