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COVID-19: 纳米孔社区新闻

Sat 25th January 2020

MinION测序仪在一家武汉定点实验室测序COVID-19患者的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)

本页面包含 Oxford Nanopore 在当前新型冠状病毒疫情爆发中的支持的动态信息,请下滑页面阅读实时更新。

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时间线: 社区研究工作

5月14日

塞尔维亚完成首个用Oxford Nanopore设备测序的新冠病毒基因组。测序序列现已可在GISAID数据库查询。

5月14日

英国谢菲尔德的研究团队在8周时间内,完成了1000个新型冠状病毒基因组测序的里程碑。

5月11日

米纳斯吉拉斯州(Minas Gerais)位于巴西东南部,是巴西第二人口众多的州。为了更好的了解米纳斯吉拉斯州 COVID-19疫情,一组科学家使用Nanopore的MinION测序仪测序了40个完整的SARS-CoV-2基因组, 结合3个州中已有的流行病学数据,突出了实时和持续性基因组监测策略在兴起的病毒流行爆发的防控中的必要性。阅读发表的预印文章

5月4日

使用纳米孔测序,英国伦敦大学学院已向英国COVID-19基因组联盟提交了458个SARS-CoV-2基因组。实验方案发表在预印文章,点击这里阅读

5月3日

一组研究人员在线发表了一篇文章,文中描述了软对使用Nanopore的GridION测序仪,在美国德克萨斯州休斯顿对来自COVID-19患者样本的320个SARS-CoV-2基因组的测序工作"这项研究代表了迄今为止最大的对来自美国南部患者的SARS-CoV-2基因组序列的样本分析。该数据为评估病毒进化,新爆发的起源以及宿主免疫反应的影响提供了重要资源".

5月1日

在一项由来自荷兰鹿特丹伊拉斯姆斯大学(Erasmus MC)的科学家们领头的工作中,研究人员将流行病学数据与使用纳米孔测序的临床样本中SARS-CoV-2的全基因组测序(WGS)相结合,深入分析医护人员和患者中SARS -CoV-2病毒的来源和传播方式。阅读在线发表文章

5月1日

在过去的6周中,剑桥COVID-19基因组实验室的科学家一直在GridION测序仪上对SARS-CoV-2基因组进行测序。到目前为止,他们已经为英国COVID-19基因组联盟测序了1000个基因组。

4月30日

首个使用新型MinION Mk1C设备测序的新型冠状病毒样本

本周,来自中国阜阳市疾控中心的一组科学家成为首个使用MinION Mk1C设备测序COVID-19样本中病毒全基因组的团队, 并获得了超过99.5%的全基因组覆盖度。本次研究共在MinION Mk1C上测序了9个COVID-19样本。阜阳市疾控中心自疫情爆发以来一直使用Nanopore的MinION测序仪,结合ARTIC实验方案进行基因组流行病学追踪, 协助公共卫生响应。

MinION Mk1C便携式设备是在一台仪器中整合了MinION和Flongle的实时、快速、便携式测序,并与强大GPU计算能力和高分辨率屏幕相结合。该设备于今年年初开始为早期试用用户提供,随着该团队的成功,越来越多的MinION Mk1C也正进入到该领域的应用中。 了解更多有关Mk1C的详情

4月30日

在一篇 预印论文中,德国杜塞尔多夫的一组研究人员对“海因斯贝格暴发”(德国首次大规模SARS-CoV-2暴发)和附近距离70公里的城市杜塞尔多夫进行了基因组流行病学调查。使用ARTIC实验方案和纳米孔测序平台,对55个SARS-CoV-2样本进行了全基因组测,为公共卫生控制和接触者追踪工作提供了信息。

4月29日

科学家集结力量加入爱尔兰新型冠状病毒测序联盟(Irish Coronavirus Sequencing Consortium),使用纳米孔测序技术追踪病毒基因组流行病学。

4月25日

以荷兰疾控中心及荷兰世卫组织虫媒病毒和病毒性出血热参考研究中心为首的研究团队在线发表了一篇预印论文,描述了SARS-CoV-2病毒在荷兰爆发的头三周,纳米孔全基因组测序结合流行病学调查促进了早期SARS-CoV-2在荷兰本地传播的防控决策。

4月25日

一篇发表在bioRxiv的在线预印论文 对高保真度冠状病毒复制和重组的决定因子 nsp14-ExoN 进行了研究和描述。作者使用Oxfod Nanopore Technologies的长读长直接RNA测序法,在MinION测序仪测序了完整的RNA分子。

