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最新试剂盒提高测序芯片产量

Wed 18th September 2019

近期,我们发布了最新的“测序芯片清洗试剂盒(Flow Cell Wash Kit)”,此试剂盒将包含在所有的启动套装中,您也可以单独在Nanopore 商城购买。该试剂盒能够提高现有测序芯片的产量。

测序芯片清洗试剂盒能够高效洗除 MinION 或 PromethION 测序芯片中的已有文库。清洗之后,测序芯片可以立即再次投入使用,也可以进行储存稍后使用。

在工作流程中引入核酸酶清洗步骤已经使许多用户从中获益,而这体现在了增加的测序芯片通量上。这套新的测序芯片清洗试剂盒通过引入核酸酶清洗方案,为用户的测序工作流程提供了简便的选择。

最低程度的样本交叉污染

测序芯片清洗试剂盒利用核酸酶来消化并清除测序芯片中的已有核酸。有效的清洗效果可达低至0.1%的先前样本残余量,能够大大降低先前样本对后续运行的污染。在清洗后对样本添加条码标签(barcoding)将帮助用户过滤掉测序芯片中含有的先前文库的残留序列。

图 1测序芯片清洗试剂盒可从先前文库中清除高达99.9%的模板分子。对连续运行条形码文库的测序芯片,如中途不进行清洗,则会观察到来自先前样本的严重污染(a)。在添加下一个样本之前,对测序芯片进行清洗,则可清除掉先前样本的绝大部分污染(b)。依序运行带条形标签的样本能够帮助避免交叉污染。

读长长度不受影响

在核酸酶清洗之后,储存测序芯片或者再次上样之前,核酸酶会被灭活,以防止其残余活性影响测序芯片在未来的运行情况。在清洗步骤完成之后,我们并未观察到该步骤对任何后续测序序列长度的不良影响(见图2)。

图 2. 在再次使用或储存测序芯片之前,核酸酶将被有效灭活。(上样#1)制备测序文库,并将一部分文库上样到测序芯片中;(上样#2)表示一段时间后停止运行并清洗测序芯片,后将更多同一文库再次加入测序芯片,重新开始实验;(上样#3)重复清洗和上样。在3次上样中,未观察到读长长度分布差异,表明灭活后的核酸酶残留活性很小。

提高测序芯片产量

在一部分实验中,处于“恢复”/“不可用”状态的纳米孔的增加可对测序芯片的通量产生限制。在测序芯片的有效寿命之内进行多次清洗,能使其产量至少增加一倍(见图3和图4)。

图 3. 在加有测序文库的MinION测序芯片中,因“不可用”状态的通道增加,导致数据采集速率降低:18小时后,测序芯片中可用测序单孔由最初约1600个减少至不足200个。进行清洗之后,可用单孔数量增加至约1000个,大量“不可用”状态的通道恢复到“单孔”状态。

图 4. 在PromethION测序芯片上运行的测序文库产量。箭头指示的是执行每步清洗的时间:选取“不可用”孔的增多而导致数据采集速率开始变慢的时间点实行清洗步骤。每一次都与首次清洗时相比时的产量增加一倍有余。

您可以登陆社区账号Nanopore 商城获得更多清洗试剂盒的信息

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