本产品为旧款产品。

本品已停产。请参阅现有文档或支持协议以获取进一步帮助。

MinION™ 是一款功能强大的手持便携式纳米孔测序仪。它可直接插入USB Type-A端口，或通过推荐的5 Gbps 适配器连接USB Type-C端口。

MinKNOW™ 软件负责控制MinION测序仪。

MinKNOW负责执行多项核心任务，涵盖数据采集、实时分析与反馈、碱基识别、数据传输、仪器控制（含实验参数设定）、样本鉴定和追踪，并确保为待测样本提供适配的测序脚本。

尽管MinION Mk1B只有口袋尺寸大小，却能支持千兆级碱基读长的实时测序。因此，我们建议用户为其匹配高功能的计算机，以充分享用MinION的各种技术功能。

以下为MinION测序仪的默认数据分析工作流程：

自 MinKNOW 23.07 版起，我们已将新的碱基识别工具 Dorado 与 MinKNOW 整合，以加速在 NVIDIA GPU 和 Apple Silicon 上的碱基识别。如果您希望保持碱基识别与数据产出速度同步，我们强烈建议您使用 NVIDIA GPU 或 Apple Silicon Mac。

组成	所需规格：GPU高精准碱基识别	所需规格：数据采集/CPU碱基识别 （注意：基于 CPU 的碱基识别性能有限 - 我们强烈推荐您使用 GPU）
操作系统	Windows – 11 和 10 macOS† – Sonoma (14)、Ventura (13)、Monterey (12) Linux – Ubuntu 22.04 和 20.04 †请注意，我们将停止对 MacOS 14（Sonoma）以下版本的支持；MacOS 13（Ventura）及更早版本将不再支持安装 MinKNOW。	Windows – 11 和 10 macOS – Sonoma (14)、Ventura (13)、Monterey (12) Linux – Ubuntu 22.04 和 20.04
内存/RAM	16 GB及以上内存	16 GB及以上内存
CPU	Intel i7、i9、志强（Xeon） 或更高性能的处理器，至少具有4核/8线程 Ryzen 5、7或更高性能的处理器，至少具有4核/8线程 Apple silicon 芯片（M1、M2）	Intel i7、i9、志强（Xeon） 或更高性能的处理器，至少具有4核/8线程 Ryzen 5、7或更高性能的处理器，至少具有4核/8线程 Apple silicon 芯片（M1、M2）
GPU	NVIDIA RTX 2060 SUPER或更高规格的显卡，且内存不少于 8 GB。 您可在多个网站上找到相关技术信息，如https://www.techpowerup.com/gpu-specs/。常见用例包括RTX 2060 SUPER、RTX 2070、RTX 3060、和RTX 3070。我们特别推荐选择基于Ampere架构的GPU（例如3000系列、A系列等），以达到最佳性能。 Apple silicon 芯片（M1、M2） 我们使用上述型号的GPU进行Guppy软件的开发和测试。如用户选择使用其它型号的GPU进行碱基识别，请确保其CUDA计算能力在6.1之上（请参阅 英伟达网站获取更多有关使用CUDA进行GPU计算的信息）。	-
存储	不小于1TB的内置固态硬盘	不小于1TB的内置固态硬盘
接口	USB3.0	USB3.0

我们建议您在安装MinKNOW及进行数据输出/采集时使用内置固态存储。固态硬盘速度更快，能够有效处理测序过程中产生的大量数据流。

下文列举了一些可能符合/或可以配置为符合MinION Mk1B推荐规格的笔记本电脑型号/工作站。我们尚未对这些计算机进行全面测试，因此购买时存在一定风险，您需自行承担。请确保您的计算机配置与上述列表中的规格相匹配。此外，其他制造商也提供类似选择，建议您在本地市场查询供应情况。

性能区间	示例笔记本电脑
低： 适配快速碱基识别	M1 MacBook Air (2023)
中： 适配高精准碱基识别	M2 Max 16” MacBook Pro (2023) / MacStudio

如您的笔记本电脑没有USB Type-A端口，我们建议您使用USB Type-A转USB Type-C适配器（母头转公头，5 Gbps）。以下列举了一些适配器，但此列表并非详尽。我们尚未对所有型号进行全面测试，因此购买时存在一定风险，您需自行承担。

