请参阅 GridION Mk1 – 设备及 IT 配置规格文档，获取相关说明。

本清单列出了安装GridION的最低配置要求。请阅读本文档获取完整配置要求说明。

所需项目/设置	用途	已备？
一个运行DHCP（动态主机配置协议）服务的1 Gbp/秒 RJ45端口	连接到IT基础架构和互联网
1x 1 Gbp/秒 宽带网端口	连接到IT基础架构和互联网
通过80和443端口出站访问52.17.110.146、52.31.111.95、79.125.100.3， 或访问域名ping.oxfordnanoportal.com	遥测反馈
宽带网：80和443端口 通过TCP访问列于http://docs.aws.amazon.com/general/latest/gr/aws-ip-ranges.html 的AWS eu-west-1 IP地址范围	EPI2ME 分析
通过80和443端口出站访问178.79.175.200 及 96.126.99.215， 或访问域名cdn.oxfordnanoportal.com	软件更新
USB 鼠标	仪器控制
USB 键盘	仪器控制
与HDMI或DisplayPort兼容的显示器	仪器控制
650W电源	GridION 电源
存储：可满足存储要求的基础架构*	数据的长期存储
*数据的存储数量取决于用户的需求。请参考下文中的存储建议。

GridION是一款用于纳米孔测序的台式设备。它可平行运行和分析多达5张MinION和/或Flongle测序芯 片。对希望借助纳米孔测序的优势而进行较高频率测序的实验室而言，GridION是理想之选:

• 简易的文库制备
• 实时分析
• 长读长带来的深度解析

此外，用户在获得 认证后，可作为服务商对外提供GridION 纳米孔测序服务。

得益于强大的内置计算功能，GridION可独立进行设备控制、数据采集、分析和反馈、数据流传输、及仪器控制，且无需任何附属IT基础设施。

GridION内已预装有负责执行仪器控制、碱基识别、数据分析、及流程编排的软件。该软件由Oxford Nanopore Technologies 开发。 以下为GridION Mk1测序仪的默认数据分析工作流程：

图1：GridION测序仪的默认数据分析工作流程

GridION Mk1内置顶尖的电子设备，搭配简明的用户界面，便于用户对样本进行实时分析。

组成	规格
操作系统	英特尔 CPU， Ubuntu 20.04操作系统 建议您及时更新所有软件和安全补丁程序
存储	7 TB内置固态硬盘 （序列号低于 GXB05000 的 GRD-MK1 设备配备 4TB SSD）
GPU卡	英伟达 Quadro GV100
内存	64 GB 内存
尺寸和重量	220（高） x 365（长） x 370（深） mm 14.4kg 重
温度范围	系统工作温度范围：+5°C to +40°C 最适测序温度范围：+18°C to +25°C

安装GridION Mk1与安装任何新服务器类似。要求如下：

组成	要求
1x RJ45 端口	通过DHCP服务器获取IP地址或手动分配静态IP地址 TCP 协议需开放80和443端口 外围防火墙权限： - 对于遥测反馈：通过80和443端口出站访问52.17.110.146、52.31.111.95、 79.125.100.3，或访问域名ping.oxfordnanoportal.com - 对于EPI2ME分析：通过80和443端口及TCP访问列于http://docs.aws.amazon.com/general/latest/gr/aws-ip-ranges.html的AWS eu-west-1 IP地址范围 - 对于软件更新：通过80和443端口出站访问178.79.175.200 及 96.126.99.215， 或访问域名cdn.oxfordnanoportal.com 用于连接到本地存储基础设施
1x 电源	GridION Mk1包装箱内随附与仪器使用国家标准相匹配的C13电缆 - 最大功耗 650W - 最大电流 6.5A - 供电电压 100–240伏交流电 （50/60 Hz）
1x 显示器	与HDMI或DisplayPort端口兼容（GridION包装中随附DisplayPort转HDMI适配器）
1x 键盘	与USB接口兼容
1x 鼠标	与USB接口兼容

MinKNOW会按照条款和条件中的规定，在测序运行期间收集遥测信息，以监控设备性能并远程排除故障。由于部分信息源自自由文本字段，因此请您不要填写任何个人身份信息。我们不会收集任何测序数据。

