MinION Mk1B manual de usuario
Protocol
MinION Mk1B manual de usuario VCTE_1000_v1_revAY_17Nov2015
Conectar e instalar el MinION Mk1B. Comprobar que el proceso se ha realizado correctamente.
La sección de preguntas frecuentes del dispositivo, FAQ, se encuentra aquí
Para uso exclusivo en investigación
FOR RESEARCH USE ONLY
Contents
Descripción general
Instalación
- 2. Contenido de la caja
- 3. Instalar el programa de secuenciación
- 4. Configurar el MinION Mk1B
- 5. Configurar el MinION Mk1B para utilizar con celdas de flujo Flongle
- 6. Examinar el equipo
Comprobaciones previas y ejecución de la secuenciación
Actualizar el programa
Resolución de problemas
Overview
Conectar e instalar el MinION Mk1B. Comprobar que el proceso se ha realizado correctamente.
La sección de preguntas frecuentes del dispositivo, FAQ, se encuentra aquí
Para uso exclusivo en investigación
1. Información sobre el dispositivo
El MinION Mk1B
El MinION™ de Oxford Nanopore Technologies® es un dispositivo electrónico que proporciona una conexión entre el ordenador del usuario y la matriz de sensores de nanoporos. El dispositivo alimenta el circuito integrado específico de la aplicación (ASIC), realiza el control de temperatura y transfiere datos al PC a través de un único puerto USB 3.0. Puede utilizarse con las celdas de flujo MinION o con el adaptador y las celdas de flujo Flongle. Se utiliza para secuenciar ADN y ARN y funciona utilizando el programa MinKNOW™, que controla el dispositivo, los scripts experimentales y realiza la identificación de bases.
El equipo
| Elemento | Características técnicas |
|---|---|
| Tamaño y peso | 23 mm (alto) x 33 mm (ancho) x 105 mm (largo); 100 g |
| Potencia | 5 W |
| Puertos | USB-B |
| Condiciones medioambientales | Diseñado para secuenciar a una temperatura de entre 18 °C y 25 °C |
Información sobre el MinION Mk1B
Requisitos informáticos del MinION Mk1B (en inglés)
Características técnicas del MinION Mk1B (en inglés)
Información sobre seguridad y normativa (en inglés)
Preguntas frecuentes
La sección de preguntas frecuentes, FAQs, sobre el MinION Mk1B se encuentra aquí
2. Contenido de la caja
Contenido de la caja
El MinION Mk1B se envía con:
- Celda de prueba de configuración (CTC)
- Cable USB
- Guía de inicio rápido
Los adaptadores Flongle se suministran con su propia CTC.
A continuación se muestran las partes que componen el MinION Mk1B:
Luces LED Hay cuatro luces LED a cada lado del dispositivo. Las luces del lado izquierdo siguen el siguiente esquema:
- LED rojo superior: ENCENDIDO cuando el dispositivo detecta una celda de flujo
- LED azul: ENCENDIDO cuando el dispositivo no detecta una celda de flujo
- LED verde: PARPADEA cuando se ha insertado la celda de flujo y se ha cargado el firmware
- Segunda LED azul: PARPADEA cuando se ha insertado la celda de flujo y se ha cargado el firmware
Las luces LED del lado derecho del dispositivo siguen el siguiente esquema:
- LED rojo superior: ENCENDIDO cuando se está ejecutando un script de secuenciación
- Segundo LED rojo: ENCENDIDO cuando el dispositivo ha detectado una celda de flujo
- Tercer LED rojo: PARPADEA cuando el programa MinKNOW transmite instrucciones al MinION
- último LED rojo: PARPADEA cuando MinKNOW transmite instrucciones al MinION
Tapa La tapa se abre hacia atrás para acceder a la carcasa de la celda de flujo. Clip El clip sujeta con firmeza la celda de flujo o la celda de prueba de configuración (CTC). Celda de prueba de configuración (CTC) La celda de prueba de configuración se utiliza durante la comprobación del equipo, para garantizar que la comunicación entre el dispositivo y la celda de flujo funciona correctamente. Puerto USB 3.0 El puerto USB 3.0 sirve para conectar el MinION al ordenador principal, proporcionar energía al dispositivo y transferir los datos.
