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Oxford Nanopore发布“野外测序试剂盒”,支持无冷链运输和储存的测序制备试剂盒

Wed 16th January 2019

New nanopore sequencing Field Kit in use in Iceland

我们的目标是使任何人、在任何环境下能够对任何生物进行分析。

作为实现这个目标的过程中的一部分,无论是在实验室内还是在现场,我们希望能够更轻松地向任何地点运送试剂耗材并进行实验。

我们正在寻求打破长久以来生命科学对冷链的依赖。对冷链的需求往往使得试剂耗材难以运输到偏远地区,或者使得在专业实验室环境之外使用测序技术更加困难。我们现在发布了新的“Field Kit” (野外测序试剂盒),只需十分钟即可从基因组DNA中制备文库。该套装不需要冷包装运输,也不需要在一个月内使用。它含有冻干的测序化学试剂,并且需要用来制备文库的实验室设备极少,已经有用户喝着一杯热咖啡用移液管成功制备了样品。

现已可以订购试剂盒 . 在未开封的情况下,该试剂盒可在最高30°C下储存长达一个月,或在未开封的情况下在2-8°C下储存三个月,并与新发布和改进的MinION测序芯片包装相匹配。

从格陵兰岛和冰岛长期覆盖陆地的大冰原到丛林,野外工具包已经在极端环境中得到了测试。当我们开发能够成功应用与这些具有挑战性的地方的工具包时,我们相信我们可以开辟超越传统实验室以外的测序机遇。

冰岛的环境测试

冰岛的环境测试 来自乔治城大学的Sarah Johnson和她的团队,在冰岛偏远且迷人的凯尔灵加山(Kerlingarfjöll)使用了Field Kit。在那里,他们使用纳米孔技术来识别冰川土壤和水样中存在的细菌。在样品处理后仅30分钟内,她的团队就能够获得来自MinION测序仪提供的实时测序信息:

“我们终于能够在现场见证从原始样本到分析数据的整个过程在我们面前的完整展现,一次性完成。看到我们所有的努力最终汇集在一起,并向我们提供有关我们样本的信息,以及在这个领域可能进行的实验,非常令人兴奋和满足。”

http://www.johnsonbiosignatureslab.com/category/iceland18/

生物多样性热点地区的物种分析

维罗纳大学的Massimo Delledonne和他在Taxon Expeditions(@Taxonexped)的合作者 的合作者使用了Field Kit(野外试剂盒)进行科学考察,寻求发现新物种并了解各种环境中野生动物的进化和多样性。在将一种新的水甲虫以莱昂纳多·迪卡普里奥命名后,Taxon访问了生物多样性热点地区,如婆罗洲、黑山和刚果,并于2018年9月最后一次前往婆罗洲时使用了Field Kit(野外试剂盒)。 早在2015年,他们便与 Muse博物馆 博物馆一起首次使用MinION进行了现场测序。2016年,Taxon作为第一批使用纳米孔技术的团体鉴定出了一种新的野生青蛙,他们还在2017年测试了Oxford Nanopore的自动文库制备装置VolTRAX。

格陵兰冰原上的微生物多样性

在格陵兰冰原上一个偏远的冰营中,Arwyn Edwards和他同事体验了在零下测试野外试剂盒来鉴定微生物群落。 团队使用了能够在-29°C下仍保持良好运行的先进的笔记本电脑,并将纳米孔测序芯片放置在胸袋中保持适宜的温度,成功地对宏基因组文库进行DNA提取和MinION测序。

https://psychropaths.wordpress.com/2018/10/13/subzero-sequencing/

我们将继续开发一系列的解决方案,以便让每位研究者能够更广泛地使用Oxford Nanopore的测序技术。这些包括使用VolTRAX进行自动化的样品制备,使用最小型测序设备Flongle进行快速低成本的测试,使用便携式分析仪MinIT实现快速的结果分析,以及即将推出的集成了屏幕、计算和MinION / Flongle的Minion Mk1C。

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