EPI2ME平台是一项由AWS托管、基于云端的数据分析服务，为多个应用程序提供基于云的分析解决方案。用户上传FASTQ格式的序列数据，再通过EPI2ME 桌面应用中预定义的生物信息学工作流程进行处理。所得结果以（数据+遥测）或遥测的形式从EPI2ME下载。EPI2ME 生成的报告基于遥测信息。

您的地理位置决定了用于接收软件更新的IP地址。更新可通过软件用户界面或终端上的 apt 进行，因此需要允许出站访问。我们会在纳米孔社区向用户发布可用更新。您可在发布公告中查看完整的更新说明。

Nanopore测序软件 MinKNOW 可生成三种格式的测序数据：POD5、FASTQ 和 BAM。碱基识别摘要信息存储在sequencing_summary.txt 文件中：

• POD5是由Oxford Nanopore开发的一种用于储存纳米孔数据的文件格式，它易于访问，取代了传统的.fast5 格式。与.fast5 相比，POD5 格式具有以下优点：读取和写入数据的速度更快、使用的计算资源更少、且原始数据文件的大小更小。POD5 文件每10分钟批量生成一次。若启用条形码功能，文件可按条形码拆分，但该功能默认关闭。
• .fast5 是一种基于.hdf5 文件类型的传统文件格式，它含有分析纳米孔测序数据所需的一切信息及其溯源。一份.fast5文件内含多条序列（默认为4000条），文件大小为数百Mb。
• .fastq是一种基于文本的序列储存格式，它包含DNA/RNA序列及其质量值（Q值）。FASTQ文件按时间批量生成，默认每 10 分钟生成一个。该频率可调整为每 10 分钟、每小时，或在运行结束时生成单个文件。此外，还可根据序列片段数量拆分文件。
• 如果您对经过碱基识别的数据集进行比对或修饰碱基识别，则会输出BAM 文件。BAM 文件的生成方式与 FASTQ 文件类似。默认情况下不生成 BAM 文件，但在启用比对或修饰碱基识别功能时，会自动启用BAM文件选项。
• sequence_summary.txt 文本储存了单次测序中，与测序序列及碱基识别相关的元数据。其中包括：序列片段编号、序列长度、每条序列片段的质量值、测序时长等。该序列摘要文件的大小取决于其所包含的序列片段数目。

下表中的文件大小是基于单张测序芯片在不同通量下的估值，文件格式分别为 POD5、FASTQ 和 BAM，序列片段的N50为23kb。

测序芯片产出（Gbases）	POD5（Gbytes）	FASTQ.gz storage（Gbytes）	未经比对的BAM（带修饰）（Gbytes）
10	70	6.5	6
15	105	9.75	9
30	210	19.5	18

随着实验的推进，所有的序列会以.POD5格式产出。如您希望对数据进行碱基识别，MinKNOW 软件会根据序列数据生成测序数据，并以 FASTQ 和/或 BAM 格式存储。

尽管GridION固态硬盘可存储多次实验输出的.POD5和.FASTQ数据，然而，定期清理数据至关重要，以免因存储空间不足导致运行中断。因此，站点须提供额外存储空间，以便将数据传输到外部设备。

GridION的操作系统为Ubuntu，可支持加载多种文件系统类型。我们建议以NFS或CIFS格式储存数据。数据的存储形式和数量取决于用户的需求：

• 如您将原始序列数据以.POD5 格式存储，则可在Oxford Nanopore Technologies更新算法时重新进行碱基识别，从而提高现有数据的识别准确性。同时，一些由Oxford Nanopore和第三方开发的工具可以从.POD5文件所包含的原始信号信息中提取出更多信息，例如修饰碱基识别、有参SNP（单核苷酸多态性）识别或数据修正。
• 如仅保留.fastq文件，用户将无法重新进行碱基识别，但可将其中的 DNA/RNA 序列用于下游分析。

可以在GridION上使用不间断电源（UPS）吗？ 可以，但我们无法推荐特定产品。

Oxford Nanopore Technologies 对如何在测序期间从 GridION 实时导出数据有何建议？ 目前，我们建议用户使用 crontab 命令，每小时执行一次 rsync 。如需更多详情，请电邮support@nanoporetech.com