PromethION 2 Integrated （PRO-INT002）

PromethION 2 Integrated（P2i）是一款台式纳米孔测序设备，可并行运行并分析多达两张测序芯片。对于希望充分发挥纳米孔测序优势、并行推进多个项目的实验室而言，P2i 是理想之选:

• 精简的文库制备
• 实时分析
• 长读长带来的深度解析

得益于强大的内置计算能力，P2i 可独立完成设备控制、数据采集、实时碱基识别和数据传输，无需额外的 IT 基础设施。同时，设备还支持碱基识别后的数据处理，例如通过 EPI2ME 工作流程进行分析。

设备内预装了由 Oxford Nanopore Technologies 提供的定制软件，用于实现设备控制、数据采集和碱基识别等核心功能。

安装检查清单

本清单列出了安装 PromethION 2 Integrated 所需的最低 IT 与基础设施配置。有关每项要求的详细说明，请参阅后续章节。

所需项目/设置	用途
适当长度的以太网线（Cat5e 及以上）	连接到 IT 基础架构和互联网
1 X 100–240 VAC (50/60 Hz) 电源插座	仪器供电
有线 USB 键盘与两至三键 USB 鼠标（非必须）	仪器控制
支持 DisplayPort（推荐）或 HDMI 的显示器（非必须） 建议分辨率：1920x1080	仪器控制
不间断电源 UPS（非必需，详见第 7.1 节）	电源稳定性保障
满足存储需求的本地基础设施	实时数据传输及长期数据存储

电源与 UPS 配置要求

稳定的供电是保障测序顺利进行和系统可靠运行的核心要素。我们强烈建议您为 PromethION 2 Integrated 及外接显示器配置不间断电源（UPS）。

不间断电源（UPS）的作用

不间断电源（UPS）可提供备用电力并稳定电压。在发生停电或电压波动时，UPS 可以：

• 在数分钟内维持系统运行；
• 触发警报，以便用户及时暂停或安全终止测序实验;
• 通过稳定或改善电力质量，避免因供电不稳引发的风险。

UPS 推荐规格

最佳选择取决于现场条件，如空间、电源接入方式及预算。建议您咨询设施管理团队或/及专业电工，以确定最适配置方案。

参数	最低要求
功率等级	1.5 kVA
UPS 类型	在线/双变换
切换时间	<5 ms
电池续航	≥5 分钟（用于安全关机或发电机切换）
输出类型	纯正弦波
输出电压	200–240 VAC @ 50/60 Hz
电源线	请确保所用电源线的额定值不低于 10 A 250 VAC，且兼容 PromethION 2 Integrated 的 C13 电源输入口。

用户需自行准备UPS。Oxford Nanopore Technologies 不提供或验证 UPS。用户需自行负责 UPS 的选型、安装与维护。

安装注意事项

• 确保 UPS 系统符合您所在地区的电压、插头类型及电路保护标准；
• 如条件允许，建议您在测序设备交付前完成 UPS 安装，以避免延误；
• 为相关人员提供安全关机操作培训;
• 应定期维护 UPS，以确保持续的供电保护；
• 客户自备的 UPS 设备不在 Oxford Nanopore Technologies 的支持计划范围内。

网络与连接要求

在安装设备前，请备好一条以太网线（Cat5e 或更高规格），以及能分配 IP 地址的网络连接（通过 DHCP 或静态配置均可）。

网络访问要求

系统仅需通过 TCP 80 和 443 端口进行出站连接，无需入站访问。

Oxford Nanopore Technologies 无法远程访问您的系统。

需访问域名

为保证系统功能正常运行，需开放以下域名的出站访问权限：

访问类型	用途	需访问域名
遥测	支持 MinKNOW 执行遥测功能并传输遥测数据	ping.oxfordnanoportal.com
软件与操作系统更新	获取 MinKNOW 更新、操作系统软件包和 GPU 驱动程序	cdn.oxfordnanoportal.com .ubuntu.com .nvidia.com
EPI2ME™ Labs	提供容器化的分析流程	*.github.com hub.docker.com
Nanopore 账户登录	登录 Oxford Nanopore 账户并访问相关云端服务	id.nanoporetech.com *.okta.com

