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工作流程:微生物基因组组装

Literature

Date: 28th May 2020

使用纳米孔长读长序列组装微生物基因组

要理解微生物真实的多样性和功能,生成完全注释的完整基因组至关重要。然而,预计有 90% 的细菌基因组尚不完整。


与短读长测序数据相比,纳米孔长读长序列可简化基因组组装,并且涵盖高度重复序列(抗微生物药物耐药性基因的特征)和结构变异。与其他测序平台相比,纳米孔测序技术对富含 GC 的区域无偏倚,这也有助于完整组装基因组。

此处展示了一种采用 MinION™ 测序芯片在 MinION 或者 GridION™ 测序仪上对单一细菌培养物进行基因组组装的简单工作流程。
 

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