使用Oxford Nanopore的cDNA测序指南

20th February 2019

对RNA进行测序的能力为众多的生物研究应用提供了宝贵的参考依据,揭示了从单细胞到整个组织的转录组动力学。

在医药领域,鉴定差异剪接的异构体和融合转录本,可以为疾病的诊断和治疗提供信息。

RNA测序提供了一种快速、有效的病毒鉴定方法,为发育生物学提供了跟踪转录变化的能力,有助于解析实际运作中的发育机制。转录组学在环境和农业科学中也有应用,例如害虫管理策略。尽管使用短读长cDNA测序技术在转录组分析方面取得了许多进展,但仍存在一些缺点。

  •  转录本长度通常为几千碱基对:典型的人类基因包含12个外显子,每个外显子的平均长度为236个碱基对,而且在95%的人类基因中发现了选择性剪接。
  •  短读长仅能部分覆盖转录本的长度,因此依赖计算重构准确的异构体组装非常困难,短读长也表现出高比率的多重定位。

使用纳米孔测序,没有读长上限的限制:不需要进行长度选择,整个转录本可以进行单读长的端到端测序,实现了简单、准确的组装,并能区分高度相似的异构体、识别新转录本以及检测融合。此外,多重定位的比率显著降低。

选择以下选项以访问此内容

现有成员,请登陆 如果您已经拥有账号,请登陆进行下载: 登陆
注册为访客 访问独家内容,包括下载白皮书 注册
Open a chat to talk to our sales team