• StarTech 6”
• RS Pro 150 mm
• Belkin

为确保MinION在测序过程中正确运行，请遵循以下要求：

组成	最低要求
帐户权限	安装和更新MinKNOW需要本地管理员权限。 运行测序实验不需要本地管理员权限。
网络连接	需将仪器联网方可更新软件及发送遥测反馈。 可离线配置MinKNOW以开展田野实验。如您计划离线使用MinION，请联系 support@nanoporetech.com。
杀毒软件设置	如在测序过程中使用杀毒软件扫描整个硬盘，会占用大量资源，并可能影响测序表现。因此，我们建议用户将杀毒扫描程序设为手动（而非自动），以便掌控扫描时间（在MinION闲置时）。
操作系统更新设置	在测序过程中更新操作系统可能影响测序表现，因此请将操作系统更新设为手动模式。 如系统更新涉及重启，则将彻底中断测序实验。
遥测反馈	通过80和443端口出站访问52.17.110.146、52.31.111.95、79.125.100.3，http://docs.aws.amazon.com/general/latest/gr/aws-ip-ranges.html 或访问域名ping.oxfordnanoportal.com
EPI2ME 分析	宽带网：80和443端口 通过TCP访问列于http://docs.aws.amazon.com/general/latest/gr/aws-ip-ranges.html 的AWS eu-west-1 IP地址范围
软件更新	通过80和443端口出站访问178.79.175.200 及 96.126.99.215， 或访问域名cdn.oxfordnanoportal.com

MinKNOW会按照条款和条件中的规定，在测序运行期间收集遥测信息，以监控设备性能并远程排除故障。由于部分信息源自自由文本字段，因此请您不要填写任何个人身份信息。我们不会收集任何测序数据。

EPI2ME平台是一项由AWS托管、基于云端的数据分析服务，为多个应用程序提供基于云的分析解决方案。用户上传FASTQ格式的序列数据，再通过EPI2ME 桌面应用中预定义的生物信息学工作流程进行处理。所得结果以（数据+遥测）或遥测的形式从EPI2ME下载。EPI2ME 生成的报告基于遥测信息。

软件更新的IP地址根据用户所处地理位置而定，为下列两个地址之一：178.79.175.200或96.126.99.215。更新请求由设备主动发起，因此需要防火墙允许出站访问。

Nanopore测序软件 MinKNOW 可生成三种格式的测序数据：POD5、FASTQ 和 BAM。碱基识别摘要信息存储在sequencing_summary.txt 文件中：

• POD5是由Oxford Nanopore开发的一种用于储存纳米孔数据的文件格式，它易于访问，取代了传统的.fast5 格式。与.fast5 相比，POD5 格式具有以下优点：读取和写入数据的速度更快、使用的计算资源更少、且原始数据文件的大小更小。POD5 文件每10分钟批量生成一次。若启用条形码功能，文件可按条形码拆分，但该功能默认关闭。
• .fast5 是一种基于.hdf5 文件类型的传统文件格式，它含有分析纳米孔测序数据所需的一切信息及其溯源。一份.fast5文件内含多条序列（默认为4000条），文件大小为数百Mb。
• .fastq是一种基于文本的序列储存格式，它包含DNA/RNA序列及其质量值（Q值）。FASTQ文件按时间批量生成，默认每 10 分钟生成一个。该频率可调整为每 10 分钟、每小时，或在运行结束时生成单个文件。此外，还可根据序列片段数量拆分文件。
• 如果您对经过碱基识别的数据集进行比对或修饰碱基识别，则会输出BAM 文件。BAM 文件的生成方式与 FASTQ 文件类似。默认情况下不生成 BAM 文件，但在启用比对或修饰碱基识别功能时，会自动启用BAM文件选项。
• sequence_summary.txt 文本储存了单次测序中，与测序序列及碱基识别相关的元数据。其中包括：序列片段编号、序列长度、每条序列片段的质量值、测序时长等。该序列摘要文件的大小取决于其所包含的序列片段数目。

下表中的文件大小是基于单张测序芯片在不同通量下的估值，文件格式分别为 POD5、FASTQ 和 BAM，序列片段的N50为23kb。

测序芯片产出（Gbases）	POD5（Gbytes）	FASTQ.gz storage（Gbytes）	未经比对的BAM（带修饰）（Gbytes）
10	70	6.5	6
15	105	9.75	9
30	210	19.5	18

随着实验的推进，所有的序列会以.POD5格式产出。如您希望对数据进行碱基识别，MinKNOW 软件会根据序列数据生成测序数据，并以 FASTQ 和/或 BAM 格式存储。