百迈客PromethION测序进行时

高通量测序进行时——PromethION之百迈客

PromethION是一款最高通量纳米孔测序装置，具备了实时、长读长、直接测序等特点。这一期我们将带你了解百迈客的PromethION应用和成果。

你叫什么名字，在哪里工作，以及你在工作中的岗位是什么？

刘敏，北京百迈客生物科技公司，产品中心总监。

你目前正在进行的研究和项目，以及计划如何使用nanopore平台?

Nanopore平台在科研与生产领域都有比较广泛的应用。百迈客目前主要将其应用在基因组从头组装、结构变异检测、DNA/RNA甲基化检测、全长转录组、lncRNA全长测序与宏基因等领域。 由于nanopore平台是直接对DNA/RNA进行测序，保留完整的各类表观修饰信息，因此能够十分快速、全面与低成本的获取到表观修饰信息。 同时，针对转录水平测序，由于nanopore平台能得到完整的非PCR扩增后的转录本，因此信息量将更大且准确性更高，所以在未来随着成本的进一步下降，我们将会采用nanopore全长转录组全面取代原有illumina平台。

你认为使用PromethION主要能带来哪些好处，以及推荐使用的原因？

百迈客推荐在研究中使用nanopore的原因主要有3个：

1）nanopore是实时测序，能实现边测序边分析，这是很多测序技术无法实现的；

2）测序读长长，能够发掘出原有二代测序平台中发现不了的信息，为研究提供更多的未知信息；

3）nanopore测序平台测序通量高，测序成本与周期都非常短，这是以往任何一个平台都无法比较的。

能否分享一些成功的案例？

我们通过使用nanopore的数据完成了多个基因组的组装，所有组装结果Contig N50指标都能在Mb级别。 例如，我们成功完成了1个林木基因组100x测序，Contig N50 到了3.62Mb。另外，我们进行了一个野生材料30x测序，从而获得了大约27万个大的结构变异，这将为未来物种变异图谱构建起到非常重要的作用。 此外，我们还进行了多个全长转录组测序，全长转录本比例均超过了50%。

你认为开始使用 PromethION有多容易?

只要有简单的分子生物学实验背景，就可以开始PromethION建库测序实验了，每个测序芯片可以单独控制，通量可以灵活调整。

百迈客是怎样成为nanopore认证服务提供商的?

大致分为三个阶段。最开始接触到的是MinION平台，使我们有了比较深的了解。接着又引入了GridION平台进行了大量的尝试，为后续认证积累了大量的经验。最后在PromethION平台到达公司后，Nanopore为我们提供了全方位的技术培训和支持，让我们快速完成了测试与大量实际项目交付，在不到2个月的时间内就拿到了比较高的产出和读长。最后顺利通过了认证服务。

以上内容根据视频录制内容稿整理

小知识：

纳米孔读长长度=输入片段长度

纳米孔处理样品中的整个DNA或RNA片段，用户可以通过所使用的文库制备实验方案来控制片段长度。例如，目前DNA片段长度最高记录为>2 Mb。与环状测序方法相比，纳米孔读长长度是样品中得到的完整片段长度，而不是较小片段的多次重复通过的总和。Nanopore用户常规报告读长N50超过30kb。

**读长N50指的是一半数据包含在可对齐长度大于此值的读取中的值。使用典型（非靶向）样品制备方法，纳米孔读数将均匀地分散在基因组中以均匀覆盖。

实时

添加样本后几秒内可以开始获取数据，实验的开始和停止由使用者掌控，快速及早知晓样本状态。

直接测序

支持测序天然DNA和RNA，无需拷贝扩增，获取碱基修饰信息，并可利用长读长对修饰碱基进行单倍型分析（phasing）

精简的文库制备

10分钟快速文库制备，最少的操作时间，简捷的实验流程；以及自动化便携式文库制备VolTRAX。