Get started 首页 产品中心
产品用途
最新资讯 期刊发表 资源中心 联系我们
Home > Applications > 植物研究

纳米孔测序技术在植物研究中的应用

纳米孔测序能够精确组装复杂的、数Gb的植物基因组,并实时检测植物病原体。长测序读长(高达2 Mb)可以增进基因组组装,完整鉴定复杂的基因组区域,为植物生物学、进化和育种策略提供新的见解。确定碱基修饰和核苷酸序列,并通过直接对天然DNA或RNA测序来探索表观遗传学的影响。我们提供一系列纳米孔测序设备,从便携式MinION到高通量PromethION,能够测序极其大的植物基因组或样本数量,例如转基因品系和种子收集。

使用低至1 ng (基于PCR方案)或400 ng (无PCR方案)的起始DNA量。工作流程与自动化文库制备平台相兼容——脚本可用.
  • 简化从头基因组组装,以及修正参考基因组
  • 解析重复区域、结构变异、转座子、转基因插入和碱基修
  • 快速、以及在现场识别植物病原体
  • 完全鉴定和量化植物转录物异构体
  • 精简的、可自动化的工作流程,低起始量要求
  • 使用MinION,GridION或PromethION扩展您的需求

您可以怎样使用纳米孔测序技术?

生成改良的基因组组装

实时的病原体鉴定

植物转录组学

植物基因组通常较大,高度重复,并且表现出多种倍性,这使得它们使用传统测序技术进行测序和组装具有挑战性。纳米孔技术能够对长片段和超长片段进行测序,读长长度高达2 Mb——可提供增进的植物基因组组装,解析复杂的重复区域、结构变体、转座子和转基因插入。通过对天然DNA进行直接无需扩增的测序,保留和检测修饰的碱基以及核苷酸序列。

根据当前内部 200 Gb的测序芯片性能 (2018年10月), 假设运行48张测序芯片
  • 简化植物基因组组装——创建从头参考基因组,或纠正和完成现有的基因组组装
  • 解析具有挑战性的区域,包括重复区域和转基因插入 
  • 研究基因连锁和单倍型定相
  • 直接检测表观遗传修饰和核苷酸序列 
  • 快速10分钟的文库制备和低DNA起始量要求
  • 按需,高产量: — 30 Gb MinION; 150 Gb GridION; 9,600 Gb PromethION
     

“PrmethION是真正的游戏改变者,它将超长读长与高测序产量结合,来生成连续的、高质量的参考基因组。使用这个平台,我们仅用几张测序芯片便测序了2.56 Gb的生菜基因组,覆盖度>100x。”

Alexander Wittenberg, KeyGene, PromethION 测序服务商

Plant de novo genome sequencing and assembly using Oxford Nanopore technology

快速鉴定和表征植物病原体对于有效的监测和控制策略至关重要。便携式实时MinION设备可在实验室或现场实现经济高效的植物病原体检测,无需将样品运送到专业测序场所。自动文库制备仪 VolTRAX和便携式分析仪MinIT也为现场研究提供了支持,分别为样品制备和数据分析提供快速便携的解决方案。长纳米孔测序读长可实现完整的基因组鉴定,解析重复区域和结构变异。

  • 实时宏基因组、或靶向检测植物病原体
  • 长读长可加强微生物鉴定,并简化基因组组装 
  • 可扩展规模的技术——可在实验室或现场进行测序 
  • 快速文库制备(DNA:10分钟; RNA:105分钟)
  • 完整的工作流程——从文库制备到病原体鉴定

RNA测序为植物中的基因发现和表达分析提供了快速而经济的工具,可以为作物育种和改良计划提供信息。使用纳米孔技术,读长长度等于DNA或RNA片段长度,允许分析全长转录物,并实现对基因表达、剪接变体和异构体的准确鉴定和定量。对天然RNA进行直接测序的能力消除了潜在的偏好性来源,并且允许鉴定碱基修饰和核苷酸序列。

  • 使用全长转录本明确鉴定剪接变体
  • 准确的转录本和异构体定量
  • 使用直接cDNA和直接RNA测序消除偏好性
  • 使用天然RNA测序鉴定修饰的碱基和核苷酸序列
  • 实时访问数据
  • 新发布: 使用最新的RNA和cDNA测序试剂盒,以更低的起始量获得更高的产量。
Open a chat to talk to our sales team
FAQs

FAQs

Search