PromethION 2 Integrated (PRO-INT002)

El PromethION 2 Integrated (P2i) es un dispositivo de sobremesa utilizado en la secuenciación por nanoporos, diseñado para procesar y analizar hasta 2 celdas de flujo. Resulta ideal en laboratorios con múltiples proyectos que necesiten beneficiarse de las ventajas de la secuenciación por nanoporos, como:

• Preparación sencilla de bibliotecas
• Análisis en tiempo real
• Comprensión biológica a partir de lecturas largas

El dispositivo posee recursos informáticos integrados que posibilitan la gestión del dispositivo, la adquisición y la transmisión de datos sin suponer un peso adicional en la infraestructura existente. También realiza análisis de datos tras la secuenciación, con ayuda de los flujos de trabajo de EPI2ME.

Oxford Nanopore Technologies ofrece con sus dispositivos, un programa personalizado preinstalado que lleva a cabo la gestión del dispositivo, la adquisición de datos y la identificación de bases.

Lista de comprobación

Esta lista de comprobación describe los requisitos informáticos y de infraestructura mínimos para instalar el PromethION™ 2 Integrated en su institución. Encontrará una explicación detallada de cada elemento en las secciones siguientes.

Elemento/configuración necesaria	Función
Cable Ethernet de longitud adecuada (Cat5e o superior)	Conexión a la infraestructura informática y a Internet
1 toma de corriente de 100-240 V CA (50/60 Hz)	Alimentación del equipo
(Opcional) Teclado USB con cable y ratón USB de 2, 3 botones	Manejo del equipo
(Opcional) Monitor compatible con DisplayPort (recomendado) o HDMI Resolución de pantalla recomendada: 1920 × 1080	Manejo del equipo
(Opcional) Sistema de alimentación ininterrumpida (más información en la sección 7.1)	Estabilidad eléctrica
Infraestructura local suficiente que soporte los requisitos de almacenamiento	Almacenamiento de datos en tiempo real y a largo plazo

Requisitos de alimentación eléctrica y SAI

La fiabilidad del suministro eléctrico es fundamental para proteger los experimentos de secuenciación y garantizar un funcionamiento estable. Recomendamos vivamente el uso de sistemas de alimentación ininterrumpida (SAI) para proteger tanto el PromethION 2 Integrated como cualquier monitor conectado.

¿Por qué utilizar un sistema de alimentación ininterrumpida (SAI)?

El SAI proporciona energía de reserva y regulación de la tensión. En caso de corte o fluctuación del suministro eléctrico, es capaz de:

• Mantener el sistema en funcionamiento durante varios minutos
• Activar alertas que permitan pausar los experimentos de secuenciación o detenerlos de forma segura.
• Ayudar a evitar problemas provocados por un suministro eléctrico inestable o de mala calidad

Características técnicas recomendadas del SAI

La opción más adecuada dependerá de la configuración del lugar de instalación, incluidos el espacio, el acceso a la red eléctrica y el presupuesto. Recomendamos consultar con el personal de mantenimiento de su institución o con un electricista cualificado a fin de determinar cuál es la instalación más adecuada en su laboratorio.

Parámetro	Requisitos mínimos
Potencia nominal	1,5 kVA
Tipo de SAI	En línea / de doble conversión
Tiempo de conmutación	< 5 ms
Autonomía de la batería	≥5 min (garantiza un apagado seguro o el cambio al generador)
Tipo de salida	Onda sinusoidal pura
Tensión de salida	200-240 V CA a 50/60 Hz
Cables de alimentación	Deben estar certificados con una capacidad mínima de 10 A 250 V CA y ser compatibles con los conectores C13 del PromethION 2 Integrated

Deberá proporcionar su propio SAI. Oxford Nanopore Technologies™ no valida ni suministra modelos específicos. La selección, la instalación y el mantenimiento son responsabilidad suya.

Preparativos previos a la instalación

• El sistema SAI debe ser compatibles con el voltaje, el tipo de enchufe y la protección de circuitos de su región.
• Siempre que sea posible, instale el SAI antes de la entrega del sistema y evite retrasos.
• Forme al personal pertinente en los procedimientos de apagado seguro.
• Programe un mantenimiento regular del SAI a fin de garantizar una protección continua.
• Oxford Nanopore Technologies no incluye los dispositivos SAI suministrados por el cliente en sus planes de asistencia técnica.

