トップページ 詳細を表示
正規販売代理店 リソース

Oxford Nanopore社の技術を 用いたメタゲノムシークエンス

Download guide:

はじめに

メタゲノミクスとは、分離したサンプル中に 存在する一群のゲノムの解析と定義すること ができ、主に微生物の検出と解析に用いられ る用語です。

近年、シークエンスコストが急速かつ大幅に低下したことによりメタゲノミ クス分野の進展に拍車がかかり、クリニカルリサーチやアウトブレイクサー ベイランスからバイオ燃料の開発や穀物の選定に至るまで、実に幅広いアプ リケーション領域の研究に著しい進展がもたらされています(図1)。メタ ゲノムシークエンスの発展により、培養可能な微生物の迅速な同定、解析が 可能となり、そのうえ、培養不可能な微生物の解析も可能となりました。

Oxford Nanopore社のシークエンス技術には、メタゲノミクス研究を行うう えで重要な利点が数多く存在します(表1)。ナノポアシークエンスではリ ード長に上限がなく、ショートリードからウルトラロングリードまでどんな 長さのリードでも作成可能です。ロングリードによりゲノムアセンブリの精 度が高まるため、既知の微生物や新たな微生物の解析精度が上昇し、類縁性 の高い微生物の正確な識別が可能となります。ナノポア技術では4 Mbを超 えるリードの作成が可能なため11本のリードで、あるいはコンティグ(切 れ目なく重なり合っているDNA断片)を最小限に抑えて、微生物ゲノム全 体を取得することができます(図2)。また、ロングリードではリピート配 列と構造変異の検出精度が改善されるため、ゲノムアセンブリと抗菌剤耐性 (AMR)遺伝子解析の精度をさらに高めることができます。