4月24日

在美国亚特兰大疾病预防控制中心(CDC)和金县公共卫生局(PHSKC)共同发表在新英格兰医学杂志(NEJM)的文章中,研究人员使用了rRT-PCR和Nanopore MinION测序相,确定了一个专业疗养院中鉴定出了无症状SARS-CoV-2感染的居民,并对其中的流行和传播进行了进一步调查。

4月23日

使用ARTIC实验方案和MinION测序仪,科学家们完成了首批328个丹麦COVID-19基因组测序。序列先已上传至GISAID数据库。

4月22日

首个冈比亚SARS-CoV-2病毒全基因组序列在Nanopore的MinION测序仪上使用ARTIC实验方案完成。

4月20日

作为英国COVID-19联盟的成员之一, 伦敦大学学院(UCL)的研究人员正在全力运行纳米孔测序,在6小时内完成并获得了192个SARS-CoV-2病毒基因组。

4月16日

加拿大蒙特利尔使用ARTIC实验方案, 在Nanopore的MinION设备上完成首个SARS-CoV-2病毒基因组序列测序。

4月14日

英国COVID-19联盟在GISAID数据库批量上传了约600个由纳米孔测序完成的 SARS-CoV-2 病毒序列, 许多其它用户也正在扩大他们使用纳米孔测序SARS-CoV-2病毒的规模。

4月9日

全球50多个国家的约900多名科学家参加了两场有关如何使用纳米孔技术进行COVID-19测序的在线讲座学习。您可以 在此访问并回看讲座视频。

4月9日

在美国弗吉尼亚州,总务部(DGS)的综合实验室服务(DCLS)部门的科学家是最早开始使用 Oxford Nanopore 的便携式 MinION 测序仪,对含有 SARS-CoV-2 病毒的弗吉尼亚州新型冠状病毒样本进行解码的研究者之一,这些丰富的基因组信息将有助于卫生部门的官员更好地了解和跟踪COVID-19大流行的范围,例如病毒是如何演化以及如何传播的。阅读美国全国广播公司(NBC)的新闻报道

4月6日

比利时 KU Leuven 的研究者今天在 GISAID 上发布了141个新的比利时 SARS2-CoV-2 病毒基因组,这些基因组均为使用纳米孔技术和 Artic 实验方案进行测序。

4月4日

在一项新的发表研究中, 中国广东省疾控中心结合基因组学和流行病学数据,进行广东省SARS-CoV-2病毒的遗传多样性、演化和流行病学调查。研究团队使用宏基因组学和混样PCR扩增方法,在MinION测序仪上使用纳米孔测序了53个广东 COVID-19 患者样本。广东省是中国人口最密集的省份,并且具有湖北省以外最高的确诊病例数。

4月3日

作为英国最新COVID-19大型研究联盟的参与机构之一,来自伦敦大学学院(UCL)领先的研究者使用 Oxford Nanopore 的 GridION 测序设备运行了从核酸提取到Nanopore基因组的 COVID-19 测序流程。

4月2日

由广东省疾病预防控制中心领导的国际联合研究小组发表了一篇鉴定SARS-CoV-2病毒中突刺蛋白中常见缺失的预印文章。 在这篇文章中,研究团队使用多种测序方法进行全基因组测序和变异验证,其中包括在Nanopore平台上进行直接cDNA测序。

4月1日

迄今为止, Nanopore 测序技术已被来自世界各地30个国家的科学家们用于 COVID-19 患者样本的 SARS-CoV-2 病毒测序。我们目前正在支持超过40个其它国家的研究者们着手开始测序。

3月31日

比利时国立列日大学(University of Liège, Belgiu)使用ARTIC实验方案,在纳米孔MinION测序仪完成43个新的SARS-CoV-2 病毒基因组测序。序列先已上传至 Nextsrtain 网站。

3月30日

新加坡科学家完成首个使用纳米孔MinION测序的SARS-CoV-2基因组,从RNA到sARS-CoV-2基因组测序约7小时。

3月30日

加拿大不列颠哥伦比亚省疾控中心(BCCDC)公共卫生实验室在GISAID数据库上传了63个新的加拿大 SARS-CoV-2 病毒基因组。这些基因组是使用ARTIC实验方案在纳米孔测序平台完成。

3月29日

来自沙特阿拉伯的利雅得的法赫德国王医疗城(King Fahd Medical City in Riyadh)的科学家正着手开始使用MinION测序来自COVID-19患者的样本。

3月29日

乌拉圭首都蒙得维的亚省的巴斯德研究所完成来自10名COVID-19患者的首个SARS-CoV-2完整基因组测序。 了解更多详情

Researchers noted that: "Sequence the genomes in less than 24 hours allows obtaining information on epidemiological behavior almost in real time during the course of an epidemic. It will allow them to know (1) where the strains that entered Uruguay come from; (2) when they arrived and (3) if there are different variants of the coronavirus in the country among others. This will be useful to inform how to manage border closures and healthcare."