Requisitos de red y conectividad

Antes de instalar el dispositivo, necesitará 1 cable Ethernet (Cat5e o superior) y acceso a una red que proporcione una dirección IP asignada mediante DHCP o configurada de forma estática.

Requisitos de acceso a la red

El sistema utiliza sólo conexiones salientes a través de los puertos TCP 80 y 443 y no requiere acceso entrante.

Oxford Nanopore Technologies no tiene acceso a distancia a su sistema.

Dominios necesarios

En la tabla siguiente se indican los dominios a los que se debe poder acceder según las funciones específicas del sistema:

Tipo de acceso	Función	Dominios requeridos
Telemetría	Permite a MinKNOW ejecutar y comunicar información de telemetría	ping.oxfordnanoportal.com
Actualizaciones de programas y del sistema operativo	Acceso a las actualizaciones de MinKNOW, paquetes del sistema operativo y controladores de GPU	cdn.oxfordnanoportal.com *.ubuntu.com *.nvidia.com
EPI2ME™ Labs	Acceso a flujos de análisis bioinformático en contenedores	*.github.com hub.docker.com
Inicio de sesión en una cuenta Nanopore	Necesario para iniciar sesión en su cuenta Nanopore y acceder a los servicios en la nube	id.nanoporetech.com *.okta.com

Si su institución utiliza un servidor intermediario o cortafuegos, compruebe que se permita el acceso saliente a estos dominios y evite problemas con el funcionamiento del programa, las actualizaciones o la autentificación de usuarios.

Telemetría

MinKNOW y EPI2ME recopilan datos de telemetría durante su uso, según lo establecido en nuestros Términos y condiciones. Esta información ayuda a supervisar el rendimiento del dispositivo, facilita la resolución de problemas y permite el reemplazo de celdas de flujo en garantía, cuando corresponda.

Nota sobre privacidad: Algunos campos de telemetría permiten la introducción de texto libre. Evite introducir información que facilite la identificación de personas en estos campos. Nosotros no recogemos ningún dato de secuenciación.

• Instalar el sistema sobre una superficie estable y bien ventilada
• Dejar 30 cm de espacio libre en la parte frontal, posterior y los laterales del dispositivo.
• Colocar los dispositivos en un entorno controlado: lejos de la luz solar directa y de fuentes de calor, lo que evita problemas de regulación térmica. Sitúelos en una zona sin polvo, lejos de ventanas abiertas, a fin de reducir el riesgo de contaminación y las alteraciones en el flujo del aire.
• Conectar el SAI al PromethION 2 Integrated con cables adecuados, clasificados a 10 A y 250 VCA.
• Seguir las instrucciones de instalación proporcionadas por el fabricante del SAI y, cuando sea necesario, consultar a un electricista cualificado.

Tipos de archivos

El sistema almacena los datos de secuenciación por nanoporos en los siguientes tipos de archivo:

• FASTQ](https://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format) - Formato de texto que almacena secuencias de ADN o ARN junto con sus índices de calidad.

• BAM](https://en.wikipedia.org/wiki/Binary_Alignment_Map) - Formato binario que contiene lecturas alineadas, incluidas las bases modificadas (por ejemplo, metilación).

• sequencing_summary.txt - Archivo que contiene metadatos de todas las lecturas con bases identificadas generadas en un experimento de secuenciación. Lo que incluye información como el identificador de lectura, la longitud de secuencia, la puntuación Q-score por lectura y la duración de lectura. El tamaño de un archivo de resumen de secuencias dependerá del número de lecturas secuenciadas.

Opcional:

• POD5 - Formato principal de datos sin procesar, que reemplaza al obsoleto .fast5. Es más eficaz tanto en almacenamiento como en procesamiento.

La siguiente tabla proporciona los requisitos de almacenamiento estimados en función del volumen de datos generado por una celda de flujo. Estos valores presuponen una ejecución que guarda archivos POD5, FASTQ y BAM, con una longitud de lectura N50 de 23 kb.

