冰上微生物群便携式鸟枪法宏基因组测序

冰川饱含丰富的微生物群，它们在维持冰川特性和决定融化速度方面扮演着重要角色¹。因此，研究冰川微生物组对理解全球变暖的影响十分重要。阿伯里斯特威斯大学（英国）的 Arwyn Edwards 博士率先在位于斯瓦巴特群岛（地处挪威和北极之间）建立了便携式实验室，使用 Oxford Nanopore 公司的 MinION 研究冰川微生物组¹。

Edwards 博士的团队着手使用宏基因组法就地研究冰尘（由岩石颗粒和微生物组成的风力堆积物）和赤雪藻华¹（下图）。该研究所需的全部仪器被装在两个标准尺寸的飞机行李箱中运到了现场。

该团队在采集样本后 36 小时之内便获得了原始测序数据。使用WIMP 生物信息学工作流程解析被测序的宏基因样本中的微生物组成，结果显示变形菌门为主导群落，与之前使用短读长技术进行研究的预测一致。其余鉴定出的微生物大部分也都与先前的预期相符。

近期，该团队评估了16S 纳米孔测序的效用，用以了解不同生态条件对当地微生物群落的影响。初步结果显示微生物组的组成发生了显著变化²。

Edwards 博士的研究结果证明了纳米孔测序技术在偏远、极端和资源有限环境中进行精确微生物组分析的效用。

This case study is taken from the microbiome white paper.