Modelo

MinION Mk1D (MIN-101D)

El MinION™ Mk1D es un dispositivo de secuenciación por nanoporos compacto y portátil diseñado con el fin de acercar la secuenciación a la muestra. Debe estar conectado a un ordenador que le proporcione energía. La gestión de la secuenciación se realiza a través del programa MinKNOW™. MinKNOW gestiona las principales tareas de secuenciación, entre ellas:

• Adquisición de datos y el análisis en tiempo real.
• Transmisión de datos y gestión de los dispositivos.
• Selección de los parámetros de ejecución.
• Identificación y el seguimiento de las muestras.

Además de recoger los datos brutos generados por los nanoporos, MinKNOW incorpora un algoritmo de identificación de bases que convierte esa señal en secuencias de ADN o ARN mediante aprendizaje automático.

En este documento se describen las características técnicas de MinION Mk1D y se ofrece orientación para seleccionar un ordenador compatible que permita utilizar el dispositivo de forma eficaz.

Componente	Características técnicas
Tamaño y peso	Al 13 × An 55 × Pr 125 mm; 130 g
Potencia nominal máxima	7,5 W
Puertos de instalación	1 USB-C
Programas instalados	Controlador de MinION
Temperatura de secuenciación	Diseñado para secuenciar a temperatura ambiente de 10 °C a 35 °C*
Potencia térmica	máximo de 7,5 W
Requisitos de instalación	Mantener un espacio libre mínimo de 5 cm en todos los lados del dispositivo excepto en la base. No colocar el dispositivo encima de un ordenador portátil u otra fuente de calor.

*El sistema electrónico del dispositivo funciona a una temperatura ambiente de entre 5 °C y 40 °C.

Configurar el ordenador:

Importante: El MinION Mk1D requiere una versión 24.11.10 de MinKNOW o posterior.

Las siguientes características técnicas aseguran que su ordenador sea capaz de adquirir los datos de manera eficiente y realizar la identificación de bases. El uso de equipos no compatibles es capaz de reducir el rendimiento, ralentizar la identificación de bases o producir errores en los experimentos.

Recomendado

Las características técnicas recomendadas garantizan una identificación de bases en tiempo real y de gran precisión, incluida la detección de bases modificadas (contexto CpG 5mC/5hmC), la alineación y el muestreo adaptativo. Este rendimiento también permite generar identificación de bases de máxima precisión en tiempo real.

Mínimo

Los requisitos mínimos está diseñados para equilibrar el rendimiento y el coste. Facilitan la identificación de bases de gran precisión y produce datos disponibles al final de un ciclo de secuenciación típico de 72 horas.

Limitaciones de las características técnicas mínimas:

El rendimiento en tiempo real no siempre es tolerado en ejecuciones más cortas o tareas analíticas intensivas.

No es posible ejecutar simultáneamente muestreo adaptativo e identificación de bases de gran precisión.

Una vez finalizada la ejecución, la identificación de bases de máxima precisión (SUP) requiere un tiempo de procesamiento adicional significativo.

Componente	Mínimo	Recomendado
Sistema operativo	Windows 10/11 Ubuntu 22.04/24.04 LTS MacOS	Windows 10/11 Ubuntu 22.04/24.04 LTS
Periféricos	USB-C (USB 2.0 o superior)	USB-C (USB 2.0 o superior)
Memoria	16 GB + Apple: 24 GB + Memoria unificada	32 GB +
GPU	NVIDIA RTX 5060 para portátil Apple: M4 Pro +	NVIDIA RTX 5090 para portátil
CPU	Intel I5 + / AMD Threadripper + / Apple M4 Pro + (6 núcleos +)	Intel I7 + (12 núcleos +)
Almacenamiento	1 TB SSD +	2 TB SSD +

Nota: La compatibilidad y el rendimiento de equipos recién lanzados, como GPU o procesadores de última generación, suelen verse limitados hasta que finalice el periodo de pruebas y la optimización. El símbolo "+" indica que esa característica o una seperior son compatibles.

Compatibilidad del procesador

• MinKNOW solo es compatible con procesadores modernos Intel, AMD y Apple Silicon.

• Verifique que la CPU sea compatible con AVX-2 (Intel Haswell, AMD Steamroller, o posteriores).

• Los Mac con procesador Intel no son compatibles.

• Otros procesadores, como Qualcomm Snapdragon u otros con architectura ARM, no son compatibles.

Requisitos de red y conectividad.

