设备型号

GridION Mk1（GRD-MK1 或 GRD-X5B003）

GridION™ 是一款小型台式测序系统，可分别或同时运行多达五张 MinION™ 或 Flongle™ 测序芯片，并支持这两种芯片的任意组合使用。对希望借助纳米孔测序的优势而同时开展多项项目的实验室而言，GridION 是理想之选:

• 精简的文库制备
• 实时数据采集和分析
• 任意读长带来的深层次生物学解析

得益于内置计算功能，GridION 可独立进行数据采集、分析、反馈、碱基识别、数据流传输和设备控制，且无需任何附属 IT 基础设施。这一设计减少了额外的配置需求，并简化了部署过程。

GridION 预装有由 Oxford Nanopore Technologies 提供的定制软件，用于管理完整的测序工作流程。

安装检查清单

本清单列出了在贵机构安装 GridION Mk1 所需的最低 IT 与基础设施配置。有关每项要求的详细说明，请参阅后续章节。

所需项目/设置	用途
1 × 1 Gbps 以太网端口（支持 DHCP 或静态 IP）	连接到 IT 基础架构和互联网
1 x 1 Gbps 以太网网线	连接到 IT 基础架构和互联网
有线 USB 鼠标和键盘	有线 USB 鼠标和键盘
支持 DisplayPort（DP）或 HDMI 的显示器 建议分辨率：1920 x 1080 px	设备控制
1 X 100–240 VAC（50/60 Hz）电源插座	仪器供电
不间断电源 UPS（非必需，详见下文）	电源稳定性保障
存储： 可满足存储要求的基础架构*	长期数据存储

• 所需存储容量取决于具体使用场景。请参阅下方的存储说明以获取更多信息。

电源与 UPS 配置要求

稳定的供电是保障测序顺利进行和系统可靠运行的核心要素。我们强烈建议您为 GridION Mk1 及外接显示器配置不间断电源（UPS）。

不间断电源（UPS）的作用

不间断电源（UPS）可提供备用电力并稳定电压。在发生停电或电压波动时，UPS 可以：

• 在数分钟内维持系统运行；
• 触发警报，以便用户及时暂停或安全终止测序实验;
• 通过稳定或改善电力质量，避免因供电不稳引发的风险。

UPS 推荐规格

最佳选择取决于现场条件，如空间、电源接入方式及预算。建议您咨询设施管理团队或/及专业电工，以确定最适配置方案。

参数	最低要求
功率等级	1.5 kVA
UPS 类型	在线/双变换
切换时间	<5 ms
电池续航	≥ 5 分钟（用于安全关机或发电机切换）
输出类型	纯正弦波
输出电压	200–240 VAC，50/60 Hz
电源线	请确保所用电源线的额定值不低于 10 A 250 VAC，且兼容 GridION 的 C13 电源输入口。

用户需自行准备UPS。Oxford Nanopore Technologies 不提供或验证 UPS。用户需自行负责 UPS 的选型、安装与维护。

设备电源使用建议

尽管 GridION 具有出色的稳定性和长时间运行能力，但我们仍建议在设备长时间闲置时（如周末或实验间隔）将其关闭。这样做有助于：

• 降低能耗：实验室内的小幅节能举措可带来可观的环境效益；
• 延长硬件寿命：减少持续通电可降低热负荷，减缓部件老化；
• 减少不必要的磨损：固态硬盘、风扇和电源模块均能从间歇休眠中受益。

为保持最佳性能，建议至少每月执行一次断电重启（power cycle）。 断电重启的推荐操作流程：：

• 使用标准的软件关机流程关闭设备；

• 关闭墙上电源开关或完全拔掉设备电源;

• 等待至少 60 秒，以确保所有内部组件（例如电容器）完全放电;

• 重新接通电源并启动设备。

安装注意事项

• 确保 UPS 系统符合您所在地区的电压、插头类型及电路保护标准；

• 请按照 UPS 制造商提供的安装说明进行操作，并在必要时咨询专业电工；

• 为相关人员提供安全关机操作培训;