3. Instalar el programa de secuenciación
Descarga e instalación de MinKNOW
Todos los dispositivos de Oxford Nanopore utilizan MinKNOW™ como programa principal. El programa MinKNOW lleva a cabo varias tareas centrales: adquisición de datos, análisis y retroalimentación en tiempo real, identificación de bases y transmisión de datos, entre otros. Además, gestiona el dispositivo y garantiza que la química de la plataforma funcione correctamente para procesar las muestras. MinKNOW toma los datos crudos y los convierte en lecturas mediante el reconocimiento del cambio que ocurre en la corriente cuando una cadena de ADN entra y sale del poro. En ese momento, identifica las lecturas y escribe los datos en archivos FASTQ o BAM.
Para instalar el programa en Windows, Mac OS X o Linux, siga las instrucciones detalladas en el protocolo de MinKNOW.
4. Configurar el MinION Mk1B
Instrumental
- MinION Mk1B
- Celda de prueba de configuración
Insertar la celda de prueba de configuración en el MinION Mk1B.
- Fijar la celda en el MinION Mk1B y conectarla al ordenador principal.
- Presionar suavemente la celda de prueba hacia abajo; cuando encaje en su sitio, se producirá un ligero chasquido.
- Cerrar la tapa del MinION Mk1B.
Cerrar la tapa del MinION Mk1B y conectar el dispositivo al ordenador mediante el cable USB 3.0 suministrado.
FIN DEL PROCESO
El MinION Mk1B está listo para proceder con la comprobación del equipo.
Se encenderán las luces en el interior del dispositivo y tal vez se oiga el ventilador.
5. Configurar el MinION Mk1B para utilizar con celdas de flujo Flongle
Instrumental
- MinION Mk1B
- Adaptador Flongle
Colocar el adaptador Flongle en el MinION Mk1B.
El adaptador debe asentarse de manera uniforme y plana sobre el MinION Mk1B. Esto garantiza que durante la siguiente fase, el conjunto de la celda de flujo esté plano.
Cerrar la tapa del MinION Mk1B y conectar el dispositivo al ordenador mediante el cable USB 3.0 suministrado.
FIN DEL PROCESO
El adaptador Flongle está listo para proceder con la comprobación del equipo.
Se encenderán las luces en el interior del dispositivo y tal vez se oiga el ventilador.
6. Examinar el equipo
IMPORTANTE
Examinar el equipo
La comprobación del equipo debe realizarse en todos los dispositivos nuevos o tras actualizar el programa. Para ello se utilizan las celdas de prueba de configuración (CTC), que vienen preinsertadas en el dispositivo en lugar de las celdas de flujo.
Nota: Si se trabaja con celdas de flujo Flongle, se recomienda revisar regularmente el adaptador. Para ello se debe insertar un adaptador vacío y proceder a examinar el equipo. Para verificar la posición de la celda de flujo o del dispositivo, utilizar una celda de prueba de configuración CTC MinION, aunque se vaya a utilizar una celda de flujo Flongle en la secuenciación.
Seleccionar el dispositivo de secuenciación conectado al ordenador.
Ir a la página de inicio y hacer clic en la opción "Examinar el equipo".
Pulsar "Start/Iniciar".
Procure que la posición seleccionada esté lista para comenzar, como se indica en la interfaz gráfica.
Con celdas de flujo MinION: 
Con celdas de flujo Flongle:
Nota: Si desea examinar el adaptador Flongle, inserte el adaptador VACÍO. Si lo que quiere es revisar el dispositivo o la posición, inserte sólo una celda de prueba de configuración, CTC, MinION. 