Conectividad USB

El MinION Mk1D debe conectarse a un ordenador a través de un puerto USB-C. Solo requiere velocidades de transferencia de datos USB 2.0, por lo que todos los puertos USB-C capaces de transferir datos son compatibles.

• Los adaptadores o cables USB-A a USB-C no son compatibles, ya que los puertos USB-A no proporcionan suficiente energía.

El acceso a la red es necesario para el correcto funcionamiento y para recibir actualizaciones del sistema. Las conexiones son todas salientes y se realizan solo a través de los puertos TCP 80 y 443. No es necesario tener acceso entrante.

Oxford Nanopore no tiene acceso a distancia a su sistema.

Tipo de acceso	Propósito	Dominios requeridos
Telemetría	Permite a MinKNOW ejecutar y transmitir información de telemetría	ping.oxfordnanoportal.com
Actualizaciones de programas y del sistema operativo	Acceso a las actualizaciones de MinKNOW, paquetes del sistema operativo y controladores de GPU	cdn.oxfordnanoportal.com *.ubuntu.com *.nvidia.com
EPI2ME	Acceso a flujos de análisis bioinformático en contenedores	*.github.com hub.docker.com
Inicio de sesión en la cuenta Nanopore	Necesario para iniciar sesión en su cuenta Nanopore y acceder a los servicios en la nube	id.nanoporetech.com *.okta.com

Nota: Si su institución utiliza un servidor intermediario o cortafuegos, compruebe que se permita el acceso saliente a estos dominios y evite problemas con el funcionamiento del programa, las actualizaciones o la identificación de usuarios.

Telemetría

MinKNOW y EPI2ME recopilan datos de telemetría durante su uso, según se establece en nuestros Términos y condiciones. Esta información ayuda a supervisar el rendimiento del dispositivo, facilita la resolución de problemas y permite el reemplazo de celdas de flujo en garantía, cuando corresponda.

Nota sobre privacidad: Algunos campos de telemetría permiten introducir texto libre por lo que debe evitarse introducir información de identificación personal. Nosotros no recogemos ningún dato de secuenciación.

Otras consideraciones del sistema

Algunas operaciones del sistema como las actualizaciones programadas, los análisis antivirus o las directrices del departamento de informática, suelen interferir en los experimentos de secuenciación.

A continuación presentamos algunas áreas clave que conviene revisar y comentar con su departamento de informática para garantizar una experiencia de secuenciación fluida e ininterrumpida.

Componente	Requisitos mínimos
Nivel de privilegios de cuenta de usuario	Los privilegios de administrador local son necesarios en la instalación y las actualizaciones. No son necesarios para realizar experimentos de secuenciación.
Conexión a Internet	Es imprescindible disponer de una conexión a internet estable para realizar las actualizaciones y recoger la información de telemetría. Si necesita trabajar sin conexión (en trabajos de campo o durante expediciones), póngase en contacto con support@nanoporetech.com.
Configuración del antivirus	El programa antivirus consume recursos importantes del sistema, lo que en ocasiones repercute en el rendimiento de la secuenciación. A fin de evitar interrupciones, recomendamos desactivar los análisis automáticos y programar los análisis manuales cuando el MinION no esté en uso.
Programa de detección de puntos conexión	El programa de detección de puntos de conexión es susceptible de interferir en el rendimiento del sistema. Recomendamos desactivar dicho programa durante la secuenciación.
Configuración y actualizaciones de BIOS/conjunto de circuitos integrados	Compruebe que el microprograma de la BIOS y los controladores del conjunto de circuitos integrados estén actualizados. Antes de iniciar el análisis con EPI2ME, compruebe que la virtualización esté activada.
Configuración de actualizaciones del sistema	Configure las actualizaciones en modo manual, ya que las descargas durante un experimento de secuenciación suelen causar problemas. Las actualizaciones que precisen un reinicio detendrán experimentos en curso Coordínese con su departamento de informática y compruebe que la configuración centralizada del sistema no anule los ajustes locales y provoque actualizaciones o reinicios no previstos.

Cantidad	Artículo	Función
1	MinION Mk1D	Instrumento de secuenciación de ADN/ARN
1	Celda de prueba de configuración MinION (CTC)	Se utiliza para comprobar que el equipo funcione correctamente
1	Cable USB-C de 0,5 m	Conecta el MinION a un ordenador compatible
1	Guía de inicio rápido	Ofrece una visión general de la configuración del sistema
1	Información de seguridad y normativa	Describe las pautas de uso seguro y el cumplimiento de la normativa

• Dejar al menos 5 cm de espacio libre en la parte frontal, posterior y en los laterales de cada unidad, a fin de garantizar una ventilación adecuada y facilitar el acceso al dispositivo.