如您的机构使用代理服务器或防火墙，请确保已开放上述域名的出站访问，以保证软件更新、功能运行及用户身份验证的正常进行。

遥测

MinKNOW 和 EPI2ME 在测序运行期间将依据相关条款收集遥测数据，用于设备性能监控、故障排查与技术支持，并作为芯片质保更换的依据（如适用）。用于设备性能监控、故障排查与技术支持，并作为芯片质保更换的依据（如适用）。

隐私提示：由于部分遥测字段支持自由文本输入，请避免填写任何可识别个人身份的信息。我们不会收集测序数据。

• 将系统放置在稳固的工作台上，并确保具有良好的通风条件；

• 设备前后及两侧需预留至少 30 cm 的空间；

• 将设备置于可控环境中：避免阳光直射和热源，防止温度调节异常；保持无尘，并远离敞开窗户，以降低污染风险和气流干扰；

• 使用符合额定规格的线缆（10 A，250 VAC）将 PromethION 2 Integrated 与 UPS 连接；

• 按照 UPS 制造商的安装说明进行操作，并在需要时咨询专业电工。

文件类型

Nanopore 测序数据通常以以下几种文件类型存储：

• FASTQ - 一种基于文本的序列储存格式，用于保存 DNA 或 RNA 序列及其对应的质量评分（Q 值）；

• BAM - 用于存储经过比对的序列数据，包含修饰碱基信息（如甲基化等）；

• sequencing_summary.txt - 储存了单次测序中，与测序序列及碱基识别相关的元数据。其中包括：序列片段编号、序列长度、每条序列片段的质量值、测序时长等。该序列摘要文件的大小取决于所包含的序列片段数量。

可选格式：

• POD5 - 原始数据的标准存储格式，是对早期 FAST5 格式的替代，具有更高的数据存储与处理效率。

下表列出了单张测序芯片在不同测序通量下预计生成的文件大小，涵盖 POD5、FASTQ 和 BAM 三种数据格式，序列片段的 N50 长度为 23 kb。

测序芯片产出（Gbases）	FASTQ.gz (Gbytes)	未经比对的BAM（带修饰） (Gbytes)	（可选格式） POD5 (Gbytes)
100	65	60	700
200	130	120	1400

请注意：若启用碱基识别功能，系统将生成 FASTQ 和/或 BAM 文件，并在测序运行期间需要额外的临时存储空间。如果选择启用 POD5 输出，系统将在实验过程中持续生成 POD5 文件。

EPI2ME 分析

EPI2ME 桌面应用程序支持用户灵活配置本地或云端数据分析流程：

• 本地分析：在本地计算机上运行，利用本地计算资源执行分析任务；

• 云端分析：依托 Amazon Web Services（AWS）平台，需保持互联网连接。

点击此处，了解 EPI2ME 如何助力您的数据分析工作。

数据上传格式：EPI2ME 支持上传 FASTQ、BAM 及其他与分析流程相关的文件格式。所上传数据将通过定制的 Nextflow 流程进行处理，并生成交互式 HTML 报告。

软件更新

您可通过 MinKNOW 界面或终端（使用 apt）下载更新。系统仅需具备出站访问权限。
我们会在 Nanopore 社区发布软件更新通知，并在发布公告中提供完整的更新操作说明。

数据传输

尽管 P2i 固态硬盘可存储多次测序实验产出的 POD5、FASTQ、和 BAM 数据，但用户仍须配备数据存储设施，定期传输并清理硬盘内的数据，以防止因存储空间不足而导致测序终止。

P2i 的操作系统为 Ubuntu，可支持加载多种文件系统类型。我们建议以 NFS 或 CIFS 格式储存数据。数据的存储形式和数量取决于您的需求：

• 您可以选择保留或删除包含原始序列数据的 POD5 文件。如希望日后重新对数据进行碱基识别，可在 MinKNOW 中启用相应选项以保存原始 POD5 文件。
• 若仅需使用标准的下游分析工具对 DNA 或 RNA 序列进行进一步分析，保留 FASTQ 或 BAM 文件即可。

