WYMM Tour: Beijing
作为 Oxford Nanopore WYMM Tour 全球巡回活动的重要一站，WYMM Tour北京站将汇聚来自全国的科研人员、临床研究者及行业专家，围绕纳米孔测序技术在多组学研究中的前沿应用与实践探索展开深入交流。
WYMM (What You're Missing Matters) 系列活动致力于搭建一个开放的学术与技术交流平台，通过真实应用案例分享与技术解读，帮助研究者从新的视角理解基因组学与多组学研究中尚未被充分探索的问题，并推动科研成果向实际应用转化。
本次北京站活动将重点聚焦多组学研究方向，涵盖人类遗传性疾病、癌症研究、转化研究及实际应用场景等热点领域。参会嘉宾将有机会深入了解来自 Oxford Nanopore London Calling 最新的技术与平台进展，并聆听来自中国纳米孔测序用户的研究经验分享，探讨长读长测序在复杂生物学问题中的独特价值。
时间 | 日程（更新中） | 演讲嘉宾 |
|---|---|---|
09:20 - 09:50 | 注册 & 签到 | |
09:50 - 10:00 | 欢迎致辞 | Oxford Nanopore Technologies |
10:00 - 10:30 | Long-read sequencing: why, who to sequence, how long, and how deep? | 徐书华 复旦大学 |
10:30 - 11:00 | 全基因组读序验证 —— 基因组正确组装的新定义 | 康禹 中国科学院北京基因组研究所 |
11:00 - 11:20 | 茶歇 & 产品演示 | |
11:20 - 11:50 | 优化靶向长读长测序技术并针对受X染色体基因缺陷影响的家庭进行研究 | 董梓瑞 香港中文大学 |
11:50 - 12:20 | 纳米孔测序在复杂遗传病诊断中的应用 | 赵森 北京协和医院 |
12:20 - 13:50 | 午餐 & 产品演示 | |
13:50 - 14:20 | Oxford Nanopore 技术更新 | 蒲子婧 Oxford Nanopore Technologies |
14:20 - 14:50 | Oxford Nanopore 测序在多组学研究中的应用进展 | 钱珑 北京大学定量生物学中心 |
14:50 - 15:20 | 茶歇 & 产品演示 | |
15:20 - 15:50 | 纳米孔直接RNA测序解析RNA 2′-氧-甲基化修饰的功能和作用机制 | 李岩强 西安交通大学 |
15:50 - 16:20 | 从测序到多维组学解析：ONT 新技术驱动的长读长研究新范式 | 宋驰 成都中医药大学 |
16:20 - 16:30 | 结束致辞 | Oxford Nanopore Technologies |
报告摘要
徐 书华, 复旦大学徐书华、复旦大学特聘教授，无党派人士，复旦大学进化生物学中心主任，上海市遗传学会理事长，从事人类群体基因组学和分子进化研究。曾担任德国马普学会和中国科学院共同支持的青年科学家小组组长，国家杰出青年科学基金获得者，曾获英国皇家学会牛顿高级访问学者基金，国家万人计划科技领军人才。曾获中国科学院青年科学家奖、谈家桢生命科学创新奖、国家自然科学奖二等奖等。长期致力于人类群体基因组学研究，发展和运用群体基因组学方法和计算生物学手段，将群体遗传学和分子进化理论应用于适应性演化和疾病发生机制研究；组织和推动了亚洲人群泛基因组联盟（APC）、中国人群泛基因组联盟（CPC）、汉族十万人基因组计划（Han100K）等大型群体基因组学研究合作项目；在Nature, Science, Cell, PNAS等期刊发表SCI收录学术论文200多篇、被引用11000多次。兼任中国遗传学会常务理事、Molecular Genetics and Genomics共同主编。
康 禹, 中国科学院北京基因组研究所北京大学医学部学士及博士学位，中国科学院北京基因组研究所博士后，师从于军研究员。研究工作集中于测序技术、基因组分析，以及微生物基因组研究。完成高质量汉族中国人二倍体基因组（T2T-YAO）的拼接工作，质量超过T2T-CHM13。此外，与北京大学人民医院、基础医学院、精神卫生研究所、北京协和医院等单位合作研究人体微生物组在神经、免疫系统疾病发病机制中的作用，在Science Advances，Nucleic Acid Research，Briefings in Bioinformatics，GPB，BMC Medicine, Lab on Chip等杂志以通讯和第一作者发表论文20余篇。
背景：X 连锁遗传疾病通过受性别影响的不同遗传模式影响男性和女性，其中由 X 染色体失活（XCI）引起的差异甲基化会在女性个体引起无症状、轻微和严重的症状等不同表征。通过自适应采样（AS）进行的靶向长读长测序（LRS）在检测X 染色体内的基因组组成和甲基化状态方面表现出了强大的性能，但现阶段并不适用于非高分子量（非-HMW）的DNA。在此，我们优化了一种针对非高分子量 DNA 的靶向 LRS，并验证了其在通过常规方法报告的 X 连锁基因组变异的家族中的诊断效用。 方法：招募了 20 个由先前的染色体微阵列分析和/或低深度二代测序报告 X 连锁遗传缺陷的家庭，并对其进行我们优化的靶向 LRS 测序。检测并分类基因组变异，并进行单倍型分析以评估等位基因特异性甲基化变化。 结果：通过优化基于 AS 的 DNA 片段选择方法（包括尺寸选择、文库构建和测序），我们的靶向 LRS 检测方法在针对目标序列与非目标序列的比对中至少实现了 15 倍的富集倍数，优于基于 AS 的标准方法（8.1 倍）。此外，我们优化后的靶向 LRS 检测方法检测到了先前报道的所有 X 染色体变异，同时通过全面报告具有断点解析的结构变异以及每个基因的甲基化状态，在 7/20 个家庭中发现了新的发现（35%），并导致 3/20 个病例（15%）的变异分类重新评估。 结论：我们的研究展示了针对非高分子量 DNA 的基于 AS 的优化方案，能够全面检测基因组变异和甲基化变化，突显了其在 X 染色体遗传缺陷的基因组诊断中的稳健性能，具有巨大的潜在应用到其他疾病中的潜力。
