设备型号

MinION Mk1D（MIN-101D）

MinION™ Mk1D 是一款小巧便携的纳米孔测序仪，专为样本的现场即时测序设计。该设备通过计算机供电，并依托 MinKNOW™ 软件实现测序控制功能。 MinKNOW负责多项核心任务，包括：

• 数据采集和实时分析
• 数据传输与仪器控制
• 实验参数设定
• 样本鉴定及追踪

MinKNOW 不仅能采集原始纳米孔信号，还可通过其内置的机器学习算法，将信号转换为 DNA 或 RNA 序列。

本文档提供了适用于 MinION Mk1D 的技术规格及 IT 配置标准，供用户在选用兼容计算设备时参考。

组成	规格
尺寸和重量	13（高）× 55（宽） × 125（深） mm; 130 g
最大额定功率	7.5 W
安装接口	1 × USB Type-C
预装软件	MinION 驱动
最优测序温度范围	+10°C to +35°C*
最大散热量	25.6 BTU/小时
安装要求	请确保除底面外，设备各面均预留至少 5 厘米的空间。请勿将设备放置在笔记本电脑或任何发热源上方。

*电子设备的工作环境温度为+5℃至+40℃。

配置用于运行 MinION Mk1D 的新计算机

重要 ：MInION Mk1D 需配合 24.11.10 或更高版本的MinKNOW使用。

为确保计算机能够高效执行数据采集与碱基识别，请参考以下配置要求。使用不符合要求的设备可能导致性能下降、碱基识别速度变慢，甚至测序运行失败。

推荐配置

推荐配置支持实时高精准碱基识别（包括修饰碱基识别，如 CpG 位点上的 5mC/5hmC）、序列比对和适应性采样，并可实现 SUP（超精准）模式下的实时碱基识别。

最低配置

最低配置兼顾性能与成本，可支持高精准碱基识别。数据将在常规的 72 小时测序运行结束后完成处理，供后续分析使用。

最低配置的局限性 ：

对于短时测序或计算密集型任务，可能无法实现实时处理；

可能无法同时运行适应性采样和高精准碱基识别；

采用 SUP（超精准）模式进行碱基识别时，测序完成后可能仍需耗费较长的额外处理时间。

组件	最低配置	推荐配置
操作系统	Windows 10/11 Ubuntu 22.04/24.04 LTS MacOS	Windows 10/11 Ubuntu 22.04/24.04 LTS
接口	USB Type-C （USB 2.0 或更高）	USB Type-C （USB 2.0 或更高）
内存	16 GB + Apple: 24 GB + 统一内存	32 GB +
GPU	NVIDIA RTX 5060 笔记本 GPU+ Apple: M4 Pro +	NVIDIA RTX 5090 笔记本 GPU
CPU	Intel I5 + / AMD Threadripper + / Apple M4 Pro + （6 核及以上）	Intel I7 + （12 核及以上）
存储	1 TB SSD +	2 TB SSD +

请注意 ：对于新发布的硬件（如下一代 GPU 或处理器），在 Oxford Nanopore 完成相关测试与优化之前，其兼容性和性能表现尚无法完全保证。标有 “+” 的硬件表示该规格及更高配置均适用。

处理器兼容性

• MinKNOW 仅兼容 Intel、AMD 或 Apple Silicon 处理器；

• CPU 须支持 AVX2 指令集（如 Intel Haswell、AMD Steamroller 或更新架构）；

• 不支持搭载 Intel 处理器的 Mac 设备；

• 亦不支持Qualcomm Snapdragon 及其他基于 ARM 架构的处理器。

网络与连接要求

USB 连接要求

MinION Mk1D 必须通过 USB-C 接口连接计算机。由于其仅需 USB 2.0 级别的数据传输速率，因此所有具备数据传输功能的 USB-C 接口均可兼容使用。

• 请勿使用 USB-A 转 USB-C 适配器或数据线，因 USB-A 接口可能无法提供足够电力。

系统的正常运行与更新依赖于网络访问权限。所有网络连接均为出站连接，通过 TCP 端口 80 和 443 进行通信，无需开启任何入站端口。

Oxford Nanopore 无法远程访问您的系统。

访问类型	用途	所需域名
遥测	支持 MinKNOW 执行遥测功能并发送相关数据	ping.oxfordnanoportal.com
软件与操作系统更新	获取 MinKNOW 更新、操作系统软件包和 GPU 驱动程序	cdn.oxfordnanoportal.com *.ubuntu.com *.nvidia.com
EPI2ME	访问容器化分析流程	*.github.com http://hub.docker.com
Nanopore 账户登录	登录 Oxford Nanopore 账户并访问相关云端服务	id.nanoporetech.com *.okta.com

