使用直接RNA和cDNA测序分析RNA和基因表达
不同于传统的RNA测序技术,长读长纳米孔RNA测序无需经过片段化或扩增,可对天然RNA或cDNA进行准确定量,以及完整的全长鉴定——分析精简,且移除潜在偏好性来源。直接RNA测序还可在鉴定核苷酸序列的同时鉴定碱基修饰。
- 使用长读长鉴定和定量全长转录本
- 通过实时分析和定制的工具更快速地访问结果
- 使用无需PCR的实验方案降低偏好性
- 通过直接RNA测序探索表观遗传修饰
- 根据您的需求使用MinION、GridION或PromethION扩大规模
定量和研究基因差异性表达
鉴定融合转录本
鉴定RNA病毒和病毒流行病学
检测碱基修饰
纳米孔技术所提供的高产长读长、全长读长能够对转录本异构体进行明确的鉴定和定量,提供对基因表达的真实反映。低量起始材料结合快速、精简的工作流程能够对基因表达进行高灵敏度分析,甚至是从单细胞中。
“我们的结果显示,我们不仅能够鉴定复杂的异构体,还能够在单细胞水平上对他们的表达进行定量”
London Calling 2019: Martin Smith
在纳米孔测序中,读长长度与片段长度一致,使其能够常规分析长的全长转录本。这将多重定位——短测序读长比对到多个位置的影响减少到了最小,从而能够完整鉴定转录本异构体和嵌合转录本。同时还能确定定相(phasing),从而易于区分克隆及多克隆变体。
“在我们的研究中,我们能够利用MinION检测到形态多样化的、包含了点突变和融合的主要驱动基因”
109 cDNA kits from Oxford Nanopore
使用实时、长读长RNA测序,在实验台或实地快速鉴定RNA病毒。
“直接RNA测序人类鼻病毒(rhinovirus)……该方法相较于其它RNA测序策略具有许多潜在的优势”
London Calling 2019: Daniel Depledge
碱基修饰,如m6A,可调节RNA分子的活性和稳定性,并与多种人类疾病和抗菌素耐药性相关。与传统技术不同,纳米孔技术可以对天然RNA分子进行测序。无需扩增或逆转录,纳米孔测序可直接鉴定核苷酸序列旁的碱基修饰,无需改编化学或实验方案。对全长转录本进行测序的功能可以明确将修饰匹配到特定的异构体。
- 经济高效地鉴定RNA碱基修饰以及核苷酸序列
- 常规捕获修饰的碱基,准备就绪即可进行分析y
- 使用长序列、全长序列明确地将碱基修饰匹配到转录异构体
- 简化的实验方案,无需苛刻或低效的改编化学方法,保持RNA分子和数据的完整性
- 使用Tombo分析数据,Tombo是日益增多的分析工具之一
London Calling 2019: Eva Maria Novoa
选择您的RNA测序试剂盒
直接RNA测序试剂盒 | PCR-cDNA测序试剂盒 | 直接cDNA测序试剂盒 | |
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制备时间 | 105 分钟 | 165 分钟 | 275 分钟 |
起始量要求 | 500 ng RNA (poly-A+) | 1 ng RNA (poly-A+) | 100 ng RNA (poly-A+) |
是否需要RT | 可选 | 是 | 是 |
是否需要PCR | 否 | 是 | 否 |
读长长度 | 等同于RNA长度 | 富集全长cDNA | 富集全长cDNA |
典型通量 | |||
典型读长数量 | 100 万 | 700万-1200万 | 500万-1000万 |
混样建库选择 | 研发中 | PCR条码试剂盒 | 无扩增条形码扩展试剂盒 |
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