3月29日

使用ARTIC实验方案和MinION测序的首个哥伦比亚SARS-CoV-2病毒的基因组现已可在GISAID查看。

3月27日

马来西亚科学家使用 Nanopre 的 MinION 设备测序的首个新型冠状病毒基因组。

3月26日

由耶鲁大学公共卫生学院的为首一组科学家发表了一篇预印文章,描述了利用便携式 MinION 测序仪鉴定SARS-CoV-2病毒在美国沿海到沿海中的传播。团队在收到样品后约14小时内生成了第一个lSARS-CoV-2基因组,进行近乎实时测序和生物信息学分析。

3月24日

来自英国布里斯托大学、英格兰卫生部及利物浦大学的一组科学家使用Oxford Nanopore 的 MinION 设备,对SARS-CoV-2病毒进行了直接RNA测序,该预印文章描述了在 Vero E6 细胞系中生长的 SARS-CoV-2 病毒的转录组和蛋白质组特征。

3月24日

澳大利亚加文研究所(Garvan Institute)的科学家在小型测序芯片 Flongle 上运行了单个 SARS-CoV-2 样本进行实时监测。团队在约10分钟测序运行内变获得了超过100X的覆盖度。

3月23日

英国政府宣布成立新的英国研究联盟并提供2000万英镑的资金,用于基于测序的COVID-19研究,对来自COVID-19测试阳性患者的样品进行快速,大规模的分析。Oxford Nanopore 正在对参与该计划的来自伯明翰、伦敦、爱丁堡、格拉斯哥、诺丁汉、谢菲尔德、利物浦、卡迪夫、埃克塞特和剑桥等城市的研究人员提供支持。 英国ITV电视新闻报道 了格拉斯哥医学研究理事会病毒研究中心的团队研究以及来自爱丁堡的工作。

3月19日

使用Nanopore的MinION测序,位于圣彼得堡的世界卫生组织(WHO)流感参考实验室在GISAID上传了首个俄罗斯SARS-CoV-2基因组,阅读新闻报道(俄语)。

3月18日

60个新的荷兰基因组 现已可在GISAID数据库和Nextstrain网站查询, shared by the Dutch COVID response team at Erasmus MC. 同一天, 加拿大不列颠哥伦比亚省(British Columbia)疾控中心 GISAID 在上传了 14 个新的SARS-CoV-2基因组序列, 使用纳米孔测序对新型冠状病毒进行快速追踪。

 

3月15日

一组韩国科学家在bioRxiv网站发表了一篇预印文章,使用纳米孔直接RNA测序技术为SARS-CoV-2病毒转录组提供新的见解。

 

3月13日

使用纳米孔测序和ARTIC实验方案,明尼苏达州在Genbank(MT188339 - MT188341)上传了前三个 SARS-CoV-2 全基因组序列

 

3月13日

德国西部上传了 10个新的基因组序列,暗示引入事件为单独发生,并为发生在海因斯堡发爆发提供了更清晰的信息。

 

3月12日

来自荷兰的另外48个新SARS-CoV-2序列(截至目前来自该国的总数为73个)已在GISAID和Nextstrain上进行了更新。到目前为止,荷兰科学家已对荷兰所有已知的COVID-19感染中的7%进行了测序。“这显示出多次独立爆发,促使政府决定取消所有超过100人的活动。

 

3月12日

英国谢菲尔德大学使用ARTIC实验方案,在纳米孔测序平台完成最先两个 SARS-CoV-2 基因组测序

 

3月12日

西班牙首个SARS-CoV-2 基因组可在 GISAID 查询。阅读新闻报道

 

3月12日

使用纳米孔测序技术,厄瓜多尔科学家完成完成了在其首都基多(Quito)分离的首个 SARS-CoV-2 基因组测序 。阅读新闻报道

 

3月11日

首个爱尔兰 SARS-CoV-2 基因组序列使用MinION测序仪和ARTIC实验方案完成。

 

3月9日

广东省CDC在GISAID数据库上传了35个通过ARTIC实验方案和纳米孔MinION测序获得的SARS-CoV-2序列。在 virological.org 报告中,这些数据被科学家们用于理解传播链的数目、大小、持续能力和动态情况,并用于支持和了解广东省减少传播链并最终消除传播的公共卫生响应。

 