• No colocar el dispositivo encima de un ordenador portátil y mantenerlo alejado de fuentes de calor.

Tipos de archivos

El sistema almacena los datos de secuenciación por nanoporos en los siguientes tipos de archivo:

• FASTQ - Formato de texto que almacena secuencias de ADN/ARN junto con sus índices de calidad.

• BAM - Formato binario que contiene lecturas alineadas, incluidas las bases modificadas (por ejemplo, metilación).

• sequencing_summary.txt - Archivo que contiene metadatos de todas las lecturas con bases identificadas generadas en un experimento de secuenciación. Lo que incluye información como el identificador de lectura, la longitud de secuencia, la puntuación Q-score por lectura y la duración de lectura. El tamaño de un archivo de resumen de secuencias dependerá del número de lecturas secuenciadas.

Opcional:

POD5 - Formato principal de datos sin procesar, que reemplaza al obsoleto .fast5. Es más eficaz tanto en almacenamiento como en procesamiento.

La siguiente tabla proporciona los requisitos de almacenamiento estimados en función del volumen de datos generado por una celda de flujo. Estos valores presuponen una ejecución que guarde archivos POD5, FASTQ y BAM, con una longitud de lectura N50 de 23 kb.

Producción de celda de flujo (GBases)	Almacenamiento en POD5 (Gbytes)	Almacenamiento en FASTQ.gz (Gbytes)	BAM no alineado con modificaciones (Gbytes)
10	70	6,5	6
15	105	9,75	9
30	210	19,5	18
50	350	35	30

Nota: Cuando la identificación de bases esté activada, el sistema generará archivos FASTQ o BAM y necesitará almacenamiento temporal adicional mientras el experimento esté en marcha. Si selecciona activar la salida en POD5, el sistema producirá archivos POD5 de forma continua durante el experimento.

Análisis en EPI2ME

La aplicación de escritorio EPI2ME ofrece soluciones de análisis definidas por el usuario, tanto locales como en la nube:

• El análisis local se realiza directamente en el ordenador del usuario, con los recursos informáticos disponibles.

• El análisis en la nube se realiza a través de Amazon Web Services (AWS) y requiere una conexión a Internet.

Encontrará más información sobre cómo EPI2ME puede cubrir sus necesidades de análisis aquí.

Formatos admitidos en la carga de datos: EPI2ME admite archivos FASTQ, BAM y otros formatos relacionados, procesa los datos mediante flujos bioinformáticos de Nextflow y genera informes interactivos en HTML.

Actualizaciones

Es posible descargar las actualizaciones desde la interfaz de MinKNOW o mediante el terminal (con el comando apt). El sistema requiere acceso solo de salida. Cuando hay actualizaciones disponibles, lo notificamos a través de la comunidad Nanopore y proporcionamos instrucciones en cada nota de lanzamiento.

Identificación del dispositivo

Referencia:

MinION Mk1D - MIN-101D

Uso previsto

El dispositivo MinION Mk1D de Oxford Nanopore Technologies es un sistema de análisis electrónico utilizado en el ámbito de la investigación científica. Su tecnología principal se basa en un nanoporo capaz de detectar actividad en una sola molécula, incluidos los ácidos nucleicos (ADN/ARN), las proteínas y otras pequeñas biomoléculas.

Este producto es para uso exclusivo en investigación.

Información sobre seguridad

Antes de utilizar el dispositivo, revise las siguientes recomendaciones de seguridad:

• Mantenga un espacio libre mínimo de 5 cm en todos los lados del dispositivo, excepto en la base.

• No coloque el dispositivo encima de un ordenador portátil u otra fuente de calor.

Procedimientos de emergencia

En caso de emergencia, apague el ordenador y desconecte el cable USB-C.

Declaración de conformidad

El MinION Mk1D se ajusta a las directivas de compatibilidad electromagnética (CEM) 2014/30/UE y de Seguridad eléctrica, tal como se indica en la Declaración de conformidad CE.

