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纳米孔的夏天* – 紧随最新消息

Tue 17th September 2019

#nanosummer

 

中国Nanopore Tech Tour启程在即,纽约用户大会跃跃欲试,在我们为2019年剩余时期的繁忙工作做准备之际,我们利用片刻闲暇回顾了纳米孔社区在过去几个月里取得的惊人进展。

阅读清单

纳米孔社区的科学家们近期发表了数个高影响力的文章,本文列出了一部分与君共赏,您可以访问我们网站的资源中心阅读更多文献:

  • 有多少人类基因组是完整的?自2003年4月人类基因组计划完成后16年,Karen Miga 和她的团队发布了 首个零间隙人类染色体
  • 还是人类基因组的话题,Shafin等人在短短9天内用一台PromethION 测序了11个人类基因组。利用Canu和Wtdbg2组装工具,测量了1个重叠群中高度重复和多态的MHC区域。
  • Soren Karst和他的团队在预印稿中发表了他们的方法,即采用单分子标签测量长扩增子,在长为4.4 kb的rRNA操纵子上,错误率为0.03%。
  • 事实证明,Burns等人开发的纳米孔三合一筛选试验/CLL综合筛选试验结果准确、测试迅速,且成本低。利用一个MinION测序芯片,该工作流提供了所有在5天内表征CLL的所需信息个。
  • O’Grady和他的团队证明可在6小时内迅速表征细菌性下呼吸道感染,其特异性和敏感性达到了100%。
  • 首篇主要介绍Flongle的出版文章显示了低成本、快速准确地鉴定序列同源性高于99.7%的人肠道病毒的基因型,而每份样本的费用不到10美元。

您可能也有兴趣阅读《自然-方法》中的这篇综述,文中探索了纳米孔技术用户的工作情况,以及纳米孔社区取得的突破。

如果您选择观看而非阅读,那么可登陆纳米孔社区观看Ghamdan Al-Eryani的网络讲座,了解他在开发和开展的用以了解免疫系统对抗癌症的方式的单细胞技术。

测序芯片的新记录:MinION和PromethION

7月,单个MinION测序芯片创下了最新的用户记录,高达43Gb。Soren Karst博士成功夺冠,他用SQK-LSK109制备的扩增子(约5000 bp)产生了43Gb的数据量,并在单个R9.4测序芯片上运行了2 x 48个小时。R10现已上市,我们期待着在不久后再次刷新记录。

添加了核酸酶清洗这一工作流程后,有许多用户从中受益,可见测序芯片的通量有所提高。我们将推出一款新型芯片清洗试剂盒,在核酸酶清洗工序中满足您的全部需求——请密切关注商城!

同时,北京希望组从单个PromethION测序芯片中获得的数据量高于180Gb——这是测序深度约为60倍的长读长人类基因组,包含甲基化信息。

以上采用的工具为PromethION 48,目前正在出售,它在72小时内产生的数据量可达7Tb以上。每个PromethION测序芯片的数据量为100Gb,这相当于在短短3天的测序期间,50个人类基因组的覆盖度达到30倍。

纳米孔总部发布的最新信息

我们的新型高科技生产设施MinION工厂于7月上线,专为生产测序芯片提供新型高度自动化生产工艺。在未来几个月内,该大楼将逐步落实全面的、端到端的生产,并且将大幅度提升生产能力,测序芯片的年生产量将在4-5年内超过1亿。

GridION MK1性能提升,无额外成本。GridION Mk1采用了GPU尖端技术,以Nvidia Volta GV100显卡为架构,其性能比GridION X5提升了一个数量级。这表示碱基识别只需占用10%的GPU资源,剩下的90%可用于额外的分析。

有关碱基识别的最新消息中,Guppy升级意味着您现在可以以常规标准免费鉴定5mC CpG甲基化,dcm甲基化和dam甲基化。你也可以训练软件进行其它甲基化的识别。您是否更新到了最新版本?

Come and meet us!

如果您还没有通过纳米孔社区与我们联系,我们希望能在我们的活动中与您相见。在9月,我们马上将在北京和上海举办首届Nanopore Tech Tour。我们邀请了优秀的演讲嘉宾,并且筹划了现场产品演示、面对面专家教学和动手实践的会议日程。我们希望您能在接下来的几天内获得对纳米孔测序更深刻的见解;我们也期待着了解各位科学家最新的纳米孔研究情况。

10月,一队纳米孔专家将来到 ASHG 2019 #1127 展位。他们将会听取您的演讲并提供纳米孔技术能够如何切合d到您工作中的见解。我们将会举办一场研讨会和晚间活动,您可以在这里注册 here 加入我们

今年的 纳米孔用户大会将于12月506日在纽约举办,您可以在这里预览日程安排,我们也将在此期间日常公布演讲嘉宾。9月27日前注册获取限量优惠票

想要了解更多有关纳米孔测序吗?

我们的 Nanopore Days 可免费参与,并提供听取最近纳米孔技术更新,以及有关本地用户工作进展的机遇。您还可以注册参加培训. 这些培训活动提供针对纳米孔测序和数据分析的上手实践。

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