注意 ：如您所在机构部署了代理服务器或防火墙，请确保上述域名的出站访问已开放，以免影响软件更新、功能使用及用户身份验证。

遥测

MinKNOW 和 EPI2ME™ 在测序运行期间将依据相关条款收集遥测数据，用于设备性能监控、故障排查与技术支持，并作为芯片质保更换的依据（如适用）。

隐私提示 ：由于部分遥测字段支持自由文本输入，请避免填写任何可识别个人身份的信息。我们不会收集任何测序数据。

其他系统注意事项

系统行为（如定时更新、杀毒扫描或 IT 管控措施）可能对测序运行造成干扰。

为确保测序过程顺利进行且不被中断，建议您就以下关键事项与所在单位的 IT 部门沟通确认。

组件	最低要求
用户账户权限等级	安装和更新软件需具备本地管理员权限；执行测序实验则无需管理员权限。
网络连接	系统须始终保持稳定的互联网连接，以确保软件更新和遥测功能的正常运行。 如需离线使用（例如现场作业或野外考察），请联系 support@nanoporetech.com 获取进一步协助。
杀毒软件设置	杀毒软件可能占用大量系统资源，影响测序性能。为避免干扰，建议您关闭自动扫描功能，并在 MinION 未运行时安排手动扫描。
终端检测软件	终端检测类软件可能干扰系统性能。 建议在测序过程中禁用该类软件。
BIOS/芯片组设置与更新	请确保 BIOS 固件和芯片组驱动程序均为最新版本。如需使用 EPI2ME 进行数据分析，请确认已启用虚拟化功能。
操作系统更新设置	建议将操作系统更新设置为手动模式，以避免在测序过程中因自动更新而引发问题——尤其当更新涉及系统重启时，将导致测序任务中断。 请与 IT 部门协调，确保单位 IT 管控措施不会覆盖本地设置，从而防止意外更新或重启。

数量	部件	功能
1	MinION Mk1D	DNA/RNA 测序仪器
1	MinION 配置测试芯片（CTC）	用于验证测序硬件功能
1	USB-C 0.5 m 连接线	用于将 MinION 连接至兼容计算机
1	快速入门指南	系统设置概览
1	安全性及合规性文件	安全信息与合规细则

• 在设备的前、后及两侧预留至少 5 厘米空间，以确保充分通风并便于操作；

• 请勿将设备放置在笔记本电脑或计算机上方，并远离任何发热源。

文件类型

Nanopore 测序数据通常以以下几种文件类型存储：

• FASTQ - 一种基于文本的序列储存格式，用于保存 DNA 或 RNA 序列及其对应的质量评分（Q 值）；

• BAM - 用于存储经过比对的序列数据，包含修饰碱基信息（如甲基化等）；

• sequencing_summary.txt - 储存了单次测序中，与测序序列及碱基识别相关的元数据。其中包括：序列片段编号、序列长度、每条序列片段的质量值、测序时长等。该序列摘要文件的大小取决于所包含的序列片段数量。

可选格式：

POD5 - 原始数据的标准存储格式，是对早期 FAST5 格式的替代。POD5 在数据存储和处理效率方面都有更加高效。

下表列出了单张测序芯片在不同测序通量下预计生成的文件大小，涵盖 POD5、FASTQ 和 BAM 三种数据格式，序列片段的 N50 长度为 23 kb。

测序芯片产出 （Gbases）	POD5（Gbytes）	FASTQ.gz（Gbytes）	未经比对的BAM（带修饰）（Gbytes）
10	70	6.5	6
15	105	9.75	9
30	210	19.5	18
50	350	35	30

注意 ：若启用碱基识别功能，系统将生成 FASTQ 和/或 BAM 文件，并在测序运行期间需要额外的临时存储空间。如果选择启用 POD5 输出，系统将在实验过程中持续生成 POD5 文件。

EPI2ME 分析

EPI2ME 桌面应用程序支持用户灵活配置本地或云端数据分析流程：

• 本地分析：在本地计算机上运行，利用本地计算资源执行分析任务；

• 云端分析：依托 Amazon Web Services（AWS）平台，需保持互联网连接。

点击此处，了解 EPI2ME 如何助力您的数据分析工作。

数据上传格式：EPI2ME 支持 FASTQ、BAM 及其他与分析流程相关的文件格式。数据将通过定制的 Nextflow 流程进行处理，并生成交互式 HTML 报告。

软件更新

您可通过 MinKNOW 界面或终端（使用 apt）下载更新。系统仅需具备出站访问权限。 我们会在 Nanopore 社区发布软件更新通知，并在发布公告中提供完整的更新操作说明。

仪器型号标识

仪器型号：

MIN-101D - MinION Mk1D

适用领域

Oxford Nanopore Technologies 的 MinION Mk1D 是一款为科学研究设计的电子分析平台。其核心技术基于纳米孔，可用于 DNA、RNA、蛋白质及其他小分子的单分子水平研究。

