ナノポアシークエンスのロングリード により細菌ゲノムをアセンブリ

微生物の真の多様性と生物学的特徴を理解するには、十分にアノテーションされた完全なゲノム を作成することが不可欠です。しかし、細菌ゲノムの90%は不完全な状態と考えられています1 。

PCRフリーのナノポアシークエンスのロングリードを用いれば、完全かつリファレンス品質の細 菌ゲノムシークエンスをアセンブリできます。ナノポアシークエンスは、他のシークエンスプラ ットフォームとは異なり、GCリッチ領域におけるバイアスが生じないことが示されており2 、従 来のシークエンス技術ではアクセスできないリピート配列が豊富なシークエンスや構造変異もカ バーできます。

ここでは、シークエンス機器のMinIONまたはGridIONTMでMinIONTMフローセルを用いて、単一生 物の培養から細菌ゲノムアセンブリ作成のための簡易ワークフローを紹介します。