Producción celda de flujo (Gbases)	Almacenamiento en FASTQ.gz (Gbytes)	BAM no alineado con modificaciones (Gbytes)	(Opcional) Almacenamiento en POD5 (Gbytes)
100	65	60	700
200	130	120	1 400

Importante: cuando la identificación de bases esté activada, el sistema generará archivos FASTQ o BAM y necesitará almacenamiento temporal adicional mientras el experimento esté en marcha. Si selecciona activar la salida en POD5, el sistema producirá archivos POD5 de forma continua durante el experimento.

Análisis en EPI2ME

La aplicación de escritorio EPI2ME ofrece soluciones de análisis definidas por el usuario, tanto locales como en la nube:

• El análisis local se realiza directamente en el ordenador del usuario, con los recursos informáticos disponibles.
• El análisis en la nube se realiza a través de Amazon Web Services (AWS) y requiere una conexión a Internet.

Encontrará más información sobre cómo EPI2ME puede cubrir sus necesidades de análisis de datos aquí.

Formatos admitidos en la carga de datos: EPI2ME admite archivos FASTQ, BAM y otros formatos relacionados, procesa los datos mediante flujos bioinformáticos de Nextflow y genera informes interactivos en HTML.

Actualizaciones

Es posible descargar las actualizaciones desde la interfaz de MinKNOW o mediante el terminal (con el comando apt). El sistema requiere acceso solo saliente.
Cuando hay actualizaciones disponibles, lo notificamos a través de la comunidad Nanopore y proporcionamos instrucciones en cada nota de lanzamiento.

Transferencia de datos

El P2i tiene suficiente espacio en el disco SSD para realizar múltiples experimentos de secuenciación y almacenar datos en archivos POD5, FASTQ y BAM. Sin embargo, es esencial limpiar regularmente la memoria de datos, a fin de prevenir que futuros experimentos se paren debido a falta de espacio. Para ello, debe disponerse de un sistema de almacenamiento que permita transferir datos desde el dispositivo

El P2i funciona con Ubuntu y permite montar varios tipos de sistemas de archivos. Recomendamos utilizar almacenamiento compartido a través de NFS o CIFS. La forma y el volumen de datos almacenados dependerán de las necesidades del usuario:

• Es posible almacenar los archivos POD5 con los datos de lecturas sin procesar o eliminarlos. Si se desea realizar una nueva identificación de bases más adelante, en MinKNOW hay una opción que permite guardar archivos POD5 sin procesar.
• Conservar solo los archivos FASTQ o BAM permitirá utilizar herramientas estándar de análisis con secuencias de ADN o ARN.

Tiempo estimado de transferencia

La siguiente tabla proporciona tiempos de transferencia aproximados correspondientes a distintas configuraciones de celdas de flujo, con conexiones de 1 Gb/s y 10 Gb/s.

Configuración de celda de flujo	Tiempo de transferencia de 1 Gb/s	Tiempo de transferencia de 10 Gb/s
1 celda de flujo (200 gigabases de rendimiento)	~7 h	~3 h
2 celdas de flujo (200 gigabases de rendimiento)	~14 h	~6 h

Utilice esta información para evaluar las necesidades de ancho de banda de su laboratorio y planifique la infraestructura en consonancia con ello.

Recomendaciones de almacenamiento

A fin de garantizar una gestión de datos estable y un acceso prolongado a la información, tenga en cuenta las siguientes estrategias de almacenamiento:

• Almacenamiento a corto plazo Utilice almacenamiento en red con unidades SSD (por ejemplo, NFS o CIFS) a fin de transmitir datos a gran velocidad durante los experimentos de secuenciación activos.
• Almacenamiento a largo plazo Finalizada la secuenciación, es posible transferir los datos a soluciones de almacenamiento más lentas y rentables.
• Consideraciones sobre el formato de los archivos
  • Guardar en archivos POD5 si tiene previsto volver a identificar las bases más adelante o utilizar herramientas que requieran acceso a los datos eléctricos originales.
  • Guardar en archivos FASTQ si va a analizar los datos y no necesita volver a procesar los datos originales.

