Lutte contre les épidémies : surveillance génomique rapide pour les laboratoires de santé publique
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Lutte contre les épidémies : surveillance génomique rapide pour les laboratoires de santé publique. Elle partagera des détails sur le flux de travail de bout en bout pour le séquençage et la surveillance de la grippe. Ce flux est flexible, pour une utilisation à la source d'une épidémie, et évolutif, pour une utilisation de routine dans les laboratoires de santé publique. Il permet ainsi d'obtenir un rapport facile à interpréter avec le typage de la grippe. Ensuite, nos intervenants partageront, à leur tour, leurs expériences d'utilisation du séquençage par nanopores pour les applications liées aux maladies infectieuses.
Ce webinaire sera présenté en français, avec des diapositives en anglais.
Rencontrer les intervenants
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Nathalie Adele-Dit-Rense, Account Manager – Nord de France, Oxford Nanopore TechnologiesAprès un Doctorat réalisé dans un laboratoire spécialisé dans le diagnostic de maladies génétique, j’ai travaillé 10 ans dans une société de services spécialisée en Génomique. J’ai eu la chance d’occuper différentes fonctions en R&D en Production puis en Vente. L’innovation technologique, et le désir de toujours trouver la meilleure solution pour mes clients, sont les piliers de ma motivation quotidienne.
L'émergence du variant Omicron en novembre 2021 a provoqué une panique dans le monde entier en raison de l'évolution rapide du virus et de sa capacité à s'échapper du système immunitaire. Depuis, plusieurs sous-lignées d'Omicron (BA.1 à BA.5) et leurs lignées recombinantes descendantes circulent dans le monde entier. En outre, en décembre 2022, un nouveau sous-variant d'Omicron (XBB.1.5) caractérisé par une mutation inhabituelle du péplomère a évolué aux États-Unis et s'est rapidement propagé aux autres continents. Notre étude fait état des premiers cas de la sous-lignée XBB.1.5 parmi les cas indigènes positifs au syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-COV-2) détectés par le système de surveillance sentinelle de la grippe au Niger. Tous les cas suspects de grippe ont été testés pour la grippe et le SARS-COV-2 à l'aide du test multiplex de réaction en chaîne par polymérase quantitative après transcription inverse (qRT-PCR) du virus de la grippe et du SARS-COV-2 du Centre de prévention et de contrôle des maladies (CDC). Par la suite échantillons positifs au SARS-COV-2 avec un cycle seuil ≤ 28 ont été sélectionnés pour le séquençage du génome complet à l'aide du protocole Oxford Nanopore Midnight avec codage à barres rapide sur un dispositif MinIon MK1B. Au total, 51 échantillons positifs au SARS-COV-2 ont été confirmés entre décembre 2022 et mars 2023. Nous avons obtenu 19 séquences avec une prédominance des sous-lignées XBB.1/XBB.1.5 (73,7 %). En outre, une séquence recombinante XBD a également été identifiée pour la première fois début mars 2023. Nos résultats soutiennent la nécessité de renforcer la détection sentinelle de la grippe pour la surveillance de routine de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) et des variants du SARS-COV-2 au Niger.
L'émergence du variant Omicron en novembre 2021 a provoqué une panique dans le monde entier en raison de l'évolution rapide du virus et de sa capacité à s'échapper du système immunitaire. Depuis, plusieurs sous-lignées d'Omicron (BA.1 à BA.5) et leurs lignées recombinantes descendantes circulent dans le monde entier. En outre, en décembre 2022, un nouveau sous-variant d'Omicron (XBB.1.5) caractérisé par une mutation inhabituelle du péplomère a évolué aux États-Unis et s'est rapidement propagé aux autres continents. Notre étude fait état des premiers cas de la sous-lignée XBB.1.5 parmi les cas indigènes positifs au syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-COV-2) détectés par le système de surveillance sentinelle de la grippe au Niger. Tous les cas suspects de grippe ont été testés pour la grippe et le SARS-COV-2 à l'aide du test multiplex de réaction en chaîne par polymérase quantitative après transcription inverse (qRT-PCR) du virus de la grippe et du SARS-COV-2 du Centre de prévention et de contrôle des maladies (CDC). Par la suite échantillons positifs au SARS-COV-2 avec un cycle seuil ≤ 28 ont été sélectionnés pour le séquençage du génome complet à l'aide du protocole Oxford Nanopore Midnight avec codage à barres rapide sur un dispositif MinIon MK1B. Au total, 51 échantillons positifs au SARS-COV-2 ont été confirmés entre décembre 2022 et mars 2023. Nous avons obtenu 19 séquences avec une prédominance des sous-lignées XBB.1/XBB.1.5 (73,7 %). En outre, une séquence recombinante XBD a également été identifiée pour la première fois début mars 2023. Nos résultats soutiennent la nécessité de renforcer la détection sentinelle de la grippe pour la surveillance de routine de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) et des variants du SARS-COV-2 au Niger.
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Adamou Lagare, Responsable de l'unité de virologie chez CERMES, - - -)
Corinne NIGER, PhD, Inside Sales Account Manager – France, Oxford Nanopore TechnologiesAprès l’obtention d’un doctorat en Biologie Moléculaire, j’ai commencé ma carrière de Chercheuse à l’Université du Maryland (Baltimore/USA) au sein du Département Orthopédique. 10 ans plus tard, j’ai joint l’Université de Sheffield (UK) pour travailler sur un projet collaboratif de 3 ans pour établir un modèle in Silico du squelette humain. J’ai finalement rejoint l’équipe commerciale à Oxford Nanopore avec l’objectif de servir la Communauté Scientifique avec ses solutions innovatives.