Esta acción abrirá el Panel general de secuenciación.
Durante las comprobaciones, se mostrará una barra de estado debajo de cada celda de flujo.
Este ejemplo es de una CTC Flongle (la barra de estado está resaltada en rojo). 
FIN DEL PROCESO
La comprobación del equipo tardará aproximadamente un minuto.
Si la prueba resulta aprobada, aparecerá un icono de verificación verde.
Un icono de verificación naranja indica que ha habido un error.
- Comprobación del equipo aprobada en Flongle (izquierda)
- Comprobación del equipo aprobada en MinION (centro)
- Comprobación del equipo fallida en Flongle (derecha)
Si la comprobación falla, retire la CTC, vuelva a insertarla y proceda a examinar el equipo de nuevo. Si la verificación falla por segunda vez, contacte con el servicio de asistencia técnica por correo electrónico (support@nanoporetech.com).
7. Verificar la celda de flujo
Verificar la celda de flujo
Antes de cargar una biblioteca de ADN o ARN, se debe verificar la celda de flujo para hacer un recuento del número de poros disponibles.
Oxford Nanopore Technologies sustituirá cualquier celda de flujo con un número de poros activos inferior al indicado por la garantía, siempre y cuando el resultado se notifique dentro de los dos días siguientes a la verificación y se hayan seguido las instrucciones de almacenamiento.
| Celdas de flujo | Número mínimo de poros activos cubierto por la garantía |
|---|---|
| Celdas de flujo Flongle (FLO-FLG001) | 50 |
| Celdas de flujo MinION/GridION | 800 |
| Celdas de flujo PromethION | 5000 |
Ir a la página de inicio y seleccionar "Flow cell check/Verificar celda de flujo".
Cuando aparezca el tipo de celda de flujo y se reconozca el identificador, pulsar "Start/Iniciar".
Nota: Si trabaja con Flongle, no olvide poner el identificador de la celda de flujo.
IMPORTANTE
En el caso de las celdas de flujo Flongle, el identificador no se asigna automáticamente en MinKNOW. Es imprescindible introducir el identificador en el formato correcto: ABC123, es decir ([A-Z] x 3 [0-9] x 3).
El identificador distingue entre mayúsculas y minúsculas, sin espacios. El programa MinKNOW no permitirá continuar hasta que se haya introducido el identificador.
Si los datos introducidos no tienen el formato correcto o falta algo, aparecerá una notificación en la esquina inferior derecha de la interfaz.
A continuación, resaltado en azul, hay un ejemplo de identificador de celda de flujo Flongle:
Accederá automáticamente a la página Panel general de secuenciación.
Durante la verificación, se mostrará una barra de estado debajo de la celda de flujo.
Indicadores de estado de las celdas de flujo
La calidad de la celda de flujo se mostrará con uno de estos tres valores:
Signo de exclamación amarillo (celdas de flujo Flongle - a la izquierda): El número de poros disponibles está por debajo del nivel cubierto por la garantía. Saque la celda de flujo del dispositivo, vuelva a insertarla e inicie el recuento de nuevo. Si el número sigue siendo inferior al número cubierto por la garantía, póngase en contacto con support@nanoporetech.com.
Marca de verificación verde (celdas de flujo MinION - en el centro): El número de poros disponibles está por encima de la cantidad cubierta por la garantía.
Signo de interrogación (celdas de flujo PromethION - a la derecha): Durante esta sesión en MinKNOW, la celda de flujo no se ha verificado.
Nota: El indicador de calidad permanecerá visible solo durante la sesión en MinKNOW. Una vez cerrada, el estado de la celda de flujo desaparecerá.
8. Secuenciación y seguimiento del experimento
Las instrucciones sobre cómo configurar un experimento de secuenciación y supervisar el progreso del mismo se encuentran en el protocolo de MinKNOW, en la comunidad Nanopore.