背景：X 连锁遗传疾病通过受性别影响的不同遗传模式影响男性和女性，其中由 X 染色体失活（XCI）引起的差异甲基化会在女性个体引起无症状、轻微和严重的症状等不同表征。通过自适应采样（AS）进行的靶向长读长测序（LRS）在检测X 染色体内的基因组组成和甲基化状态方面表现出了强大的性能，但现阶段并不适用于非高分子量（非-HMW）的DNA。在此，我们优化了一种针对非高分子量 DNA 的靶向 LRS，并验证了其在通过常规方法报告的 X 连锁基因组变异的家族中的诊断效用。 方法：招募了 20 个由先前的染色体微阵列分析和/或低深度二代测序报告 X 连锁遗传缺陷的家庭，并对其进行我们优化的靶向 LRS 测序。检测并分类基因组变异，并进行单倍型分析以评估等位基因特异性甲基化变化。 结果：通过优化基于 AS 的 DNA 片段选择方法（包括尺寸选择、文库构建和测序），我们的靶向 LRS 检测方法在针对目标序列与非目标序列的比对中至少实现了 15 倍的富集倍数，优于基于 AS 的标准方法（8.1 倍）。此外，我们优化后的靶向 LRS 检测方法检测到了先前报道的所有 X 染色体变异，同时通过全面报告具有断点解析的结构变异以及每个基因的甲基化状态，在 7/20 个家庭中发现了新的发现（35%），并导致 3/20 个病例（15%）的变异分类重新评估。 结论：我们的研究展示了针对非高分子量 DNA 的基于 AS 的优化方案，能够全面检测基因组变异和甲基化变化，突显了其在 X 染色体遗传缺陷的基因组诊断中的稳健性能，具有巨大的潜在应用到其他疾病中的潜力。
董 梓瑞, 香港中文大学长读长全基因组测序对于基因组结构的变异带来了本质的提升，我们使用长读长全基因组测序对遗传病队列进行了测序分析，获得了一系列额外诊断。
长读长全基因组测序对于基因组结构的变异带来了本质的提升，我们使用长读长全基因组测序对遗传病队列进行了测序分析，获得了一系列额外诊断。
赵 森, 北京协和医院
蒲 子婧, Oxford Nanopore Technologies蒲子婧，日本新潟大学生命与食品科学博士毕业，现任Oxford Nanopore Technologies技术服务经理。曾任职于赛默飞世尔科技基因分析事业部，拥有多年基因测序行业经验，深耕基因组学应用开发与技术支持，在高通量测序、纳米孔测序及多组学应用领域具备丰富实践与专业积累，致力于为测序技术落地与应用提供专业解决方案。
随着基因组研究向复杂结构与群落多样性深入发展，对高精度、低偏倚测序技术的需求日益增强。本报告围绕Oxford Nanopore单分子长读长测序技术，介绍其在复杂结构变异检测和微生物组分析中的最新研究进展与方法创新，重点包括跨平台结构变异检测算法HitSV及其在重复序列、复杂断点和成簇结构变异解析中的应用优势，长读长数据揭示的人群基因组结构变异模式、转座元件与重复序列复合变异，以及短距离尺度高密度复杂重排等发现。同时，探讨纳米孔动态适应性采样技术在宏基因组研究中的应用，展示其在低丰度、稀有及未知物种检测方面的效果。单分子长读长测序正推动基因组与微生物组研究向更高精度与更深层次发展，未来有望在精准医学和复杂生命系统解析中发挥更加关键的作用。
随着基因组研究向复杂结构与群落多样性深入发展，对高精度、低偏倚测序技术的需求日益增强。本报告围绕Oxford Nanopore单分子长读长测序技术，介绍其在复杂结构变异检测和微生物组分析中的最新研究进展与方法创新，重点包括跨平台结构变异检测算法HitSV及其在重复序列、复杂断点和成簇结构变异解析中的应用优势，长读长数据揭示的人群基因组结构变异模式、转座元件与重复序列复合变异，以及短距离尺度高密度复杂重排等发现。同时，探讨纳米孔动态适应性采样技术在宏基因组研究中的应用，展示其在低丰度、稀有及未知物种检测方面的效果。单分子长读长测序正推动基因组与微生物组研究向更高精度与更深层次发展，未来有望在精准医学和复杂生命系统解析中发挥更加关键的作用。
钱 珑, 北京大学2′-O-methylation (Nm) is a prevalent RNA modification traditionally characterized in noncoding RNAs and recently identified at numerous internal positions of mRNAs. Nevertheless, the biological functions and base-resolution stoichiometry of mRNA-internal Nm sites remain poorly understood. Here, we systematically investigate the transcriptome-wide impact of internal Nm deposition on mRNA stability. By integrating nanopore direct RNA sequencing (DRS) with our newly developed machine learning pipeline NanoNm, we map thousands of mRNA Nm sites at single-base resolution. We reveal that FBL-mediated Nm modification positively modulates mRNA