Declaración de conformidad del MinION Mk1D

Etiquetado reglamentario

Etiqueta en el MinION Mk1D

Normas internacionales

El MinION Mk1D está certificado según las siguientes normas internacionales:

Certificación	País
MET; UL61010/CSA-C22.2 nº 61010, tercera edición: Equipos eléctricos de medida, control y uso en laboratorio, Revisión: 11 de mayo de 2012	EE.UU. y Canadá
FCC	EE.UU.
Cumplimiento RCM	Australia y Nueva Zelanda
Cumplimiento de seguridad ISC	Camboya
UAE RoHS	EAU
NRCS y SABS	Sudáfrica
EAC	Unión Aduanera de la Unión Económica Euroasiática

Licencia y garantía

El contrato de licencia y garantía garantiza que el dispositivo funcione de forma óptima gracias al equipo y paquete de programas más actualizados. El contrato garantiza el cumplimiento de las obligaciones de asistencia de Oxford Nanopore Technologies durante el periodo contractual, tal y como se establece en las secciones 4 y 7 de los Términos y condiciones de los productos Nanopore.

Encontrará más información sobre la garantía del dispositivo en la tienda de Oxford Nanopore.

Asistencia

Encontrará más información y respuestas a las preguntas más frecuentes sobre el MinION Mk1D, en la página de dispositivos de la sección Support.

¿Puedo usar un ordenador con características técnicas distintas o más antiguas a las enumeradas aquí?

Sí, pero el rendimiento —en particular la velocidad de la identificación de bases— varía en función del equipo. La elección de la GPU es lo que tiene mayor impacto en el rendimiento.

Compatibilidad del equipo

Equipos antiguos:

• Los ordenadores anteriores a 2015 difícilmente funcionarán.

• Verifique que la GPU es compatible con Compute Capability 6.1 o superior (serie RTX 10XX o posterior).

• Verifique que la CPU sea compatible con AVX2 (por ejemplo Intel Haswell, AMD Steamroller o posteriores).

• La conexión del dispositivo requiere un puerto USB-C (USB 2.0 o superior).

Equipos más nuevos:

• La compatibilidad y el rendimiento de equipos recién lanzados, como GPU o procesadores de última generación, suelen verse limitados hasta que finalice el periodo de pruebas y la optimización.

Compré un ordenador basándome en una versión anterior de este documento. ¿Ha quedado ya obsoleto?

Este documento tiene como finalidad orientar a los usuarios que vayan a adquirir un ordenador compatible con el MinION Mk1D. Dado que la disponibilidad de los equipos cambia con el tiempo, actualizamos nuestras recomendaciones para reflejar los modelos de ordenadores vigentes y accesibles. Si su ordenador actual aún cumple los requisitos indicados en la pregunta 1, sigue siendo compatible con nuestros programas informáticos.

Quiero identificar las bases de mis datos en otro ordenador o en un HPC. ¿Cuáles son las características técnicas mínimas reales sólo para la adquisición de datos?

En la adquisición exclusiva de datos (sin identificación de bases), las características técnicas mínimas (sin contar la GPU) son suficientes.

¿Puedo utilizar distribuciones de Linux distintas de Ubuntu 22.04/24.04 LTS?

Recomendamos utilizar únicamente Ubuntu 22.04 o 24.04 LTS. No hemos probado ni validado otras distribuciones de Linux y su compatibilidad con nuestros programas o procesos de soporte son inciertas.

¿Por qué no hay características técnicas recomendadas para Mac?

Aunque Apple Silicon es compatible, el rendimiento de la secuenciación, especialmente con modelos que consumen muchos recursos, como la máxima precisión (SUP), es mejor en sistemas con GPU de NVIDIA, que además ofrecen una relación coste-rendimiento más favorable en la identificación de bases.

El dispositivo MinION de Oxford Nanopore Technologies se conserva y envía a temperatura ambiente (entre 2 °C y 25 °C). Se envía en un sobre acolchado o en una caja con celdas de flujo y reactivos.

Nótese que el MinION se envía por separado de los kits y las celdas de flujo del paquete inicial.

El MinION Mk1D es compatible con las versiones más recientes de la química utilizada en las celdas de flujo MinION/GridION, así como con los kits de secuenciación y los kits complementarios.

Esta compatibilidad incluye:

• Celdas de flujo: MinION/GridION serie R10 (FLO-MIN114)
  MinION RNA004 (FLO-MIN004RA)
  Flongle Serie R10 (FLO-FLG114)

• Kits de secuenciación: El MinION es compatible con todos los kits que utilizan la química V14, incluidos los de ligación, multiplexación, secuenciación rápida, etiquetado, ultra-long, PCR, ADNc y de ARN directo.

• Programa de secuenciación más reciente: MinKNOW, Dorado Basecall Server

• Herramientas de análisis: EPI2ME (y los flujos de trabajo que incluye), los flujos bioinformáticos de Oxford Nanopore (compatibles con MinKNOW) y las herramientas personalizadas desarrolladas por la comunidad Nanopore.