• 如条件允许，建议您在测序设备交付前完成 UPS 安装，以避免延误；

• 客户自备的 UPS 设备不在 Oxford Nanopore Technologies 的支持计划范围内。

网络与连接要求

在安装设备前，请备好一条以太网线（Cat5e 或更高规格），以及能分配 IP 地址的网络连接（通过 DHCP 或静态配置均可）。

网络访问要求

系统仅需通过 TCP 80 和 443 端口进行出站连接，无需入站访问。

Oxford Nanopore Technologies 无法远程访问您的系统。

需访问域名

为保证系统功能正常运行，需开放以下域名的出站访问权限：

访问类型	用途	所需域名
遥测	支持 MinKNOW 执行遥测功能并发送相关数据	ping.oxfordnanoportal.com
软件与操作系统更新	获取 MinKNOW 更新、操作系统软件包和 GPU 驱动程序	cdn.oxfordnanoportal.com *.ubuntu.com *.nvidia.com
EPI2ME™ Labs	访问容器化分析流程	*.github.com hub.docker.com
Nanopore 账户登录	登录 Oxford Nanopore 账户并访问相关云端服务	id.nanoporetech.com *.okta.com

如您所在机构部署了代理服务器或防火墙，请确保上述域名的出站访问已开放，以免影响软件更新、功能使用及用户身份验证。

遥测

MinKNOW 和 EPI2ME 在测序运行期间将依据相关条款收集遥测数据，用于设备性能监控、故障排查与技术支持，并作为芯片质保更换的依据（如适用）。

隐私提示 ：由于部分遥测字段支持自由文本输入，请避免填写任何可识别个人身份的信息。我们不会收集测序数据。

• UPS 与 GridION Mk1 的连接必须使用符合额定规格的线缆（10 A，250 VAC）

• 定期维护 UPS，以确保持续的供电保护

文件类型

Nanopore 测序数据通常以以下几种文件类型存储：

FASTQ - 一种基于文本的序列储存格式，用于保存 DNA 或 RNA 序列及其对应的质量评分（Q 值）；

BAM - 用于存储经过比对的序列数据，包含修饰碱基信息（如甲基化等）；

sequencing_summary.txt - 储存了单次测序中，与测序序列及碱基识别相关的元数据。其中包括：序列片段编号、序列长度、每条序列片段的质量值、测序时长等。该序列摘要文件的大小取决于所包含的序列片段数量。

可选格式：

POD5 - 原始数据的标准存储格式，是对早期 FAST5 格式的替代率。下表列出了单张测序芯片在不同测序通量下预计生成的文件大小，涵盖 POD5、FASTQ 和 BAM 三种数据格式，序列片段的 N50 长度为 23 kb。

测序芯片产出 （Gbases）	POD5（Gbytes）	FASTQ.gz（Gbytes）	未经比对的BAM（带修饰）（Gbytes）
10	70	6.5	6
15	105	9.75	9
30	210	19.5	18

注意：若启用碱基识别功能，系统将生成 FASTQ 和/或 BAM 文件，并在测序运行期间需要额外的临时存储空间。如果选择启用 POD5 输出，系统将在实验过程中持续生成 POD5 文件。

EPI2ME 分析

EPI2ME 桌面应用程序支持用户灵活配置本地或云端数据分析流程：

• 本地分析：在本地计算机上运行，利用本地计算资源执行分析任务；

• 云端分析：依托 Amazon Web Services（AWS）平台，需保持互联网连接。

点击此处，了解 EPI2ME 如何助力您的数据分析工作。 数据上传格式：EPI2ME 支持 FASTQ、BAM 及其他与分析流程相关的文件格式。数据将通过定制的 Nextflow 流程进行处理，并生成交互式 HTML 报告。

软件更新

您可通过 MinKNOW 界面或终端（使用 apt）下载更新。系统仅需具备出站访问权限。 我们会在 Nanopore 社区发布软件更新通知，并在发布公告中提供完整的更新操作说明。

数据传输

尽管 GridION Mk1 固态硬盘可存储多次测序实验产出的 POD5、FASTQ、和 BAM 数据，但用户仍须配备数据存储设施，定期传输并清理硬盘内的数据，以防止因存储空间不足而导致测序终止。为此，现场需提供可用于将数据从设备导出的存储空间。

GridION 的操作系统为 Ubuntu，可支持加载多种文件系统类型。我们建议以 NFS 或 CIFS 格式储存数据。数据的存储形式和数量取决于用户的需求：

• 您可以选择保留或删除包含原始序列数据的 POD5 文件。如希望日后重新对数据进行碱基识别，可在 MinKNOW 中启用相应选项以保存原始 POD5 文件。

• 若仅需使用标准的下游分析工具对 DNA 或 RNA 序列进行进一步分析，保留 FASTQ 或 BAM 文件即可。

预计传输时间

下表列出了在不同测序芯片配置下，使用 1 Gbps 和 2.5 Gbps 网络连接时的预估数据传输时长：

测序芯片配置	1 Gbps 传输时长	2.5 Gbps 传输时长
1 × 30 Gbase 测序芯片	~1 小时	~0.5 小时
5 × 30 Gbase 测序芯片	~5 小时	~2 小时
2 × 200 Gbase 测序芯片	~14 小时	~6 小时