Oxford Nanopore Technologies no establece volúmenes de almacenamiento o arquitecturas concretos, ya que estos requisitos varían según la ubicación. Recomendamos colaborar con el equipo informático de su institución a fin de definir lo siguiente:

• Infraestructura de transmisión de datos en tiempo real
• Almacenamiento rápido a corto plazo
• Capacidad de archivo a largo plazo

Identificación del dispositivo

Referencia:

PRO-INT002 - PromethIOn 2 Integrated

Uso previsto

El PromethION 2 Integrated es una plataforma de análisis mediante detección electrónica diseñada para su uso en investigación científica. Su tecnología principal se basa en un nanoporo capaz de detectar actividad en una sola molécula, incluidos los ácidos nucleicos (ADN/ARN), las proteínas y otras pequeñas biomoléculas.

Este producto es para uso exclusivo en investigación.

Información sobre seguridad

• Instale el sistema en una superficie estable con ventilación adecuada.
• Mantenga el entorno limpio y alejado de ventanas abiertas.
• Deje 30 cm de espacio libre en la parte frontal, posterior y a los lados del dispositivo.

Procedimientos de emergencia

En caso de emergencia:

1. Apagar el dispositivo PromethION 2 Integrated mediante el interruptor de encendido.
2. Desenchufar todos los cables de alimentación de la parte posterior del dispositivo.

Declaración de conformidad

El PromethION 2 Integrated cumple las directivas pertinentes sobre CEM y seguridad eléctrica, como se indica en la Declaración de conformidad CE que figura a continuación.

Declaración de conformidad de PromethION 2 Integrated.

Etiquetas de conformidad

Etiqueta de conformidad PromethION 2 Integrated

Licencia y garantía

El contrato de licencia y garantía garantiza que el dispositivo funcione de manera óptima, al ofrecer el equipo y los programa más actualizados. El contrato garantiza el cumplimiento de las obligaciones de asistencia de Oxford Nanopore Technologies durante el periodo contractual, tal y como se establece en las secciones 4 y 7 de los Términos y condiciones de los productos Nanopore.

Encontrará más información sobre la garantía del dispositivo en la tienda de Oxford Nanopore.

¿Cómo puedo transferir datos desde el PromethION durante un experimento?

El programa incluye secuencias de comandos que permiten transferir datos en tiempo real. Si necesita ayuda, póngase en contacto con support@nanoporetech.com.

¿Qué sistemas de almacenamiento son compatibles con el dispositivo?

El PromethION puede conectarse a cualquier NAS (sistema de almacenamiento conectado a la red). De acuerdo con las recomendaciones anteriores, consulte con el equipo informático de su institución las soluciones más adecuadas.

Oxford Nanopore Technologies envía los dispositivos PromethION en un embalaje protector. Si observa algún daño en la caja o indicios de manipulación indebida, rechace la entrega y notifíquelo al Servicio de Atención al Cliente en support@nanoporetech.com.

Almacenamos y enviamos todos los sistemas a temperatura ambiente (entre 15 ˚C y 25 ˚C).

Nótese que el PromethION 2 Integrated se envía por separado de los kits y las celdas de flujo.

Características del embalaje de envío

Componente	Peso	Dimensiones
PromethION 2 Integrated	13,1 kg	Al 30 × An 34 × P 64 cm

El PromethION 2 Integrated es compatible con las versiones más recientes de química utilizada en las celdas de flujo PromethION, así como con los kits de secuenciación y las ampliaciones.

Esta compatibilidad incluye:

• Celdas de flujo: PromethION serie R10 (FLO-PRO114M)
  RNA004 PromethION Flow Cell (FLO-PRO004RA)
• Kits de secuenciación: El PromethION 2 Integrated es compatible con todos los kits que utilizan la química V14: kits de ligación, rápidos, de etiquetado, de PCR, de ADNc y de ARN directo.
• Programa de secuenciación más reciente: MinKNOW, Dorado Basecall Server
• Herramientas de análisis: EPI2ME (y los flujos de trabajo que incluye), los flujos bioinformáticos de Oxford Nanopore (flujos de trabajo compatibles con MinKNOW) y las herramientas personalizadas desarrolladas por la comunidad Nanopore.