Antes de realizar un experimento de secuenciación, es necesario purificar la muestra de ADN o ARN y preparar una biblioteca de secuenciación. Encontrará más información sobre la preparación de muestras, en la sección Prepare —en la pestaña Documentación— de la comunidad Nanopore.
Siga este enlace para acceder al protocolo de MinKNOW.
9. Actualizaciones de MinKNOW para Windows y Mac OS X
Actualizaciones de MinKNOW
Las actualizaciones del MinKNOW se mostrarán en la configuración del servidor o en una ventana emergente cuando se abra el programa. Para instalar nuevas versiones, el usuario deberá seguir las instrucciones que aparecezcan en pantalla.
Los detalles de cada actualización se comunicarán en los anuncios de la comunidad Nanopore.
Recomendamos a los usuarios que, cuando haya una nueva versión disponible, actualicen el programa tan pronto como sea posible.
Nótese que, los usuarios no podrán actualizar su dispositivo si se conectan de forma remota o si hay una ejecución en curso.
IMPORTANTE
Proteja los scripts personalizados, antes de actualizar MinKNOW
Si ha creado scripts personalizados en MinKNOW, guárdelos de forma segura para que no se sobrescriban durante la actualización del programa.
Tenga en cuenta que la estructura del script puede cambiar de una versión a otra; los scripts personalizados escritos para una versión pueden no ser compatibles con la siguiente.
Al abrir MinKNOW desde el icono del escritorio, el actualizador comprobará automáticamente si hay actualizaciones disponibles.
Cuando haya una nueva actualización disponible, se abrirá un cuadro de diálogo.
Seleccionar Actualizar.
Las actualizaciones pueden omitirse. No obstante, es recomendable actualizar el dispositivo en cuanto haya actualizaciones disponibles. Algunas actualizaciones serán obligatorias y no podrán omitirse.
Nota: En el caso del MinION Mk1B, al hacer clic en Actualizar se abrirá la página de descargas del programa donde el usuario podrá descargar la actualización de MinION que corresponda.
También es posible actualizar el dispositivo desde la página Software/Programas informáticos de la Configuración del servidor.
Ir a la Configuración del servidor, seleccionar “Programas informáticos” y hacer clic en “Actualizar”.
El botón de actualización solo aparecerá cuando haya una nueva versión disponible.
Nota: En el caso de los dispositivos MinION Mk1B, al hacer clic en “Actualizar” se abrirá la página Software Downloads para que los usuarios seleccionen y descarguen la actualización pertinente.
En la página Software Downloads (descarga de programas), ir a MinION Software; a continuación, descargar e instalar el archivo ejecutable adecuado para el dispositivo.
IMPORTANTE
Reinstalar MinKNOW
En algunos casos (por ejemplo, si hay un problema con la versión de MinKNOW que se está utilizando), será necesario volver a instalar el programa. Para ello, primero hay que desinstalar por completo la versión actual. Para realizar esta operación, siga las instrucciones del artículo de la sección Support: Cómo desinstalar MinKNOW en el Mk1B y el P2 Solo
10. Actualizaciones de MinKNOW para Linux
Actualización de MinKNOW:
sudo apt clean
sudo apt update
sudo apt install ont-standalone-minknow-release
Se instalará la última versión de MinKNOW. Cuando los comandos se hayan completado, reinicie el programa:
sudo reboot
IMPORTANTE
Reinstalar MinKNOW
En algunos casos (por ejemplo, si hay un problema con la versión de MinKNOW que se está utilizando), será necesario volver a instalar el programa. Para ello, primero hay que desinstalar por completo la versión actual. Para realizar esta operación, siga las instrucciones del artículo de la sección Support: Cómo desinstalar MinKNOW en el Mk1B y el P2 Solo
11. Exportar registros
Ubicación de los archivos de registro
Los archivos de registro de cada experimento de secuenciación se pueden encontrar en:
Windows C:\data\logs
Mac OS X /Library/MinKNOW/data
Linux /var/log/MinKNOW