请根据以上信息评估本地带宽需求，并据此合理规划基础设施。

存储建议

为确保数据处理的稳定性和长期可用性，建议采取以下存储策略：

• 短期存储： 测序期间，使用基于 SSD 的网络存储（如 NFS 或 CIFS），以支持高速实时数据传输。

• 长期归档： 测序完成后，您可将数据转移至写入速度较低但更具成本效益的归档型存储系统。

• 文件格式选择：

  • 如计划后续重新进行碱基识别，或所用工具依赖原始信号数据，建议保留 POD5 文件;

  • 若仅需开展下游分析，而无需重新处理原始数据，可仅保留 FASTQ 文件。

Oxford Nanopore Technologies 不对存储容量或架构提出统一要求，具体配置应视使用场景而定。我们建议您与本地 IT 团队协作，明确以下事项：

• 实时数据传输架构

• 短期高速存储方案

• 长期归档存储能力

设备型号标识

仪器型号

GRD-MK1 或 GRD-X5B003 - GridION Mk1

适用领域

GridION 是一款为科学研究设计的电子分析平台。其核心技术基于纳米孔，可用于 DNA、RNA、蛋白质及其他小分子的单分子水平研究。

本产品仅供研究使用 。

安全性信息

在使用前，请遵循以下安全指南：

• 将系统放置在稳固的工作台上，并确保具有良好的通风条件；
• 设备前后及两侧需预留至少 30 cm 的空间；
• 使用环境应清洁无尘，并远离敞开的窗户。

紧急措施

如遇紧急情况：

• 使用电源开关关闭 GridION 设备；

• 从设备后方拔出所有电源线。

符合性声明y

GridION Mk1 系列 符合下述《EC 合格声明》中所述的电磁兼容性（EMC）和电气安全指令。

GridION Mk1 符合性声明

合规标识

GridION Mk1 合规标识：

GridION Mk1 合规标识 1

GridION Mk1 合规标识 2

许可及保修

许可协议及保修合同中对向用户提供最新的硬件和软件作出了说明，以确保您的仪器一直处于最佳性能。Oxford Nanopore Technologies 会在合同期内，履行 Nanopore 产品的条款和条件第4和第7节中所规定的支持义务。

更多信息,请参阅 Oxford Nanopore 商城中的支持计划页面 。

对于在测序期间如何将数据从 GridION 中实时导出，Oxford Nanopore Technologies有何建议？

目前，我们建议用户使用 crontab 命令，每小时执行一次 rsync 。如需更多详情，请电邮 support@nanoporetech.com。

Oxford Nanopore Technologies 会为 GridION 设备提供防护包装。如果您发现包装箱有破损或其他明显的异常迹象，请拒收并立即联系 Oxford Nanopore 客户服务support@nanoporetech.com。

所有系统均在常温（+15 ℃ 至 +25 ℃）条件下储存运输。

请注意：GridION Mk1 会与试剂盒及测序芯片分开运输。

运输箱规格

运输箱重量，kg	运输箱大小（高 x 宽 x 深）
15	29 x 48 x 48 cm

GridION Mk1 兼容所有最新版本的 MinION/GridION 测序芯片、测序试剂盒及相关扩展包。

兼容范围包括：

• 测序芯片：

  • MinION 与 GridION R10 系列测序芯片（FLO-MIN114）
  • Flongle R10 系列测序芯片（FLO-FLG114）
  • RNA004 MinION 测序芯片（FLO-MIN004RA）

• 测序试剂盒：GridION 兼容所有 V14 试剂盒，包括连接法、快速、条形码、 PCR、cDNA 及直接 RNA 试剂盒。下述试剂盒未经测试：

  • 混样连接测序试剂盒-XL V14（SQK-MLK114.96-XL）
  • 直接RNA测序试剂盒-XL（SQK-RNA004-XL）

• 测序软件（最新版本）：MinKNOW, Dorado 碱基识别服务器

• 下游分析软件：EPI2ME（含预置分析流程）, Oxford Nanopore 提供的分析流程（MinKNOW 兼容）、 用户自行开发的分析工具 (由纳米孔社区开发）