3月9日

首个爱丁堡SARS-CoV-2病毒基因组使用ARTI方案和MinION测序仪完成测序, 在测序运行时间的15分钟内便获得100x的基因组覆盖度。

 

3月8日

来自英格兰卫生署(PHE)与利物浦大学热带医学学校的联合团队, 报告了一项在10小时内完成对英国COVID-19患者呼吸道微生物组的分子学鉴定的研究。 在文章中,基于扩增子和宏基因组的MinION测序被用于快速鉴定SARS-CoV-2病毒,以及评估来自COVID-19患者鼻咽拭子中的微生物组。

 

3月8日

伊拉斯姆斯大学大学医学中心(Erasmus MC)在GISAID和Nextstrain上更新了来自荷兰的28条新的SARS-CoV-2序列。来自Erasmus MC的Reina Sikkema博士指出,到目前为止,所有荷兰语序列都是使用纳米孔测序技术生成的。

 

3月8日

澳大利亚多尔蒂研究所(Doherty Institute)在线发表了首个SARS-CoV-2病毒的天然RNA测序,使用纳米孔直接RNA测序技术,研究为病毒的亚基因组mRNA和碱基修饰带来了新见解。

 

3月8日

新西兰新闻杂志 The New Zealand Herald 刊登文章讲述“玛氏巧克力棒大小的的仪器正帮助新西兰科学家以极为迅速的速度揭示造成COVID-19危机的病毒的遗传组成,这同时也是能够帮助创造疫苗的紧急全球协作的一部分。”

 

3月7日

英国威尔士,研究人员测序了首发的两例COVID-19患者病毒基因组。24小时内完成了从测序、上传数据到 GISAID 数据库,到被 Nextstrain 用于进化分析的整个过程,揭示“威尔士的两个基因组每个均与欧洲爆发的演化支为同一群组,但相互不为一组,暗示为单独的引入案例。"  威尔士卫生署已经为威尔士头100名患者提供资金进行病毒基因组测序。

 

3月6日

法国法国巴斯德研究所的生物应急小组CIBU在8小时内完成SARS-CoV-2病毒测序.

 

3月6日

Nextstrain 表示德国杜塞尔多夫(Düsseldorf)微生物医学中心使用ARTIC实验方案和纳米孔测序的 Düsseldorf01 基因组, 显示出 "6 个独特的点突变...与其它已知的欧洲测序不为一组。"

 

3月4日

麻省理工科技评论(MIT Tech Review) 回顾了在疫情爆发中快速病毒基因组测序的使用,表示"正是由于科学家们如此之快的发布数据,这是第一次在疫情中病原体的演化和传播被得以如此详尽的追踪,几乎是实时状态。"

 

3月4日

首个新西兰基因组使用ARTIC实验方案展开测序。

 

3月3日

英国苏格兰卫生署使用ARTIC方案和纳米孔测序,不到24小时完成首例新型冠状病毒测序。

 

3月3日

人民日报:武汉大学联合团队及武汉臻熙医学检验实验室有限公司研发了纳米孔靶向测序检测方法,用于检测与防控新型冠状病毒肺炎COVID-19,可实现当天同时检测新冠病毒和其他10类40余种常见呼吸道病毒并监测病毒突变。查看人民日报完整报道

 

3月3日

美国疾控中心发表本土首例COVID-19患者的纳米孔测序文章 阅读文章

 

3月2日

领先的医学诊断机构达瑞生物依托纳米孔测序平台和本地化的分析流程,基于优化后的ARTIC实验方案,开发了新型冠状病毒SARS-CoV-2全基因组靶向扩增测序试剂盒(纳米孔测序法),该试剂盒方案具有快速、灵敏度高,特异性好的特点,可实时高效获取可用于病毒全基因组序列信息和变异检监测。点击此处阅读

 

3月1日

加拿大British Columbia疾控中心发布了加拿大SARS-CoV-2患者的基因组数据,该患者是从伊朗旅游返加的首个输入性病例。因此,也为伊朗疫情提供了强有力的系统发育树分析支持。病原体基因组数据的网站Nextstrain(@Nextstrain)补充道:“该病毒与来自中国山东的病毒序列基因组最为接近,但传播链确认是武汉-伊朗-British Columbia”。同样,研究团队使用MinION纳米孔测序仪和ARTIC项目组的工作流完成该基因组数据。

 

2月29日

巴西圣保罗Adolfo Lutz研究所的CADDE项目36公布了第一例南美COVID-19病例的基因组序列数据,该病例来自一名前往意大利伦巴第亚的患者。报告中提到,使用纳米孔测序在ARTIC项目组公布的工作流时间内完成了基因组数据的测序工作。结果发现其体内的新冠病毒同武汉公布的病毒基因相比存在3处不同,表示病毒在传播过程中已经发生突变,系统发育树则显示巴西/SPBR1/2020菌株与德国/BavPat1/2020菌株聚成一簇。