本产品仅供研究使用 。

安全性信息

在使用前，请遵循以下安全指南：

• 确保设备除底面外，各面均预留至少 5 厘米空间；

• 请勿将设备放置在笔记本电脑或任何发热源上方。

紧急措施

如遇紧急情况，请关闭计算机的电源开关，并拔下 USB-C 连接线。

符合性声明

MinION Mk1D 符合《EC合格声明》中所述的电磁兼容性（EMC）和电气安全指令。

MinION Mk1D 符合性声明

合规标识

MinION Mk1D 合规标识

国际标准

MinION Mk1D 已通过以下国际标准的认证：

认证	国家
MET；UL61010 / CSA-C22.2 No.61010，第三版：测量、控制和实验室用电气设备的安全要求，修订日期： 2012年5月11日	美国和加拿大
美国联邦通信委员会（FCC）	美国
RCM 合规要求	澳大利亚和新西兰
ISC 安全合规认证	柬埔寨
阿联酋有害物质限制（RoHS）法规	阿拉伯联合酋长国
NRCS 和 SABS	南非
EAC	欧亚经济联盟关税同盟

许可及保修

许可协议及保修合同中对向用户提供最新的硬件和软件作出了说明，以确保您的仪器一直处于最佳性能。Oxford Nanopore Technologies 会在合同期内，履行 Nanopore 产品的条款和条件第4和第7节中所规定的支持义务

更多信息，请参阅 Oxford Nanopore 商城中的支持计划页面 。

支持

更多有关 MinION Mk1D 的信息和常见问题，请参阅我们的 设备支持页面。

我可以使用与本文件所列配置不同或较旧的计算机吗？

可以，但性能表现（尤其是碱基识别速度）可能因硬件差异而有所不同。其中，GPU 的选择对性能影响最为显著。

硬件兼容性说明

旧款硬件：

• 2015 年前发布的计算机通常不兼容；

• GPU 须支持 Compute Capability 6.1 或更高版本（如 RTX 10 系列或更新型号）；

• CPU 须支持 AVX2 指令集（如 Intel Haswell、AMD Steamroller 或更新架构）；

• 计算机须具备 USB-C 接口，并支持 USB 2.0 或更高传输标准。

新款硬件：

• 对于新发布的硬件（如下一代 GPU 或处理器），在 Oxford Nanopore 完成相关测试与优化之前，其兼容性和性能表现尚无法完全保证。

我根据旧版本文档购买的计算机，现在是否仍符合要求？

本文件用于指导用户选购可兼容 MinION Mk1D 的计算机。随着硬件的持续升级，我们会定期更新推荐配置，以反映当前市面上主流且易于购买的设备。如果您现有的计算机仍符合第 1 条中的配置要求，即可继续正常使用我们的软件。

我计划在其他计算机或高性能计算平台（HPC）上执行碱基识别。对于仅用于数据采集的设备，最低配置有哪些要求？

如果设备仅用于数据采集（即测序过程中不执行碱基识别），则本文档所列的最低配置已足够，且无需配备 GPU。

是否支持使用 Ubuntu 22.04/24.04 LTS 以外的其他 Linux 发行版？

我们建议您仅使用 Ubuntu 22.04 或 24.04 LTS。其他 Linux 发行版尚未经官方测试与验证，可能存在兼容性问题，且不在技术支持范围内。

为何未提供针对 Mac 的推荐配置？

尽管本软件可在搭载 Apple Silicon 的 Mac 上运行，但在测序性能方面，特别是当运行 SUP（超精准）等资源密集型模型时，配备 NVIDIA GPU 的系统表现更优，在碱基识别任务中也具有更高性价比。

Oxford Nanopore Technologies MinION 设备在室温下（+2°C 至 +25°C）储存并运输。MinION测序仪或包装于衬垫信封中单独运输，或置于装运箱内同测序芯片及试剂一起运输。

请注意：启动套装（Starter Pack）中的 MinION 会与试剂盒及测序芯片分开运输。

MinION Mk1D 兼容所有最新版本的 MinION/GridION 测序芯片、测序试剂盒及相关扩展包。

兼容范围包括：

• 测序芯片：
  MinION 与 GridION R10 系列测序芯片（FLO-MIN114）
  Flongle R10 系列测序芯片（FLO-FLG114）
  RNA004 MinION 测序芯片（FLO-MIN004RA）

• 测序试剂盒：MinION 兼容所有 V14 试剂盒，包括连接法、快速、条形码、 超长、PCR、cDNA、16S 及直接 RNA 试剂盒。

• 测序软件（最新版本）：MinKNOW, Dorado 碱基识别服务器

• 下游分析软件：EPI2ME（含预置分析流程）, Oxford Nanopore 提供的分析流程（MinKNOW 兼容）、 用户自行开发的分析工具 (由纳米孔社区开发）