Main menu

Nanopore direct RNA sequencing confirms coordinated base modifications in the T-loop of S. cerevisiae tRNA


Three nucleoside modifications in the tRNA T-loop are conserved across life: 5-methyluridine (m5U), pseudouridine (ψ), and N1-methyladenosine (m1A).

  • T-loop modifying enzymes in S. cerevisiae:
    • m5U catalyzed by trm2
    • ψ-55 catalyzed by pus4
    • m1A catalyzed by gcd10/gcd14

In S. cerevisiae their addition is coordinated in a modification circuit, as has been demonstrated using NMR spectroscopy (Barraud 2019; Yared 2022).

Nanopore direct RNA sequencing is capable of detecting certain modifications like ψ and m1A.

We applied Nanopore direct RNA sequencing to investigate this modification circuit in all 42 S. cerevisiae tRNA isoacceptors.

Download the PDF

入門

MinION Starter Packを購入 ナノポア製品の販売 シークエンスサービスプロバイダー グローバルディストリビューター

ナノポア技術

ナノポアの最新ニュースを購読 リソースと発表文献 Nanopore Communityとは

Oxford Nanoporeについて

ニュース 会社沿革 持続可能性 経営陣 メディアリソース & お問い合わせ先 投資家向け パートナー向け Oxford Nanopore社で働く 現在の募集状況 営業上の情報 BSI 27001 accreditationBSI 90001 accreditationBSI mark of trust
Japanese flag