 

2月20日

加拿大Genome British Columbia并宣布了一项名为"RESPOND"新项目,计划使用纳米孔测序响应新兴的严重病原体爆发,并着重描述了病毒基因组流行病学的重要性。

 

2月19日

在Oxford Nanopore的积极支持下,达瑞生物正在加快开发一种基于纳米孔技术,可用于任何实验室、公共卫生机构和医院的快速新型冠状病毒测序解决方案。

 

2月5日

杭州市CDC利用ARTIC实验方案完成仅使用纳米孔数据的新型冠状病毒基因组,并上传序列至GISAID数据库。

 

2月3日

首个比利时新型冠状病毒样本于下午5点到达鲁汶大学,团队使用ARTIC实验方案于次日早上9点完成测序。

 

1月31日

GISAID(该网站需注册后访问)发布了更多2019-nCov基因组。其中德国巴伐利亚和澳大利亚使用了纳米孔测序。

《新英格兰医学》杂志(NEJM)发表文章报告美国首例2019-nCoV案例,描述了将纳米孔测序作为测序工具的一种。

经过一周与中国科学家的支持和协作,200台纳米孔MinION设备已发往中国支持新型冠状病毒监测。阅读全文

 

1月30日

中央电视台《新闻联播》播报了李克强总理赴中国疾控中心考察新型冠状病毒感染肺炎疫情防控科研攻关情况,中国疾控中心的实验室科研人员负责人汇报了他们迅速检测新型冠状病毒全基因组序列。图为“第三代”纳米孔测序运行中,助力在新型冠状病毒监测中的应用。

 

1月29日

《柳叶刀》杂志发表了关于新型冠状病毒的基因组学鉴定和流行病学的文章,利用包括Oxford Nanopore的三代纳米孔测序技术在内等技术,对感染新型冠状病毒(2019-nCov)患者的全长基因组进行分析,提供了可能的病毒来源和细胞结合受体的重要信息,这些信息对溯源、持续监测变异和确定传播能力至关重要。

 

1月28日

美国疾病预防控制中心在GenBank发布了使用纳米孔测序和桑格测序的新型冠状病毒序列:CA1 CA2 IL1

 

1月26日

中国疾控中心更新了该病毒的变异监测情况,表示三代测序技术正协助他们理解病毒是否正在发生变异。 

 

1月24日 - 《柳叶刀》(The Lancet)

发表了大量丰富的有关2019-nCov的内容。其中一篇论文分析了与2019年新型冠状病毒相关的家族性肺炎,使用MinION测序,并辅以桑格测序, 表明了该病毒可在人际间传播。

 

1月24日 - 《新英格兰医学杂志》(NEJM)

发表了一系列关于新型冠状病毒和疫情爆发的报告,其中包括一篇名为"A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019" 的论文。该报告描述了中国疾病预防控制中心自2019年12月31日以来的工作:“中国疾病预防控制中心(中国CDC)派遣了一个快速反应小组,协同湖北省和武汉市卫生部门进行了流行病学和病因学调查。我们在此报告该项调查的结果,我们确定了肺炎簇的来源,并描述了由中国疾控中心在疾病爆发早期,于肺炎患者样本中检测到的一种新型冠状病毒,并对其中两例肺炎患者的临床特征进行了描述。” 在该报告中描述了使用纳米孔测序作为研究方法的一种。

 

1月22日 - ARTIC 国际项目小组project

是一个旨在为病毒爆发开发方案,提供实时的流行病学信息以供公共卫生机构判断并采取行动的项目。由包括牛津大学、剑桥大学和爱丁堡大学在内的多所大学联合组成。ARTIC network 发布了一套可协助研究人员测序新型冠状病毒2019-nCov的实验材料,包含引物设计、实验方案、生信学教程和数据库。 

 

李克强总理访问中国疾控中心视察当前有关新型冠状病毒疫情爆发的防控工作,图为三代测序技术纳米孔测序正在运行测序新型冠状病毒

我们将持续为公共卫生部门在流行病学工作中使用测序提供支持,如果您希望与我们联系并讨论,请与我们取得联系。

Oxford Nanopore 产品目前仅供研究使用。就当前纳米孔社区成员发布的新型冠状病毒实验方案,当前推荐与作者联系获取更多详细信息。

Oxford Nanopore 产品仅供研究使用。  针对社区成员发布的 实验方案, 我们推荐与发布者联系获取更多信息。

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