stability and steady-state expression levels. In cancer cells, elevated FBL expression correlates with upregulated abundance of 2′-O-methylated mRNAs enriched in oncogenic pathways, highlighting a critical role of FBL in post-transcriptional gene regulation. Furthermore, we demonstrate that FBL-dependent 2′-O-methylation is coupled with widespread 3′UTR shortening, a conserved mechanism that globally enhances RNA stability. Collectively, our findings establish that FBL-catalyzed Nm modifications at internal mRNA sites fine-tune gene expression primarily through stabilizing target transcripts with nanopore DRS.
2′-O-methylation (Nm) is a prevalent RNA modification traditionally characterized in noncoding RNAs and recently identified at numerous internal positions of mRNAs. Nevertheless, the biological functions and base-resolution stoichiometry of mRNA-internal Nm sites remain poorly understood. Here, we systematically investigate the transcriptome-wide impact of internal Nm deposition on mRNA stability. By integrating nanopore direct RNA sequencing (DRS) with our newly developed machine learning pipeline NanoNm, we map thousands of mRNA Nm sites at single-base resolution. We reveal that FBL-mediated Nm modification positively modulates mRNA stability and steady-state expression levels. In cancer cells, elevated FBL expression correlates with upregulated abundance of 2′-O-methylated mRNAs enriched in oncogenic pathways, highlighting a critical role of FBL in post-transcriptional gene regulation. Furthermore, we demonstrate that FBL-dependent 2′-O-methylation is coupled with widespread 3′UTR shortening, a conserved mechanism that globally enhances RNA stability. Collectively, our findings establish that FBL-catalyzed Nm modifications at internal mRNA sites fine-tune gene expression primarily through stabilizing target transcripts with nanopore DRS.
李 岩强, 西安交通大学ONT 测序技术催生长读长组学研究全新范式。其可实现100K、150K、200K超长读长测序，极大跨越基因组重复序列与复杂区域，有效提升基因组拼接完整性、连续性，助力高精度完整基因组构建。在转录组研究领域，ONT 可完成全长 cDNA测序，依托DRS、NC-DRS直接 RNA 测序技术，无需反转录即可还原原始 RNA 信息；同时支撑单细胞全长转录组与单细胞 DRS测序，精准解析单细胞层面可变剪接、转录本亚型及 RNA 修饰特征。该技术体系兼顾基因组精准组装与转录组原位深度解析，突破传统测序局限，为物种演化、疾病机制、分子分型等前沿研究提供高效可靠的全新研究思路与技术支撑。
ONT 测序技术催生长读长组学研究全新范式。其可实现100K、150K、200K超长读长测序，极大跨越基因组重复序列与复杂区域，有效提升基因组拼接完整性、连续性，助力高精度完整基因组构建。在转录组研究领域，ONT 可完成全长 cDNA测序，依托DRS、NC-DRS直接 RNA 测序技术，无需反转录即可还原原始 RNA 信息；同时支撑单细胞全长转录组与单细胞 DRS测序，精准解析单细胞层面可变剪接、转录本亚型及 RNA 修饰特征。该技术体系兼顾基因组精准组装与转录组原位深度解析，突破传统测序局限，为物种演化、疾病机制、分子分型等前沿研究提供高效可靠的全新研究思路与技术支撑。
宋 驰, 成都中医药大学