预计传输时间

下表列出了在不同测序芯片配置下，使用 1 Gbps 和 10 Gbps 网络连接时的预估数据传输时长：

测序芯片配置	1 Gbps 传输时长	10 Gbps 传输时长
1 × 200 Gbase 测序芯片	~7 小时	~1 小时
2 × 200 Gbase测序芯片	~14 小时	~6 小时

请根据以上信息评估本地带宽需求，并据此合理规划基础设施。

存储建议

为确保数据处理的稳定性和长期可用性，建议采取以下存储策略：

• 短期存储：测序期间，使用基于 SSD 的网络存储（如 NFS 或 CIFS），以支持高速实时数据传输。
• 长期归档：测序完成后，您可将数据转移至写入速度较低但更具成本效益的归档型存储系统。
• 文件格式选择：
  • 如计划后续重新进行碱基识别，或所用工具依赖原始信号数据，建议保留 POD5 文件;
  • 若仅需开展下游分析，而无需重新处理原始数据，可仅保留 FASTQ 文件。

Oxford Nanopore Technologies 不对存储容量或架构提出统一要求，具体配置应视使用场景而定。我们建议您与本地 IT 团队协作，明确以下事项：

• 实时数据传输架构
• 短期高速存储方案
• 长期归档存储能力

设备型号标识

仪器型号：

PRO-INT002 - PromethIOn 2 Integrated

适用领域

PromethION 2 Integrated 是一款为科学研究设计的电子分析平台。其核心技术基于纳米孔，可用于 DNA、RNA、蛋白质及其他小分子的单分子水平研究。

本产品仅供研究使用。

安全性信息

• 将系统放置在稳固的工作台上，并确保具有良好的通风条件；
• 设备前后及两侧需预留至少 30 cm 的空间；
• 使用环境应清洁无尘，并远离敞开的窗户。

紧急措施

当出现紧急情况时：

1.使用电源开关关闭 PromethION 2 Integrated 设备；

2.从设备后方拔出所有电源线。

符合性声明

PromethION2 Integrated 符合下述《EC 合格声明》中所述的电磁兼容性（EMC）和电气安全指令。

PromethION 2 Integrated 符合性声明（DoC）。

合规标识

PromethION 2 Integrated 合规标识

许可及保修

许可协议及保修合同中对向用户提供最新的硬件和软件作出了说明，以确保您的仪器一直处于最佳性能。Oxford Nanopore Technologies 会在合同期内，履行Nanopore产品的条款和条件第4和第7节中所规定的支持义务。

更多信息,请参阅 Oxford Nanopore 商城中的 此页面 。

测序运行过程中，如何将数据从 PromethION 导出？

软件内置了支持实时数据传输的脚本。如需帮助，请联系 support@nanoporetech.com。

我可以使用哪些存储选项？

PromethION 可连接至任何 NAS（网络附加存储）系统。建议您结合上述指南，与本地 IT 团队协商，确定最适存储方案。

Oxford Nanopore Technologies 会为 PromethION 设备提供防护包装。如果您发现包装箱有破损或其他明显的异常迹象，请拒收并立即联系 Oxford Nanopore 客户服务（support@nanoporetech.com）。

所有系统均在常温（+15 ℃ 至 +25 ℃）条件下储存运输。

请注意：PromethION 2 Integrated会与试剂盒及测序芯片分开运输。

运输箱规格

组成	重量（kg）	大小（高 x 宽 x 深）
PromethION 2 Integrated	13.1	30 × 34 × 64 cm

PromethION 2 Integrated 兼容所有最新版本的 PromethION 测序芯片、测序试剂盒及相关扩展包。

兼容范围包括：

• 测序芯片: PromethION R10 系列测序芯片（FLO-PRO114M）、 RNA004 PromethION 测序芯片（FLO-PRO004RA）
• 测序试剂盒：PromethION 2 Integrated 兼容所有 V14 试剂盒，包括连接法、快速、条形码、PCR、cDNA 及直接 RNA 试剂盒。
• 测序软件（最新版本）：MinKNOW, Dorado 碱基识别服务器
• 下游分析软件：EPI2ME（含预置分析流程）, Oxford Nanopore 提供的分析流程（MinKNOW 兼容）、 用户自行开发的分析工具 (由纳米孔社区开发）